BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33680.1
Length=1595
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491312 jgi|Araly1|491312|fgenesh2_kg.7__745__AT4G33680.1 2601 0.0
> Ahg491312 jgi|Araly1|491312|fgenesh2_kg.7__745__AT4G33680.1
Length=1493
Score = 2601 bits (1408), Expect = 0.0
Identities = 1465/1493 (98%), Gaps = 1/1493 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 51 GGAAAAATGTCGTCGACCCATCAGTTAGTTTCTTCGATGATCTCTTCTTCCTCATCCACT 110
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 GGAAAAATGTCGTCAACCCATCAGTTAGTTTCTTCGATGATCTCTTCTTCCTCATCTACT 60
Query 111 TTCTTAGCCCCTTCAAATTTTAATCTCAGAACTCGAAATGCTTGCTTACCCATGGCAAAA 170
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 TTCCTAGCCCCTTCAAATTTCAATCTCAGAACTCGAAATGCTTGCTTACCTATGGCAAAA 120
Query 171 CGGGTCAATACTTGCAAATGTGTTGCTACGCCGCAAGAGAAGATCGAGTATAAGACCAAA 230
| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 121 CCGGTCAATACTTGCAAATGCGTTGCAACGCCGCAAGAGAAGATTGAGTATAAGACGAAG 180
Query 231 GTGTCACGGAATTCAAACATGTCCAAACTTCAGGCTGGATACCTATTCCCGGAGATTGCA 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTGTCACGGAATTCAAACATGTCCAAACTTCAGGCTGGATACCTATTCCCGGAGATTGCA 240
Query 291 AGAAGAAGGTCTGCACACTTGTTGAAATATCCAGATGCACAAGTTATAAGTCTTGGAATA 350
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGACGAAGGTCTGCACACTTGTTGAAATATCCAGATGCACAAGTTATAAGTCTTGGAATA 300
Query 351 GGCGACACAACTGAGCCAATTCCTGAAGTGATCACTTCTGCTATGGCAAAGAAAGCTCAT 410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGCGACACAACTGAGCCAATTCCTGAAGTGATCACTTCTGCTATGGCAAAGAAAGCTCAT 360
Query 411 GAGTTGTCAACAATAGAGGGATATAGTGGTTATGGTGCTGAACAAGGTGCAAAGCCACTG 470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGTTGTCAACAATAGAGGGATATAGTGGTTATGGTGCTGAACAAGGTGCAAAGCCACTG 420
Query 471 AGAGCTGCTATTGCGAAAACATTCTACGGTGGCCTTGGCATAGGGGATGATGACGTTTTT 530
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGAGCTGCTATTGCGAACACATTCTACAGTGGCCTTGGCATAGGGGATGATGACGTTTTT 480
Query 531 GTTTCTGATGGAGCTAAATGTGATATCTCACGTCTCCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGTT 590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTTCTGATGGAGCTAAATGTGATATCTCACGTCTCCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGTT 540
Query 591 ACAATTGCTGTTCAGGATCCTTCATATCCGGCTTATGTGGACTCCAGTGTTATTATGGGT 650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAATTGCTGTTCAGGATCCTTCATATCCGGCTTATGTCGACTCCAGTGTTATTATGGGT 600
Query 651 CAGACTGGGCAATTTAACACTGATGTGCAAAAGTATGGAAACATCGAGTACATGAGATGC 710
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAGACTGGGCAATTTAACACTGATTTGCAAAAGTATGGAAACATCGAGTACATGAGATGC 660
Query 711 ACTCCAGAGAATGGCTTCTTTCCCGACTTGTCCACCGTTGGCAGGACAGATATAATTTTC 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACTCCAGAGAATGGCTTCTTTCCCGACTTGTCCACTGTTGGCAGGACAGATATAATTTTC 720
Query 771 TTCTGTTCCCCAAATAACCCTACGGGTGCTGCTGCCACGAGAGAGCAACTAACGCAGTTA 830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 721 TTCTGTTCCCCAAATAACCCTACGGGTGCTGCTGCCACGAGAGAGCAACTAAAGCAGTTA 780
Query 831 GTTGAGTTTGCAAAGAAGAACGGTTCTATAATAGTGTATGATTCCGCCTATGCAATGTAC 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTTGAGTTTGCAAAGAAGAACGGTTCTATAATAGTGTATGATTCCGCCTATGCAATGTAC 840
Query 891 ATGTCTGATGATAACCCACGATCCATCTTCGAAATCCCTGGAGCAGAGGAGGTCGCTATG 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATGTCTGATGATAACCCACGATCCATCTTCGAAATCCCTGGAGCAGAGGAGGTCGCTATG 900
Query 951 GAGACAGCTTCGTTCAGCAAATATGCTGGTTTCACTGGAGTTCGACTTGGTTGGACTGTC 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAGACAGCTTCGTTCAGCAAATATGCTGGTTTCACTGGAGTTCGACTTGGTTGGACTGTC 960
Query 1011 ATCCCGAAAAAGCTACTCTATTCAGACGGTTTCCCTGTTGCCAAAGACTTCAATCGGATT 1070
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATCCCGAAACAGCTACTCTATTCAGACGGTTTCCCTGTTGCCAAAGACTTCAATCGGATT 1020
Query 1071 ATCTGCACTTGTTTCAATGGTGCATCTAATATCTCTCAAGCTGGTGCTCTTGCTTGCCTT 1130
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATCTGCACTTGTTTCAATGGTGCATCTAATCTCTCACAAGCTGGTGCTCTTGCTTGCCTT 1080
Query 1131 ACACCCGAAGGACTTGAGGCAATGCATAAGGTGATTGGATTCTATAAAGAAAACACAAAC 1190
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACACCTGAAGGACTTGAGGCAATGCACAAGGTGATTGGATTCTATAAAGAAAACACAAAC 1140
Query 1191 ATAATCATTGACACATTCACATCTCTCGGGTATGATGTATATGGAGGAAAGAATGCGCCT 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATAATCATTGACACATTCACATCTCTCGGGTATGATGTATATGGAGGAAAGAATGCGCCT 1200
Query 1251 TACGTATGGGTTCACTTCCCGAACCAAAGCTCATGGGATGTGTTTGCTGAGATTCTGGAG 1310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TACGTATGGGTTCACTTCCCGAACCAAAGCTCATGGGATGTGTTTGCTGAGATTCTGGAG 1260
Query 1311 AAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGAAGTGGGTTTGGACCAGGGGGTGAAGGGTTCGTT 1370
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1261 AAGACTCATGTGGTTACAACTCCAGGAAGTGGGTTTGGACCAGGTGGTGAAGGGTTCGTC 1320
Query 1371 CGTGTCAGTGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTAGAGGCATGTCGAAGATTCAAGCAG 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CGTGTCAGTGCCTTTGGTCACAGAGAGAACATCTTAGAGGCATGTCGAAGATTCAAGCAG 1380
Query 1431 CTTTACAAATGAAGAACCTTGTTT-GTAATCGTTCCTCATCATCATCACCCTCTTTAATG 1489
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 CTTTACAAATGAAGAACCTTGTTTTGTAATCGTTCCTCATCATCATCACCCTCTTTTATG 1440
Query 1490 ACATGATTTGAGTTAAAATAATGTCGTTTCCATTGTTTTCTGGAATTTGTAGA 1542
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACATGATTTGAGTTAAAATAATGTCGTCTCCATTGTTTTCTGGAATTTGTAGA 1493
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59763594405
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5