BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G35830.1
Length=3214
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944295 jgi|Araly1|944295|scaffold_700524.1 1908 0.0
Ahg942660 jgi|Araly1|942660|scaffold_603204.1 294 2e-78
> Ahg944295 jgi|Araly1|944295|scaffold_700524.1
Length=2650
Score = 1908 bits (1033), Expect = 0.0
Identities = 1203/1277 (94%), Gaps = 43/1277 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1282 GACTGGCATTCTTGCTTGGACAATAGAGTAGGATTCAAGG---G-TTTCGCTGTACCTAA 1337
||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 1160 GACTGACATTCGTGCTTGGATAATAGAGTGGGATTCAAGGTTAGATTTTGCTGTACCTAA 1219
Query 1338 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 AGAAGCACAGAGTAAGGCTGTAGAGTTCAATTTTAACGGGACCACAGCACAGCTTAGACA 1279
Query 1398 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACTTCAAACCCTAGTGTAAT 1457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1280 TGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACCAGTTGCACAAATACCTCGAACCCTAGTGTAAT 1339
Query 1458 GCTTGGCGCTGCCTTAGTTGCAAAAAAGGCCTGCGACCTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1517
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GCTTGGCGCTGCCTTGGTTGCAAAAAAGGCCTGCGAACTAGGACTGGAGGTTAAGCCATG 1399
Query 1518 GATCAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1577
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GATTAAAACTAGTCTTGCTCCAGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCAAAGAGTGG 1459
Query 1578 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATCGTTGGTTATGGGTGCACCACATG 1637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1460 CTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTCGGCTTCAGTATAGTTGGTTATGGGTGTACCACATG 1519
Query 1638 CATTGGAAACTCGGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1697
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 CATTGGAAACTCAGGGGATATCCATGAAGCTGTGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGACTT 1579
Query 1698 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCTGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1757
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 GGTGGCATCCGCTGTGTTGTCCGGGAACAGAAATTTTGAGGGACGTGTTCACCCGTTAAC 1639
Query 1758 AAGAGCTAACTATCTAGCTTCCCCACCGCTTGTTGTAGCCTATGCTCTGGCTGGAACTGT 1817
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1640 AAGGGCTAACTATCTAGCTTCCCCGCCGCTTGTTGTAGCCTATGCTTTGGCTGGAACGGT 1699
Query 1818 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGAAAACAGATATTTTT 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1700 TGACATTGATTTTGAGACACAGCCCATTGGAACTGGGAAAGATGGCAAACAGATATTTTT 1759
Query 1878 CAGGGACATTTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGT---T------G--TT---CAA 1923
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||
Sbjct 1760 CAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCTGAGGTAAATATATATGGGTTGTTCAA 1819
Query 1924 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 TCTAGTGTCCTTCCTGATATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGAAATTCC 1879
Query 1984 ATGTGGAATCAGTTATCTGTGGCGTCAGGTACTCTCTATGAGTGGGACCCGAAATCAACT 2043
|| ||| | | | || | | | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 AT-TGGGA-C------C-----CGA-A---A-T-T----GAGTGGGACCCGAAATCAACA 1916
Query 2044 TACATTCACGAGCCGCCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCTCCACCCGGTCCACATGGT 2103
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TACATTCACGAGCCACCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCACCACCCGGTCCACATGGT 1976
Query 2104 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 GTGAAAGACGCATACTGTTTACTCAATTTTGGAGACAGTATTACCACTGATCACATCTCA 2036
Query 2164 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2223
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCGGCGGCTAAGTACTTGATGGAACGAGGTGTG 2096
Query 2224 GATAGAAGAGACTTCAACTCATACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCGAGA 2283
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2097 GACAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATTATGGCAAGA 2156
Query 2284 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GGCACTTTTGCAAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAA 2216
Query 2344 ACAGTTCACATTCCCACTGGAGAGAAGCTTTCTGT-TTTCGATGCTGCCATGAAATATAG 2402
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2217 ACAGTTCACATTCCCACAGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTT-GATGCTGCCATGAAATACAG 2275
Query 2403 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2462
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 GAACGAGGGACGCGACACAATCATTTTGGCTGGTGCTGAATACGGTAGTGGAAGTTCTCG 2335
Query 2463 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2522
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TGATTGGGCTGCCAAGGGTCCAATGCTTCTGGGTGTGAAAGCTGTGATTTCAAAGAGCTT 2395
Query 2523 CGAGCGAATTCACCGAA 2539
|||||||||||||||||
Sbjct 2396 CGAGCGAATTCACCGAA 2412
Score = 1840 bits (996), Expect = 0.0
Identities = 1118/1172 (95%), Gaps = 27/1172 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 88 CTCGACTTGTATCTATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 147
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCGACTTGTATC-ATCATCCATGGCTTCCGAGAATCCTTTCCGAAGCATATTGAAGGCG 59
Query 148 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGTGAATTCGGTAACTACTACAGCTTACCTGCTTTGAACGAT 207
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 60 TTAGAGAAGCCTGATGGTGGCGATTTCGGTAACTACTACAGCTTGCCTGCTTTGAACGAT 119
Query 208 CCCAGGATC-----G---ATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 259
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CCCAGGATCGGTGAGTTTATAAACTACCTTATTCCATTAGGATACTTCTTGAATCGGCCA 179
Query 260 TACGTAACTGTGATGAGTTCCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 319
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TACGTAACTGTGATGAGTTTCAAGTTAAGAGCAAAGATGTTGAGAAGATTCTTGATTGGG 239
Query 320 AGAATACTTCTCCCAAGCAGGTTGAGATTCCGTTCAAGCCTGCTCGGGTTCTTCTTCA-G 378
||||||| | | || | | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 240 AGAATAC-T-T----AG-A-----A-ATTCCGTTCAAACCTGCTCGGGTTCTTCTTCAGG 286
Query 379 ----GACTTTACTGGTGTTCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 434
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 287 TACCGACTTTACTGGTGTCCCTGCTGTTGTTGATCTTGCTTGCATGAGAGATGCCATGAA 346
Query 435 TAATCTCGGTGGTGATTCTAATAAAATTAATCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 494
|||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 TAATCTCGGTGGGGATTCTAATAAGATTAACCCGCTGGTCCCTGTAGATCTTGTCATTGA 406
Query 495 TCACTCCGTTCAGGTGGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 554
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 TCACTCCGTTCAGGTTGATGTGGCGAGATCAGAGAACGCAGTGCAGGCAAACATGGAGCT 466
Query 555 TGAGTTCCAGCGTAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAACGCCTTTCA 614
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 467 TGAGTTCCAGCGCAACAAGGAAAGATTTGCTTTTCTTAAGTGGGGATCCAATGCCTTTCA 526
Query 615 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 CAACATGCTTGTCGTACCTCCTGGATCTGGAATAGTTCATCAAGTCAACCTAGAATACCT 586
Query 675 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 587 TGCCAGAGTTGTTTTCAACACAAATGGACTTCTTTACCCAGACAGTGTTGTTGGCACAGA 646
Query 735 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 CTCTCACACCACTATGATTGATGGACTGGGTGTTGCTGGATGGGGAGTTGGCGGTATAGA 706
Query 795 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTACCCGGTGTTGTGGGTTT 854
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 707 AGCGGAAGCTACCATGCTTGGTCAGCCAATGAGCATGGTCCTGCCCGGTGTTGTGGGTTT 766
Query 855 CAAGCTAACGGGAAAGTTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 914
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 CAAGCTAACAGGAAAACTAAGAGATGGAATGACAGCTACTGATTTGGTCTTAACAGTGAC 826
Query 915 TCAGATGTTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 974
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TCAAATGCTGAGGAAACATGGAGTAGTTGGAAAGTTTGTTGAATTCCACGGGGAAGGGAT 886
Query 975 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGACCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 1034
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 887 GAGAGAATTGTCTTTAGCTGATCGTGCTACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTACGGTGC 946
Query 1035 GACCATGGGATTCTTCCCAGTCGATCATGTCACTTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1094
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 947 AACCATGGGATTCTTCCCAGTTGACCATGTCACGTTGCAGTATCTAAGGTTGACAGGCAG 1006
Query 1095 GAGCGATGACACTGTCTCCATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1154
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007 GAGCGATGACACTATCTCTATGATAGAGGCGTATTTACGAGCAAACAAGATGTTTGTGGA 1066
Query 1155 TTACAGTGAGCCGGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTCGAGGA 1214
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1067 TTACAGTGAGCCAGAGAGTAAGACAGTTTATTCCTCATGTCTGGAATTGAATCTGGAGGA 1126
Query 1215 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127 TGTGGAACCTTGTGTTTCTGGTCCCAAGAGGC 1158
Score = 361 bits (195), Expect = 2e-98
Identities = 227/242 (94%), Gaps = 3/242 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2587 GAAGATGCTGAGACCCTTGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAAC 2646
||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2410 GAA-ATGCTGAGACACTAGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGATCTCCCAAAC 2468
Query 2647 AATGTTAGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCGTCACAAACAATGGCAAATCT 2706
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2469 ACTGTTAGTAAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCATCACAAACAATGGGAAATCT 2528
Query 2707 TTCACATGTACACTCCGATTTGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCGATCACGGAGGG 2766
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2529 TTCACATGTACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTTGATCACGGAGGT 2588
Query 2767 ATTTTGCAATACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAA-C-ACCAGAGAC 2824
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2589 ATATTGCAGTACGTTATCAGGAACTTGATCAAACAATAAATCTGGTAAGCCACCAGAGAC 2648
Query 2825 TT 2826
||
Sbjct 2649 TT 2650
> Ahg942660 jgi|Araly1|942660|scaffold_603204.1
Length=231
Score = 294 bits (159), Expect = 2e-78
Identities = 177/186 (95%), Gaps = 0/186 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2536 CGAAGCAATTTGGTGGGAATGGGAATCATACCTTTGTGCTTCAAGGCGGGAGAAGATGCT 2595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 3 CGAAGCAATTTGGTGGGAATGGGAATCATACCTTTGTGCTTCAAGACAGGAGAAGATGCC 62
Query 2596 GAGACCCTTGGCCTAACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAACAATGTTAGT 2655
||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 63 GAGACACTAGGCCTGACGGGTCAGGAGCTTTACACCATTGATCTCCCAAACAGTGTTAGT 122
Query 2656 GAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCGTCACAAACAATGGCAAATCTTTCACATGT 2715
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 GAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACAGTCATCACAAACAATGGCAAATCTTTCACATGT 182
Query 2716 ACACTC 2721
||||||
Sbjct 183 ACACTC 188
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121431701060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5