BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G33990.1
Length=2472
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944515 jgi|Araly1|944515|scaffold_700744.1 3842 0.0
> Ahg944515 jgi|Araly1|944515|scaffold_700744.1
Length=2520
Score = 3842 bits (2080), Expect = 0.0
Identities = 2351/2482 (95%), Gaps = 17/2482 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAATTTGGAACCTTTTCACT-TCCCAGACAAATTCCAACCTGCAAAGGTGGGCGCTT 59
|||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 26 ATGAAATTTGGAACTTTTTCACTGT-TCAGACAAGTTCCGACCTGCAAAGGTGGACGCTT 84
Query 60 TACACGAGTTTTGCAATCTATCGGATCAGTTATTAGAGAATTTTCAGCATCTGCAAATGC 119
||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 85 TACACGAGTTTTGCAATCTGTCGGAGCAGTTGTTAGAGAATTCTCAGCATCTGCAAATGC 144
Query 120 TTTGCAAGACTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 179
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TTTGCAAGATTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 204
Query 180 TTTCAGATATTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTCCACGCACGTCTCGTTGTCTC 239
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 205 TTTCAGATACTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTTCACGCACGTCTCGTTGTCTC 264
Query 240 CAAAC-AAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTACCTTG 298
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 265 C-AACGCAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTATCTTG 323
Query 299 GCAATGTCGCATTGGCTAGGCACACGTTTGATCATATCCAGAACAGAGATGTATACGCTT 358
| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 324 GTAACGTCGCATTGGCTAGATATACGTTTGATCATATCCATAACAGAGATGTTTATGCTT 383
Query 359 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGAAATTCTTCAGAAGTGATTAGGTGTT 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 384 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGATATTCTTCAGAAGTTATTAGGTGTT 443
Query 419 TTAGTCTCTTTATGTTGAGTTCTGGACTTAC-ACCTGATTACAGGACTTTTCCTTCGGTT 477
||||||| || |||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 444 TTAGTCTATTCATGTTGAGTTCTGGACTT-CAACCGGATTACCGGACTTTTCCTTCGGTT 502
Query 478 TTGAAAGCTTGTAGGACTGTGATTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 537
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 TTGAAAGCTTGTAGGAATGTGACTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 562
Query 538 GGGTTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCCTCGTTGATTCATTTGTACTCTCGATATAAA 597
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| ||| |
Sbjct 563 GGATTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCTTCGTTGATCCATTTGTATTGTCGGTATGGA 622
Query 598 GCTGTGGGGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCT-GTAAGAGATATGGGTTCTTG 656
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 623 GCGGTGGTGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCTACT-CGAGATATGGGTTCTTG 681
Query 657 GAATGCAATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 716
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 GAATGCGATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 741
Query 717 TAATGGGTTGAGAGCTATGGATTCAGTTACCGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACTGA 776
| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 742 TGATGGATTGAGAGCTATGGATTCAGTTACTGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACGGA 801
Query 777 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACTATTCATTCATACTCGATAAAACATGGTCTGGA 836
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 802 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACGATTCATTCATACTCGATAAAACATGGACTGGA 861
Query 837 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGGCTTAG 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 862 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGCCTTAA 921
Query 897 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGATAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCGAT 956
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 922 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGACAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCTAT 981
Query 957 AATTAAGGCGTACGAGCTGAATGAGCAGCCGCTTAGAGCGATTTCGTTGTTTCAGGAGAT 1016
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 982 AATTAAGGCTTACGAGCTGAATGAGCAACCGCTTAGAGCGATTTTGTTGTTTCAGGAGAT 1041
Query 1017 GCGGTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1076
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 GCGTTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1101
Query 1077 ACAGTTAGGGGACATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1136
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 ACAGTTAGGGGAAATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1161
Query 1137 GTTCTTGGAAGATATTACCATCGGGAATGCTGTTGTGGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1196
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GTTCTTGGAAGATATTACCATTGGGAATGCTGTTGTTGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1221
Query 1197 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTTCCGAATACAGATGTTATTTCATGGAA 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||
Sbjct 1222 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTACCGAATAAAGATGTGATTTCGTGGAA 1281
Query 1257 TACCATAATCTCGGGTTATGCTCAAAACGGTTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1316
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TACCATAATATCTGGTTATGCTCAAAACGGCTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1341
Query 1317 CATAATGGAGGAAGAAGGTG-A-A-AT-AGCCGCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1372
|||||||||||||||||||| | | || || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CATAATGGAGGAAGAAGGTGGAGAGATTAGT-GCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1400
Query 1373 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCTGGAGCGTTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1432
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCCGGAGCATTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1460
Query 1433 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGTTACAAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGGAACCAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1520
Query 1493 AGTGTGGACGACTAGAGGATGCCCTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCTG 1552
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1521 AGTGTGGACGACTAGACGATGCACTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCGG 1580
Query 1553 TGCCATGGAACACCCTAATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1612
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TGCGATGGAACACCCTGATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1640
Query 1613 TGCTGTTCAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAGCCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1672
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 TGCTGTTTAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAACCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1700
Query 1673 TGTTATCGGCTTGTAGCCATTCTGGGTTAGTAGACGAGGGTCAATGGTGCTTTGAGATGA 1732
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1701 TGTTATCGGCTTTTAGCCATTCTGGGCTAGTAGACGAGGGTGAATGGTGTTTTGAGATGA 1760
Query 1733 TGCAAACGGATTATGGGATAACACCGAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATATGT 1792
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1761 TGCAAACGGATTATGGCATAACACCAAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATTTGT 1820
Query 1793 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAACCGCGTTGAAGTTTATAAAAAGTATGTCGCTTCAGC 1852
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1821 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAATCGCGTTGAACTTTATAAAAAGTATGCCGCTTCAGC 1880
Query 1853 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGCGCTTGTAGAGTCCATGGGAATGTTGATC 1912
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 1881 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGTGCTTGTAGAGTCCATGGAAACGTCGATC 1940
Query 1913 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCTGAGCATGTCGGGTATCATG 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1941 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCCGAGCATGTCGGGTATCACG 2000
Query 1973 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGTT 2032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2001 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGGT 2060
Query 2033 CAAT-AGCCCATGGCAAAGG-TTTGAGGAAGACACCGGGTTGGAGCTCAATGGAAGTAGA 2090
|||| | ||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2061 CAATCA-CCCGTGG-AAAGGGTTTGAGGAAAACACCGGGTTGGAGCTCGATGGAAGTAGA 2118
Query 2091 CAACAAAGTCGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2150
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 CAACAAAGTGGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2178
Query 2151 CAGAGAATTAACGGCATTACAAGCGAAACTGAAGATGATTGGGTATGTACCGGACCATAG 2210
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 CAGAGAATTAACTGCATTACACGAGAAACTGAAGATGGTTGGGTATGTACCGGACCATAG 2238
Query 2211 ATTTGTGTTGCAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2270
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 ATTTGTGTTACAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2298
Query 2271 AAGATTAGCTATTGCATTTGCACTTATCGCCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATTTT 2330
|||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2299 AAGATTGGCTATGGCATTTGCACTTATCACCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATATT 2358
Query 2331 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGCGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2390
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGTGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2418
Query 2391 TGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGAATGGAGTCTG 2450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2419 AGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGGATGGAGTCTG 2478
Query 2451 CTCTTGCGGTGATTACTGGTGA 2472
|||||| |||||||||||||||
Sbjct 2479 CTCTTGTGGTGATTACTGGTGA 2500
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93168739270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5