BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36760.1
Length=2238
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg944201 jgi|Araly1|944201|scaffold_700430.1 2481 0.0
> Ahg944201 jgi|Araly1|944201|scaffold_700430.1
Length=2018
Score = 2481 bits (1343), Expect = 0.0
Identities = 1441/1488 (97%), Gaps = 7/1488 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 651 GAG-GTTGCTTGGCTATATAATATCCGTGGAACTGATGTTGCTTATTGTCCCGTTGTTCA 709
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 534 GAGTGTTGCTTGGCTATATAATATCCGTGGAACTGATGTCGCTTATTGTCCGGTTGTTCA 593
Query 710 TGCGTTTGCAATCCTTACCACCGACTCTGCGTTTCTCTATGTTGACAAAAAGAAAGTGTC 769
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 594 TGCGTTTGCAATCCTTACAACCGATTCTGCGTTTCTCTATGTTGACAAAAAGAAAGTATC 653
Query 770 TGATGAGGCAAACTCTTATTTCAATGGGCTCGGTGTGGAAGTCCGGGAATACACAGATGT 829
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 CGATGAGGCAAACTCTTATTTCAATGGGCTCGGTGTAGAAGTCCGGGAATACACAGATGT 713
Query 830 GATCTCAGATGTGGCCTTGCTTGCTTCGGATCGACTTATTTCTTCATTTGCCTCTAAAAC 889
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 714 GATCTCAGATGTGGCCTTGCTTGCTTCGGATCGACTTATTTCTTCATTTGCCACTAAAAC 773
Query 890 TGTCCAA-CATGAGGCTGCAAAGGATATGGAGATTGATTCTGACCAGCCTGATCGGTTAT 948
||| ||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 774 TGTTCAATC-TGAGACTACAAAGGATATGGAGATTGATTCTGACCAGCATGATCGGTTAT 832
Query 949 GGGTGGATCCTGCTTCGTGCTGCTATGCACTTTACTCCAAATTGGATGCTGAGAAGGTCC 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 833 GGGTGGATCCTGCTTCGTGCTGCTATGCACTTTACTCCAAATTGGATGCCGAGAAGGTCC 892
Query 1009 TTCTGCAACCATCCCCTATATCCCTCTCAAAAGCCTTGAAGAACCCGGTTGAGCTCGAAG 1068
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 TTCTGCAGCCATCTCCTATATCCCTCTCAAAAGCCTTGAAGAACCCGGTTGAGCTCGAAG 952
Query 1069 GGATCAAGAATGCACATGTTCGTGATGGTGCTGCTGTTGTCCAGTACCTTGTTTGGCTCG 1128
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 953 GGATCAAGAACGCACATGTTCGTGATGGTGCTGCTGTTGTCCAGTACCTTGTCTGGCTCG 1012
Query 1129 ACAATCAGATGCAGGAGCTCTATGGAGCATCTGGATACTTCTTGGAAGCAGAGGCAAGCA 1188
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 ATAAACAGATGCAGGAGCTCTATGGAGCATCTGGATACTTCTTGGAAGCAGAGGCAAGCA 1072
Query 1189 AAAAGAAACCATCAGAAACCTCTAAGCTTACTGAAGTGACTGTGAGCGATAAGCTGGAAA 1248
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 AAAAGAAACCATCAGAGACCTCTAAGCTTACTGAAGTGACTGTGAGCGATAAGCTGGAAA 1132
Query 1249 GTCTTCGAGCTTCAAAAGAGCATTTTAGAGGTTTAAGCTTTCCTACTATATCATCGGTTG 1308
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GTCTCCGAGCTGCAAAAGAGCATTTTAGAGGTTTAAGCTTTCCTACTATATCATCGGTTG 1192
Query 1309 GTTCAAACGCTGCTGTTATTCATTATTCACCAGAGCCAGAAGCTTGTGCCGAGATGGACC 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 GTTCAAACGCTGCTGTTATTCATTATTCACCAGAGCCAGAAGCTTGTGCCGAGATGGACC 1252
Query 1369 CCGACAAAATTTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACAACTGATATAA 1428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 CCGACAAAATTTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACAACTGATATAA 1312
Query 1429 CCCGAACGGTTCACTTTGGAAAACCTTCAGCTCATGAAAAGGAATGCTATACTGCGGTCT 1488
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CCCGAACAGTTCACTTTGGAAAACCTTCAGCTCATGAAAAGGAATGCTATACTGCGGTCT 1372
Query 1489 TCAAGGGTCATGTTGCACTAGGAAATGCTCGGTTTCCAAAGGGAACAAACGGCTATACAC 1548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1373 TCAAGGGTCATGTTGCACTAGGAAATGCTCGGTTTCCAAAGGGAACAAACGGTTATACAC 1432
Query 1549 TTGATATTCTTGCTCGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGGTTGGATTATCGACATGGTACTG 1608
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TTGATATTCTTGCTCGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGGTTGGATTATCGACATGGTACTG 1492
Query 1609 GTCATGGAGTTGGTTCTTACCTTTGTGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGAC 1668
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 GTCATGGAGTTGGTTCTTACCTTTGTGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGAC 1552
Query 1669 CGAGTGCCAGGAATGTACCTCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACT 1728
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 CGAGTGCTAGGAATGTACCTCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACT 1612
Query 1729 ATGAAGACGGGAACTTTGGTATTAGGTTGGAGAATGTTCTTGTTGTCAATGACGCTGAGA 1788
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 ATGAAGACGGGAACTTTGGCATTAGGCTGGAGAATGTTCTTGTTGTCAATGACGCTGAGA 1672
Query 1789 CTGAATTCAATTTTGGCGACAAGGGCTACTTGCAATTCGAGCATATCACTTGGGCACCAT 1848
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CCGAATTCAATTTTGGCGACAAGGGCTACTTGCAATTCGAGCATATCACTTGGGCACCAT 1732
Query 1849 ATCAAGTGAAACTTATCGATCTAGACGAGTTGACACGGGAAGAGATTGACTGGTTAAACA 1908
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1733 ATCAAGTGAAACTTATCGATCTAGACGAGCTGACACGGGAAGAGATTGATTGGTTAAACA 1792
Query 1909 CATATCATTCGAAGTGCAAAGACATCTTAGCCCCATTTATGAACCAGACTGAAATGGAAT 1968
|||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 CATACCATTCGAAATGCAAAGACATCTTGGCCCCATTCATGAACCAGACTGAAATGGAAT 1852
Query 1969 GGCTCAAGAAAGCTACCGAACCTGTAAGTGTATCCGCTTGATCCCCTCCCAGATTTCTCT 2028
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 GGCTCAAGAAAGCTACCGAACCTGTAAGTGTATCGGCTTAATCCCCTCCCAGATTTCTCT 1912
Query 2029 TAAATAGATGTTTATCAATGGCTCCT-TCACTTCTCTCACTAGTAAACCAAAAACATTCA 2087
| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1913 TTAATAGATGTTTATCAATGGCTT-TGTCACTTCTCTCACTAGTAAACCAAAAATATTCA 1971
Query 2088 AGTCAT-ACACAGATTATTTTCTTTAGTTTTGCATTCAAAGTTCATGT 2134
|||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1972 AGTCATTACACAGATTATTTCCTTTAGTTT-GCATTCAAAGTTCATGT 2018
Score = 900 bits (487), Expect = 0.0
Identities = 521/538 (97%), Gaps = 0/538 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 CTCTCTTCGTTGAGGTCACTAATGGCCTCTCACTCTCCTCCTCTTGATGCTTTGGTTGTT 143
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 CTCTCTTCCTTGAGGTCACTAATGGCCTCTCACTCTCCTCCTCTTGACGCTTTGGTTGTT 60
Query 144 CCTTCCGAAGACTATCACCAGAGCGAGTATGTTTCTGCACGAGACAAACGCCGTGAGTTC 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCTTCCGAAGACTATCACCAGAGCGAGTATGTTTCTGCACGAGACAAACGCCGTGAGTTC 120
Query 204 GTGTCTGGATTCAGTGGAAGTGCAGGTTTGGCACTTATCACGAAGAAGGAAGCAAGACTT 263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 121 GTGTCTGGATTCAGTGGAAGTGCAGGTTTGGCACTTATCACGAAGAACGAAGCAAGGCTT 180
Query 264 TGGACAGATGGTCGATACTTCTTGCAAGCATTGCAACAGCTTAGCGATGAGTGGACACTA 323
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 TGGACTGATGGTCGATACTTCTTGCAAGCATTGCAACAGCTTAGCGATGAGTGGACATTA 240
Query 324 ATGCGGATGGGAGAAGATCCTCTTGTTGAAGTTTGGATGTCTGATAATCTACCTGAAGAG 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATGCGGATGGGAGAAGATCCTCTTGTTGAAGTTTGGATGTCAGATAATCTACCTGAAGAG 300
Query 384 GCAAATATAGGTGTTGATTCATGGTGTGTCTCGGTAGACACTGCGAATAGATGGGGGAAA 443
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCAAACATAGGTGTTGATTCATGGTGTGTCTCGGTAGACACTGCGAATAGATGGGGGAAA 360
Query 444 TCGTTTGCCAAGAAGAATCAGAAACTAATCACCACAACTACTGATCTTGTGGATGAAGTT 503
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 361 TCTTTTGCCAAGAAGAATCAGAAACTAATCACCACAACAACTGATCTTGTGGACCAAGTT 420
Query 504 TGGAAGAGTCGTCCACCTTCTGAGATGAGTCCGGTTGTTGTTCATCCTTTGGAGTTTGCT 563
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 TGGAAGAGTCGTCCACCTTCTGAGATGAGTCCAGTTGTTGTTCATCCCTTGGAGTTTGCT 480
Query 564 GGCCGTTCTGTTTCCCATAAATTCGAAGATTTGAGGGCAAAGCTTAAGCAAGAGGGTG 621
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 GGCCGTTCTGTTTCCGATAAATTGGAAGATTTGAGGGCAAAGCTTAAGCAAGAGAGTG 538
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84255621940
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5