BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT4G36860.1 Length=2127 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg328082 jgi|Araly1|328082|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000309 2778 0.0 > Ahg328082 jgi|Araly1|328082|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000309 Length=1677 Score = 2778 bits (1504), Expect = 0.0 Identities = 1622/1677 (97%), Gaps = 15/1677 (1%) Strand=Plus/Plus Query 324 ATGGGGTGGCTAACTAAAATCCTTAAAGGTTCTAGCCATAAGTTTTCTGATGGACAATGT 383 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 ATGGGGTGGCTAACTAAAATCCTTAAAGGTTCTAGCCATAAGTTTTCGGATGGACAATGT 60 Query 384 AATGGAAGATATAGAGAAGATAGAAACTTGGAAGGTCCTCGTTATTCTGCGGAAGGATCT 443 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AATGGAAGATATAGAGAGGATAGAAACTTGGAAGGTCCTCGTTATTCTGCGGAAGGATCT 120 Query 444 GATTTTGACAAAGAGGAGATTGAATGTGCTATTGCACTTTCTCTTTCTGAACAAGAACAT 503 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GATTTTGACAAAGAAGAGATTGAATGTGCTATTGCACTCTCTCTTTCTGAACAAGAACAT 180 Query 504 GTAATTCCACAAGATGACAAAGGAAAGAAAATAATCGAGTACAAATCTGAAACCGAAG-A 562 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 181 GTAATTCCACAAGATGACAAAGGAAAGAAAGTAATCGAGTACAAATCTGAAACCGAAGAA 240 Query 563 -A-GATGACGATGACGATGAGGATGAGGATGAAGAATACATGAGAGCTCAGCTAGAAGCA 620 | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||| Sbjct 241 GATGATGACGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGAATTCATGAGAGCTCAGCTTGAGGCA 300 Query 621 GCAGAGGAAGAGGAAAGACGGGTAGCTCAAGCTCAAATCGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGA 680 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GCAGAAGAAGAGGAAAGACGGGTAGCTCAAGCTCAAATCGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGA 360 Query 681 GCTGAAGCTCAACTAGAAGAAACAGAGAAACTGCTTGCAAAAGCTCGATTAGAAGAGGAA 740 |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 GCTGAAGCTCAACTAGAAGAAATAGAGAAACAGCTTGCAAAAGCTCGATTAGAAGAGGAA 420 Query 741 GAAATGAGGCGTTCTAAAGCCCAACTGGAGGAAGATGAGCTACTCGCCAAGGCCCTTCAA 800 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 421 GAAATGAGGCGTTCTAAAGCCCAATTGGAGGAAGATGAGCAACTCGCCAAGGCCATTCAA 480 Query 801 GAAAGTATGAATGTGGGATCTCCTCCTCGATATGATCCAGGAAATATACTTCAACCATAT 860 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GAAAGTATGAATGTGGGATCTCCTCCTCGATATGATCTAGGAAATATACTTCAACCATAT 540 Query 861 CCCTTCCTCATTCCTTCTAGTCACAGGATATGTGTCGGTTGCCAAGCTGAGATAGGACAT 920 |||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||| Sbjct 541 CCCTTCCTCATTCCATCTAGTCACGGGATATGCGCCGGTTGCCAAGCTGAGATTGGACAT 600 Query 921 GGAAGGTTTCTGAGTTGCATGGGTGGCGTTTGGCATCCTGAATGTTTCTGTTGCAATGCA 980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 601 GGAAGGTTTCTGAGTTGCATGGGTGGCGTTTGGCATCCTGAATGTTTCTGTTGCCATGCA 660 Query 981 TGTGATAAGCCCATCATAGATTATGAGTTCTCAATGTCAGGAAATCGGCCTTATCACAAA 1040 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 661 TGTGATAAGCCCATCATAGATTATGAGTTCTCAATGTCGGGAAATCGGCCTTATCACAAA 720 Query 1041 TTATGTTACAAGGAGCAGCATCATCCTAAATGTGATGTTTGCCATAACTTTATTCCGACA 1100 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 721 TTATGTTACAAGGAGCAGCATCATCCTAAATGTGATGTTTGCCATAATTTTATTCCGACA 780 Query 1101 AATCCAGCTGGTCTTATTGAGTATAGGGCACATCCCTTTTGGATGCAAAAGTATTGTCCT 1160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AATCCAGCTGGTCTTATTGAGTATAGGGCACATCCCTTTTGGATGCAAAAGTATTGTCCT 840 Query 1161 TCACATGAGCGTGATGGAACTCCTCGGTGTTGCAGTTGTGAGCGAATGGAGCCAAAAGAT 1220 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TCACATGAGCGTGATGGAACTCCTCGGTGCTGCAGTTGTGAGCGAATGGAGCCAAAAGAT 900 Query 1221 ACAAAATATCTCATTCTTGATGATGGTCGAAAACTGTGTCTTGAATGTCTCGACTCAGCC 1280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 ACAAAATATCTCATTCTTGATGATGGTCGAAAACTGTGTCTTGAATGTCTCGACTCAGCC 960 Query 1281 ATTATGGACACTCATGAATGCCAACCATTGTACCTTGAGATACGTGAATTTTACGAAGGC 1340 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 ATTATGGACACTCATGAATGCCAACCATTGTACCTTGAGATACGTGAATTTTACGAAGGC 1020 Query 1341 TTACATATGAAAGTGGAACAGCAAATTCCTATGCTTTTGGTGGAGAGATCAGCTCTAAAC 1400 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TTACACATGAAAGTGGAACAGCAAATTCCTATGCTGTTGGTGGAGAGATCAGCTCTAAAC 1080 Query 1401 GAAGCTATGGAAGGAGAGAAACACGGACATCATCATTTACCTGAAACTAGAGGACTTTGT 1460 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GAAGCTATGGAAGGAGAGAAACACGGACATCATCATTTACCTGAAACTAGAGGACTTTGT 1140 Query 1461 TTGTCTGAAGAACAAACTGTCACCACGGTGTTAAGGAGACCAAGAATTGGGGCAGGCTAC 1520 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 TTGTCTGAAGAACAAACTGTCACCACGGTGTTAAGGAGACCAAGAATTGGGGCAGGCTAC 1200 Query 1521 AAGTTAATAGACATGATCACAGAGCCTTGCAGGCTGATACGTCGTTGTGAAGTCACTGCG 1580 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1201 AAGTTAATAGACATGATCACAGAGCCTTGCAGGCTGATACGCCGTTGTGAAGTCACTGCG 1260 Query 1581 ATTCTCATTTTATATGGACTTCCTCGTTTGTTAACCGGGTCAATCCTTGCTCATGAGATG 1640 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 ATTCTCATTTTATATGGACTTCCTCGTTTATTAACTGGGTCAATCCTTGCTCATGAGATG 1320 Query 1641 ATGCATGCATGGCTTCGACTAAATGGGTATCCAAATCTTAGACCAGAAGTGGAAGAAGGA 1700 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 ATGCATGCGTGGCTTCGACTAAATGGGTATCCAAATCTTAGACCAGAAGTGGAAGAAGGG 1380 Query 1701 ATATGTCAAGTTTTAGCACACATGTGGTTGGAATCTGAGACTTATGCTGGCTCTACATTA 1760 || ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 ATCTGTCAGGTTTTAGCTCACATGTGGCTGGAATCTGAGACTTATGCTGGCTCTACATTA 1440 Query 1761 GTAGACATCGCATC-T-T-CTTC---ATCATC-T----G-CTGTGGTGTCAGCATCGTCC 1808 ||||| |||||||| | | |||| |||||| | | |||||||||||| |||||| Sbjct 1441 GTAGATATCGCATCGTCTTCTTCCTCATCATCATCATCGGCTGTGGTGTCAGTATCGTCG 1500 Query 1809 AAGAAAGGTGAGAGGTCTGATTTTGAGAAGAAACTTGGTGAGTTTTTCAAGCATCAAATC 1868 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 AAGAAAGGTGAGAGGTCTGATTTTGAGAAGAAACTTGGTGAGTTTTTCAAGCATCAAATC 1560 Query 1869 GAGTCGGATTCTTCATCGGCATATGGGGATGGGTTCAGGCAAGGTAACCAAGCAGTTCTT 1928 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 GAGTCGGATTCTTCATCGGCATATGGGGATGGGTTCAGGCAAGGTAACCAAGCAGTTCTT 1620 Query 1929 AAGCATGGTCTGAGGCGAACCCTCGACCATATTCGCTTGACCGGTACATTTCCTTAA 1985 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 AAGCATGGTCTGAGGCGAACCCTCGACCATATTCGCTTGACCGGTACATTTCCTTAA 1677 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 80027604745 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5