BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33760.1
Length=2145
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491303 jgi|Araly1|491303|fgenesh2_kg.7__736__AT4G33760.1 3679 0.0
> Ahg491303 jgi|Araly1|491303|fgenesh2_kg.7__736__AT4G33760.1
Length=2142
Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0
Identities = 2093/2143 (98%), Gaps = 1/2143 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 CCCAACAATGTCTCTCCTCCTACGAACTTTGCCTCTCCGACCTACTCGTTTCCTCTCCGC 62
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 CCCAACAATGTCTCTCCTCCTGCGAACTTTGCCTCTCCGACCTGCTCGTTTCCTCTCCGC 60
Query 63 CACAGCCATATCCATCTCTAACGCTACTAATTTCTTCGTCGTACCCAAACGGACAAACCC 122
||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 61 CACCGCCATATCCGCCTCTAACGCTGCTAATTTCTTCTTCGTACCCAAATGGAGAAACCC 120
Query 123 ACTTCCCGGAACTCGAAGAACCTTCTCCAGTTCCCCTGTTGCAGCTGCCTCCGGCGATGT 182
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACTTCCTGGAACCCGAAGAACCTTCTCCAGCTCCCCTGTTGCAGCTGCCTCCGGCGATGT 180
Query 183 AGTAGTGAAGCCGGTTCCATCTCCTCCGTCGGTTCTCCGGTGGGTGTCACGGACAGAGCT 242
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 AGTAGTGAAGCCGGTTCCGTCTCCTCCGTCGGTTCTTCGGTGGGTGTCACGCACAGAGCT 240
Query 243 ATGCGGCGAGTTATCAGTCAATGATGTTGGTAAAAGAGTCCACCTTTGCGGATGGGTCGC 302
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATGCGGGGAGTTATCAGTCGATGATGTTGGTAAAAGGGTCCACCTTTGCGGATGGGTCGC 300
Query 303 CCTTCACCGAGTTCATGGTGGCCTCACTTTCCTTAATCTTAGAGATCATACCGGCATTGT 362
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCTTCACCGAGTCCATGGTGGCCTCACTTTCCTTAATCTTAGAGATCATACCGGCATTGT 360
Query 363 CCAGGTTAGGACGCTTCCGGATGAGTTTCCTGAGGCACATGGCTTGATCAATGACATGAG 422
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCAGGTGAGGACGCTTCCGGATGAGTTTCCTGAGGCACATGGCTTGATCAATGACATGAG 420
Query 423 GCTTGAGTACGTTGTTTTGGTGGAAGGTACTGTGCGTAGTAGGCCAAATGAGTCCGTCAA 482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GCTTGAGTACGTTGTTTTGGTGGAAGGTACTGTGCGTAGTAGGCCAAATGAGTCCGTCAA 480
Query 483 CAAGAAAATGAAAACGGGATTCGTCGAGGTAGTTGCAGAGCATGTTGAAATATTGAATCC 542
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 481 CAAGAAAATGAAAACAGGATTCGTCGAGGTAGTTGCAGAGCATGTCGAAATATTGAATCC 540
Query 543 TGTGAGGACAAAGCTTCCCTTCTTAGTTACTACTGCAGACGAGAACAAAGATTTGATTAA 602
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 541 TGTGAGGACAAAACTTCCCTTCTTAGTTACTACTGCAGACGAGAACAAGGATTTGATTAA 600
Query 603 AGAAGAAATTCGCTTAAGATTTCGATGTCTTGATCTGCGCCGTCAGCAAATGAAGAATAA 662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AGAAGAAATTCGCTTAAGATTTCGATGTCTTGATCTACGCCGTCAGCAAATGAAGAATAA 660
Query 663 TATAGTTCTTCGCCATAATGTGGTGAAGCTGATTAGGAGATACCTAGAAGACAGACATGG 722
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TATAGTGCTTCGCCATAATGTGGTGAAGCTGATTAGGAGATACCTAGAAGACAGACATGG 720
Query 723 TTTTATTGAGATTGAAACTCCAATACTCTCTAGATCTACTCCAGAAGGCGCGCGAGATTA 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTTATTGAGATTGAAACTCCAATACTCTCTAGATCTACTCCAGAAGGCGCGCGAGATTA 780
Query 783 TCTGGTTCCGTCAAGAATTCAGTCAGGAACATTCTATGCTTTGCCACAAAGTCCACAGCT 842
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TCTGGTTCCCTCAAGAATTCAGTCAGGAACATTCTATGCTTTGCCACAAAGTCCACAGCT 840
Query 843 CTTCAAGCAGATGTTAATGGTCTCTGGTTTTGACAAATATTACCAGATAGCCAGATGTTT 902
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 841 TTTCAAACAGATGTTAATGGTCTCTGGTTTTGACAAATATTACCAGATAGCAAGATGTTT 900
Query 903 TAGAGATGAAGATCTAAGAGCTGATAGGCAGCCTGAATTTACTCAGCTTGATATGGAAAT 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TAGAGATGAAGATCTAAGAGCTGATAGGCAGCCTGAATTCACTCAGCTTGATATGGAAAT 960
Query 963 GGCTTTCATGCCTATGGAGGACATGCTGAAGCTGAATGAAGATCTTATCCGTAAGGTGTT 1022
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 961 GGCTTTCATGCCTATGGAAGACATGCTGAAGCTGAATGAAGATCTTATTCGTAAGGTCTT 1020
Query 1023 TTCAGAGATCAAAGGTATCCAGCTACCTGATCCATTCCCAAGGCTTACATATGCTGATGC 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTCAGAGATCAAAGGTATCCAGCTACCTGATCCATTCCCAAGGCTTACATATGCTGATGC 1080
Query 1083 AATGGATCGTTATGGATCCGATAGACCTGATACAAGATTTGATCTCGAGTTGAAAGATGT 1142
||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AATGGATCGATATGGCTCAGATAGACCAGATACAAGATTTGATCTCGAGTTGAAAGATGT 1140
Query 1143 TTCAAACGTTTTCACAGAATCGTCCTTCAGGGTTTTTACAGAGGCCCTTGAAAGTGGTGG 1202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCAAACGTTTTCACAGAATCGTCCTTCAGGGTTTTCACGGAGGCCCTTGAAAGTGGTGG 1200
Query 1203 AATCATTAAGGTATTGTGTGTGCCTTTGGGTGCTAAAAAGTATTCAAACTCAGCTCTCAA 1262
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AATCATTAAGGTATTATGTGTGCCTTTGGGTGCTAAAAAGTATTCAAACTCAGCTCTCAA 1260
Query 1263 AAAAGGAGATATTTACAATGAAGCAATGAAATCCGGAGCAAAGGGTCTGCCTTTCTTGAA 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAAAGGAGATATTTACAATGAAGCAATGAAATCCGGAGCAAAGGGTCTGCCTTTCTTGAA 1320
Query 1323 GGTCTTGGATAATGGCGAGATCGAGGGAATTGCAGCATTAGTTTCTAGTTTAGACTCAGC 1382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1321 GGTCTTGGATAATGGCGAGATCGAGGGAATTGCAGCATTAGTTTCTAGTTTAGATTCAGC 1380
Query 1383 AGGTAAAATAAACTTTGTGAAACAATGTGGAGCAGCACCTGGTGATCTTATATTATTTGG 1442
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AGGTAAAATCAACTTTGTGAAACAATGTGGAGCAGCACCTGGTGATCTTATATTATTTGG 1440
Query 1443 AGTGGGTCCTGTTACTTCGGTTAATAAAACCCTAGATAGGTTAAGACTCTTTGTAGCCCA 1502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 AGTGGGTCCTGTTACTTCGGTTAATAAAACCCTAGATAGGTTAAGACTCTTTGTAGCCCA 1500
Query 1503 TGACATGGATTTGATTGACCATTCCAAGCACTCAATTCTGTGGGTGACAGATTTCCCAAT 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGACATGGATTTGATTGACCATTCCAAGCACTCAATTCTGTGGGTGACAGATTTCCCAAT 1560
Query 1563 GTTCGAGTGGAATGAGCCAGAGCAGAGGCTTGAGGCATTACATCATCCATTCACAGCTCC 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GTTCGAGTGGAATGAGCCAGAGCAGAGGCTTGAGGCATTACATCATCCATTCACAGCTCC 1620
Query 1623 TAAGCCGGAAGATATGGATGACTTGCCTTCTGCACGAGCTCTAGCTTATGACATGGTCTA 1682
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1621 AAAGCCTGAAGATATGGATGACTTGCCTTCTGCACGAGCTCTCGCTTATGACATGGTCTA 1680
Query 1683 TAATGGGGTCGAGATTGGTGGAGGAAGTTTGAGGATATATAAGCGGGATGTTCAAGAAAA 1742
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1681 TAATGGGGTCGAGATTGGTGGAGGAAGTTTGAGGATATATAAGCGGGACGTTCAAGAAAA 1740
Query 1743 GGTTTTGGAGATCATTGGCATCTCACCTGAAGAGGCTGAATCAAAGTTTGGCTATCTTCT 1802
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1741 GGTTTTGGAGATCATTGGCATCTCACCTGAAGAGGCTGAATCAAAGTTTGGCTATCTCCT 1800
Query 1803 GGAGGCTCTTGACATGGGTGCTCCTCCTCATGGTGGAATTGCTTATGGATTGGATAGAAT 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGAGGCTCTTGACATGGGTGCTCCTCCTCATGGTGGAATTGCTTATGGATTGGATAGAAT 1860
Query 1863 GGTGATGATGCTGGGAGGTGCGAGTTCCATAAGAGATGTAATAGCCTTTCCAAAGACAAC 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GGTGATGATGCTGGGAGGTGCGAGTTCCATAAGAGATGTAATAGCCTTTCCAAAGACAAC 1920
Query 1923 CACAGCGCAATGTGCCCTAACAAGGACTCCCTCGGAAGTCGATCCAAAGCAGCTTCAAGA 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CACAGCGCAATGTGCCCTAACAAGGACTCCCTCGGAAGTCGATCCAAAGCAGCTTCAAGA 1980
Query 1983 TCTCTCCATCCGCACCAAATAATAGCTCTCAACACAAACAATTGTATCTTCTGTTTACTC 2042
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCTCTCCATCCGCACCAAATAATAGCTCTCAACACAAACAATTGTATCTTCTGTTTACTC 2040
Query 2043 TTAACATCATTGGTTATTGATTTTAAAGAAATTTGTTATCAATGTCACCTTTTTGAAACA 2102
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2041 TTAACATCATTGGTTATTGATTTTAAAGAAATTTGTTATCAATGTCAC-TTTTTGAAACA 2099
Query 2103 ATATTTGCAGAAGTGATTTGCAAAATTCCCACTTTTGACATAG 2145
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 ATATTTGCAGAAGTGATTTTCAAAATTCCCACTTTTGACATAG 2142
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80713229155
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5