BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G35520.1
Length=3747
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg328199 jgi|Araly1|328199|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000426 2654 0.0
> Ahg328199 jgi|Araly1|328199|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000426
Length=3360
Score = 2654 bits (1437), Expect = 0.0
Identities = 1707/1833 (93%), Gaps = 36/1833 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1063 GATTGGCCAGAAGCTATGGAACCTGCAAAAAAGAAGCTGAAGAGAAGTAATGATCATGCA 1122
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 GATTGGCCCGAAGCTATGGAACCTACAAAAAAGAAGCTGAAGAGAAGTAATGATCATGCA 1086
Query 1123 CCTTGTAGTTCTCTCTTGTTTCCGTCTGCTGACTTTAAACA-AGATGGTGATTATTTTTC 1181
|||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1087 CCTTGTAGTTCTGTATTGTCTCCGTCTGCTGAGTTTAAA-AGAGATGGTGATTATTTTTC 1145
Query 1182 TCCACGAAAGGATGTATGGTCTCCAGAATGTGAAGTCGAACTGAAAATTCAGAATCCCAA 1241
|| | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1146 TCAAGGAAAGGATGTATGGTCTCCACAATATGAAGTTGAACTGAAAATTCAGAGTCCCAA 1205
Query 1242 AGAGCAAGGTACTGTAGCTGGATTTGAAAGCCGGACTGATTCTCTTCTACAGTCACGTGA 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 AGAGCAAGGTACTGTAGCTGGATTTGAAAGCCGGACTGATTCTCTTCTACAGTCACGTGA 1265
Query 1302 CATAGAAATGCAAACGAATGAAGACTTCCCACAAGTTACTGACCTCCTTGAAACAAGCTT 1361
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1266 CATAGAAATGCAAACGAATGAAGACTTCCCACAAGTTACTGACCTCCTGGAAACAAGCGT 1325
Query 1362 GGTTGCTGACTCTAAGTGCCGTAAACAGTTTCTAACAAGATGTCAGATTACCACACCTGT 1421
|||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1326 GGTTACTGACTCTAAGTGCCGCAAACAGTTTCTAACAAGATGTCAGATTACCACTCCTCT 1385
Query 1422 CAATATCAACCATGATTTTATGAAAGATTCAGACGTGTTAAATTTTCAGTTTCAAGGATT 1481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CAATATCAACCATGATTTTATGAAAGATTCAGACGTATTAAATTTTCAGTTTCAAGGATT 1445
Query 1482 GAAAGATGAGTTGGATGTCAGCAATTGCATTGGAAAGCATCTCTTGCGTGGTTGCTCTTC 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 GAAAGATGAGTTGGATGTCAGCAATTGCATTGGAAAGCATCTCTTGCGTGGTTGCTCTTC 1505
Query 1542 AAGAGTAAGCCTAACCTTTCATGAGCCTAAACTATCTCATGTTGAAGGGTATGAATCCGT 1601
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1506 AAGAGTAAGCCTAACCCTTCATGAGCCTAAACTATCTCATGGTGAAGGGTCTGAATCCGT 1565
Query 1602 CGTGCCTATGATACCTAATGAAAAACAAAGTAGTCCGCGGGTCCTAGAGACCAGAGAAGG 1661
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CATGCCTATGATACTTAATGAAAAACAAAGTAGTCCGCGGGTCCTAGAGACCAGAGAAGG 1625
Query 1662 TGGTTCGTACTGTGATGTTTAT-TCTGATAAGACTCCTGATTGTTCCCTAGGGAGTTCAT 1720
|||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 TGGTTCTTACTGTGATGTTT-TCTCTGATAGGACTCCTAATTGTTCCCTAGGGAGTTCAT 1684
Query 1721 GGCAGGATACTGATTGGTTTACTCCACAGTGTTCCTCAGATAGGGGATGTGTTGGAATTG 1780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1685 GGCAGGATACTGATTGGTTTACTCCACAGTGTTCCTCAGATATGGGAAGTGTTGGAATTG 1744
Query 1781 GAGAAGATTTTAACATTACCCCCATAGATACTGCGGAATTTGATTCTTATGATGAAAAAG 1840
|| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| || ||||
Sbjct 1745 GAAAAGATTCTAACATTATCCCCATAGGTACTGCGGAGTTTGGTTCTTATGAAGACAAAG 1804
Query 1841 TTGGTAGTA-AAAAGTATCTTTCTTCTGTCAATGTGGGGAGCTCTGTTACTGGTAGTTTC 1899
|||| || | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1805 TTGGCAG-AGAAAAGTATCATTCTTATGTCAATGTGGGGAACTCTGTTACTGGTAGTTTC 1863
Query 1900 TGTTTAAGTTCTGAGTGGTCTCCAATGTACTCCACACCTTCTGCGACCAAGTGGGAGTCT 1959
| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 TCTTTGAGTTCTGAGTGGTCTCCAATGTTCTCCACACCTTCTGCGACCAAGTGGGAGTCT 1923
Query 1960 GAGTACCAGAAAGGTTGTCGAATTCTTGAACAGAGTTTGAGACTGGGAAGGATGCCTGAC 2019
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1924 GATTACCAGAAAGGTTGTCGAATTCTTGAACGGAGTTTGAGGCTGGGAAGGATGCCTGAC 1983
Query 2020 CCTGAATTTTGTTTCAGTGCAGCTAACAACATCAAATTTGACCACGAGGTCATACCTGAA 2079
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1984 CCTGAATTTTGTTTCAGTGCAGCTAACAACATCAATTTTGATCACAAGGTCATACCTGAA 2043
Query 2080 ATGGATTGCTGTGAAA-CCGGTACAGACTCTTTCACAGCTATTCAGAACTGCACTCAGTT 2138
||||||||||| |||| ||||| |||| || ||||||| |||||||||| ||| | |||
Sbjct 2044 ATGGATTGCTG-GAAAACCGGTGCAGATTCGTTCACAGATATTCAGAACAGCATTAAGTC 2102
Query 2139 AGCTGATAAAATTT-GCAAGTCTTCGTGGGGGCATGCAGATGATGT-GCGTATTGACCAA 2196
|| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||
Sbjct 2103 AGATGA-AATTTTTTGCAAGTCTTCGTGGGAGCATGCAGATGATGTTG-GTATTGAACAA 2160
Query 2197 TATAGTATCAGGAAGGAAAAGTTCAGTTATATGGATGGCACACAGAA-CAATGCTGGTAA 2255
||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||||| | || || ||||||
Sbjct 2161 TATAGTATCAGAAAGGACAAGTTCAGTTAT--GG----CACACAGTATCA-TGTTGGTAA 2213
Query 2256 ACAAAGGTCAAAAAGAAGTCGATCTGCTCCTCCATTTTATCGAGAGAAGAAGAGATTTAT 2315
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2214 ACAAAGGTCAAAAAGAAGCCGATCTGCTCCTCCATTTTGTCGAGAGAAAAAGAGATTTAT 2273
Query 2316 CAGCTTAAGTTGTAAATCAGACACAAAACCAAAGAACTCTGATCCATCAGAACCTGATGA 2375
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 CAGCTTAAGTTGTATATCAGACACAAAATCAAAGAACTCTGATCCATCAGAACCTGATGA 2333
Query 2376 TCTGGAGTGTTTGACACAACCTTGTAATGCATCTCAAATGCATCTTAAGTGCAGCATCCT 2435
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2334 TCTGGAGTGTTTGACACAACCTTGTAATGCATCTCATATGCATCTTAAGTGCAACATCCT 2393
Query 2436 TGATGATGTGTCGTATGACCACATACAAGAAACAGAAAAAAGATTGAGTTCTGCCTCAGA 2495
|||||| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 TGATGA-----C--A--AC-A--TACAAGAAACAGAAAAAAGATTGAGTTCTGCCTCAGA 2441
Query 2496 CTTGAAAGCATCTGCTGGTTGCAGGACTGTGCACTCAGAGACCCAAGATGAGGATG-TGC 2554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2442 CTTGAAAGCATCTGCTGGTTGCAGGACTGTGCACTCAGAGACCCAAGATGAGGATGGTGG 2501
Query 2555 ACGAAGACTTCAGCTCAGAGGAATTTCTGGATCCAATTAAATCCACAACAAAATGGCGCC 2614
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2502 -CGAAGACTTCAGCTCAGAGGAAAATCTGGATCCAATTAAATCCACAACGAAATGGCGCC 2560
Query 2615 ATAACTGTGCGGTCTCTCAGGTTCCCAAGGAATCACACGAGCTTCATGGTCAAGATGGTG 2674
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2561 ATAACTGTGCGGTCTCTCAGGTTGGCAAGGAATCACACGAGCTTCATGATCAAGATAGTG 2620
Query 2675 TATTTGATATATCTTC-GGGACTTCTGCACTTACGATCCGATGAATCCTTGGTTCCTGAA 2733
|| ||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2621 TACTTGATATATCTTCAGGG-CTTTTGCACCTACGATCCGATGAATCCTTGGTTCCCGAA 2679
Query 2734 TCTATCAACAGACACTCCCTTGAAGATGCCAAGGTTCTACAACAGGTTGATAAAAAATAT 2793
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2680 TCTATTAACAGACACTCCCTTGAAGATGCCAAGGTTCTACAACAGGTTGATAAAAAATAT 2739
Query 2794 ATCCCAATCGTTGCTTGTGGAACAGTTGCCATCGTTGATCAGCATGCTGCCGATGAAAGA 2853
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2740 ATCCCAATCGTTGCCTGTGGAACAGTTGCCATCGTTGATCAGCATGCTGCCGATGAAAGA 2799
Query 2854 ATTCGTTTGGAAGAGCTGCGTACAAAGGTCCTG 2886
|||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 2800 ATTCGTTTGGAAGAGCTGCGTAAAAAGGTACTG 2832
Score = 1698 bits (919), Expect = 0.0
Identities = 991/1027 (96%), Gaps = 0/1027 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGACGATCAAGCCCTTGCCGGAAGGAGTTCGTCACTCCATGCGTTCTGGAATTATC 60
||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || || || |||
Sbjct 1 ATGAAGACGATCAAGCCATTACCCGAAGGTGTTCGTCACTCCATGCGCTCCGGGATCATC 60
Query 61 ATGTTCGACATGGCGAGGGTCGTGGAAGAACTCGTCTTCAACAGTCTCGATGCTGGGGCG 120
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 ATGTTCGACATGTCGAGGGTCGTGGAGGAACTCGTGTTCAACAGTCTCGATGCTGGTGCG 120
Query 121 ACCAAGGTGTCTATCTTCGTGGGTGTTGTTTCATGCTCTGTGAAAGTTGTGGATGATGGA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCAAGGTGTCTATCTTCGTGGGTGTTGTTTCATGCTCTGTCAAAGTTGTGGATGATGGA 180
Query 181 TCAGGCGTTTCAAGAGATGATTTGGTTTTGTTGGGAGAAAGATATGCTACTTCAAAGTTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCAGGCGTTTCAAGAGATGATTTGGTTTTGTTGGGAGAAAGATATGCTACTTCAAAGTTT 240
Query 241 CACGACTTCACCAACGTGGAGACAGCTAGTGAAACTTTTGGATTTCGTGGAGAGGCCTTA 300
||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 CACGATTTCACCATTGTGGAGGCAGCTAGTGAAAGTTTTGGATTCCGTGGAGAGGCCTTA 300
Query 301 GCTTCAATATCAGATATCTCGTTACTGGAGGTTAGGACAAAAGCTATTGGGAGGCCTAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTTCAATATCAGATATCTCGTTACTGGAGGTTAGGACAAAAGCTATTGGGAGGCCTAAT 360
Query 361 GGTTATCGAAAGGTTATGAAGGGATCCAAGTGTCTACATCTTGGAATTGATGATGATAGA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTTATCGAAAGGTTATGAAGGGATCCAAGTGTCTACATCTAGGAATTGATGATGATAGA 420
Query 421 AAAGACTCTGGCACGACGGTAACTGTCCGAGATCTATTTTACAGTCAGCCAGTGAGACGA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAAGACTCTGGCACGACGGTAACTGTCCGAGATCTATTTTACAGTCAGCCAGTGAGACGA 480
Query 481 AAATATATGCAATCCAGCCCCAAGAAAGTTTTGGAATCTATCAAAAAGTGTGTGTTCCGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAATATATGCAATCCAGCCCCAAGAAAGTTTTGGAATCTATCAAAAAGTGTGTGTTCCGG 540
Query 541 ATTGCCCTTGTGCACTCCAATGTTTCCTTCAGTGTTCTTGATATCGAAAGTGATGAAGAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATTGCCCTTGTGCACTCCAATGTTTCCTTCAGTGTTCTTGATATCGAAAGTGATGAAGAG 600
Query 601 CTTTTCCAAACCAATCCTTCTTCTTCAGCATTCTCACTACTGATGAGAGATGCAGGGACC 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTTTCCAAACCAATCCTTCTTCTTCAGCATTCTCACTACTGATGAGAGATGCAGGGACC 660
Query 661 GAAGCTGTAAATTCGCTTTGTAAAGTAAACGTTACAGATGGCATGCTGAATGTCTCTGGT 720
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAGGCTGTAAATTCGCTTTGTAAAGTAAACGTTACAGATGGCATGCTGAATGTCTCTGGT 720
Query 721 TTTGAGTGTGCGGATGACTGGAAGCCTACGGATGGGCAACAAACAGGAAGACGCAATAGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTGAGTGTGCGGATGACTGGAAGCCTACGGATGGGCAACAAACAGGAAGACGCAATAGA 780
Query 781 CTTCAATCCAACCCTGGTTACATTCTGTGCATAGCATGTCCACGCCGTCTTTATGAATTC 840
||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 781 CTTCAATCCAATCCTGGTTACATTTTGTGCATAACATGTCCACGCCATCTTTATGAATTC 840
Query 841 TCGTTTGAACCATCAAAGACGCACGTTGAGTTCAAGAAGTGGGGACCTGTACTTGCCTTT 900
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCGTTTGAACCATCAAAGACGCATGTTGAGTTCAAGAAGTGGGGACCTGTACTTGCCTTA 900
Query 901 ATAGAAAGAATCACTCTAGCCAACTGGAAGAAAGATAGAATTCTTGAACTTTTTGATGGG 960
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 901 ATAGAAAGAATCGTTCTAGCCAACTGGAAGAAAGATAGAAATCTTGAACTTTTTGGTGGG 960
Query 961 GGAGCTGATATACTGGCAAAAGGTGATAGACAAGACCTGATTGATGACAAAATTAGACTT 1020
||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 961 GGAGCTGATCTACTGGCCCAAGGTGATAGACAAGACCTGATTGATAACAAAATTAGACTT 1020
Query 1021 CAAAACG 1027
|||||||
Sbjct 1021 CAAAACG 1027
Score = 881 bits (477), Expect = 0.0
Identities = 516/535 (96%), Gaps = 2/535 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2973 AAAGGTACTGCCGGAGATGGGTTATCAGTTACTCCAGAGTTATTCAGAGCAGATAAGAGA 3032
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 AAAGGTACTGCCGGAGAGGGGTTATCAGTTACTTCAGAGTTATTCAGAGCAGATAAGAGA 2882
Query 3033 CTGGGGTTGGATCTGCAACATTACTGTAGAAGGGTCAACGTCCTTTAAGAAAAACATGAG 3092
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2883 CTGGGGTTGGATCTGCAACATTAATGTAGAAGGGTCAACGTCCTTTAAGAAAAACATGAG 2942
Query 3093 CATCATCCAGCGGAAACCAACACCAATCACACTTAATGCGGTTCCATGCATTCTGGGTGT 3152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 CATCATCCAGCGGAAACCAACACCAATCACACTTAATGCGGTTCCATGCATTCTGGGTGT 3002
Query 3153 AAATCTATCAGATGTTGATCTATTAGAGTTTCTTCAGCAGCTTGCTGATACTGACGGATC 3212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003 AAATCTATCAGATGTTGATCTATTAGAGTTTCTTCAGCAGCTTGCTGATACTGACGGATC 3062
Query 3213 ATCAACTATTCCTCCATCTGTTCTTCGAGTCCTAAATTCCAAAGCCTGTAGAGGTGCAAT 3272
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3063 ATCAACAATTCCTCCATCTGTTCTTCGGGTCCTAAATTCCAAAGCCTGCAGAGGTGCAAT 3122
Query 3273 TATGTTTGGAGATAGTCTGTTACCGTCAGAATGCTCTTTAATCATTGATGGACTGAAGCA 3332
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 TATGTTTGGAGATTCTCTGTTACCGTCAGAATGCTCTTTAATCATTGATGGACTGAAGCA 3182
Query 3333 GACCTCACTTTGTTTCCAGTGTGCTCATGGGCGACCTACAACAGTTCCTCTTGTCGATTT 3392
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 3183 GACTTCACTTTGTTTCCAGTGTGCTCATGGGAGACCTACAACAGTTCCTCTAGTCAATTT 3242
Query 3393 GAAGGCATTGCACAAACAGATAGCAAAGCTCAGTGGAAGACAAGTGTGGCATGGCTTACA 3452
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3243 GAAGACATTGCACAAACAGATAGCAAAGCTCAGTGGTAGACAAGTGTGGCATGGCTTCCA 3302
Query 3453 ACGCAGAGAAATTACACTTGATCGTGCAAAATCACGCTTAGAC-AACGCTAAAAG 3506
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3303 ACGCAGAGAAATTACACTTGATCGTGCTAAGTCACGCTTAGACGAA-GCTAAAAG 3356
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141574171560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5