BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33520.2
Length=3249
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg888739 jgi|Araly1|888739|Al_scaffold_0007_725 4785 0.0
> Ahg888739 jgi|Araly1|888739|Al_scaffold_0007_725
Length=2850
Score = 4785 bits (2591), Expect = 0.0
Identities = 2768/2854 (97%), Gaps = 10/2854 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 98 ATGGAGTCTACAC-TCTCAGCTTTCTCAACCGTCAAGGCAACAGCGATGGCTCGAAGTAG 156
||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGAGTCTAC-CTTGTCAGCTTTCTCAACCGTCACGGCCACAGCGATGGCTCGAACTAG 59
Query 157 TGGTGGTCCTTCATTACCTCTCCTCACTATTTCTAAAGCACTTAACCGCCACTT-TACCG 215
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||
Sbjct 60 CGGTGGTCCTTCATTGCCTCTCCTCACTATTTCTAAAGCTCTTAACCGTCACTTCT-CCG 118
Query 216 GCGCCAGACACCTCCATCCTTTATTGCTCGCTCGCTGTTCTCCCTCCGTGCGACGTCTTG 275
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||
Sbjct 119 GCGCCAGACACCTCCATCCCCTATTGCTTGCTCGCTGTTCTCCCGCCGTGCGCCGGCTTG 178
Query 276 GTGGGTTTCATGGCAGTCGATTTACTTCGTCGAATTCAGCTTTGAGAAGCTTGGGAGCTG 335
||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 GTGGGTTTCATGGCAGTAGCCTTACTTCGTCGAATTCAGCTTTGAGAAGCTTGGGAGCTG 238
Query 336 CTGTTTTGCCGGTAATCCGACACCGTTTAG-AGTGTTTGTCGAGCTCATCGCCGTCTTTC 394
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 239 CTGTTTTGCCGGTAATCCGACACCGTTT-GCAGTGTTTGTCCATCTCATCGCCGTCTTTC 297
Query 395 AGGAGTATCTCAAGTGGCGGCGGTTCTGGATTTGGGGGGTATAATGGTGGAAGCGGCGGT 454
|||||||||||||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AGGAGTATCTCAAGCGGCGGCGGTGCAGGATTCGGTGGGTATAATGGTGGAAGCGGCGGC 357
Query 455 GGTGGTGGCGGAGGATCGGAGAGTGGTGATTCCAAGTCAAAACTGGGTGCT--AATGCAA 512
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 358 GGTGGTGGCGGTGGATCGGAGAGTGGTGATTCCAAGTCAAAATTGGGTGCTGGAA--CAA 415
Query 513 GTGATGGTGTCTCTGTTCCGTCGTCAGATATCATTATTCTCGATGTTGGAGGGATGACAT 572
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 416 ATGATGGTGTCTCTGTTCCGTCGTCAGATATCATTATTCTCGATGTTGGAGGGATGACAT 475
Query 573 GTGGAGGGTGTTCAGCAAGTGTGAAGAAGATACTGGAAAGCCAACCTCAAGTTGCTTCAG 632
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 476 GTGGAGGTTGTTCAGCAAGTGTGAAGAAGATACTCGAAAGCCAACCTCAAGTTGCTTCTG 535
Query 633 CTAGTGTTAATCTCACCACCGAGACGGCAATTGTGTGGCCTGTACCGGAAGCTAAAAGTG 692
||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 CTAGTGTTAATCTCACCACCGAGACAGCAATCGTATGGCCTGTACCGGAAGCTAAAAGTG 595
Query 693 TACCTGATTGGCAAAAGAGTTTAGGCGAGACGCTTGCAAACCATCTGACCAATTGCGGGT 752
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 TACCTGATTGGCAAAAAAGTTTAGGCGAGACGCTTGCAAACCATCTGACCAATTGCGGGT 655
Query 753 TTCAGTCTACTCCTCGAGATTTGGTGACAGAGAATTTCTTCAAAGTTTTCGAAACAAAGA 812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 TTCAGTCTACTCCTCGAGATTTGGTGACAGAGAATTTCTTCAAAGTTTTCGAAACAAAGA 715
Query 813 CAAAAGACAAGCAGGCTCGCTTAAAAGAGAGTGGCCGCGAGCTTGCTGTTTCATGGGCCC 872
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 CAAAAGACAAGCAGGCTCGCTTAAAAGAGAGCGGCCGCGAGCTTGCTGTTTCATGGGCCC 775
Query 873 TATGTGCTGTATGCTTGGTTGGCCATTTAACTCACTTTCTAGGGGTTAATGCTCCCTGGA 932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 776 TATGTGCTGTATGCTTGGTTGGCCATTTAACTCACTTTCTAGGTGTTAATGCTCCCTGGA 835
Query 933 TTCATGCGATCCATTCAACGGGGTTTCATGTGTCTTTATGTTTGATTACGTTGCTTGGTC 992
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 836 TTCATGCAATCCATTCAACGGGGTTTCATGTGTCCTTATGTTTGATTACGTTACTTGGTC 895
Query 993 CTGGACGCAAGCTAGTACTTGATGGTATCAAGAGTCTTTTAAAAGGTTCCCCAAACATGA 1052
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CGGGACGCAAGCTAGTACTTGATGGTATCAAGAGCCTTTTAAAAGGTTCCCCAAACATGA 955
Query 1053 ACACGCTAGTTGGTCTTGGTGCTTTGTCATCATTTTCTGTTAGCTCACTGGCAGCCATGA 1112
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 ACACGCTAGTTGGTCTTGGGGCTTTGTCATCATTTTCTGTTAGCTCACTGGCAGCCATGA 1015
Query 1113 TTCCAAAATTGGGCTGGAAGACATTTTTTGAGGAACCAGTTATGTTAATAGCTTTTGTAT 1172
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1016 TTCCAAAATTGGGTTGGAAGACATTTTTTGAGGAACCAGTGATGTTAATAGCTTTTGTAT 1075
Query 1173 TGCTGGGAAGGAATCTTGAACAGAGAGCTAAAATAAAAGCCACCAGTGATATGACTGGCC 1232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TGCTGGGAAGGAATCTTGAACAGAGAGCTAAAATAAAAGCCACCAGTGATATGACTGGCC 1135
Query 1233 TTCTGAGTGTTTTGCCTTCAAAAGCTCGCCTTCTGCTTGATGGTGATCTGCAGAATTCAA 1292
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TTCTCAGTGTTTTGCCTTCAAAAGCTCGCCTTCTGCTTGATGGTGATCTGCAGAATTCAA 1195
Query 1293 CTGTTGAGGTTCCTTGTAATAGTCTCTCTGTTGGTGATCTAGTCGTCATACTACCAGGAG 1352
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1196 CTGTTGAGGTTCCTTGTAATAGTCTCTCTGTCGGTGATCTAGTCGTCGTACTACCAGGAG 1255
Query 1353 ATCGAGTTCCAGCAGATGGTGTGGTCAAGTCAGGTAGAAGCACCATTGATGAGTCAAGTT 1412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 ATCGAGTTCCAGCAGATGGTGTGGTCAAGTCAGGTAGAAGCACCATTGATGAGTCAAGTT 1315
Query 1413 TCACAGGTGAACCATTGCCAGTGACAAAAGAGTCAGGGAGTCAAGTCGCAGCAGGATCTA 1472
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 TCACAGGTGAACCATTGCCAGTGACAAAAGAATCAGGGAGTCAAGTCGCAGCAGGATCTA 1375
Query 1473 TAAACCTGAACGGAACTCTTACTGTCGAAGTGCATAGATCAGGGGGTGAAACTGCAGTTG 1532
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TAAACCTGAATGGAACTCTTACTGTCGAAGTGCATAGATCAGGGGGTGAAACTGCAGTTG 1435
Query 1533 GGGACATTATTCGTCTGGTTGAAGAGGCTCAGAGTAGAGAAGCACCAGTACAGCAGTTGG 1592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 GGGACATTATTCGTCTGGTTGAAGAGGCTCAGAGTAGAGAAGCACCAGTACAGCAGTTGG 1495
Query 1593 TTGACAAGGTCGCAGGGCGCTTCACGTATGGAGTGATGGCACTCTCTGCAGCTACATTTA 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TTGACAAGGTCGCAGGGCGCTTCACGTATGGAGTGATGGCACTCTCTGCAGCTACATTTA 1555
Query 1653 CATTCTGGAATCTATTTGGTGCACATGTTCTTCCTTCTGCCTTGCATAATGGGAGCCCAA 1712
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 CATTCTGGAATCTTTTTGGTGCACATGTTCTTCCTTCTGCCTTGCATAATGGGAGCCCAA 1615
Query 1713 TGTCTTTGGCCCTTCAACTATCTTGCAGCGTTCTGGTTGTGGCTTGTCCTTGCGCCCTTG 1772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TGTCTTTGGCCCTTCAACTATCTTGCAGCGTTCTGGTTGTGGCTTGTCCTTGCGCCCTTG 1675
Query 1773 GGTTGGCTACTCCAACGGCAATGCTGGTTGGTACATCATTAGGAGCAAGAAGAGGATTAC 1832
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GGTTGGCTACGCCAACTGCAATGCTGGTTGGTACATCATTAGGAGCAAGAAGAGGATTAC 1735
Query 1833 TTCTTCGTGGTGGTGATATTCTTGAAAAGTTTTCCTTGGTTGATACTGTTGTCTTCGACA 1892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTCTTCGTGGTGGTGATATTCTTGAAAAGTTTTCCTCGGTTGATACTGTTGTCTTCGACA 1795
Query 1893 AAACTGGGACACTGACGAAGGGACACCCTGTTGTGACTGAAGTTATTATTCCTGAAAATC 1952
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 AAACTGGGACACTGACAAAGGGACACCCTGTTGTGACTGAAGTTATTATTCCTGAAAATC 1855
Query 1953 CAAGACACAATTTGAATGATACTTGGTCAGAAGTAGAGGTTTTGATGTTAGCAGCTGCTG 2012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CAAGACACAATTTGAATGATACTTGGTCAGAAGTAGAGATTTTGATGTTAGCAGCTGCTG 1915
Query 2013 TTGAGTCAAACACTACTCACCCTGTTGGGAAAGCGATTGTAAAAGCAGCCCGGGCTCGTA 2072
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTGAATCAAACACTACTCACCCTGTTGGGAAAGCGATTGTAAAAGCAGCCCGGGCTCGTA 1975
Query 2073 ATTGTCAAACAATGAAGGCAGAGGATGGAACATTTACTGAAGAACCAGGGTCTGGTGCTG 2132
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1976 ATTGTCAAACTATGAAGGCAGAGGATGGAACATTTACTGAAGAACCAGGGTCTGGTGCCG 2035
Query 2133 TTGCTATTGTCAACAACAAAAGGGTTACAGTTGGGACTCTAGAATGGGTCAAGAGACATG 2192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 2036 TTGCTATTGTCAACAACAAAAGGGTTACAGTTGGGACCCTAGAATGGGTCCAGAGACATG 2095
Query 2193 GAGCCACCGGGAACTCATTGCTTGCATTAGAAGAGCATGAAATTAACAACCAGTCTGTTG 2252
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2096 GAGCCACCGGGAACTCATTACTTGCATTAGAAGATCATGAACTTAACAACCAGTCTGTTG 2155
Query 2253 TGTATATTGGGGTGGATAATACACTTGCTGCAGTCATCCGTTTTGAAGATAAAGTCAGGG 2312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TGTATATTGGGGTGGATAATACACTTGCTGCAGTCATCCGTTTTGAAGATAAAGTCAGGG 2215
Query 2313 AGGATGCTGCTCAAGTTGTTGAGAATTTGACTCGCCAGGGAATTGATGTGTACATGCTGT 2372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2216 AGGATGCTGCTCAAGTTGTTGAGAATTTGACTCGCCAGGGAATTGACGTGTACATGCTGT 2275
Query 2373 CTGGTGACAAGAGGAATGCTGCCAATTATGTAGCTTCTGTCGTAGGAATTAATCATGAAC 2432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2276 CTGGTGACAAGAGGAATGCTGCCAATTATGTAGCTTCTGTCGTAGGAATTAATCAAGAAC 2335
Query 2433 GGGTTATAGCAGGAGTTAAACCAGCTGAGAAAAAGAATTTTATCAATGAACTTCaaaaaa 2492
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GGGTTATAGCCGGAGTTAAACCAGCAGAGAAAAAGAATTTTATCAATGAACTTCAAAAAA 2395
Query 2493 aTAAGAAGATTGTTGCAATGGTGGGGGATGGAATAAACGATGCTGCTGCTCTGGCATCAT 2552
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 ATAAGAAGATTGTTGCAATGGTGGGTGATGGAATAAATGATGCTGCTGCTCTGGCATCAT 2455
Query 2553 CTAATGTTGGAGTGGCCATGGGTGGTGGTGCAGGAGCGGCCAGTGAGGTGTCTCCTGTTG 2612
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2456 CTGATGTTGGAGTGGCCATGGGTGGTGGTGCAGGAGCGGCCAGTGAGGTGTCTCCCGTTG 2515
Query 2613 TCTTGATGGGCAATCGGTTAACACAGTTGCTTGATGCGATGGAGCTAAGTCGGCAAACCA 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TCTTGATGGGCAATCGGTTAACACAGTTGCTTGATGCAATGGAGCTAAGTCGGCAAACCA 2575
Query 2673 TGAAGACCGTGAAGCAAAACCTTTGGTGGGCGTTCGGATACAACATTGTAGGAATCCCAA 2732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 TGAAGACCGTGAAGCAAAACCTTTGGTGGGCGTTCGGATACAACATTGTAGGAATCCCAA 2635
Query 2733 TTGCGGCTGGAGTGTTGCTACCATTGACTGGAACCATGTTGACTCCATCAATGGCGGGGG 2792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 TTGCGGCTGGAGTGTTGCTACCATTGACTGGAACCATGTTGACTCCATCAATGGCGGGGG 2695
Query 2793 CTCTCATGGGTGTAAGCTCTCTCGGTGTCATGACTAATTCCTTACTTCTAAGGTACAGAT 2852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 CTCTCATGGGTGTAAGCTCTCTCGGTGTCATGACTAATTCCTTACTTCTAAGGTACAGAT 2755
Query 2853 TCTTCTCGAACCGAAACGACAAAAATGTCAAACCGGAACCAAAAGAGGGAACAAAACAGC 2912
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TCTTCTCGAACCGAAACGACAAAAATGTCAAACGGGAACCAAAAGAGGGAACAAAACAGC 2815
Query 2913 CACATGAGAACACAAGATGGAAGCAAAGCTCTTA 2946
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2816 CACATGAGAATACAAGATGGAAGGAAAGCTCTTA 2849
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122621500206
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5