BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33490.2
Length=1614
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg328390 jgi|Araly1|328390|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000617 2167 0.0
> Ahg328390 jgi|Araly1|328390|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000617
Length=1278
Score = 2167 bits (1173), Expect = 0.0
Identities = 1244/1279 (97%), Gaps = 2/1279 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 ATGGAGAAAATGAATGTCCGTTTTATGATTGTGTTGATGGTAATGTCTCTGGTTCTGGGT 258
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGAAAATGAATGTTCGTTTTATGATTTTGTTGATGGTGATGTCTCTGGTTCTGGGT 60
Query 259 TTTTCGTCGGCAGTTGATTTCAGATGGAGGAAAACTGCAGGATTCTCAGATAGATTCACC 318
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTTCGTCGGCTGTTGATTTCAGATGGAGGAAAACTGCAGGATTCTCAGATAGATTCACC 120
Query 319 AGAGCTGTTTCTTCAGTCGTGTTCCCAGTTCATGGCAACGTTTATCCTCTTGGGTACTAT 378
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGAGCTGTCTCTTCAGTCGTGTTCCCAGTTCATGGGAACGTTTATCCTCTTGGGTACTAT 180
Query 379 AATGTAACCATCAACATAGGACAACCACCAAGACCTTATTATCTTGATCTTGATACTGGT 438
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 AATGTTACCATCAACATAGGACAACCACCAAGACCTTATTATCTCGATCTTGATACTGGT 240
Query 439 AGTGATCTCACTTGGCTCCAATGTGATGCTCCTTGTGTTCGTTGCTTGGAGGCGCCTCAT 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGTGATCTCACTTGGCTCCAATGTGATGCTCCTTGTGTTCGTTGCTTGGAGGCGCCTCAT 300
Query 499 CCACTGTATCAGCCTAGTAGTGATCTTATTCCTTGCAATGATCCACTGTGTAAGGCTTTG 558
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCACTCTATCAGCCTAGTAGTGATCTAATTCCTTGCAATGATCCACTGTGTAAGGCTTTG 360
Query 559 CATTTGAATAGTAATCAGAGATGTGAGACTCCAGAGCAATGTGACTATGAGGTTGAGTAT 618
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CATCTGAATAGTAATCAGAGATGTGAGACTCCAGAGCAATGTGACTATGAGGTTGAGTAT 420
Query 619 GCTGATGGAGGATCTTCTCTCGGTGTTCTTGTTAGAGATGTCTTCTCTATGAACTATACA 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCTGATGGAGGATCTTCTCTCGGTGTTCTTGTTAGAGATGTCTTCTCTATGAACTATACA 480
Query 679 CAGGGTCTCCGGCTCACTCCCCGTCTTGCTCTAGGTTGTGGATACGATCAAATCCCAGGG 738
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAGGGTCTCCGGCTCACTCCCCGTCTTGCTCTAGGATGCGGATACGATCAAATCCCAGGG 540
Query 739 GCTTCGAGTCATCATCCTCTAGATGGAGTATTAGGG-CTTGGTAGGGGGAAAGTAAGCAT 797
|| |||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCATCGAGTCATCATCCACTAGATGGAGTACT-GGGACTTGGTAGGGGGAAAGTAAGCAT 599
Query 798 TCTGTCACAGCTTCATAGCCAAGGTTATGTAAAGAATGTTATCGGTCATTGCCTAAGCAG 857
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTGTCACAGCTTCATAGCCAAGGTTATGTCAAGAATGTTATCGGTCATTGCCTAAGCAG 659
Query 858 TTTAGGTGGAGGAATTCTCTTTTTTGGCGACGATCTTTATGATTCTTCAAGAGTCTCATG 917
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 660 TTTAGGTGGAGGAATTCTCTTTTTTGGCGATGATCTTTATGATTCTTCAAGAGTCTCTTG 719
Query 918 GACACCAATGTCTCGTGAATACTCAAAACACTACTCTCCTGCAATGGGAGGGGAACTTCT 977
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GACACCAATGTCGCGTGAATACTCAAAACACTACTCTCCTGCAATGGGAGGGGAACTTCT 779
Query 978 ATTCGGGGGAAGAACAACAGGATTGAAGAATCTATTAACAGTATTTGACAGTGGAAGTTC 1037
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 780 ATTCGGGGGAAGAACAACGGGATTGAAGAATCTATTAACAGTCTTTGACAGTGGAAGCTC 839
Query 1038 TTACACATACTTCAATTCCAAGGCATACCAAGCCGTAACATATTTGCTAAAGAGAGAACT 1097
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTACACATACTTCAATTCCAAGGCGTACCAAGCTGTAACATATTTGCTAAAGAGAGAACT 899
Query 1098 AAGCGGAAAACCGTTGAAAGAAGCACGGGATGACCACACGCTGCCTCTATGCTGGCAAGG 1157
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAGCGGAAAACCGTTGAAAGAAGCACGGGATGATCACACGCTGCCTCTATGCTGGCAAGG 959
Query 1158 ACGTAGACCATTCATGAGCATTGAAGAAGTCAAGAAGTATTTCAAGCCTCTAGCTCTTAG 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 960 ACGTAGACCATTCATGAGCATTGAAGAAGTCAAGAAGTATTTCAAGCCTTTAGCTCTTAG 1019
Query 1218 CTTCAAAACAGGCTGGAGATCAAAAACTCTGTTTGAGATACCCCCAGAAGCTTATCTAAT 1277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTTCAAAACAGGCTGGAGATCAAAAACTCTGTTTGAGATACCCCCAGAAGCTTATCTAAT 1079
Query 1278 CATTTCTATGAAGGGGAATGTATGTTTGGGAATCTTGAATGGCACAGAAATAGGTCTCCA 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CATTTCTATGAAGGGGAATGTATGTTTGGGAATCTTGAACGGCACAGAAATAGGTCTCCA 1139
Query 1338 GAACCTAAACCTCATCGGCGATATATCGATGCAAGATCAGATGATAATCTACGATAACGA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GAACCTAAACCTCATCGGCGATATATCGATGCAAGATCAGATGATAATCTACGATAACGA 1199
Query 1398 GAAACAATCAATCGGGTGGATGCCAGTGGATTGCGATGAACTTGCTTCACTAAAAGCAGC 1457
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1200 GAAACAATCAATCGGATGGATGCCAGCGGATTGCGATGAACTTGCTTCACTAAAAGCTTC 1259
Query 1458 TCAAGTATATGAATACTGA 1476
|||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCAAGTATATGAATACTGA 1278
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60487309060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5