BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33530.1
Length=2946
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944578 jgi|Araly1|944578|scaffold_700807.1 4338 0.0
> Ahg944578 jgi|Araly1|944578|scaffold_700807.1
Length=2610
Score = 4338 bits (2349), Expect = 0.0
Identities = 2520/2605 (97%), Gaps = 1/2605 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 90 TTTTCCAACGGTGATTGATGTTTCACGTGGAAGAAGAAAGCAGTGGAGGCGATGGGTCTG 149
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 TTTTCCGACGGTGATTGATGTTTCACGTGGAAGAAGGAAGCAGTGGAGGCGATGGGTCTG 64
Query 150 AGATTGATGAGGAGTTTGGCGGAGACGATTCAACGACGTCATTGTCGCGATGGGTGTTCG 209
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 AGATTGATGAGGAGTTTGGCGGGGACGATTCGACGACGTCATTGTCGCGATGGGTGTTCG 124
Query 210 ATGAGAAAGATGATTATGAGGTTAATGAAGATTACGACGATGATGGATATGATGAGCATA 269
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 125 ATGAGAAGGATGATTATGAGGTTAACGAAGATTACGACGATGATGGATATGATGAACATA 184
Query 270 ATCACCCGGAAATGGATTCCGATGAGGAGGATGACAATGTGGAGCAGCGTTTGATTCGCA 329
| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 185 ACCACGCGGAGATGGATTCCGATGAGGAGGATGACAATGTGGAGCAGCGTTTGATTCGAA 244
Query 330 CTAGCCCTGCCGTTGACTCTTTCGATGTAGATGCTCTTGAGATTCCTGGAACTCAGAAAA 389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 245 CTAGCCCTGCCGTTGACTCTTTCGATGTAGATGCTCTTGAGATTCCTGGAACTCAAAAAA 304
Query 390 ACGAAATCGAGGACACTGGTATAGGAAAGAAACTCATACTTGCTTTGCAGACACTTGGGG 449
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 ACGAAATCGAGGACACTGGTATAGGGAAGAAACTCATACTTGCTTTGCAGACACTTGGGG 364
Query 450 TTGTATTTGGTGATATTGGAACTAGCCCATTGTATACCTTCACTGTCATGTTCAGAAGAT 509
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 TTGTATTTGGTGATATTGGAACTAGTCCATTGTATACCTTCACTGTCATGTTCAGAAGAT 424
Query 510 CTCCAATTAACGACAAAGAAGATATTATTGGAGCCTTGTCATTGGTTATATACACTTTAA 569
|||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 CTCCGATTAACGACAAAGACGATATTATTGGGGCCTTGTCATTGGTTATATACACTTTAA 484
Query 570 TATTGATTCCTCTTGTAAAGTATGTACATTTTGTTCTTTGGGCCAATGACGATGGCGAAG 629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 485 TATTGATTCCTCTTGTAAAGTATGTACATTTTGTTCTTTGGGCCAATGACGACGGTGAAG 544
Query 630 GTGGGACGTTTGCTTTGTATTCGTTGATCTGCCGGCATGCAAATGTTAGCCTTATCCCAA 689
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 GTGGTACGTTTGCTTTGTATTCTTTGATCTGCCGGCACGCAAATGTTAGCCTTATCCCAA 604
Query 690 ATCAACTTCCATCAGATGCTCGCATATCAGGCTTTGGTTTGAAGGTTCCGTCTCCAGAAC 749
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 605 ATCAACTTCCATCAGATGCTCGTATATCAGGCTTTGGTTTGAAGGTTCCATCTCCAGAAC 664
Query 750 TTGAAAGATCATTGATAATTAAAGAAAGACTTGAGGCGTCAATGGCCTTGAAAAAGCTTC 809
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TTGAAAGATCCTTGATAATTAAAGAAAGACTTGAGGCGTCAATGGCCTTGAAAAAGCTTC 724
Query 810 TTCTGATTTTAGTTCTTGCCGGCACTGCTATGGTGATTGCTGATGCTGTTGTTACGCCAG 869
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TTCTTATTTTAGTTCTTGCCGGCACTGCTATGGTCATTGCTGATGCTGTTGTTACGCCAG 784
Query 870 CAATGTCAGTAATGTCTGCTATCGGTGGTCTGAAGGTTGGAGTTGGTGTTATAGAACAAG 929
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 CAATGTCAGTAATGTCTGCTATTGGTGGTCTGAAGGTTGGAGTTGGTGTTATAGAACAAG 844
Query 930 ATCAGGTGGTCGTGATATCAGTCAGCTTTCTTGTGATCTTGTTCAGTGTACAAAAATATG 989
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 845 ATCAGGTGGTCGTGATATCAATCAGCTTTCTTGTGATCTTGTTCAGTGTACAAAAATATG 904
Query 990 GAACCAGCAAATTGGGGCTTGTTTTGGGTCCTGCTTTACTTCTGTGGtttttttGTCTAG 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 GAACCAGCAAATTGGGGCTTGTTTTGGGTCCTGCTTTACTTCTGTGGTTTTTTTGTCTAG 964
Query 1050 CGGGCATTGGAATTTACAACCTCGTAAAATATGACAGCAGCGTTTTTAAAGCGTTCAATC 1109
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 965 CGGGCATTGGAATTTACAACCTTGTTAAATATGACAGCAGCGTTTTTAAAGCATTCAATC 1024
Query 1110 CTGCATATATCTATTTCTTTTTCAAGAGAAACTCTGTAAATGCTTGGTATGCACTTGGGG 1169
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1025 CTGCATATATCTATTTCTTTTTCAAGAGAAACCCTGTAAATGCATGGTATGCGCTTGGGG 1084
Query 1170 GTTGCGTTTTATGTGCAACTGGATCGGAGGCCATGTTTGCAGATCTTAGCTATTTCTCTG 1229
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1085 GTTGCGTTCTATGTGCAACTGGATCGGAGGCCATGTTTGCAGATCTTAGCTATTTTTCTG 1144
Query 1230 TTCACTCTATCCAGCTTACTTTTATCCTTCTGGTGTTACCTTGCCTCTTGCTGGGTTATT 1289
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1145 TTCACTCTGTCCAGCTTACTTTTACCCTTCTGGTGTTACCTTGCCTCTTGCTGGGTTATT 1204
Query 1290 TGGGTCAAGCCGCATACCTCTCTGAAAACTTCAGCGCTGCCGGGGATGCTTTCTTTTCGT 1349
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1205 TGGGTCAAGCCGCATACCTTTCTGAAAATTTCAGCGATGCTGGGGATGCTTTCTTTTCGT 1264
Query 1350 CAGTTCCAAGTTCTTTGTTCTGGCCAGTCTTTCTCATTTCTAATGTTGCTGCTTTAATTG 1409
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1265 CAGTTCCAAGTTCTTTATTCTGGCCAGTCTTTCTCATTTCTAATATTGCTGCTTTAATTG 1324
Query 1410 CCAGTCGTGCAATGACAACAGCCACATTTACATGCATCAAACAGTCAATAGCACTAGGCT 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1325 CCAGTCGTGCAATGACAACAGCCACATTTACATGCATCAAACAGTCAATAGCACTAGGCT 1384
Query 1470 GTTTCCCACGTCTTAAAATCATTCACACCTCAAAGAAATTCATTGGACAGATTTATATAC 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1385 GTTTCCCACGTCTTAAAATCATTCACACCTCAAAGAAATTCATTGGACAGATTTACATAC 1444
Query 1530 CGGTTCTTAACTGGTCCCTTCTGGTGGTGTGTCTGATCGTTGTCTGCTCTACCTCAAATA 1589
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1445 CGGTTCTTAACTGGTCCCTGCTGGTGGTGTGTCTGATCGTTGTCTGCTCTACTTCAAACA 1504
Query 1590 TCTTCGCGATTGGAAACGCTTATGGCATCGCAGAGCTGGGAATTATGATGACTACAACAA 1649
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1505 TCTTTGCGATTGGAAACGCATATGGCATCGCAGAGCTGGGAATTATGATGACTACAACCA 1564
Query 1650 TTTTGGTGACCCTTATCATGCTTCTTATCTGGCAGACGAACATCATAGTTGTGAGCATGT 1709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1565 TTTTGGTGACCCTTATCATGCTTCTTATCTGGCAGACGAACATCATAGTTGTGAGCATGT 1624
Query 1710 TTGCAATTGTTTCCCTGATAGTCGAACTGGTTTTCTTCTCATCCGTTTGTTCAAGTGTGG 1769
||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1625 TTGCATTTGTTTCGCTGGTCGTCGAACTGATTTTCTTCTCATCAGTTTGTGCAAGTGTGG 1684
Query 1770 CTGATGGAAGTTGGATAATCTTGGTTTTTGCTACAATTATGTTTCTCATAATGTTTGTTT 1829
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1685 CTGATGGAAGTTGGATAATCCTGGTTTTTGCTACAATTATGTTTCTCATAATGTTCGTTT 1744
Query 1830 GGAACTACGGGAGTAAACTGAAGTATGAAACTGAAGTCCAGAAAAAGCTACCAATGGACC 1889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 GGAACTACGGGAGTAAACTGAAGTATGAAACTGAAGTCCAGAAAAAGCTACCAATGGACC 1804
Query 1890 TACTACGAGAACTGGGCAGTAACCTTGGGACAATTAGAGCACCCGGTATTGGTCTACTTT 1949
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1805 TACTACGAGAACTGGGCAGTAACCTTGGGACGATTAGAGCACCCGGTATTGGTCTGCTTT 1864
Query 1950 ATAATGAGCTAGCTAAAGGAGTTCCGGCAATATTTGGTCATTTTCTAACCACCCTTCCTG 2009
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 ATAATGAGCTAGCTAAAGGAGTTCCGGCAATTTTTGGTCATTTTCTAACCACCCTTCCTG 1924
Query 2010 CAATCCATTCCATGGTTATCTTCGTGTGTATAAAGTATGTCCCTGTTCCAAGTGTGCCTC 2069
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1925 CAATCCATTCCATGGTTATCTTTGTGTGTATAAAGTATGTCCCTGTTCCAACTGTGCCTC 1984
Query 2070 AGACCGAGAGATTTCTTTTCAGACGTGTATGCCCAAGAAGCTATCATTTATTCCGCTGTG 2129
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1985 AGACCGAGAGATTTCTTTTCAGACGTGTCTGCCCAAGAAGCTATCATTTATTCCGTTGTG 2044
Query 2130 TAGCCAGGTATGGATACAAAGATGTGCGGAAGGAAAGTCACCAGGCGTTTGAGCAGATAC 2189
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 TAGCCAGGTATGGGTACAGAGATGTGCGGAAGGAAAATCACCAGGCGTTTGAGCAGATAC 2104
Query 2190 TGATTGAGAGTCTAGAAAAATTTATACGTAAGGAAGCACAGGAGCGTGCACTTGAGAGTG 2249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TGATTGAGAGTCTAGAAAAATTTATACGTAAGGAAGCGCAGGAGCGTGCACTTGAGAGTG 2164
Query 2250 ACGGAGACCATAATGATACAGATTCTGAGGATGATACGACTCTGTCCAGAGTTCTGATAG 2309
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 ACGGAGACCATAATGATACAGATTCCGAGGATGATACGACTCTGTCCAGAGTTCTGATAG 2224
Query 2310 CACCCAATGGAAGTGTGTATTCACTTGGAGTGCCTCTCTTAGCTGAGCACATGAATTCGT 2369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2225 CACCCAATGGAAGTGTGTATTCACTTGGAGTGCCTCTCTTAGCTGAGCACATGGATTTAT 2284
Query 2370 CAAACAAGCGACCCATGGAGAGAAGAAAGGCCAGCATAGATTTTGGGGCAGGTCCTTCAT 2429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 CAAACAAGCGACCCATGGAGAGAAGAAAGGCCAGCATAGATTTTGGGGCAGGTCCTTCAA 2344
Query 2430 CGGCGTTGGATGTGGAGCAGAGTCTAGAAAAAGAATTGTCGTTTATACACAAAGCGAAAG 2489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 CGGCGTTGGATGTGGAGCAGAGTCTAGAAAAAGAATTGTCGTTTATACACAAAGCGAAAG 2404
Query 2490 AGTCAGGGGTGGTGTATCTACTGGGACATGGGGACATAAGGGCTACTAAGGATTCTTGGT 2549
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2405 AGTCAGGGGTGGTGTACCTACTGGGACATGGGGACATAAGAGCTACTAAGGATTCTTGGT 2464
Query 2550 TTCTGAAGAAGCTGGTAATAAATTACTTGTATGCTTTCTTGAGGAAGAACTCCAGGAGAG 2609
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 TTCTGAAGAAGCTGGTAATAAATTACATGTATGCTTTCTTGAGGAAGAACTCCAGGAGAG 2524
Query 2610 GGATAACAAACCTAAGCGTTCCGCATACACATTTGATGCAAGTTGGAATGACTTATATGG 2669
|||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 GGATAACAAACCTAAGTGTTCCGCATTCGCATTTGATGCAAGTTGGAATGACTTATATGG 2584
Query 2670 TATGAACAAGACCCCGATCAAACTA 2694
|||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2585 TATGAAGAAGACCC-GATCAAACTA 2608
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111223515400
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5