BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G36400.1 Length=1992 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg490996 jgi|Araly1|490996|fgenesh2_kg.7__429__AT4G36400.2 2885 0.0 > Ahg490996 jgi|Araly1|490996|fgenesh2_kg.7__429__AT4G36400.2 Length=1987 Score = 2885 bits (1562), Expect = 0.0 Identities = 1650/1694 (97%), Gaps = 0/1694 (0%) Strand=Plus/Plus Query 42 AGAAGTAGAAGAATGATGATGCAGAAATTGAGAAGATCGGGGGAGTTCATAAGATTTGGA 101 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 2 AGAAGAAGAAGAATGATGATGCAGAAATTGAGAAGATCGGGAGCGTTCATAAGATTTGGA 61 Query 102 TGCAAATCTCTAATTAGTAGCCGACCAAACAAGGACTCAGTGTCACGTTCTGTGTCAGGC 161 |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 62 TGCAAATCTCTAATTACTAGCCGACCAGACAAGAACTCAGTGTCACGTTCTGTGTCAGGC 121 Query 162 TTTGTGAATCACTACAAATCAAAAGGCAAGCTTTTTGAGCTAAGTGATGGGAACTATAAG 221 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 122 TTTGTGAATCACTACAAATCAAAAGGCAAGCTTTTTGAGCTAAGTGATGGGAACTATAAC 181 Query 222 ACAGAGCTTCATCATCCATGTATTAGTAGAAATGTGGGGATGCTTCTTCAGCAGTATAAG 281 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 182 ACAGAGCTTCATCATCCATGTATTAGTAGACATTTGGGGATGCTTCTTCAGCAGTATAAG 241 Query 282 TGTTTTGGATCATCAGCAGCTTCTTTAATTCAGAGAAACCCTTTGTTTTCGTCGTTGGAT 341 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 242 TGTTTTGGATCATCAGCAGCTTCTAAAATTCAGAGAAACCCTTTGTTTTCGTCGTTGGAT 301 Query 342 TCGAAAGATGTTAGCTACTTTAAGGAGATATTAGGTGaaaaaaaCGTGGTTGAAGATAAA 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 302 TCGAAAGATGTTAGCTACTTTAAGGAGATATTAGGTGAAAAAAACGTGATTGAAGATAAA 361 Query 402 GAAAGGCTTGAGACTGCTAATACAGATTGGATGCATAAGTACAAAGGATCTAGTAAGCTG 461 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 362 GAAAGGCTCGAGACTGCAAATACAGATTGGATGCATAAGTACAAAGGATCTAGTAAGCTG 421 Query 462 ATGCTCTTGCCCAAGAATACACAAGAGGTGTCTCAGATACTTGAGTACTGTGATTCGAGG 521 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 422 ATGCTCTTGCCCAAGAATACACAAGAGGTGTCTCAGATACTTCAGTATTGTGATTCGAGG 481 Query 522 CGTTTAGCAGTTGTTCCTCAAGGAGGAAACACTGGTCTTGTTGGTGGAAGTGTGCCTGTC 581 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 482 CGTTTAGCTGTTGTTCCTCAAGGAGGAAACACTGGTCTTGTTGGTGGAAGTGTGCCTGTC 541 Query 582 TTTGATGAGGTGATCGTCAATGTTGGTCTGATGAACAAAATCTTATCTTTTGATGAGGTT 641 ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 542 TTTGATGAGGTGATCATCAATGTTGGTCTCATGAATAAAGTCTTAGCTTTTGATGAGGTT 601 Query 642 AGTGGCGTCTTGGTGTGTGAAGCAGGATGCATATTAGAAAATCTGGCAACTTTCCTTGAC 701 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 602 AGTGGCGTCTTGGTCTGTGAAGCAGGATGCATATTAGAAAATCTGGCAACTTTCCTTGAC 661 Query 702 ACAAAAGGTTTTATTATGCCTCTAGACTTAGGTGCAAAAGGAAGCTGTCATATCGGTGGA 761 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 662 ACAAAAGGTTTTATTATGCCTCTAGACTTAGGTGCAAAAGGAAGCTGTCATATCGGTGGA 721 Query 762 AATGTTTCAACTAATGCTGGTGGTTTGCGTCTAATCCGTTATGGCTCACTTCATGGAACT 821 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 722 AATGTTTCAACCAATGCTGGTGGTTTGCGTCTAATCCGATATGGCTCACTTCATGGAACC 781 Query 822 GTATTGGGTCTAGAAGCTGTCACAGCAAATGGCAACGTGCTTGACATGCTTGGAACTTTA 881 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 782 GTATTGGGTCTAGAAGCTGTCACAGCAAATGGCAACGTGCTTGACATGCTTGGAACTTTA 841 Query 882 CGCAAAGACAATACTGGGTACGACTTAAAACATTTGTTTATTGGTAGTGAAGGATCACTT 941 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 842 CGCAAAGACAATACTGGGTACGACTTAAAACATTTGTTTATTGGTAGTGAAGGATCACTT 901 Query 942 GGTATTGTAACTAAAGTTTCTATTCTCACACAACCAAAATTGTCTTCTGTAAATTTAGCC 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 902 GGTATTGTAACTAAAGTTTCTATTCTCACACAACCAAAATTGTCTTCTGTAAATTTAGCC 961 Query 1002 TTCATTGCTTGCAAAGATTATCTCAGCTGCCAGAAACTTCTTGTTGAAGCAAAGAGAAAT 1061 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 962 TTCATTGCCTGCAAAGATTATCTCAGCTGCCAGAAACTTCTTGTTGAAGCAAAGAGAAAT 1021 Query 1062 CTTGGAGAGATACTCTCGGCTTTCGAGTTTCTTGATAACAATTCCATGGATTTGGTACTG 1121 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1022 CTTGGAGAGATACTATCCGCTTTCGAGTTTCTTGATAACAATTCCATGGATTTGGTACTG 1081 Query 1122 AACCACCTAGACGGTGTACGTAATCCAGTTTCCTCTTCGGAGAACTTTTATATTCTGATC 1181 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1082 AACCACCTAGACGGTGTACGTAATCCAGTTTCCTCTTCGGAGAACTTTTATATTCTGATA 1141 Query 1182 GAGACAACAGGGAGTGATGAAACTAATGACAGGGAGAAGCTTGAAGCTTTCCTGTTGAAG 1241 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1142 GAGACAACAGGGAGTGATGAAACTAATGACAGGGAGAAGCTTGAAGCTTTCCTGTTAAAG 1201 Query 1242 TCACTGGAAAAAGGTTTAGTTTCTGATGGTGTAATCGCTCAAGACATTAACCAGGCATCC 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1202 TCACTGGAAAAAGGTTTAGTTTCTGATGGTGTAATCGCTCAAGACATTAACCAGGCATCC 1261 Query 1302 TCATTTTGGCGCATACGAGAGGGTATAACAGAGGCGTTACAGAAAGCAGGAGCTGTTTAC 1361 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1262 TCATTTTGGCGCATACGAGAGGGTATAACAGAGGCGTTACAGAGAGCAGGAGCTGTTTAC 1321 Query 1362 AAGTATGACTTATCCTTACCGGTTGAAGAAATTTACAATATTGTTAACGATCTTCGAGGG 1421 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1322 AAGTATGACTTATCCTTACCGGTTGAAGAAATTTACAATATTGTTAACGATCTTCGAGGG 1381 Query 1422 AGATTAGGTGACTTAGCAAATGTTATGGGATATGGTCACCTTGGAGACGGAAATCTACAT 1481 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1382 AGATTAGGTGACTTAGCAAATGTTATGGGGTATGGTCACCTTGGAGACGGAAATCTACAT 1441 Query 1482 TTAAACATCTCAGCCGCGGAATATAACGATAAGCTTTTAGGTTTGATAGAGCCTTATGTC 1541 ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1442 TTAAACATCTCAGCCGCAGAATATGATGATAAGCTGTTAGGTTTGATAGAACCTTATGTC 1501 Query 1542 TATGAGTGGACATCAAAGCACCGTGGAAGCATCAGTGCGGAACATGGATTAGGTGTAATG 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1502 TATGAGTGGACATCAAAGCACCGTGGAAGCATCAGTGCAGAACATGGATTAGGTGTGATG 1561 Query 1602 AAAGCTAATGAAATCTTCTACAGCAAATCACCCGAAACTGTTGCATTAATGGCTTCCATT 1661 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1562 AAAGCTAATGAAATCTTCTACAGCAAATCACCCGAAACCGTTGCATTAATGGCTTCCATT 1621 Query 1662 AAAAAGTTGCTGGACCCAAAGGGAATTCTCAACCCTTACAAAGTTCTTCCTCACTCTCTC 1721 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1622 AAAAAGTTGCTGGACCCAAAGGGGATTCTCAACCCTTACAAAGTTCTTCCTCACTCTCTC 1681 Query 1722 TTCTCCAACTAAGG 1735 ||||| ||||||| Sbjct 1682 TTCTCTTACTAAGG 1695 Score = 333 bits (180), Expect = 3e-90 Identities = 240/266 (90%), Gaps = 16/266 (6%) Strand=Plus/Plus Query 1722 TTC-TCCAACTAAGGAATTTGGAACATGAGCAGCCAAGTTTGAGCGATATGATTGATGCA 1780 ||| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1711 TTCTTCAAAC-AA-GAATTTGGAACATGAGCAGCCAAGTTTGAGCGATATGATTGATGCA 1768 Query 1781 AAGGAACAAAAATACAAGTGCTGATTAAAAAGTCTTTAAACTCAAAAGTGTATATGCTTC 1840 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1769 AAGGAACAAAAATACAAGTGCTGATGAAAAAGTCTTTAAACTCAAAAGTGTATATGCTTC 1828 Query 1841 GCTTCTTCTTCTttgttgttgttgttgttgttACCTTGTTTTAATATCTTTTTAGTAAAG 1900 |||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||| | Sbjct 1829 --TTCTTCTT-T--GTTGTTGTTGTTG------CCTTGTTTTTATATCTTATTACTAA-G 1876 Query 1901 GATAAGAAAGAATCTAAACCTATTGATCTTACGTGTATTTAAAGTTAAAATTTGCAGTGT 1960 || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1877 GA-AAGAAAGAATCGAAACCTATGGATCTTACGTGTATTTAAAGTCCAAATTTGCAGTGT 1935 Query 1961 ATGTAGACCAAAACTCGAAAAGATAA 1986 || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1936 ATTTAGACCAAAACTCGAAAAGATAA 1961 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 74885421670 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5