BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G35130.1
Length=2415
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944382 jgi|Araly1|944382|scaffold_700611.1 3587 0.0
> Ahg944382 jgi|Araly1|944382|scaffold_700611.1
Length=2455
Score = 3587 bits (1942), Expect = 0.0
Identities = 2273/2430 (94%), Gaps = 33/2430 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTGCGACTCTGCTGTCTCAATGCTACCGTATCTACAATTCCGATGCGTGCAAGTGT 60
|||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 22 ATGGCTGCGACTCTTCTGTCTCGTTGCTACCGTATCTACAATTGCGACGCGTGCAAGTGT 81
Query 61 GTTTCTTCTGAGAATCACCAGACGACGGGGAAGCGAAATGGGAATCGAAATCTCGAATTC 120
|||||||| |||||||||||||| | | || ||||| |||| ||||||||||
Sbjct 82 GTTTCTTCCGAGAATCACCAGAC--C-----A-CG----GGGAAACGAAGTCTCGAATTC 129
Query 121 GACTCGGGAATT-TCGAAACCAGCACGGCTAG-TACTTCGAGACCGATACAAGGTAACTA 178
||||| | ||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 130 GACTCAAG-ATTCTCGAAACCAGTTCGGCTAGCT-CTTCGAGACCGATACAAGGTAACTA 187
Query 179 AGCAGGTCAATGATCCTGCGCTGACTAGGGCTTTACGTGGTTTCGCTGATTCCCGTCTTA 238
||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 188 AGCAGCTCAATGATCCTGCGCTCACTCGGGCTTTACGTGGTTTCGCTGATTCTGGTCTCA 247
Query 239 TGGAGGATGCACTCCAACTGTTCGATGAAATGAACAAAGCTGATGCTTTTCTGTGGAATG 298
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 248 TGGAGGATGCACTCCAACTGTTCGATGAAATGAACAAAGCTGATACTTTTGTGTGGAATG 307
Query 299 TGATGATTAAAGGTTTCACTAGCTGTGGGTTGTACATTGAAGCAG-TTCAATTTTATAGC 357
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||||| ||
Sbjct 308 TGATGATTAAAGGTTTCACTAGCTGTGGGTTATACTTTGAAGC-GCTTCAACTTTATTGC 366
Query 358 AGAATGGTGTTTGCAGGGGTCAAAGCTGATACCTTTACTTATCCTTTCGTGATTAAATCG 417
|||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 AGAATGGTATTTTCAGGGGTCAAAGCTGATTCCTTTACTTATCCTTTCGTGATTAAATCG 426
Query 418 GTTGCGGGAATTTCCTCATTGGAAGAAGGGAAGAAGATTCATGCGATGGTGATTAAGCTT 477
||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 427 GTTACAGGAATTTCGTCATTGGAAGAAGGGAAGAAGATTCACGCGATGGTGATCAAGCTT 486
Query 478 GGGTTTGTTTCAGATGTTTACGTCTGTAATTCTCTTATATCTTTATACATGAAGCTTGGG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 487 CGGTTTGTTTCAGATGTTTACGTCTGTAATTCTCTTATATCTTTGTACATGAAGCTTGGG 546
Query 538 TGTGCTTGGGATGCAGAGAAAGTGTTCGAAGAAATGCCTGAGAGAGACATTGTTTCGTGG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 TGTGCTTGGGATGCAGAGAAAGTGTTCGAAGAAATGCCTGAGAGAGACATTGTTTCGTGG 606
Query 598 AATTCCATGATTTCTGGATATCTTGCGCTTGGAGATGGCTTTAGCTCGTTGATGCTGTTT 657
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 607 AATTCCATGATTTCTGGATATCTTGCGCTTGAAGATGGCTTTCGCTCGTTGATGCTATTT 666
Query 658 AAAGAAATGCTGAAATGTGGGTTTAAACCGGACAGGTTCAGTACCATGAGTGCTCTTGGT 717
|||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 667 AAAGAAATGCTGAAATTTGGGTTTAAGCCTGACAGGTTCAGTACCATGAGCGCTCTTGGT 726
Query 718 GCTTGTTCTCATGTGTATAGTCCAAAAATGGGAAAAGAGATACATTGCCACGCTGTTCGA 777
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GCTTGTTCTCATGTGTATAGTCCAAACATGGGAAAGGAGTTACATTGCCACGCTGTTCGA 786
Query 778 AGTAGGATTGAAACTGGTGATGTTATGGTAATGACATCAATTCTTGACATGTACAGTAAA 837
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 787 AGTAGAATTGAAACTGGTGATGTTATGGTAATGACATCAATCCTTGACATGTACAGTAAA 846
Query 838 TATGGTGAAGTGAGTTATGCGGAGAGGATATTTAACGGTATGATCCAGAGGAACATCGTA 897
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 847 TATGGTGAAGTGAGTTATGCAGAGAGAATATTTAAATGTATAATCCAGAGGAACATCGTA 906
Query 898 GCTTGGAACGTTATGATAGGGTGTTATGCTAGAAATGGCCGAGTCACTGATGC-TTTCCT 956
|||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |
Sbjct 907 GCTTGGAATGTTTTGATAGGATGTTATGCTAGAAACAGCCGAGTCACTGATGCGTTTC-T 965
Query 957 CTGCTTTCAGAAAATGTCAGAGCAAAATGGGTTGCAGCCAGATGTTATCACATCGATTAA 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
Sbjct 966 CTGCTTTCAGAAAATGTCAGAGCAAAATGGGTTGCAGCCAGATGTTATTACATTGATCAA 1025
Query 1017 TCTGCTTCCTGCTTCTGCGATCTTAGAGGGTAGAACGATTCACGGGTATGCTATGAGGAG 1076
|||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 TCTGCTTCCTGCTTGTGCAATCTTGGAGGGTCGAACAATTCACGGGTATGCTATGAGGAG 1085
Query 1077 AGGCTTTCTTCCCCATATGGTATTGGAAACTGCTCTGATTGATATGTATGGAGAATGTGG 1136
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1086 AGGCTTTCTTCCTCATATAGTATTGGATACTGCTCTGATTGATATGTATGGAGAATGGGG 1145
Query 1137 GCAGTTAAAATCAGCTGAGGTTATATTTGATCGAATGGCTGAAAAGAATGTGATCTCATG 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1146 GCAGTTAAAATCAGCTGAGGTTATATTTGATCGAATAGCTGAAAAGAATTTGATCTCATG 1205
Query 1197 GAACTCGATTATTGCTGCCTATGTGCAGAACGGGAAGAACTATTCAGCCTTGGAGCTATT 1256
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 GAACTCGATTATTGCTGCTTATGTGCAGAACGGGAAGAACTATTCAGCCTTGGAGCTATT 1265
Query 1257 TCAAGAGCTCTGGGATTCATCGCTTGTACCTGATTCCACAACAATTGCTAGTATTCTACC 1316
|||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 TCAAAAACTCTGGGATTCATCGCTTCTACCTGATCCCACAACAATTGCTAGTATTCTACC 1325
Query 1317 AGCTTATGCAGAATCTCTATCCTTGAGTGAAGGTAGAGAAATCCATGCTTATATTGTTAA 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1326 AGCTTATGCAGAATCTCTATCCTTGAGTGAAGGTAGACAAATTCATGCTTATATAGTTAA 1385
Query 1377 GTCTAGATACTGGTCAAACACCATCATCTTGAATTCACTTGTTCACATGTATGCCATGTG 1436
|||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GTCTAGATGCGGGTCAAACACTATCATCTTGAATTCACTCGTTCACATGTATGCCATGTG 1445
Query 1437 TGGTGACCTTGAGGATGCAAGAAAATGTTTCAACCACATCTTGTTAAAGGATGTTGTTTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 TGGTGACCTTGAGGATGCAAGAAAATGTTTCAACCACGTCTTGTTAAAGGATGTTGTTTC 1505
Query 1497 ATGGAACAGCATCATCATGGCATATGCAGTACATGGTTTTGGGAGAATTTCGGTTTGGTT 1556
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1506 ATGGAACAGCATCATCATGGCCTATGCAGTACACGGTTTTGGGAGAATTTCGGTTTGCTT 1565
Query 1557 ATTCTCTGAGATGATTGCTTCTAGAGTAAATCCAAACAAGAGCACCTTTGCTTCACTATT 1616
|||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 ATTCTCAGAGATGATTGCTTCTAAAGTAGATCCAAACAAGAGCACCTTTGCTTCACTATT 1625
Query 1617 AGCAGCATGTAGCATTTCTGGTATGGTTGATGAAGGATGGGAATATTTCGAGTCGATGAA 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 AGCAGCATGTAGCATTTCTGGTATGGTTGATGAAGGATGGGAATATTTCGAGTCGATGAA 1685
Query 1677 AAGAGAATACGGGATAGATCCTGGAATAGAGCATTATGGGTGCATGCTGGATCTCATTGG 1736
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1686 AAGAGAATACGGGATTGATCCTGGAATAGAGCATTATGGGTACATGCTGGATCTCATTGG 1745
Query 1737 CCGTACAGGAAACTTCAGCGCAGCCAAGAGATTCCTT-GAAGAAATGCCATTTGTGCCAA 1795
||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||
Sbjct 1746 CCGTACAGGAAACTTCAGCTCAGCCAAGAGATTCATTAGA-GAAATGCCATTTTTGCCAA 1804
Query 1796 CAGCTAGGATTTGGGGATCGTTGTTAAACGCAAGCAGAAACCACAAGGACATAACCATAG 1855
||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||
Sbjct 1805 CAGCTCGGATTTGGGGATCTTTGTTAAATGCAAGCAGAAACCATAACGATATAACCGTAG 1864
Query 1856 CTGAATTTGCGGCAGAACAGATATTTAAGATGGAACACGATAACACGGGATGTTATGTCT 1915
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 CTGAATTCGCGGCAGAACAGATATTTAAGATGGAACACGATAACACGGGATGTTATGTCT 1924
Query 1916 TGCTTTTGAACATGTATGCAGAAGCTGGAAGATGGGAAGATGTAAATAGGATTAAGCTTC 1975
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGCTTTTGAACATGTATGCAGAAGCTCGAAGATGGGAAGATGTAAATAGGATTAAGCTTC 1984
Query 1976 TCATGGAGAGCAAAGGCATATCCAGAACATCAAGTCGCAGTACTGTTGAGGCGAAGGGCA 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1985 TCATGGAGAGCAAAGGCATATCCAGAACATCAAGTCGCAGTACTGTTGAGGCGAAGAGCA 2044
Query 2036 AAA-GTCATGTGTTCACAAATGGAGACAGATCCCACGTGGCGACGAACAAGATCTATGAA 2094
||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2045 AAACG-CATGTGTTAACAAACGGAGACAGATCCCACGTGGAGACAAACAAGATCTATGAA 2103
Query 2095 GTCTTAGATGTCGTCTCGAGGATGGTTGGAGAAGAAGA---------CATTTATGTTCAC 2145
||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2104 GTCTTAGATATTGTCTCGAGGATGATTGGAGAAGAAGAAGAAGAAGACAGTTATGTTCAC 2163
Query 2146 TGTGTCTCGAGGTTGAGACCAGAGACTCTAGTTAAGAGCAGAAGCAATTCACCAAGAAGA 2205
| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 TATGTCTCGAAGTTGAGACGAGAGACTCTAGCTAAGAGCAGAAGCAATTCACCAAGAAGA 2223
Query 2206 CATTCGGTAAGGCTCGCCACGTGTTTTGGATTGATCTCTACGGAAACGGGAAGAAGAGTT 2265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2224 CATTCGGTAAGGCTCGCCACGTGTTTTGGATTGATCTCTACGGAAACGGGAAGAACAGTT 2283
Query 2266 ACGGTGAGGAATAACACGAGAATCTGCAGAAAATGTCACGAGTTCTTGGAAAAAGCTTCG 2325
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 ACGGTGAGAAATAACACGAGAATCTGCAGAAAATGTCACGAGTTCTTGGAAAAAGCTTCG 2343
Query 2326 AGATTGACGAGAAGAGAGATCGTTGTGGGAGATTCCAAGATTTTTCATCACTTCTCCAAT 2385
| | |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 AAAATGACAAGAAGAGAGATAGTTGTTGGAGATTCAAAGATTTTTCATCACTTCTCCAAT 2403
Query 2386 GGTCGCTGCTCGTGTGGAAATTACTGGTGA 2415
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 GGTCGCTGCTCGTGTGGAAATTACTGGTGA 2433
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90997595305
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5