BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33630.1
Length=2516
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944563 jgi|Araly1|944563|scaffold_700792.1 3354 0.0
> Ahg944563 jgi|Araly1|944563|scaffold_700792.1
Length=2083
Score = 3354 bits (1816), Expect = 0.0
Identities = 2005/2092 (96%), Gaps = 29/2092 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 47 TCTCTCCGGCGATGCCTTCCTTATCCACCCCGCCGTCCCAAAATCTCGCCTTCTCCCCTG 106
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 10 TCTCTCCGGCGATGCCTTCCTTATCCACGCCGCCCTCCCAAAATCTCGCCTTCTCCCCCG 69
Query 107 CCGCTTCTGCCACGTCATCCAGACTCACTCCCTCCTCCAAAAGATCTTTTTACCCTCATC 166
| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 70 CAGCCTCTGCCACGTCATCCAGACTCACT--C-CCTCCAAAAGACCTTTTTACCCTCATC 126
Query 167 GTCTCCCCGATCCCACCGCTCTCTGTCGCTG---CTCCTCCTCCTCCGGCAGCAATTCTT 223
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 127 GTCTCCCCGATCCCACCGCTCTCTGCCGCTGCTCCTCCTCCTCCTCCGGCAGCAATTCGT 186
Query 224 CCTCTTCCTCTTCCTCCGATGATAACCCTAGATGGGACTCTGCGATTCAGGATGTTCTCA 283
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 187 CTTCTTCCTCGTCCTCCGATGATAACCCTAGATGGGACTCCGCGATTCAGGATGTCCTCA 246
Query 284 AGAGCGCCATCAAACGCTTCGATTCGGTTTTGAGCTGGT--ACG-CTACTCTGGATAACG 340
|| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 247 AGGGCGCCATCAAAAGCTTCGATTCTGTCTTGAGCTGGTACACGACGACTCTGGATAAC- 305
Query 341 ATGATGGTGAGCAAGGATCGGAGAATGTCGAGAAGATTGATGATGATTGGGATTGGGACC 400
|| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 --GA---T--GC-TGGA---GAGAATGTCGAGAAGATTGATGATGATTGGGATTGGGACC 354
Query 401 GTTGGAAGAAGCATTTCGATCAAGTTGATGACCAAGACCGTCTTCTCTCCGTCTTAAAGT 460
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GATGGAAGAAGCATTTCGAACAAGTTGATGACCAAGACCGTCTTCTCTCCGTCTTAAAGT 414
Query 461 CGCAATTGAATCGAGCCATTAAACGAGAAGACTATGAAGATGCTGCGAGGCTAAAGGTGG 520
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 415 CGCAATTGAATCGAGCCATTAAACGAGAAGACTATGAAGATGCTGCGAGGCTTAAGGTGG 474
Query 521 CAATTGCAGCTACTGCTACTAATGATGCTGTTGGCAAAGTCATGTCCACTTTTTATAGAG 580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 CAATTGCAGCTACTGCTACTAATGATGCTGTTGGCAAAGTCATGTCCACTTTTTATAGAG 534
Query 581 CTCTTCTAGAAGAGCGTTACAAGGATGCAGTATACTTGCGAGACAAAGCTGGTGCTGGGT 640
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CTGTTCTAGAAGAGCGTTACAAGGATGCGGTATACTTGCGAGACAAAGCTGGTGCTGGGT 594
Query 641 TGGTAGGGTGGTGGTCTGGTATTTCGGAAGATGTCAAAGATCCGTTTGGTCTTATTGTTC 700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 595 TGGTAGGGTGGTGGTCTGGTATTTCGGAAGATGTCAAAGATCCTTTTGGTCTTATTGTTC 654
Query 701 AAATTACTGCAGAGCATGGAAGATATGTGGCAAGAAGTTATAATCCTCGGCAACTTAGTA 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AAATTACTGCAGAGCATGGAAGATATGTGGCAAGAAGTTATAATCCTCGGCAACTTAGTA 714
Query 761 CATCTGCTGCTGGTGCTCCTCTTTTTGAAATCTTTCTGACACTTGATGGGAAAGGGAACT 820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 715 CATCTGCTGCTGGTGCTCCTCTTTTTGAAATCTTTCTGACACTTGATGGAAAAGGGAACT 774
Query 821 ACAAAAAGCAGGCTGTGTACTTAAAATGGAAGGAGATTTTTCCAGACGTACCAACTATGC 880
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 775 ACAAAAAGCAGGCTGTGTACTTAAAATGGAAGGAGATTTTCCCAGACGTACCTACTATGC 834
Query 881 CCTCCAGAACTTTGACTCCTGGTAGGTTTTTGACTTCACCTGGAAGGAAGGAAGATACTG 940
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 835 CCTCCAGAACTTTGACTTCTGGTAGGTTTTTGACTTCACCTGGAAGGAAGGAAGATACGG 894
Query 941 GTAATCTTGCAGTTGAGAGTAGTGAAGATGAAGAGAGTGATAACTCAGATGATGATTCTG 1000
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 GTAATCTTACTGTTGAGAGTAGTGAAGATGAAGAGAGCGATAACTCAGATGATGATTCTG 954
Query 1001 ATCTCCTTGAGGAATCTTCTGGTTTCCAGAGTTTCCTGCGAGATATGATTCCCGGGGTCA 1060
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 955 ATCTTCTTGAGGAATCTTCTGGTTTCCAGAGTTTCCTGCGAGATATGATTCCTGGGGTCA 1014
Query 1061 AGGTTAAGGTTATGAAAGTAACTGCGCCTGGAAGGGTGGATAAGGATTTCATCTCAAAAG 1120
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AGGTCAAGGTTATGAAAGTAACTGCGCCTGGAAGGGTGGACAAGGATTTCATCTCAAAAG 1074
Query 1121 TTATTGAGCAGATAGCTGATGAAGAAGATGAAGAGAACGATCTTGATATAGAAGATATAG 1180
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 TTATTGAGCAGATAGCTGATGAAGAAGACGAAGAGAACGATCTTGATATAGAAGATATAG 1134
Query 1181 ATGTGGAAGATGACACTAAGGCTGAAATCGATGaaaaaaaTGCTGACATTGAATTGGAAT 1240
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 ATGTGGAAGATGAAACTAAGGCTGAAATCGATGAAAAAAATGCTGACATTGAATTGGAAT 1194
Query 1241 CTGTGACGGATGAAATCATTGACAACAACGGAGGAAGGGAAATCGCAGTGAAATTTGTGA 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CTGTGACGGATGAAATCATTGACAACAACGGAGGAAGAGAAATCGCAGTGAAATTTGTGA 1254
Query 1301 TAGGCGATATTGTTGATCGACTTTCTGGAAACCAACCTCTTAAAGAGTCACTTCGATCCC 1360
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 TAGGCGATATTGTTGATCGGCTTTCTGGAAACCAACCTATTAAAGAGTCACTTCGATCCC 1314
Query 1361 CTGCCAATCTGGAATCTGTGGAGAATTCTTCGTTTTATCTTCGGTTAGAGAAAGATTTAA 1420
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CTGCCAACCTGGAATCTGTGGAGAATTCTTCGTTTTATCTTCGGTTAGAGAAAGATTTAA 1374
Query 1421 ACGTTAAAGAGTCTAAGGGTGTAGAAGGTACTACACTAGTTGATGGGAAAGGTAGCCGCC 1480
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1375 ACGTAAAAGAGTCTAAGGGTGTAGAAGG---TACACTAGTTGATGGAAAAGGTAGCCGCC 1431
Query 1481 AGAGTAGACGTAGGATTGAAAACATTATGGGTGATTTGGCCAAATCAATTGAGAAAGAGA 1540
| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 AAAGTAGACGCAGGATTGATAACATTATGGTTGATTTGGCCAAATCAATTGAGAAAGAGA 1491
Query 1541 AGAAGATTTCTGTCAAGATGCTTAAGGATGTTGGGGAGCTATTAAGCCTCACTCTCAGCC 1600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 AGAAGATTTCTGTCAAGATGCTTAAGGATGTTGGGGAGCTATTAAGCCTCACTCTCAGCC 1551
Query 1601 AGGCTCAAAACCGTCAACAGCTGTCGGGTTTGACAAAATTTCGTCGCATTGATGTGACAC 1660
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 AGGCTCAAAACCGTCAACAGTTGTCGGGTTTGACGAAATTTCGTCGCATTGATGTGACAC 1611
Query 1661 CATCACTAGATCCCCTAGACGGACTTTATATTGGCGCACATGGGCTATATACATCAGAAG 1720
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1612 CATCGCTAGATCCCCTAGACGGACTTTATATTGGCGCACATGGGCTGTATACATCAGAAG 1671
Query 1721 TAATCCATTTAAAACGCAAATTTGGCCAGTGGAAAGGTGGAAAGGAGTCTAAGAAGCCAA 1780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 TAATCCATTTAAAACGCAAATTTGGCCAGTGGAAAGGTGGAAAGGAGTCTAAGAAGCCAA 1731
Query 1781 CAGATATCGAATTTTATGAATATGTTGAAGCTGTGAAATTAACTGGAGATCCGTATGTGC 1840
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1732 CAGATATTGAATTTTATGAATATGTTGAAGCTGTGAAATTAACTGGAGATCCTTATGTGC 1791
Query 1841 CTGCTGGGAAGGTTGCATTTCGGGCAAAGATTGGTAGACGTTATGAGCTCCCACATAAAG 1900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 CTGCTGGGAAGGTTGCATTTCGGGCAAAGATTGGTAGACGTTATGAGCTCCCACATAAAG 1851
Query 1901 GACTCATCCCCGAAGAATTTGGAGTGATTGCCAGATATAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTG 1960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GACTCATCCCCGAAGAATTTGGAGTGATTGCCAGATATAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTG 1911
Query 1961 ATCCTGGATTTCGTAATCCGAGATGGGTAGATGGCGAGCTTGTTATCCTCGATGGCAAGT 2020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 ATCCTGGATTTCGTAATCCGAGATGGGTAGATGGCGAGCTTGTTATCCTCGATGGCAAGT 1971
Query 2021 ATGTAAAAGGAGGACCTGTAGTTGGATTCGTCTATTGGGCACCTGAATATCACTTTGTGA 2080
|||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 ATGTAAAAGGAGGACCAGTCGTTGGATTCGTGTATTGGGCACCTGAATATCACTTTGTGA 2031
Query 2081 TGTTCTTCAACCGCCTGAGGCTTCAAGCCTAGTT-----GTATTCTGCTCTA 2127
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2032 TGTTCTTCAACCGCCTGAGGCTTCAAGACTAGTTTTCTTGTATTCTGCTCTA 2083
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94844710050
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5