BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G34610.1
Length=2123
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944437 jgi|Araly1|944437|scaffold_700666.1 2567 0.0
> Ahg944437 jgi|Araly1|944437|scaffold_700666.1
Length=1651
Score = 2567 bits (1390), Expect = 0.0
Identities = 1573/1657 (95%), Gaps = 29/1657 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 307 AAAGAACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCAGAAACACAGTTTATTCCCGGAGATTCA 366
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 4 AAA-AACACTCCATTTCGATGGAGAATTATCCGGAAACACAGTTTCTTCCCGGAAATTCA 62
Query 367 ATGATCCAGAATGCTATAGTTTCTTACTCTGAGGAATCAGCCGGTAGAGAAAGAAGAACT 426
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||
Sbjct 63 ATGATCCAGAATGCTACAGTTTCTTACTCTGAGGAATTAGCTGGTAGAG--A-AAGAACT 119
Query 427 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGGGGAGTT 486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 120 GAAGCTAACAATGTCTCAGCCTCACAAGAGAGGCAAGCATTGTCCAGATTTGGCGGAATT 179
Query 487 CCACAAATGCAGAA-CATTGGTCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 545
| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TCGCAAATGCAGAATC-TTGATCAAGATTTCGGTTCTTGGAGAGATCAAGCGAGTGACAG 238
Query 546 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GAACGGTTTCCAGCTAATGAGCGCGATGGCAGGTGCCACGGGGATTCTTCAGACCGGTCA 298
Query 606 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCAGGAATTCATCAGATAAGCCATCA 665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 299 GGGACTGTCCCTTAGCCTTGGTTCACAGATTCTTCCTGGAATTCATCAAATGAGCCATCA 358
Query 666 AAATAT-G-G-C----GCC--G------AGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAGTTTTCC 710
|||||| | | | ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 359 AAATATGGCGCCGAGAGCCGAGCATTTCAGAGGCAATGAGTATGCAACACAGAG-CTTCC 417
Query 711 -GGGCGGGAATCAGAACTTGGATGTTGTGA-GAACAATTCCCAACTCAAAGTATCTTAAG 768
|| || ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 418 TGGTCGAGAATCAGAATTTGGATGTTGTGAGGAA-AATTCCCAACTCAAAGTATCTCAAG 476
Query 769 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTAAAGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 828
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GCGGCTCAACAGCTTCTAGATGAGGCTGTTAATGTTAGGAAAGCTCTAAAGCAGTTTCAG 536
Query 829 GCAGAGGGAGATAAAAACAATGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAGCACTCAAGACTCG 888
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 537 GCAGAAGGAGATAAAAACAACGAGAACCCTCAAGAACCGAATCAGAACACTCAAGACTCG 596
Query 889 AGCACGAATCCTCCTGCGGACATCTCTCAGTCGGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 948
|||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AGCACGAATCCTCCTGCGGAAATCTCTCATTCAGAGAGACAAGAAATGCAGAGCAAGTTG 656
Query 949 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 ACAAAACTCTTGTCAATGTTGGATGAGGTGGATAGAAGATATAAGCAATATTACCAGCAG 716
Query 1009 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCTGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 1068
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 ATGCAGATAGTTGTATCCTCGTTCGATGTGATAGCAGGTTATGGAGCAGCTAAGCCATAC 776
Query 1069 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 ACAGCACTCGCCCTTCAAACAATTTCTCGCCATTTTCGTAGCCTAAGGGATGCGATATCC 836
Query 1129 GGACAAATCCTCGTGCTACGTAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 1188
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GGACAAATCCTCGTGATACGGAAATGCCTTGGGGAACAACAAGATGGATCAGATGGGAAA 896
Query 1189 AGAGTTGGGATTATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAACAAAGAGGT 1248
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 897 AGAGTTGGGATAATAAGCCGGCTTAAGTACGTTGATCAACATTTAAGACAGCAAAGAGGT 956
Query 1249 TTTATGCAACCTCAAGCTTGGAGACCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1308
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 TTTATGCAACCTCAAGCGTGGAGGCCTCAACGCGGTCTACCTGAAAACTCTGTTTTGATT 1016
Query 1309 CTCCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1368
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CTTCGTGCTTGGCTCTTTGAGCATTTTCTTCACCCTTACCCAAAGGATTCTGATAAGATC 1076
Query 1369 ATGCTAGCAAGACAAACGGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTCATAAATGCA 1428
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1077 ATGCTAGCAAGACAAACAGGCTTGAGCCGCGGTCAGGTTTCAAACTGGTTTATAAATGCG 1136
Query 1429 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CGAGTGCGTTTATGGAAGCCAATGGTGGAGGAGATATACAAGGAGGAATTCACAGAGAAT 1196
Query 1489 GATTCCAACTCGTCTTCCGAAAATACACCGAAAATGTCTGAGATAGGACCTGTTGCTGCT 1548
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1197 GATTCCAACTCTTCTTCCGAAAATACACCAAAAATGTCTGAGATAGGACATGCTGCTGCT 1256
Query 1549 GATGATGAAGATCGAGCTCGAGAGTTTTCACAAGACCAGACCAAACCGGACCATGGACAT 1608
||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1257 GATGATGAAGATCGAGCTCAAGAGCTTTCACAAGACCAGACCAAACTGGACCATGGACAT 1316
Query 1609 GGATATGGCGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1668
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GGATATGGTGAGGAAACTCGTGGCATGGTCCAAGGCAGTCATATGGATGGTCGCCGGTTC 1376
Query 1669 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATACGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1728
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ATGGCAGTTGAGCCTACATATCATGTGGCTGATATGTCAAGATTGGGTCGTGGTGATGTG 1436
Query 1729 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACA-GGACAATGTTGTGGCTATGTCTAG 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 TCCTTGACTCTAGGGCTTCAAAACTCTCAAGGACATGGT-AATGTTGTGGCTATGTCCAG 1495
Query 1788 TGAGGCATACA-ACAACTTTTCCGGGGTGGATATTTACGAGAATGCCATCCCGGGAGATG 1846
|||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1496 TGAGGCGG-CATACAACTTTTCCGGGGTAGATATATACGAGAATGCCATCCCGGGAGCTG 1554
Query 1847 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATAAATTCTTCACAATTGGTAC 1906
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AAATGGAGTATGTAAACCCCGGAAGTCGCCAGAACCGGATTAATTCTTCACAATTGGTAC 1614
Query 1907 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1943
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 ATGATTTTGTAGCTTGAAGAAGTAAGCAATGGAGAGG 1651
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79875243765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5