BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36400.1
Length=1992
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490996 jgi|Araly1|490996|fgenesh2_kg.7__429__AT4G36400.2 2885 0.0
> Ahg490996 jgi|Araly1|490996|fgenesh2_kg.7__429__AT4G36400.2
Length=1987
Score = 2885 bits (1562), Expect = 0.0
Identities = 1650/1694 (97%), Gaps = 0/1694 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 42 AGAAGTAGAAGAATGATGATGCAGAAATTGAGAAGATCGGGGGAGTTCATAAGATTTGGA 101
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2 AGAAGAAGAAGAATGATGATGCAGAAATTGAGAAGATCGGGAGCGTTCATAAGATTTGGA 61
Query 102 TGCAAATCTCTAATTAGTAGCCGACCAAACAAGGACTCAGTGTCACGTTCTGTGTCAGGC 161
|||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TGCAAATCTCTAATTACTAGCCGACCAGACAAGAACTCAGTGTCACGTTCTGTGTCAGGC 121
Query 162 TTTGTGAATCACTACAAATCAAAAGGCAAGCTTTTTGAGCTAAGTGATGGGAACTATAAG 221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 TTTGTGAATCACTACAAATCAAAAGGCAAGCTTTTTGAGCTAAGTGATGGGAACTATAAC 181
Query 222 ACAGAGCTTCATCATCCATGTATTAGTAGAAATGTGGGGATGCTTCTTCAGCAGTATAAG 281
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ACAGAGCTTCATCATCCATGTATTAGTAGACATTTGGGGATGCTTCTTCAGCAGTATAAG 241
Query 282 TGTTTTGGATCATCAGCAGCTTCTTTAATTCAGAGAAACCCTTTGTTTTCGTCGTTGGAT 341
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TGTTTTGGATCATCAGCAGCTTCTAAAATTCAGAGAAACCCTTTGTTTTCGTCGTTGGAT 301
Query 342 TCGAAAGATGTTAGCTACTTTAAGGAGATATTAGGTGaaaaaaaCGTGGTTGAAGATAAA 401
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 302 TCGAAAGATGTTAGCTACTTTAAGGAGATATTAGGTGAAAAAAACGTGATTGAAGATAAA 361
Query 402 GAAAGGCTTGAGACTGCTAATACAGATTGGATGCATAAGTACAAAGGATCTAGTAAGCTG 461
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 GAAAGGCTCGAGACTGCAAATACAGATTGGATGCATAAGTACAAAGGATCTAGTAAGCTG 421
Query 462 ATGCTCTTGCCCAAGAATACACAAGAGGTGTCTCAGATACTTGAGTACTGTGATTCGAGG 521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 422 ATGCTCTTGCCCAAGAATACACAAGAGGTGTCTCAGATACTTCAGTATTGTGATTCGAGG 481
Query 522 CGTTTAGCAGTTGTTCCTCAAGGAGGAAACACTGGTCTTGTTGGTGGAAGTGTGCCTGTC 581
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CGTTTAGCTGTTGTTCCTCAAGGAGGAAACACTGGTCTTGTTGGTGGAAGTGTGCCTGTC 541
Query 582 TTTGATGAGGTGATCGTCAATGTTGGTCTGATGAACAAAATCTTATCTTTTGATGAGGTT 641
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 542 TTTGATGAGGTGATCATCAATGTTGGTCTCATGAATAAAGTCTTAGCTTTTGATGAGGTT 601
Query 642 AGTGGCGTCTTGGTGTGTGAAGCAGGATGCATATTAGAAAATCTGGCAACTTTCCTTGAC 701
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AGTGGCGTCTTGGTCTGTGAAGCAGGATGCATATTAGAAAATCTGGCAACTTTCCTTGAC 661
Query 702 ACAAAAGGTTTTATTATGCCTCTAGACTTAGGTGCAAAAGGAAGCTGTCATATCGGTGGA 761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ACAAAAGGTTTTATTATGCCTCTAGACTTAGGTGCAAAAGGAAGCTGTCATATCGGTGGA 721
Query 762 AATGTTTCAACTAATGCTGGTGGTTTGCGTCTAATCCGTTATGGCTCACTTCATGGAACT 821
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 722 AATGTTTCAACCAATGCTGGTGGTTTGCGTCTAATCCGATATGGCTCACTTCATGGAACC 781
Query 822 GTATTGGGTCTAGAAGCTGTCACAGCAAATGGCAACGTGCTTGACATGCTTGGAACTTTA 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GTATTGGGTCTAGAAGCTGTCACAGCAAATGGCAACGTGCTTGACATGCTTGGAACTTTA 841
Query 882 CGCAAAGACAATACTGGGTACGACTTAAAACATTTGTTTATTGGTAGTGAAGGATCACTT 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CGCAAAGACAATACTGGGTACGACTTAAAACATTTGTTTATTGGTAGTGAAGGATCACTT 901
Query 942 GGTATTGTAACTAAAGTTTCTATTCTCACACAACCAAAATTGTCTTCTGTAAATTTAGCC 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GGTATTGTAACTAAAGTTTCTATTCTCACACAACCAAAATTGTCTTCTGTAAATTTAGCC 961
Query 1002 TTCATTGCTTGCAAAGATTATCTCAGCTGCCAGAAACTTCTTGTTGAAGCAAAGAGAAAT 1061
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 TTCATTGCCTGCAAAGATTATCTCAGCTGCCAGAAACTTCTTGTTGAAGCAAAGAGAAAT 1021
Query 1062 CTTGGAGAGATACTCTCGGCTTTCGAGTTTCTTGATAACAATTCCATGGATTTGGTACTG 1121
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CTTGGAGAGATACTATCCGCTTTCGAGTTTCTTGATAACAATTCCATGGATTTGGTACTG 1081
Query 1122 AACCACCTAGACGGTGTACGTAATCCAGTTTCCTCTTCGGAGAACTTTTATATTCTGATC 1181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 AACCACCTAGACGGTGTACGTAATCCAGTTTCCTCTTCGGAGAACTTTTATATTCTGATA 1141
Query 1182 GAGACAACAGGGAGTGATGAAACTAATGACAGGGAGAAGCTTGAAGCTTTCCTGTTGAAG 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1142 GAGACAACAGGGAGTGATGAAACTAATGACAGGGAGAAGCTTGAAGCTTTCCTGTTAAAG 1201
Query 1242 TCACTGGAAAAAGGTTTAGTTTCTGATGGTGTAATCGCTCAAGACATTAACCAGGCATCC 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TCACTGGAAAAAGGTTTAGTTTCTGATGGTGTAATCGCTCAAGACATTAACCAGGCATCC 1261
Query 1302 TCATTTTGGCGCATACGAGAGGGTATAACAGAGGCGTTACAGAAAGCAGGAGCTGTTTAC 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1262 TCATTTTGGCGCATACGAGAGGGTATAACAGAGGCGTTACAGAGAGCAGGAGCTGTTTAC 1321
Query 1362 AAGTATGACTTATCCTTACCGGTTGAAGAAATTTACAATATTGTTAACGATCTTCGAGGG 1421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AAGTATGACTTATCCTTACCGGTTGAAGAAATTTACAATATTGTTAACGATCTTCGAGGG 1381
Query 1422 AGATTAGGTGACTTAGCAAATGTTATGGGATATGGTCACCTTGGAGACGGAAATCTACAT 1481
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 AGATTAGGTGACTTAGCAAATGTTATGGGGTATGGTCACCTTGGAGACGGAAATCTACAT 1441
Query 1482 TTAAACATCTCAGCCGCGGAATATAACGATAAGCTTTTAGGTTTGATAGAGCCTTATGTC 1541
||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1442 TTAAACATCTCAGCCGCAGAATATGATGATAAGCTGTTAGGTTTGATAGAACCTTATGTC 1501
Query 1542 TATGAGTGGACATCAAAGCACCGTGGAAGCATCAGTGCGGAACATGGATTAGGTGTAATG 1601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1502 TATGAGTGGACATCAAAGCACCGTGGAAGCATCAGTGCAGAACATGGATTAGGTGTGATG 1561
Query 1602 AAAGCTAATGAAATCTTCTACAGCAAATCACCCGAAACTGTTGCATTAATGGCTTCCATT 1661
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 AAAGCTAATGAAATCTTCTACAGCAAATCACCCGAAACCGTTGCATTAATGGCTTCCATT 1621
Query 1662 AAAAAGTTGCTGGACCCAAAGGGAATTCTCAACCCTTACAAAGTTCTTCCTCACTCTCTC 1721
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 AAAAAGTTGCTGGACCCAAAGGGGATTCTCAACCCTTACAAAGTTCTTCCTCACTCTCTC 1681
Query 1722 TTCTCCAACTAAGG 1735
||||| |||||||
Sbjct 1682 TTCTCTTACTAAGG 1695
Score = 333 bits (180), Expect = 3e-90
Identities = 240/266 (90%), Gaps = 16/266 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1722 TTC-TCCAACTAAGGAATTTGGAACATGAGCAGCCAAGTTTGAGCGATATGATTGATGCA 1780
||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 TTCTTCAAAC-AA-GAATTTGGAACATGAGCAGCCAAGTTTGAGCGATATGATTGATGCA 1768
Query 1781 AAGGAACAAAAATACAAGTGCTGATTAAAAAGTCTTTAAACTCAAAAGTGTATATGCTTC 1840
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 AAGGAACAAAAATACAAGTGCTGATGAAAAAGTCTTTAAACTCAAAAGTGTATATGCTTC 1828
Query 1841 GCTTCTTCTTCTttgttgttgttgttgttgttACCTTGTTTTAATATCTTTTTAGTAAAG 1900
|||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||| |
Sbjct 1829 --TTCTTCTT-T--GTTGTTGTTGTTG------CCTTGTTTTTATATCTTATTACTAA-G 1876
Query 1901 GATAAGAAAGAATCTAAACCTATTGATCTTACGTGTATTTAAAGTTAAAATTTGCAGTGT 1960
|| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1877 GA-AAGAAAGAATCGAAACCTATGGATCTTACGTGTATTTAAAGTCCAAATTTGCAGTGT 1935
Query 1961 ATGTAGACCAAAACTCGAAAAGATAA 1986
|| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 ATTTAGACCAAAACTCGAAAAGATAA 1961
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74885421670
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5