BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36360.1
Length=3187
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg491000 jgi|Araly1|491000|fgenesh2_kg.7__433__AT4G36360.1 4972 0.0
Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1 78.7 2e-13
> Ahg491000 jgi|Araly1|491000|fgenesh2_kg.7__433__AT4G36360.1
Length=3164
Score = 4972 bits (2692), Expect = 0.0
Identities = 3018/3172 (95%), Gaps = 36/3172 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 tcttcttcttcttcttcttccttccttctctctccttATTAAGAA--AGAC--CAACACA 76
||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| || | | ||| |
Sbjct 12 TCTCCTTCGTCTTCTTCTT-CTCCCTTCTCTCTCCTTATTAA-AACCTTTCTTC-ACAGA 68
Query 77 GACACGGAAGAAGTAGCTTGGTT-CTTCTCTTTGTGAAGGTGAATGCGGGAGATGGGGAC 135
|| || || | | ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 69 GAAAC-TAA-CACAAACTT-TTTCCTTCTCTCTGTGAAGGTTAATGCGGGAAATGGGGAG 125
Query 136 TGGAGATTCTGCTTCGAGACTGATTCTCTGGTTCTGCTTAGGGTTTTTGATTCTAGGTGT 195
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 126 TGGAGACTCTGCTTCGAGACTGATTCTCTGGTTCTGCTTAGGGCTTTTGATTCTAGGTGT 185
Query 196 TGGATTTGTGCAATGTGGAGTTACTTATGACCGGAAAGCACTTCTCATTAATGGACAGAG 255
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 TGGATTTGTGCAATGTGGAGTTACTTATGACCGTAAAGCACTTCTCATTAATGGACAGAG 245
Query 256 ACGAATCCTCTTCTCTGGCTCCATACATTACCCTCGAAGCACTCCTGATATGTGGGAAGA 315
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 ACGAATCCTCTTCTCTGGTTCCATACATTACCCTCGAAGCACTCCTGATATGTGGGAAGG 305
Query 316 TTTGATTCAGAAGGCGAAAGATGGAGGCATTGATGTGATTGAGACGTATGTGTTCTGGAA 375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 306 TTTGATTCAGAAGGCGAAAGATGGAGGCATTGATGTGATTGAGACTTATGTATTCTGGAA 365
Query 376 TCTTCATGAGCCTTCTCCTGGAAAATACGATTTTGAAGGGAGAAATGATTTGGTGAGATT 435
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 366 TCTTCATGAGCCCACTCCTGGAAAGTACGATTTTGAAGGGAGAAATGATTTGGTGAGATT 425
Query 436 CGTGAAGACGATTCACAAAGCTGGTTTATATGCTCATCTTCGAATTGGACCTTATGTTTG 495
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 CGTGAAGACGATTCACAAAGCTGGTCTATATGCTCATCTTCGAATTGGACCTTATGTTTG 485
Query 496 CGCCGAGTGGAATTTTGGAGGATTCCCTGTTTGGCTCAAGTATGTTCCTGGAATCAGCTT 555
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 CGCCGAGTGGAATTTCGGAGGATTCCCTGTTTGGCTCAAGTATGTTCCTGGAATCAGCTT 545
Query 556 CAGAACAGATAATGAGCCTTTTAAGAGAGCTATGAAAGGATTCACAGAGAGAATAGTTGA 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 546 CAGAACAGATAATGAGCCTTTTAAGAGAGCTATGAAAGGATTCACAGAGAGAATAGTTGA 605
Query 616 GCTGATGAAGAGTGAGAACTTGTTCGAGTCCCAGGGTGGTCCCATTATCCTTTCTCAGAT 675
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 606 GCTGATGAAGAGTGAGAACTTGTTTGAGTCCCAGGGTGGTCCCATTATCCTCTCTCAGAT 665
Query 676 TGAGAATGAGTATGGAAGACAAGGGCAGTTATTGGGCGCTGAAGGTCACAACTACATGAC 735
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 TGAGAATGAGTATGGAAGACAAGGCCAGTTATTGGGTGCTGAAGGTCACAACTACATGAC 725
Query 736 ATGGGCAGCTAAAATGGCTATAGCAACTGAGACTGGTGTCCCGTGGGTCATGTGCAAAGA 795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 ATGGGCAGCTAAAATGGCTATAGCAACTGAGACTGGTGTCCCGTGGGTCATGTGCAAAGA 785
Query 796 AGACGATGCCCCTGACCCTGTGATAAACACATGTAACGGTTTCTACTGTGATTCATTTGC 855
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 AGACGATGCCCCTGATCCTGTGATAAACACATGTAACGGTTTCTACTGTGATTCATTTGC 845
Query 856 TCCGAACAAGCCATACAAGCCTTTGATATGGACAGAGGCATGGAGCGGCTGGTTCACTGA 915
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 846 TCCGAACAAGCCATACAAGCCTTTGATATGGACAGAGGCATGGAGCGGATGGTTCACTGA 905
Query 916 GTTCGGTGGGCCAATGCACCATAGACCAGTTCAGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGTTT 975
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 906 GTTTGGTGGGCCAATGCACCATAGACCAGTTCAGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGATT 965
Query 976 CATACAAAAAGGAGGATCTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGG 1035
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 CATACAAAAAGGAGGTTCTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGG 1025
Query 1036 AAGAACAGCCGGAGGTCCATTTGTCACCACCAGCTATGATTATGATGCTCCGATCGACGA 1095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1026 AAGAACAGCCGGAGGTCCATTTGTCACCACCAGCTATGATTATGATGCTCCAATCGACGA 1085
Query 1096 ATATGGTTTAATCAGACAACCTAAATATGGTCACCTAAAGGAACTCCACAGAGCTATCAA 1155
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1086 ATATGGTTTAATCAGAGAACCTAAATATGGTCACCTAAAGGAGCTCCACAGAGCTATCAA 1145
Query 1156 GATGTGTGAGAAGGCTCTGGTGTCAGCTGATCCCGTTGTTACATCAATAGGAAACAAGCA 1215
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 GATGTGTGAAAAAGCTCTGGTGTCAGCTGATCCCGTTGTTACATCAATAGGAAACAAGCA 1205
Query 1216 ACAAGCTCATGTATACTCTGCAGAATCAGGAGATTGTTCGGCTTTCCTAGCTAACTATGA 1275
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1206 ACAGGCTCATGTATACTCTGCAGAATCAGGAGATTGTTCGGCTTTCCTTGCAAACTATGA 1265
Query 1276 TACAGAATCGGCAGCAAGAGTTTTGTTTAACAACGTTCATTATAACTTACCTCCTTGGTC 1335
||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 CACAGAATCGACAGCAAGAGTTTTGTTCAACAACGTTCATTATAACTTACCTCCTTGGTC 1325
Query 1336 AATCAGTATTCTTCCAGACTGTAGAAATGCAGTCTTCAATACTGCAAAGGTTGGAGTTCA 1395
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 AATCAGCATTCTTCCCGACTGTAGAAATGCTGTCTTCAATACTGCAAAGGTTGGAGTTCA 1385
Query 1396 AACATCCCAGATGGAAATGTTGCCTACAGACACAAAGAATTTCCAGTGGGAGAGTTATTT 1455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1386 AACATCCCAGATGGAAATGTTGCCTACAGACACAAAGAATTTCCAGTGGCAGAGTTATTT 1445
Query 1456 GGAAGATCTTTCTTCTCTAGATGACAGCTCCACATTCACCACTCACGGACTCTTGGAGCA 1515
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1446 GGAAGATCTTTCTTCTCTGGATGACAGCTCCACATTCACCACTCAAGGACTCTTAGAGCA 1505
Query 1516 GATAAATGTCACGCGTGACACAAGCGATTATCTTTGGTACATGACGAGTGTTGATATCGG 1575
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1506 GATAAATGTCACACGTGACACAAGCGATTATCTTTGGTACATGACTAGTGTTGATATCGG 1565
Query 1576 TGACAGTGAATCATTCTTGCATGGAGGAGAGCTACCAACTCTCATTATTCAATCTACAGG 1635
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 TGACACTGAATCATTCTTGCATGGAGGAGAGCTACCAACTCTCATTATTCAATCTACAGG 1625
Query 1636 CCATGCCGTGCATATATTTGTCAATGGACAGCTTTCAGGTTCTGCCTTTGGAACAAGGCA 1695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 CCATGCCGTGCATATATTTGTCAATGGACAGCTTTCAGGTTCTGCCTTTGGAACAAGGCA 1685
Query 1696 AAACAGGAGATTTACTTATCAGGGAAAGATCAATCTGCATTCTGGAACTAACAGAATTGC 1755
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 AAACAGGAGATTCACTTATCAGGGAAAGATCAATCTGCATTCTGGAACTAACAGAATTGC 1745
Query 1756 GTTGCTGAGTGTTGCTGTTGGATTACCAAATGTGGGTGGACACTTTGAGTCATGGAATAC 1815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 GTTGCTGAGTGTTGCTGTTGGATTACCAAATGTGGGTGGACACTTTGAGTCATGGAATAC 1805
Query 1816 TGGAATCTTGGGTCCGGTGGCATTGCATGGGTTGAGTCAAGGGAAAATGGATTTGTCATG 1875
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1806 TGGAATCTTGGGTCCAGTGGCATTGCATGGGTTGAGTCAAGGGAAAAGGGATTTGTCATG 1865
Query 1876 GCAGAAATGGACATACCAGGTGGGACTGAAAGGTGAAGCTATGAATCTTGCATTTCCAAC 1935
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 GCAGAAATGGACATACCAGGTGGGGCTGAAAGGTGAAGCTATGAATCTTGCATTTCCAAC 1925
Query 1936 CAACACTCCCTCTATTGGATGGATGGATGCGTCCTTAACTGTACAAAAGCCTCAGCCTTT 1995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 CAACACTCCCTCTATTGGATGGATGGATGCGTCCTTAACTGTACAAAAGCCTCAGCCTTT 1985
Query 1996 GACATGGCACAAGACTTATTTTGATGCGCCCGAAGGAAATGAGCCGCTTGCTTTGGACAT 2055
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1986 GACATGGCACAAGACTTATTTTGATGCACCCGAAGGAAATGAGCCTCTTGCTTTGGACAT 2045
Query 2056 GGAAGGAATGGGAAAAGGTCAGATTTGGGTGAACGGTGAGAGCATCGGAAGATACTGGAC 2115
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2046 GGAAGGAATGGGAAAAGGGCAGATTTGGGTGAATGGTGAGAGCATTGGAAGATACTGGAC 2105
Query 2116 AGCATTTGCGACTGGTGACTGCAGTCATTGTAGCTACACTGGAACATATAAACCGAACAA 2175
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 AGCATTTGCGACTGGTGACTGTAGTCATTGTAGCTACACCGGAACATATAAACCGAACAA 2165
Query 2176 ATGCCAAACCGGCTGTGGTCAACCTACACAAAGGTGGTACCATGTGCCGAGAGCTTGGTT 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2166 ATGCCAAACCGGCTGTGGTCAACCTACACAAAGATATTACCATGTGCCGAGATCATGGTT 2225
Query 2236 AAAGCCGAGCCAAAATCTGTTGGTCATATTCGAGGAGCTTGGTGGAAACCCATCAACTGT 2295
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2226 AAAGCCGAGCCAAAATCTGTTGGTTATATTCGAGGAGCTTGGTGGAAATCCATCAACTGT 2285
Query 2296 CTCTTTGGTCAAAAGATCAGTATCAGGAGTTTGTGCTGAAGTTTCTGAATACCACCCGAA 2355
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2286 CACTTTGGTCAAAAGATCAGTATCCGGAGTTTGTGCTGAAGTTTCTGAATACCACCCTAA 2345
Query 2356 TATCAAGAACTGGCAAATCGAAAGCTACGGAAAGGGACAGACATTTCATAGACCCAAGGT 2415
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 TATCAAGAACTGGCAAATCGAAAGCTATGGAAAAGGACAGACATTTCATAGACCCAAGGT 2405
Query 2416 TCATTTGAAATGTAGTCCAGGTCAAGCAATTGCATCCATCAAATTTGCAAGCTTTGGAAC 2475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||
Sbjct 2406 TCATTTGAAATGTAGTCCAGGTCAAGCAATTGCATCTATTAAGTTTGCAAGCTTCGGGAC 2465
Query 2476 TCCTTTAGGAACCTGCGGGAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCACGCAGCTACCTCATACGC 2535
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2466 TCCTTTAGGAACCTGTGGAAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCACGCCGCTACCTCATACGC 2525
Query 2536 TATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGGAAAGCGAGATGCGCAGTGACGATATCCAACAGCAA 2595
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2526 TATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGGAAAGCGAGATGCGCAGTGACGATATCCAACACCAA 2585
Query 2596 TTTCGGGAAAGACCCGTGTCCAAATGTGCTGAAACGGTTGACTGTTGAAGCAGTTTGTGC 2655
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2586 TTTCGGGAAAGACCCGTGTCCGAATGTGCTGAAACGGTTGACCGTTGAAGCAGTTTGTGC 2645
Query 2656 CCCAGAGACATCTGTAAGCACTTGGAGACCTTAAAGACAACCATTGAGCCCTTTGTCTAC 2715
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 2646 CCCAGAGACATCTGTAACCACTTGGAGACCTTAAAGACAACCATTGTGCCCTTTTTCTA- 2704
Query 2716 AAAATGT-ATAACCAAACAATACAGAGAGAGTTGAAGAAAAGAAATTGTAAGCTGTGTTT 2774
||||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2705 AAAATTTTATAACCAAACAATACAGAGAGA-T-GAAGAAAAGAAAATGTAAGCTGTGTT- 2761
Query 2775 AAAATAtgtgtgtgtgtgtgt-T-AGTTTGAACAGAGACATTTGTGGGTTAGAGTAGTTT 2832
||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 AAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTAGTATGAACAGAGAC-TTTGTGGGTTAGAGTAGTTT 2820
Query 2833 CAGATAGATAAGAGAGAAGAGTCTGTAGAGTTGTGATGAGTCTCGGGCAATTCCGTGGCT 2892
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 2821 CAGTTAGATAAGAGAGAAGAGTCTGTAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAATTCCG-GG-T 2878
Query 2893 CAT-T-AAAAACGTTCAGGCCACCGGTCACCACCGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACC 2950
| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CTTGTCAAAAACATTCAGGCCACCGGTCACCACCGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACC 2938
Query 2951 GGGATTGGTGGGTCTGAATGAAGTCAGTTTAAGGTTTGGTTT--T--GATTTGTCTTTGT 3006
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 2939 GGGATTGTTAGGTCTGAATGAAGTCAGTTTAAGGTTTGATTTGATTTGATTTGTCTTTGT 2998
Query 3007 AATCAACTAAAGAGGGTTCAGGTTTAGGAGAAAGGAGATCCTATGGTGACCCatttcttt 3066
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2999 AATCAACAAAAGAGGGTTCAGGTTTAGGAGAA-GGA--TCCTACGGTGACCCATTTCTAT 3055
Query 3067 caaacctattgtcgtttcacttt-ctaatttagttctattttccctttttctttttatct 3125
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 3056 CATATCTATTGTCGTTTCACTTTTCTAATTTAGTTGTATTTTTCCTTTTTCTATTTATCT 3115
Query 3126 aacaaaatatttatgtttcat-aaa-ctattttttcttcGTAAATTATAAAA 3175
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3116 AACAAAATATTTATGT--CATTAAAACTATTTTC-CTTTGTAAATTATAAAA 3164
> Ahg476906 jgi|Araly1|476906|fgenesh2_kg.2__2036__AT1G77410.1
Length=2635
Score = 78.7 bits (42), Expect = 2e-13
Identities = 146/195 (75%), Gaps = 11/195 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 948 AGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGTTTCATACAAAAAGGA-GGATCTTTTGTTAACTAC 1006
||||| | || ||| |||||| | |||||| | ||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 917 AGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCAT-CGCCAAGAATGGAAGTTTTGTTAACTAC 975
Query 1007 TACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGGAAGAACA-GCCGGAGGTCCATTT-GTCACCA 1064
|||||||||||||||||||| ||||| || |||| | || | | | || || | ||
Sbjct 976 TACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAA-ATGCTTCA---C-AGTTCGTAATCA 1030
Query 1065 CCAGCTATGATTATGATGCTCCGA-TCGACGAATATGGTTTAATCAGACAACCTAAATAT 1123
|||| ||| || || | ||||| | | || |||||||| ||| | || ||||| ||||
Sbjct 1031 CCAGTTATTATGATCAGGCTCC-ACTTGATGAATATGGATTACTTAGGCAACCAAAATGG 1089
Query 1124 GGTCACCTAAAGGAA 1138
|| ||||| ||||||
Sbjct 1090 GGACACCTTAAGGAA 1104
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120403264445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5