BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G34860.1
Length=2330
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491170 jgi|Araly1|491170|fgenesh2_kg.7__603__AT4G34860.1 3670 0.0
Ahg952188 jgi|Araly1|952188|scaffold_44600003.1 324 2e-87
Ahg332600 jgi|Araly1|332600|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001943 241 2e-62
Ahg952187 jgi|Araly1|952187|scaffold_44600002.1 224 2e-57
Ahg491172 jgi|Araly1|491172|fgenesh2_kg.7__605__AT4G34850.1 119 1e-25
> Ahg491170 jgi|Araly1|491170|fgenesh2_kg.7__603__AT4G34860.1
Length=2287
Score = 3670 bits (1987), Expect = 0.0
Identities = 2204/2305 (96%), Gaps = 30/2305 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 AAATAAAATGCATACAAAAAGCAAACAACCTCCGTGCAAATCATATCATATGCATGGCTT 75
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAATAAAATGCATACAAAAAGCAAACAACCTCCGTGCAAATCATATCATATGCATGGCTT 60
Query 76 AAAGGGTTTAGGCTTCACCTTCCCGATCGCTAGAGTTACTGTGCTAGTCTCTATCTTCCC 135
||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 61 AAAGGGTTTTGCCTTCACCTCCCCGATCGCTAGAGTTACTGTGCTCGTCTCCATCTTCCC 120
Query 136 ATCACAGTCACATCTCGTCCGTACACGTGGACCCACATCCTCTTTAAGCTCACTAGCTGA 195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 121 GTCACAGTCACATCTCGTCCGTACACGTGGACCCACATCCTCCTTAAGCTCACTAGCTGA 180
Query 196 TTGATATCGTCTTATACCTTTGGCCGTTTCGtctctctctctctcGTTTAATTACTTGTA 255
||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTGAT-TCGTC-T-TACCTTTGGCCGTTTCGTCTCTCTCTCTCTCGTTTAATTACTTGTA 237
Query 256 CCTATCAACTC-AGTGATACTCTCGCTTCTgagagagaagagagaA-A-GCGA-AGCTCG 311
| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || | || | ||||||
Sbjct 238 TC-GTCGACTCTAGTGATACTCTCGCTTCTGAGAGAGAAGATA-AAGAGGC-ATAGCTCG 294
Query 312 TTTCGTATCGTCTTCTTTCTCTTCATCCGACGCTGGATTCATAAGG-GCATTGATAAT-T 369
||| ||||| || ||| | | | ||||||||||||||||||| | |||| | |
Sbjct 295 CTTCATATCG---TC-TTC-C-T--T-CGACGCTGGATTCATAAGGTTC-GTGAT-CTAT 343
Query 370 GGACTTGTTGGTTAAGATTTGAATCAACCTGGAGCTATGTCGAGTTTTAATCTGAGTGTA 429
|| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 344 CTACGTGTTGGTTAAGATTTGAATCAATCTGGGGCAATGTCGATTTTTAATCTGAGTGTA 403
Query 430 GATGTGAATCAGAATGGGAATATCAAGAATGTTGATTCTTTATCTACATTGGACGATATT 489
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 GATGTGAATCAGAATGGGAATGTCAAGAATGTTGATTCTTTATCTACATTGGACGATATT 463
Query 490 GATGACATTGATTTTGCCAAGTTGCTAGAGAAGCCAAGGCCATTGAATATTGATAGACTG 549
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 464 GATGACATTGATTTCGCCAAGTTGCTAGAGAAGCCAAGGCCGTTGAATATTGATAGACTG 523
Query 550 AGATCACTTGACGAAAGGTCTCTTAC-TGAATTAACTGGTTCACCACAGCTTAGAAATGC 608
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 AGATCACTTGACGAAAGGTCTCTT-CATGAATTAACTGGTTCACCACAGCTTAGAAATGC 582
Query 609 GGATAATGCTTCTCGGGCCCCTGATCATGCGGATTATGTGATTTCACCAAGCTTTGGTAG 668
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 583 AGATAATGCTTCTCGGGCCCCTGATCACGCTGATTATGTGATTTCACCAAGCGTTGGTAG 642
Query 669 GAGGTCTGGATTCAATACTCCTAGGTCACAGCCTGGATTTGAGTCTCATCCTATGGTTGG 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 GAGGTCTGGATTCAATACTCCTAGGTCACAGCCTGGATTTGAGTCTCATCCTATGGTTGG 702
Query 729 TGAGGCCTGGGATGCTTTGAGGCGCTCAATGGTTTACTTTCGTGGACAACCTGTTGGCAC 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 703 TGAGGCCTGGGATGCTTTGAGGCGCTCAATGGTTTACTTTCGTGGACAACCTGTTGGGAC 762
Query 789 TATTGCTGCTGTGGATAATTCTGAAGAAAAACTCAACTATGATCAGGTGTTCGTGAGAGA 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 TATTGCTGCTGTGGATAATTCTGAAGAAAAACTCAACTATGATCAGGTGTTCGTGAGAGA 822
Query 849 TTTTGTACCAAGTGCTTTAGCATTCTTGATGAATGGAGAGCCAGATATAGTTAAAAACTT 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TTTTGTACCAAGTGCTTTAGCATTCTTGATGAATGGAGAGCCAGATATAGTTAAAAACTT 882
Query 909 CCTTTTGAAGACTCTTCGTCTTCAATCTTGGGAGAAAAAGATTGATAGATTCCAGCTTGG 968
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 CCTTTTGAAGACTCTTCGTCTTCAATCGTGGGAGAAAAAGATTGATAGATTCCAGCTTGG 942
Query 969 TGAGGGTGTTATGCCTGCTAGCTTCAAAGTTTTCCATGATCCTGTTAGAAACCATGAAAC 1028
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 TGAGGGTGTTATGCCTGCCAGCTTCAAAGTTTTCCATGATCCTGTTAGAAACCATGAAAC 1002
Query 1029 GCTGATAGCTGATTTTGGCGAGAGTGCTATTGGAAGAGTAGCGCCGGTTGATTCAGGGTT 1088
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1003 GCTGATAGCTGATTTTGGCGAGAGTGCAATTGGAAGAGTAGCGCCGGTTGATTCAGGATT 1062
Query 1089 TTGGTGGATTATATTGCTCAGAGCCTACACAAAATCTACAGGAGACTCTTCTCTTGCTGA 1148
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1063 TTGGTGGATTATACTGCTCAGAGCCTACACAAAATCTACAGGGGACTCTTCTCTTGCTGA 1122
Query 1149 CATGCCTGAATGCCAGAAGGGTATTCGGCTGATACTTAGCCTGTGTCTGTCTGAGGGATT 1208
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 CATGCCTGAATGCCAGAAGGGTATCCGGCTGATACTAAGCCTGTGTCTGTCTGAGGGATT 1182
Query 1209 TGATACCTTCCCCACTCTCTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATTGATCGTAGGATGGG 1268
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 TGATACATTTCCCACTCTCTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATTGATCGTAGGATGGG 1242
Query 1269 AGTTTATGGTTACCCGATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCTTAAGGTGTGCCTT 1328
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1243 AGTCTATGGTTACCCGATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCCTAAGGTGTGCATT 1302
Query 1329 GCTCCTGCTTAAACATGACGGAGAAGGTAAAGAAATGGTGGAACAGATAGTGAAGCGACT 1388
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1303 GCTCCTGCTTAAACATGACGGAGAAGGTAAGGAAATGGTGGAACAGATAGTTAAGCGACT 1362
Query 1389 TCATGCATTGAGCTACCACATGAGGAGCTACTTTTGGCTAGACTTGAAGCAGCTTAATGA 1448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TCATGCATTGAGCTACCACATGAGGAGCTACTTTTGGCTAGACTTGAAGCAGCTTAATGA 1422
Query 1449 CATTTACCGATATAAGACAGAGGAATACTCTCACACTGCTGTCAACAAGTTCAACGTAAT 1508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 CATTTACCGATATAAGACAGAGGAATACTCTCACACTGCTGTCAACAAGTTCAACGTAAT 1482
Query 1509 CCCTGATTCTCTTCCAGAATGGGTTTTCGACTTTATGCCGCCTCACGGAGGGTTCTTTAT 1568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1483 CCCTGATTCTCTTCCAGAATGGGTTTTCGACTTTATGCCGCCTCACGGAGGTTTTTTTAT 1542
Query 1569 TGGCAACGTTAGCCCTGCAAGAATGGATTTCCGTTGGTTTGCTTTGGGTAATTGTATAGC 1628
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 TGGCAATGTTAGCCCTGCAAGAATGGATTTCCGTTGGTTTGCTTTGGGTAATTGTATAGC 1602
Query 1629 AATATTGTCTTCCTTGGCTACACCTGAACAGTCGACAGCAATTATGGATCTGATAGAATC 1688
||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1603 AATATTGTCTTCCTTGGCTACTCCCGAACAGTCAACAGCAATTATGGATCTCATAGAATC 1662
Query 1689 TCGCTGGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAAAGTTTGCTATCCCGCCATAGAAAG 1748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1663 TCGCTGGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAAAGTTTGCTATCCCGCAATAGAAAG 1722
Query 1749 CCATGAATGGAGAATAGTAACTGGTTGTGACCCCAAAAACACTCGGTGGAGCTACCACAA 1808
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 CCACGAATGGAGAATCGTAACTGGTTGTGACCCCAAAAACACTCGGTGGAGCTACCACAA 1782
Query 1809 TGGAGGATCGTGGCCAGTGCTGCTATGGCTTCTGACGGCTGCTTGTATCAAAACTGGTCG 1868
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1783 CGGAGGATCCTGGCCAGTGCTGCTATGGCTTCTGACGGCTGCTTGCATCAAAACTGGTCG 1842
Query 1869 ACCTCAAATAGCAAGACGAGCAATTGAAGTAGCAGAGGCTAGGCTTCATAAGGACCACTG 1928
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1843 ACCTCAAATAGCAAGGCGAGCAATTGAAGTAGCAGAGGCTAGGCTCCATAAGGACCATTG 1902
Query 1929 GCCTGAATACTATGATGGAAAGGTAGGGAGATACGTGGGGAAACAGTCGCGTAAAAACCA 1988
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 GCCTGAATACTATGATGGAAAGGTCGGGAGATATGTGGGGAAACAGTCGCGTAAAAACCA 1962
Query 1989 GACTTGGTCAGTCGCAGGATACTTAGTAGCCAAGATGATGCTGGAAGATCCGTCACATGT 2048
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 GACTTGGTCAATCGCCGGATACTTAGTAGCCAAGATGATGCTGGAAGATCCGTCACATGT 2022
Query 2049 TGGTATGGTTTGTCTTGAGGAAGACAAACAGATGAAACCCGTTATGAGAAGATCCAACTC 2108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 TGGTATGGTTTGTCTTGAGGAAGACAAACAGATGAAACCCGTTATGAGAAGATCCAACTC 2082
Query 2109 CTGGACTTGTTGAAAACGTTGGAAAGAGATGAGCTAAGAAGAACCTTCTTCGTGATTCCT 2168
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 CTGGACTTGTTGAAAACGTTAGAAAGAGATGAGCTAAGAAGAACCTTCTTCGTGATTCCT 2142
Query 2169 GGCTTT-AATGCTGATAACGACTCTTTTCTTCATTTTTCAATTGCAAATTTTACGTTGCT 2227
|| ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2143 GGTTTTTAATGCTGATAACGACTCTTT-CTTCGTTTTTCAATTGCACATTTTACGTTGTT 2201
Query 2228 TGCTTTGTGAAATATTTTT-AGACTATGAAA--GATTTAAGCATCGTAAAAAATATTTCG 2284
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TGCTTTGTGAAATATTTTTTAGACTATGAAAAAGATTTAAGCATCGTAAAAAATATTTCG 2261
Query 2285 TATGTTTAGCTTCATGTCTTTATTA 2309
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262 TATGTTTAGCTTCATGTCTTTATTA 2286
> Ahg952188 jgi|Araly1|952188|scaffold_44600003.1
Length=494
Score = 324 bits (175), Expect = 2e-87
Identities = 292/346 (84%), Gaps = 17/346 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1155 TGAATGCCAGAAGGGTATTCGGCTGATACTTAGCCTGTGTCTGTCTGAGGGATTTGATAC 1214
||||||| ||||| |||| | ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 162 TGAATGCGAGAAGAGTATACAGCTCATACTAAGCATGTGCCTGTCTGAGGGATTTGATAT 221
Query 1215 CTTCCCCACTCTCTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATTGATCGTAGGATGGGAGTTTA 1274
||| | ||||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 222 CTTACATACTCTTTTATGCGATGATGGTTGTTGTTTGATTGATCATAGTACGGGAGTTTA 281
Query 1275 TGGTTACCCGATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCTTAAGGTGTGCCTTGCT-C- 1332
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 282 TGGCTATCTAATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCTTAAGGTGTGCCGTGCTACT 341
Query 1333 -CTGCTTAAACATGACGGAGAAGGTA-AAGAAATGGTGGAACAGATAGTGAAGCGACTTC 1390
||||||||| | || |||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||
Sbjct 342 ACTGCTTAAAGAAGATGGAGAAGGTACAA-AAATGGTGGAACAGATAATTAAGCAACTTC 400
Query 1391 ATGCATTGAGCTACCACATGAGGAGCTACTTTTGGCTAGACTTGAAGCAGCTTAATGACA 1450
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 401 ATGCATTGAG---------GAG---CTACTTTTGGCTAGACTTGAAGCAACATAATGACA 448
Query 1451 TTTACCGATATAAGACAGAGGAATACTCTCACACTGCTGTCAACAA 1496
|||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 449 TTTATCAATATAAGACAGAGGAATAATCTCACAGTGCTGTCAACAA 494
> Ahg332600 jgi|Araly1|332600|fgenesh1_pm.C_scaffold_8001943
Length=654
Score = 241 bits (130), Expect = 2e-62
Identities = 220/260 (85%), Gaps = 20/260 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 1606 TTTG-CTTTGGGTAATTGTATAGCAATATTGTCTTCCTTGGCTACACCTGAACAGTCGAC 1664
|||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | || | | |
Sbjct 358 TTTGCCTTT-GGTAATTGTATAGCCATGTTGTCTTCCTTGGCT--A-CT---C-CT-G-- 406
Query 1665 AGCAATTATGGATCTGATAGAATCTCGCTGGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAA 1724
| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 A--AATTATCGATCTCATAGAATCTCGCTTGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAA 464
Query 1725 AGTTTGCTATCCCGCCATAGAAAGCCATGAATGGAGAATAGTAACTGGTTGTGACCCCAA 1784
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 465 AGTTTGCTATCCCGCAATAGGAAGCCATGAATGGAGAATAGTAACTGGTTGTGACCCTAA 524
Query 1785 AAACACTCGGTGGAGCTACCACAATGGAGGATCGTGGCCAGTGCTGCTATGGCTTCTGAC 1844
||||||||| ||||||||||||||| | || | | | |||| ||||||| |||||
Sbjct 525 AAACACTCGATGGAGCTACCACAAT--A--ATT-TA-CTAATGCTTATATGGCTACTGAC 578
Query 1845 GGCTGCTTGTATCAAAACTG 1864
||| ||||||| |||||||
Sbjct 579 AGCTACTTGTATTAAAACTG 598
Score = 200 bits (108), Expect = 4e-50
Identities = 172/203 (85%), Gaps = 3/203 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1155 TGAATGCCAGAAGGGTATTCGGCTGATACTTAGCCTGTGTCTGTCTGAGGGATTTGATAC 1214
||||||| ||||| |||| | ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 51 TGAATGCGAGAAGAGTATACAGCTCATACTAAGCATGTGCCTGTCTGAGGGATTTGATAT 110
Query 1215 CTTCCCCACTCTCTTATGTGCTGATGGTTGCTGTATGATTGATCGTAGGATGGGAGTTTA 1274
||| | ||||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 111 CTTACATACTCTTTTATGCGATGATGGTTGTTGTTTGATTGATCATAGTACGGGAGTTTA 170
Query 1275 TGGTTACCCGATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCTTAAGGTGTGCCTTGCT-C- 1332
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 171 TGGCTATCTAATAGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCCTTAAGGTGTGCCGTGCTACT 230
Query 1333 -CTGCTTAAACATGACGGAGAAG 1354
||||||||| | || |||||||
Sbjct 231 ACTGCTTAAAGAAGATGGAGAAG 253
> Ahg952187 jgi|Araly1|952187|scaffold_44600002.1
Length=341
Score = 224 bits (121), Expect = 2e-57
Identities = 135/142 (95%), Gaps = 0/142 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1668 AATTATGGATCTGATAGAATCTCGCTGGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAAAGT 1727
|||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 87 AATTATCGATCTCATAGAATCTCGCTTGGAAGAGTTGGTTGGAGAAATGCCACTGAAAGT 146
Query 1728 TTGCTATCCCGCCATAGAAAGCCATGAATGGAGAATAGTAACTGGTTGTGACCCCAAAAA 1787
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 147 TTGCTATCCCGCAATAGGAAGCCATGAATGGAGAATAGTAACTGGTTGTGACCCTAAAAA 206
Query 1788 CACTCGGTGGAGCTACCACAAT 1809
|||||| |||||||||||||||
Sbjct 207 CACTCGATGGAGCTACCACAAT 228
> Ahg491172 jgi|Araly1|491172|fgenesh2_kg.7__605__AT4G34850.1
Length=1330
Score = 119 bits (64), Expect = 1e-25
Identities = 73/77 (95%), Gaps = 2/77 (3%)
Strand=Plus/Minus
Query 2255 AAAGATTTAAGCATCGTAAAAAATATTTCGTATGTTTAGCTTCATGTCTTTATTAAAGCA 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1330 AAAGATTTAAGCATCGTAAAAAATATTTCGTATGTTTAGCTTCATGTCTTTATTATAGCA 1271
Query 2315 TA-A-GGGGTTCTTTCT 2329
| | ||||||||||||
Sbjct 1270 AAGAAGGGGTTCTTTCT 1254
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87759924480
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5