BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36480.1
Length=2058
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944232 jgi|Araly1|944232|scaffold_700461.1 2518 0.0
> Ahg944232 jgi|Araly1|944232|scaffold_700461.1
Length=1491
Score = 2518 bits (1363), Expect = 0.0
Identities = 1451/1494 (97%), Gaps = 3/1494 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 236 CTTTATTAAAGCAAATTAGCAATGGCTTCGAATCTCGTGGAAATGTTTAATGCTGCTTTG 295
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 CTTTATT-AAGCAAATTAGCAATGGCTTCGAATCTCGTGGAAATGTTTAATGCTACTTTG 59
Query 296 AATTGGGTTACTATGATTCTGGAGAGTCCTTCAGCTAGAGTTGTCTTGTTTGGTGTCCCA 355
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 60 AATTGGGTTACTATGATGCTGGAGAGTCCTTCAGCTAGAGTTGTCTTATTTGGTTTCCCA 119
Query 356 ATCCGAGGGCACTTCTTTGTGGAAGGGTTGTTGGGTGTTGTCATTATCATTCTCCTCACT 415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 120 ATCCGAGGGCACTTCTTTGTGGAAGGGTTGTTGGGTGTTGTCATTGTCATTCTCCTCACT 179
Query 416 CGGAAGAGTTATAAACCTCCCAAGCGACCATTGACCGAGCAGGAAATAGATGAGTTGTGT 475
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 180 AGGAAGAGTTACAAACCTCCCAAGCGACCATTGACCGAGCAGGAAATAGATGAGTTATGT 239
Query 476 GATGAGTGGGTTCCTGAACCTCTTATACCGCCAATTACTGAAGACATGAAGCATGAGCCA 535
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GATGAATGGGTTCCTGAACCTCTTATACCTCCAATTACTGAAGACATGAAGCATGAGCCA 299
Query 536 CCAGTTCTTGAAAGTGCTGCTGGACCGCATACAACAGTTAATGGAAAAGATGTGGTGAAT 595
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 300 CCAGTTCTTGAAAGTGCTGCCAGACCGCATACAACAGTTAATGGCAAAGATGTGGTGAAT 359
Query 596 TTTGCCTCAGCTAATTATCTTGGGCTCATTGGCCACGAGAAGTTGCTGGAATCATGTACT 655
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTTGCTTCAGCTAATTATCTTGGGCTCATTGGTCACGAGAAGTTGCTGGAATCATGTACT 419
Query 656 TCTGCATTAGAAAAATATGGGGTCGGTTCTTGTGGGCCTCGTGGATTCTATGGTACAATT 715
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TCTGCATTAGAAAAATATGGTGTCGGTTCTTGTGGTCCTCGTGGATTCTATGGTACAATT 479
Query 716 GATGTCCACCTTGACTGCGAAACCAGAATATCCAAATTTTTGGGTACTCCTGATTCAATC 775
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GATGTCCATCTTGACTGCGAAACCAGAATATCAAAATTTTTGGGTACTCCTGATTCAATC 539
Query 776 CTTTACTCTTATGGACTTTCCACAATGTTCAGCACAATTCCTTGTTTCTGTAAGAAAGGC 835
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CTCTATTCTTATGGACTTTCCACGATGTTCAGCACAATTCCTTGTTTCTGTAAGAAAGGC 599
Query 836 GATGTCATTGTTGCTGATGAGGGTGTTCACTGGGGAATACAAAATGGACTTCAGCTTTCA 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATGTCATTGTTGCTGATGAGGGTGTTCACTGGGGAATACAAAATGGACTTCAGCTTTCA 659
Query 896 AGAAGTACAATTGTGTACTTCAAGCACAATGACATGGAATCCCTTCGAATTACCCTTGAG 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 660 AGAAGTACAATTGTGTACTTCAAGCACAATGACATGGAATCCCTTCGAAGTACCCTTGAG 719
Query 956 AAAATCATGACAAAGTACAAGCGCTCAAAGAACTTGAGGCGTTATATTGTAGCTGAAGCT 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AAAATCATGACAAAGTACAAGCGCTCAAAGAACTTGAGGCGTTATATTGTAGCTGAAGCT 779
Query 1016 GTATATCAAAATTCAGGTCAAATTGCGCCTCTGGATGAGATTGTAAAACTAAAAGAGAAG 1075
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTATATCAGAATTCTGGTCAAATTGCGCCTCTGGATGAGATTGTAAAACTAAAAGAGAAG 839
Query 1076 TATCGGTTTCGTGTTATATTGGATGAAAGCAACTCTTTTGGTGTGCTTGGCCGTTCTGGG 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TATCGGTTTCGTGTTATATTGGATGAAAGCAACTCTTTTGGTGTGCTTGGCCGTTCTGGG 899
Query 1136 AGAGGTCTTGCAGAGCATCATAGTGTCCCTATTGAGAAGATAGATGTTGTGACTGCTGCA 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGAGGTCTTGCAGAGCATCATAGTGTCCCTATTGAGAAGATAGATGTTGTGACTGCTGCA 959
Query 1196 ATGGGCCATGCATTAGCCACAGAAGGTGGATTTTGCACTGGGAATGCCCGCATCATCGAT 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 ATGGGCCATGCATTAGCCACAGAAGGTGGATTTTGCACTGGGAATGCCCGCATCATCGAT 1019
Query 1256 TACCAGAGACTTAGCAGTTCAGGATATGTGTTCTCTGCTTCTTTACCACCATACCTTGCA 1315
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1020 TACCAGAGGCTTAGCAGTTCAGGATATGTGTTCTCTGCTTCTTTGCCACCATACCTTGCA 1079
Query 1316 AGTGCTGCTATCACCGCCATTGATGTCATTGATCAAAACCCTGATATGTTAGTTAAGCTG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGTGCTGCTATCACCGCCATTGATGTCATTGATCAAAACCCGGATATGTTAGTTAAGCTG 1139
Query 1376 AAGCAAAATGTTGCTCTGTTATGGAAAGGATTGTCAGATATCAAGGGGATGTCATTAACA 1435
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1140 AAGCAAAATATTGCTCTGTTATGGAAAGGATTGTCAGATATCAAGGGGATGTCGTTAACA 1199
Query 1436 AGCAACCGGGAATCACCTATTGTTTTCTTAAAATTAGAGAAATCTAGCGGTTCAGCTAAA 1495
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGCAACCGGGAATCGCCTATTGTTTTCTTAAAATTAGAGAAATCTAGCGGTTCAGCTAAA 1259
Query 1496 GATGATTTGCTTCTACTTGAGAAAATGGCTGACCGTGCTCTGAAGGAAGACTCATTGTTG 1555
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1260 GACGATTTGCTTCTACTTGAGGAAATGGCTGACCGTGCTCTGAAGGAAGACTCGTTGTTG 1319
Query 1556 GTTGTGAGTTCTAAAAGATCATTTCTTGATAAATGCCGGTTACCTGTGGGAATCAAACTC 1615
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTTGTGAGTTCTAAAAGATCGTTTCTTGATAAATGCCGGTTACCTGTGGGAATCAAACTC 1379
Query 1616 TACGTCTCAGCGGGACATTCGGAATCCGATCTTCTTAAAGCGTCGGAGTCACTGAAGAGA 1675
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 1380 TACGTTTCAGCGGGACATTCGGAATCCGATCTTCTTAAAGCATCCGAGTCGCTGAAGAGA 1439
Query 1676 CTTGCTTCAGAGCTTCTACTCAAGTCCTGAAACACCGAAACTCTTTTTTCTTCA 1729
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1440 CTTGCTTCAGAGCTTCTACTCAAGTCTTGAAACACC-AAACTCTTTTT-CTTCA 1491
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77399377840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5