BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36630.1
Length=3364
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490975 jgi|Araly1|490975|fgenesh2_kg.7__408__AT4G36630.1 5378 0.0
> Ahg490975 jgi|Araly1|490975|fgenesh2_kg.7__408__AT4G36630.1
Length=3248
Score = 5378 bits (2912), Expect = 0.0
Identities = 3148/3260 (97%), Gaps = 24/3260 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 TCGAAGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 144
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCGACGATATGGTTCACAACGCTTATGATTCGTTTCAGCTTCTCAAAGATTGTCCCGCTA 60
Query 145 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCTGGATGTTATGACGGTTCTC 204
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 61 GGATCGATGCTGTTGAATCCTACGGCTCCAAGCTCTTCGCCGGATGCTATGACGGTTCTC 120
Query 205 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCGCATTTACTCTCCACCGGAATCTTCTGCCTCCGATCCGTCGGAGCTGCATCAAGAGA 180
Query 265 CTTACGTGCTAGAGAAGACGGTAGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 324
|||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTTACGTGCTTGAGACGACCGTGGCTGGATTCTCTAAGAAACCGATTGTGGCGATGGAGG 240
Query 325 TTTTGGCTTCGAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 384
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTTGGCTTCAAGAGAGTTGCTTTTGTCTCTCTCTGAGTCAATTGCGTTTCATGGACTTC 300
Query 385 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGTGCTAATGCTTATTCTTGGG 444
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 301 CTAATTTGGAGACTGTTGCTGTGATTACTAAAGCTAAAGGCGCTAATGCTTATTCGTGGG 360
Query 445 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGAGTCTGTGTTTTCAAGCACG 504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGATCGGCGTGGGTTCTTGTGTTTCTCTAGGCAAAAGAGGGTTTGTGTTTTCAAGCACG 420
Query 505 ATGGAGGAGGAGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCTA 564
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 421 ATGGAGGAGGTGGATTTGTAGAGGTCAGAGACTATGGAGTTCCTGATACTGTCAAGTCGA 480
Query 565 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAGAAAGAGTATGTGATACTTAATA 624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
Sbjct 481 TTTCTTGGTGTGGAGAAAACATCTGTTTAGGCATTAAAAAAGAGTATCTGATACTTAACA 540
Query 625 CTGCTAATGGGACTCTCTCTGAGGTGTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 684
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGCTAATGGGACACTCTCTGAGGTTTTTCCTTCTGGTAGGGTTGCTCCTCCTCTCGTGA 600
Query 685 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTATTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 744
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TATCTCTACCTTCTGGTGAACTTCTTTTGGGAAAGGAGAACATTGGAGTTTTTGTTGATC 660
Query 745 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATCTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 804
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAATGGGAAGCTCCTTCAAACAGAGAGAATTTGTTGGTCAGAGGCCCCAACGTCTATTG 720
Query 805 TCATTCAAAACCCTTATGCGATAGCCTTGTTACCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 864
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCATTCAAAACCCTTATGCAATAGCCTTGTTGCCTCGTCGAGTTGAGGTTCGCTTGCTCC 780
Query 865 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAAGTCCATATCCTTTAATACAGACAATTGTTCTTCAAAACATTCGTCGCCTGGTCAAGA 840
Query 925 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAACAATGCTGTGATTGTTGGTTTGGATAACTCTGTTTATGTTCTCTTCCCTGTCTCTA 900
Query 985 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 1044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTGGTGCCCAGATTGTGCAATTAACAGCTTCGGGAAATTTTGAGGAAGCCTTAGCTCTAT 960
Query 1045 GCAAAGTACTCCCCCCTGATGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCAATTCACA 1104
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 961 GCAAAGTACTCCCCCCTGAAGAGTCAAGCCTACGAGCTGCGAAAGAGAGTTCGATTCATA 1020
Query 1105 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAAGATTTGCTCATTATCTTTTTGAGAACGGGAGCTATGAGGAAGCCATGGAACACTTCC 1080
Query 1165 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCATCCATCATTCTTCCTA 1224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCGCATCTCAAGTAGATATCACGCATGTACTTTCCATGTATCCCTCCATCATTCTTCCTA 1140
Query 1225 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATTTCTGGTGATGAAGCATCTC 1284
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAACAACTATTATTCCTCAACCAGATAAGATGGTGGACATGTCTGGTGATGAAGCATCTC 1200
Query 1285 TGTCAAGAGGTTCATCCGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1344
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGTCAAGAGGTTCATCTGGCATTTCAGATGATATGGAGTCTTCATCTCCTCGATATTTTT 1260
Query 1345 TGGAATCTGAGGACAATGCAGACCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1404
||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGAACCTGAGGACAATACAGCCCTTGAATCTAAGAAAATGAGTCACAACACTTTGATGG 1320
Query 1405 CTCTTATAAAGTACTTGCTGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1464
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTCTTATAAAGTACTTGCAGAAGAGGAGGCCGGCTGTTATCGAGAAGGCCACTTCTGAAG 1380
Query 1465 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTACGGGGCAAATGATTCATCTA 1524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1381 GAACAGAAGAGGTCATTTCGGATGCTGTTGGTAAAACTTATGGGGCATATGATTCATCTA 1440
Query 1525 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCAAGAGAGA 1584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1441 AGTCTAAGAAGTCCAGCAAGGGACGTGGTATGATCCCTCTTAATTCAGGTGCCAGAGAGA 1500
Query 1585 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TGGCAGCAATCCTTGATACAGCTCTTCTCCAAGCACTTCTACACACTGGCCAGTCTGGAG 1560
Query 1645 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACAGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1704
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTGCTATAGAGTTATTAAAGGGTGTCAACTACTGTGACGTTAAGATTTGTGAGGAGATTC 1620
Query 1705 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTGTTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 TCATGAAAAGTAAAAATTATTCTGCACTATTAGAACTATTCAAGAGCAATTCGATGCACC 1680
Query 1765 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAACCAGCTGGCGGATGAGTCTAAAACAAACCAGTCACAAA 1824
|||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| || ||||||||||||
Sbjct 1681 ATGAAGCCCTTAAGCTTCTTAATCAGCTGGCTGAGGAGTCCAAATCAGACCAGTCACAAA 1740
Query 1825 CTGATGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATCGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1884
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTGAAGTTACACAGATATTTAGTCCTGAGTTGATCATTGAATATCTCAAGCCTCTCTGCA 1800
Query 1885 GGACTGATCCAATGCTTGTCTTGGAGTATTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1944
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGACTGATCCTATGCTTGTCTTGGAGTACTCTATGCTTGTCCTGGAAAGCTGTCCAACTC 1860
Query 1945 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 2004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AAACCATCGACTTGTTTTTGTCTGGAAATATCTCAGCTGACCTTGTCAATTCGTATCTGA 1920
Query 2005 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCAATGAATGACA 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1921 AGCAGCATGCTCCAAATATGCAGGGTAGATATTTAGAACTTATGATGGCTATGAATGAAA 1980
Query 2065 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTATCTTTCAGAAGTGCTTG 2124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1981 CCGCAGTTTCTGGAAATCTCCAAAACGAGATGGTACAAATCTACCTTTCAGAAGTGCTTG 2040
Query 2125 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCGCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCTGAAA 2184
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2041 ACTTGTATGCTGCAAAGAGTGCCCAGCAGAAATGGGATGAGAAGGATCATCCTCCCGAAA 2100
Query 2185 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATATAGTCCGCAGCCTTTGTTGA 2244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2101 GGAAAAAACTATTGTCTGCGTTAGAGAGCATCTCCGGATACAGTCCACAGCCTTTGTTGA 2160
Query 2245 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAACC 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2161 AGCGTCTTCCACGTGATGCTCTCTATGAAGAGCGTGCAGTTATATTGGGCAAAATGAATC 2220
Query 2305 AACATGAGCTTGCTTTGTCCATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGCTGG 2364
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2221 AACATGAGCTTGCTTTGTCGATCTATGTTCATAAGCTTCATGCACCTGATCTGGCGTTGG 2280
Query 2365 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCTGTTACTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2424
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CTTACTGTGATCGTATATATGAGTCCGTTTCTTATCTACCATCTGGAAAACCGTCAAGCA 2340
Query 2425 ATATCTACCTCACAGTGCTGCAAATATACCTGAATCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2484
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 ATATCTACCTCACAGTGCTACAAATATACCTGAACCCTAAGAAAAGCGCAAAAGACTTTG 2400
Query 2485 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGACACCACAAAAATGATGGACT 2544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 2401 CAAAACGAATTGTAGCTCTAGGATCATTCGAAAGTTCAGAGACTACAAAGATGATGGACT 2460
Query 2545 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGCG 2604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2461 CTGTTTTATCTTCAAAAGCTAAAGGAGGCCGATCCAAGAAAATTGTTGCAATAGAAGGTG 2520
Query 2605 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 CTGAGGATATGCGAGTTGGTCTCAGTAGCAGCACTGACAGTGGAAGAAGCGATGTTGATA 2580
Query 2665 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 CTGAAGAACCCTTGGAAGAAGGAGACTCCACCGTTATGATCTCTGAAGTTCTTGATCTGT 2640
Query 2725 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTGCCTAGAGAAA 2784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2641 TGAGCCAAAGGTGGGAGAGGATCAACGGTGCACAAGCCCTCAAGCTTTTACCTAGAGAAA 2700
Query 2785 CTAAACTCCATAACCTGCTTCCGTTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCTC 2844
||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2701 CTAAACTTCAGAACCTACTTCCATTTCTTGCACCCCTTCTAAGAAATTCAAGTGAAGCAC 2760
Query 2845 ACAGAAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2904
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 ACAGGAACTTTTCAGTCATCAAGAGTTTGAGGCAGAGTGAAAACTTACAGGTGAAAGAGG 2820
Query 2905 AACTATACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGAAAGCATGTGCTCATTGT 2964
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2821 AACTGTACAAACATAGGAAAGGAGTAGCGCAAGTAACAAGCGATAGCATGTGCTCATTGT 2880
Query 2965 GCAACAAGAAGATAGGGACAAGCGTATTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 3024
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 GCAACAAGAAGATCGGGACAAGCGTCTTTGCTGTTTATCCCAACGGGAAAACGTTAGTTC 2940
Query 3025 ACTTTGTATGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACAACACATGGAA 3084
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2941 ACTTTGTCTGCTTCAGAGATTCTCAAGGCATGAAAGCTGTTTCTAAGACATCACATGGAA 3000
Query 3085 GAAGACGATGAG-G-TAATCATCA--ATTACTGTAACAAAGAGAGGTTTAAGACACTAAA 3140
|||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 3001 GAAGACGATGAGAGGTCATCATCATCATTACTGTAACAAAGAG-G-TTTAAGACACTAAA 3058
Query 3141 CCATCTTTTCTTTTTTACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGTGT 3200
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3059 CCATCTTTTCTTTTT-ACAAAACTCCCAAAGTGCAATTAAAGAAAAAGCTCCTTTCGT-T 3116
Query 3201 TGTTTGTCTGTTTATAGAGAGAGATTTGGAGCTAC-ttttttggt-gt-ttt-cttctgt 3256
||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || ||| ||||| |
Sbjct 3117 -GTTTGTCTGTTTATAGAGAGATAGTTGGAGCTAAATTTTTTGGTTGTGTTTTCTTCTTT 3175
Query 3257 ggttt-ttt-gt--gtttggttCAAAATGATGGTCTTGACTCTTGACAAAACCAGTTTGG 3312
| ||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 3176 GTTTTCTTTTGTTTGTTTGGTTGAAAATGATGGTCTTGAC-----A-AAA-CCAGTTTGA 3228
Query 3313 CTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3332
|||||||||||||||||||
Sbjct 3229 TTCTTGTTGTAAAATCTGTT 3248
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126998121101
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5