BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36195.1
Length=1700
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491014 jgi|Araly1|491014|fgenesh2_kg.7__447__AT4G36190.1 2468 0.0
> Ahg491014 jgi|Araly1|491014|fgenesh2_kg.7__447__AT4G36190.1
Length=1560
Score = 2468 bits (1336), Expect = 0.0
Identities = 1477/1542 (96%), Gaps = 22/1542 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 43 CTGGTCCACTCGTTTT-AACTTCCGGCGATCGATTTTCACGGCGAGAAATGTTGTCGGCG 101
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1 CTGGTCCACTCGTTTTGAACTTCCGGCGATCGATTTTCACGGCGAGAAATGTCGTCGGCG 60
Query 102 CTTG-GCTTTGCTTTACTCAGCATCTTCGCGATCCTCTTGTCGTTA-TCAACCTTGTCTA 159
| || ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| || || | |||||||
Sbjct 61 C-TGTGCTTTGCTTTACTCACCACCTTCACGATCCTCTTGTCG-TATTCGAGCTTGTCTG 118
Query 160 ATGGATTACTTCAACCTCGTAGGATTTCTCATGGCTTGACGGAAAGTAGCAAGTACTTGA 219
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 ATGGATTA---CAACCTCGTAGGATTTCTCATGGCTTGACGGAAAGTAGCAAGTACTTGA 175
Query 220 CGAGGGATGAGCTCTGGTTCAATCAAACCCTAGATCATTACTCTCCTTCTGATCATCGCG 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 176 CGAGGGATGAGCTCTGGTTCAATCAAACCCTAGATCACTACTCTCCTTCTGATCATCGCA 235
Query 280 AATTCAAACAGCGATACTATGAATATCTAGACCATTTACGAGTTCCTGATGGACCTATCT 339
|||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 236 AATTCAGACAGCGATACTATGAATATCTTGACCATTTACGAGTTCCAGACGGACCTATCT 295
Query 340 TTATGATGATCTGTGGCGAAGGACCTTGCAATGGAATCCCCAATGACTATATAACTGTGT 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 296 TTATGATGATCTGTGGCGAAGGACCTTGCAATGGAATCCCCAATGACTATATAACTGTGT 355
Query 400 TAGCAAAGAAGTTTGATGCAGGCATTGTTTCACTTGAGCATCGTTATTACGGAAAGAGCT 459
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 356 TAGCAAAGAAGTTTGATGCAGGCATTGTTTCACTCGAGCATCGTTACTACGGAAAGAGCT 415
Query 460 CACCGTTTAAGTCATTAGCCACTGAGAATCTCAAGTATCTTTCTTCTAAACAGGCTCTTT 519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 416 CACCGTTTAAGTCATTAGCCACTGAGAATCTCAAGTATCTTTCATCTAAACAGGCTCTTT 475
Query 520 TCGATTTAGCTGCTTTCCGCCAATATTA-C---C-AG-------GACTCTTTGAATGTTA 567
|||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||
Sbjct 476 TCGATTTAGCTGCTTTCCGCCAATATTACCAGGCAAGATCAAATGACTCTTTGAATGTTA 535
Query 568 AGTTTAATAGAAGTGGCGATGTTGAGAATCCGTGGTTTTTCTTCGGAGCTTCTTATTCTG 627
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 536 AGTTTAATAGAAGTGGCAACGTTGAGAATCCGTGGTTTTTCTTTGGAGCGTCTTATTCTG 595
Query 628 GAGCTTTAAGTGCTTGGTTCCGGCTTAAGTTCCCTCATTTGACCTGTGGAAGCCTTGCTA 687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 596 GAGCTTTAAGTGCTTGGTTCCGGCTTAAGTTCCCTCATTTGACCTGTGGAAGCCTCGCTA 655
Query 688 GTTCTGCAGTTGTTCGTGCAGTCTACGAATTCCCTGAATTTGATCAACAGATAGGTGAGT 747
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GTTCCGCAGTTGTTCGTGCTGTCTACGAATTCCCTGAATTTGATCAACAGATAGGTGAGT 715
Query 748 CGGCTGGACCGGAATGTAAAGCTGCACTACAAGAGACTAATAAGCTCTTGGAACTAGGGC 807
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 716 CCGCTGGACCGGAATGTAAAGCTGCACTACAAGAGACTAATAAACTCTTGGAACTAGGGC 775
Query 808 TTAAAGTGAATAACAGGGCTGTGAAAGCTCTCTTCAATGCCACCGAGCTTGACGTTGATG 867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 776 TTAAAGTGAATAACAGGGCTGTGAAAGCTCTCTTCAATGCCACCGAGCTTGACGTCGATG 835
Query 868 CTGATTTCTTATACTTGATAGCAGATGCAGAAGTTATGGCGATCCAATACGGAAACCCAG 927
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 836 CTGATTTCTTGTACTTGATAGCAGATGCAGAAGTTATGGCGATCCAATACGGAAACCCGG 895
Query 928 ATAAACTATGTGTACCACTCGTGGAAGCTCAGAAGAATCGTGATGATTTAGTGGAAGCAT 987
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 896 ATAAACTATGTGTACCACTCGTGGAAGCTCAAAAGAATGGTGGTGATTTAGTGGAAGCAT 955
Query 988 ATGCTAAATATGTTAGAGAGTTTTGTGTGGGGGTTTTCGGGCTAAGCTCTAAAACATATA 1047
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 ATGCTAAATATGTTAGAGAGTTTTGTATGGGAGTTTTCGGGCTAAGCTCTAAAACATATA 1015
Query 1048 GCCGGAAACATCTGCTAGACACTGCGGTCACCCCAGAAAGTGCAGATAGGCTTTGGTGGT 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 GCCGGAAACATCTGCTAGACACTGCGGTCACCCCAGAGAGTGCAGATAGGCTTTGGTGGT 1075
Query 1108 TCCAAGTTTGCACTGAAGTGGCATATTTCCAAGTGGCACCTGCAAACGATAGCATCCGGT 1167
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 TCCAAGTTTGCACTGAAGTGGCGTATTTCCAAGTGGCACCTGCAAACGATAGCATCCGGT 1135
Query 1168 CTCATCAAATCAATACAGAGTATCATTTGGATCTATGCAAGAGTCTGTTTGGGAAAGGTG 1227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 CTCATCAAATCAATACAGAGTATCATTTGGATCTATGCAAGAGTCTGTTTGGGAAAGGTG 1195
Query 1228 TTTACCCTGAAGTCGATGCAACAAACCTGTATTATGGAAGTGACAGAATTGCTGCGACCA 1287
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTTACCCTGAAGTCGATGCAACAAACCTGTACTATGGAAGTGATAGAATTGCTGCGACCA 1255
Query 1288 AGATTATCTTCACAAATGGGTCACAGGATCCATGGCGTCATGCATCCAAACAGACCTCAT 1347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AGATTATCTTCACAAATGGGTCACAGGATCCATGGCGTCATGCATCCAAACAGACCTCAT 1315
Query 1348 CTCCTGAACTGCCTTCTTACATTGTGACTTGCCACAACTGTGGCCATGGAAGTGATCTCC 1407
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CTCCTGAACTGCCTTCTTACATTGTGACTTGTCACAACTGTGGCCATGGAAGTGATCTCC 1375
Query 1408 GTGGATGCCCTCAATCTCCCATGGTCATTGGAGGTGATTCCAAGAATTGCAGTTCACCTG 1467
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1376 GTGGATGCCCTCAATCTCCCATGGTCATTGAAGGTGATTCCAAGAATTGCAGTTCACCAG 1435
Query 1468 ATGCAGTGAACAAAGTGAGGCAACATATAGTAGATCATATGGACTTGTGGCTCTCTGAGT 1527
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 ATGCAGTGAACAAAGTGAGGCAACATATAGTAGAACACATGGACTTGTGGCTCTCCGAGT 1495
Query 1528 GTCGTGGAGGGATTAGGAGTTCCATGTAAAGAGTCACACGAA 1569
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1496 GTCGTGGAGGGATTAGGAGTTCCATGTAAAG--TCACACGAA 1535
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 63763070130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5