BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G34260.1
Length=2853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944481 jgi|Araly1|944481|scaffold_700710.1 4194 0.0
> Ahg944481 jgi|Araly1|944481|scaffold_700710.1
Length=2578
Score = 4194 bits (2271), Expect = 0.0
Identities = 2461/2554 (96%), Gaps = 7/2554 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 CAATGGCGGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCAGCTGTCTTCTGCTTCTTCTAACTA 160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 22 CAATGGCGGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCAGCTTTCTTCTGCTTCTTCTAAGTA 81
Query 161 TCATAATAACATGTGGAGAGGGAGTGAGGAATCCGGTGAGGCCAAGATCATCGGAGAGAA 220
|||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| |
Sbjct 82 TCATAACAACATGTGTCGATGGAGTGAGGGATCCGGTGAGG-C--GTTCATCGGAGAGGA 138
Query 221 GAGCATTGATGGACGGCCAAGATCTCTCGAGGCCATTGAAGCTGACATTTGGTGGGCCTT 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 GAGCATTGATGGACGGCCAAGATCTCTCGAGGCCATTGAAGCTGACATTTGGTGGGCCTT 198
Query 281 CTCGTAATTGGACTGACGCTATTCCCATCGGTAATGGCCGTCTCGGAGCCACGATCTGGG 340
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 199 CTCGGAATTGGACTGACGCTATTCCCATCGGAAATGGCCGTCTCGGAGCCACGATCTGGG 258
Query 341 GCGGCGTCTCCTCTGAGATTCTCAACATCAATGAGGACACAATTTGGACTGGAGTACCAG 400
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 259 GCGGCGTCTCCTCTGAGACTCTCAACATCAATGAGGACACAATTTGGACTGGAGTACCAG 318
Query 401 CAGACTACACGAACCAGAAGGCCCCTGAAGCATTAGCAGAAGTGAGGAGGCTTGTTGATG 460
|||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 319 CAGACTACACAAACCCGAATGCCCCGGAAGCATTAGCACAAGTAAGGAGGCTTGTTGATG 378
Query 461 A-AAGAAACTATGCTGAAGCTACTTCAGAAGCTGTCAAATTATCAGGCCAGCCTTCTGAT 519
| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 379 AGAA-AAATTATGCTGAAGCTACTTCAGAAGCTGTCAAATTATCAGGCCAACCTTCTGAT 437
Query 520 GTTTACCAGATTGTGGGAGATTTGAATTTAGAGTTTGACAGTTCGCATCGGAAGTACACT 579
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 438 GTTTACCAGCTAGTGGGAGATTTGAATTTAGAGTTTGACAGTTCACATCGTAAGTACACT 497
Query 580 CAAGCCTCTTATCGCCGTGAACTCGACTTGGAAACTGCTGTAGCTAAAGTAAGTTACTCG 639
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 498 CAAGCCTCTTATCGCCGTGAACTCGACTTGGAAACTGCAGTAGCTAAAGTAAGCTACTCA 557
Query 640 GTTGGGGCTGTGGACTTCTCAAGGGAGTTTTTCGCTTCTAATCCGGATCAAGTAATAATA 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 558 GTTGGGGCTGTGGACTTCTCAAGGGAGTTTTTCGCTTCTAATCCGGATCAAGTTATTGTA 617
Query 700 GCCAAGATCTATGCAAGCAAACCGGGATCAT-TGTCTTTTAAGGTGTCTTTTGACAGCGA 758
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 GCCAAGATCTATGCAAGCAAACCGGGATC-TCTGTCTTTTAAGGTGTCTTTTGACAGCGA 676
Query 759 GTTGCACCATCATTCAGAGACAAATCCCAAGGCTAATCAGATTTTGATGCGGGGAAGTTG 818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 677 GTTGCACCATCATTCAGAGACAAATCCCAAGGCTAATCAGATTTTGATGCGGGGAAGCTG 736
Query 819 TCGCCCCAAGCGACTTCCTGTGAACTTGAAGAAAAGTATCAACGCGACAAATATACCGTA 878
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 TCGCCCCAAGCGACTTCCTGTGAACTTAAAGAAAAGTATCAACGCGACAAATATACCGTA 796
Query 879 TGATGATCACAAAGGATTGCAGTTTGCTTCGATTCTTGAAGTGAGAGTCAGCAACGGTGG 938
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 797 TGATGACCACAAAGGATTGCAGTTTGCTTCGATTCTTGAAGTGAGAGTCAGTAATGGTGG 856
Query 939 CTCTGTGTCTTCCTTAGGTGGCAAGAAACTAAGTGTTGAAAAGGCAGACTGGGCGGTTCT 998
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 857 CTCTGTGTCTTCCTTAGGTGGCAAGAAACTAAGTGTTGAAAAAGCAGACTGGGCGGTTCT 916
Query 999 GCTTCTGGCGGCTTCATCTAACTTTGATGGGCCATTTACTATGCCTGTTGATTCTAAGAT 1058
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 917 GCTTCTGGCGGCTTCATCTAACTTTGACGGGCCATTTACTATGCCCGTTGATTCTAAGAG 976
Query 1059 AGACCCTGCAAAGGAATGCGTTAACAGAATCAGCTCAGTCCAGAAATACTCGTACTCTGA 1118
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 AGACCCTGCAAAGGAATGTGCTAACAGAATCAGCTCAGTCCAGAAATACTCGTACTCTGA 1036
Query 1119 TCTTTATGCTCGTCATTTGGGTGACTATCAGAAACTTTTCAACCGGGTCTCTTTACACCT 1178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1037 TCTTTATGCTCGTCATTTGGGTGACTATCAGAAACTTTTCAATCGGGTCTCTTTGCAACT 1096
Query 1179 TTCTGGAAGCTCAACAAATGAAACTGTGCAACAGGCAACTTCAACTGCTGAAAGGGTGCG 1238
||| || |||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 TTCCGGTAGCTCAGGAAATAAAACTGTGCAACAAGCTGCTTCAACTGCTGAAAGGGTGCG 1156
Query 1239 ATCATTTAAAACCGATCAAGACCCTTCATTGGTGGAACTTCTATTCCAATATGGTCGATA 1298
||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 ATCATTTAAAACCAATGAAGACCCTGCATTGGTGGAACTTCTATTCCAATATGGTCGATA 1216
Query 1299 CCTGCTTATATCTTCTTCAAGACCCGGGACTCAGGTGGCTAACTTGCAGGGTATATGGAA 1358
|||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1217 CCTGCTAATATCTTCCTCAAGACCCGGAACTCAGGTGGCTAACTTGCAGGGCATATGGAA 1276
Query 1359 CAGGGACATTCAGCCACCATGGGATGGTGCTCCTCACCTGAACATTAATCTGCAGATGAA 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1277 CAGGGACATTCAGCCACCATGGGATGGTGCTCCTCACCTGAACATTAATCTCCAGATGAA 1336
Query 1419 CTATTGGCATTCTCTTCCTGGTAATATCCGGGAATGTCAGGAACCATTGTTTGATTATAT 1478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1337 CTATTGGCATTCTCTTCCTGGTAATATCCGGGAATGCCAGGAACCGTTGTTCGATTATAT 1396
Query 1479 GTCTGCTTTAGCAATTAATGGCCGCAAGACAGCACAAGTGAACTACGGAGCAAGTGGTTG 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 GTCTGCTTTAGCAATTAATGGCCGCAAGACAGCACAAGTGAACTACGGAGCAAGTGGTTG 1456
Query 1539 GGTGGCACATCAAGTATCAGACATATGGGCAAAAACTTCACCAGATAGAGGTGAGGCAGT 1598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 GGTGGCACATCAAGTATCAGACATATGGGCAAAAACTTCACCAGATAGAGGTGAGGCAGT 1516
Query 1599 GTGGGCACTCTGGCCCATGGGTGGAGCTTGGCTCTGCACTCATGCATGGGAGCATTATAC 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 GTGGGCACTCTGGCCCATGGGTGGAGCTTGGCTCTGCACTCATGCATGGGAGCATTATAC 1576
Query 1659 ATACACAATGGACAAGGAATTTCTTAAAAAGAAAGGATATCCATTGTTGGAAGGATGTAC 1718
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 ATACACAATGGACAAGGAATTTCTTAAAAAGAAGGGATATCCATTGTTGGAAGGATGTAC 1636
Query 1719 GTCGTTTCTTTTGGACTGGCTGATCAAAGGTAAAGATGGATTTCTCCAGACCAATCCATC 1778
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 ATCGTTTCTTTTGGACTGGCTGATCAAAGATAAAGACGGATTTCTCCAGACCAATCCATC 1696
Query 1779 GACTTCCCCTGAGCATATGTTTACTGCTCCCATTGGCAAACCTGCTAGTGTTAGCTACTC 1838
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 GACTTCCCCTGAGCATATGTTTACTGCTCCCAATGGCAAACCTGCTAGTGTTAGCTACTC 1756
Query 1839 ATCAACCATGGACATTGCCATTATAAAGGAAGTCTTCGCTGATATCGTTTCAGCTTCAGA 1898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1757 ATCAACCATGGACATTGCCATTATAAAGGAAGTCTTTGCTGATATCGTTACCGCTTCAGA 1816
Query 1899 GATTTTGGGAAAAACAAATGATACTCTTATTGGAAAAGTCATTGCTGCTCAAGCAAAACT 1958
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 GATTTTGGGAAAAACAAATGATACTCTTCTTGGAAAAGTCATTGCTGCTCAAGCAAAACT 1876
Query 1959 TCCACCCACTAGAATATCAAAGGACGGTTCCATTAGGGAATGGGCAGAAGACTTTGAGGA 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 TCCACCCACTAGAATATCAAAGGACGGTTCCATTATGGAATGGGCAGAAGACTTTGAGGA 1936
Query 2019 CCCAGAGGTACATCATAGACATGTTTCACATCTCTTTGGCCTCTTCCCGGGTCACACAAT 2078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937 CCCAGAGGTACATCATAGACATGTTTCACATCTCTTTGGCCTCTTCCCGGGTCACACAAT 1996
Query 2079 CACTGTTGAGAAGTCTCCAGAACTTGCTAAAGCTGTGGAAGCAACTCTTaaaaaaaGAGG 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1997 CACTGTTGAGAAGTCTCCAGAACTTGCTAAAGCTGTGGAAGCAACCCTTAAAAAAAGAGG 2056
Query 2139 AGAGGAAGGACCAGGATGGTCAACCACCTGGAAAGCCGCCTTGTGGGCAAGGCTTCACAA 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 AGAGGAAGGACCAGGATGGTCAACCACCTGGAAAGCCGCCTTGTGGGCAAGGCTTCACAA 2116
Query 2199 TAGCGAGCACGCATATCGGATGGTTACACATATTTTTGATCTTGTGGATCCGTTGAACGA 2258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2117 TAGCGAGCACGCATATCGGATGGTTACACATATTTTTGATCTTGTGGATCCATTGAACGA 2176
Query 2259 ACGTAACTATGAAGGAGGACTGTATAGTAACATGTTCACTGCACACCCGCCATTCCAGAT 2318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 ACGTAACTATGAAGGAGGACTGTATAGTAACATGTTCACTGCACACCCGCCATTCCAGAT 2236
Query 2319 CGATGCTAATTTTGGATTCGCAGCAGCGGTAGCAGAAATGTTAGTGCAGAGCACTACGAA 2378
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2237 CGATGCTAATTTTGGATTCGCAGCAGCAGTAGCAGAAATGTTAGTGCAGAGCACGACGAA 2296
Query 2379 GGATCTATATTTGCTCCCGGCACTTCCAGCAGATAAATGGCCTAACGGCATTGTGAATGG 2438
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2297 GGATCTGCATTTGCTCCCGGCACTTCCAGCAGATAAATGGCCTAACGGCATTGTGAAAGG 2356
Query 2439 GCTAAGGGCAAGGGGCGGTGTGACGGTTAGTATAAAGTGGATGGAAGGGAACCTTGTGGA 2498
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 GCTAAGGGCAAGGGGAGGTGTGACGGTTAGTATAAAGTGGATGGAAGGGAACCTTGTGGA 2416
Query 2499 GTTTGGTCTTTGGTCGGAACAGATTGTTTCCACCAGAATAGTGTACAGAGGAATCTCTGC 2558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2417 GTTTGGTCTTTGGTCGGAACAGATTGTTTCCACCAGAATAATATACAGAGGAATCTCTGC 2476
Query 2559 GGCTGCCGAATTGTTGCCAGGGAAAGTCTTTACTTTTGACAAGGATTTGAGATGCATTCG 2618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 GGCTGCCGAATTGTTGCCAGGGAAAGTCTTTACTTTTGACAAGGATTTGAGATGCATTCG 2536
Query 2619 GACCGACAAGTTATAGAAGTAAGAGACTCAATCT 2652
|||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2537 GACCGAGAAGTTATAGAAGTAAGAGACGAAATCT 2570
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107681122615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5