BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G36860.1
Length=2127
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg328082 jgi|Araly1|328082|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000309 2778 0.0
> Ahg328082 jgi|Araly1|328082|fgenesh1_pm.C_scaffold_7000309
Length=1677
Score = 2778 bits (1504), Expect = 0.0
Identities = 1622/1677 (97%), Gaps = 15/1677 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 324 ATGGGGTGGCTAACTAAAATCCTTAAAGGTTCTAGCCATAAGTTTTCTGATGGACAATGT 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGGTGGCTAACTAAAATCCTTAAAGGTTCTAGCCATAAGTTTTCGGATGGACAATGT 60
Query 384 AATGGAAGATATAGAGAAGATAGAAACTTGGAAGGTCCTCGTTATTCTGCGGAAGGATCT 443
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AATGGAAGATATAGAGAGGATAGAAACTTGGAAGGTCCTCGTTATTCTGCGGAAGGATCT 120
Query 444 GATTTTGACAAAGAGGAGATTGAATGTGCTATTGCACTTTCTCTTTCTGAACAAGAACAT 503
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATTTTGACAAAGAAGAGATTGAATGTGCTATTGCACTCTCTCTTTCTGAACAAGAACAT 180
Query 504 GTAATTCCACAAGATGACAAAGGAAAGAAAATAATCGAGTACAAATCTGAAACCGAAG-A 562
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 GTAATTCCACAAGATGACAAAGGAAAGAAAGTAATCGAGTACAAATCTGAAACCGAAGAA 240
Query 563 -A-GATGACGATGACGATGAGGATGAGGATGAAGAATACATGAGAGCTCAGCTAGAAGCA 620
| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||
Sbjct 241 GATGATGACGATGAGGATGAGGATGAAGATGAAGAATTCATGAGAGCTCAGCTTGAGGCA 300
Query 621 GCAGAGGAAGAGGAAAGACGGGTAGCTCAAGCTCAAATCGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGA 680
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCAGAAGAAGAGGAAAGACGGGTAGCTCAAGCTCAAATCGAGGAAGAAGAGAAAAGGAGA 360
Query 681 GCTGAAGCTCAACTAGAAGAAACAGAGAAACTGCTTGCAAAAGCTCGATTAGAAGAGGAA 740
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTGAAGCTCAACTAGAAGAAATAGAGAAACAGCTTGCAAAAGCTCGATTAGAAGAGGAA 420
Query 741 GAAATGAGGCGTTCTAAAGCCCAACTGGAGGAAGATGAGCTACTCGCCAAGGCCCTTCAA 800
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 421 GAAATGAGGCGTTCTAAAGCCCAATTGGAGGAAGATGAGCAACTCGCCAAGGCCATTCAA 480
Query 801 GAAAGTATGAATGTGGGATCTCCTCCTCGATATGATCCAGGAAATATACTTCAACCATAT 860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAAAGTATGAATGTGGGATCTCCTCCTCGATATGATCTAGGAAATATACTTCAACCATAT 540
Query 861 CCCTTCCTCATTCCTTCTAGTCACAGGATATGTGTCGGTTGCCAAGCTGAGATAGGACAT 920
|||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 541 CCCTTCCTCATTCCATCTAGTCACGGGATATGCGCCGGTTGCCAAGCTGAGATTGGACAT 600
Query 921 GGAAGGTTTCTGAGTTGCATGGGTGGCGTTTGGCATCCTGAATGTTTCTGTTGCAATGCA 980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 601 GGAAGGTTTCTGAGTTGCATGGGTGGCGTTTGGCATCCTGAATGTTTCTGTTGCCATGCA 660
Query 981 TGTGATAAGCCCATCATAGATTATGAGTTCTCAATGTCAGGAAATCGGCCTTATCACAAA 1040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGTGATAAGCCCATCATAGATTATGAGTTCTCAATGTCGGGAAATCGGCCTTATCACAAA 720
Query 1041 TTATGTTACAAGGAGCAGCATCATCCTAAATGTGATGTTTGCCATAACTTTATTCCGACA 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 TTATGTTACAAGGAGCAGCATCATCCTAAATGTGATGTTTGCCATAATTTTATTCCGACA 780
Query 1101 AATCCAGCTGGTCTTATTGAGTATAGGGCACATCCCTTTTGGATGCAAAAGTATTGTCCT 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AATCCAGCTGGTCTTATTGAGTATAGGGCACATCCCTTTTGGATGCAAAAGTATTGTCCT 840
Query 1161 TCACATGAGCGTGATGGAACTCCTCGGTGTTGCAGTTGTGAGCGAATGGAGCCAAAAGAT 1220
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCACATGAGCGTGATGGAACTCCTCGGTGCTGCAGTTGTGAGCGAATGGAGCCAAAAGAT 900
Query 1221 ACAAAATATCTCATTCTTGATGATGGTCGAAAACTGTGTCTTGAATGTCTCGACTCAGCC 1280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ACAAAATATCTCATTCTTGATGATGGTCGAAAACTGTGTCTTGAATGTCTCGACTCAGCC 960
Query 1281 ATTATGGACACTCATGAATGCCAACCATTGTACCTTGAGATACGTGAATTTTACGAAGGC 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATTATGGACACTCATGAATGCCAACCATTGTACCTTGAGATACGTGAATTTTACGAAGGC 1020
Query 1341 TTACATATGAAAGTGGAACAGCAAATTCCTATGCTTTTGGTGGAGAGATCAGCTCTAAAC 1400
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTACACATGAAAGTGGAACAGCAAATTCCTATGCTGTTGGTGGAGAGATCAGCTCTAAAC 1080
Query 1401 GAAGCTATGGAAGGAGAGAAACACGGACATCATCATTTACCTGAAACTAGAGGACTTTGT 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAAGCTATGGAAGGAGAGAAACACGGACATCATCATTTACCTGAAACTAGAGGACTTTGT 1140
Query 1461 TTGTCTGAAGAACAAACTGTCACCACGGTGTTAAGGAGACCAAGAATTGGGGCAGGCTAC 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTGTCTGAAGAACAAACTGTCACCACGGTGTTAAGGAGACCAAGAATTGGGGCAGGCTAC 1200
Query 1521 AAGTTAATAGACATGATCACAGAGCCTTGCAGGCTGATACGTCGTTGTGAAGTCACTGCG 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAGTTAATAGACATGATCACAGAGCCTTGCAGGCTGATACGCCGTTGTGAAGTCACTGCG 1260
Query 1581 ATTCTCATTTTATATGGACTTCCTCGTTTGTTAACCGGGTCAATCCTTGCTCATGAGATG 1640
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATTCTCATTTTATATGGACTTCCTCGTTTATTAACTGGGTCAATCCTTGCTCATGAGATG 1320
Query 1641 ATGCATGCATGGCTTCGACTAAATGGGTATCCAAATCTTAGACCAGAAGTGGAAGAAGGA 1700
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATGCATGCGTGGCTTCGACTAAATGGGTATCCAAATCTTAGACCAGAAGTGGAAGAAGGG 1380
Query 1701 ATATGTCAAGTTTTAGCACACATGTGGTTGGAATCTGAGACTTATGCTGGCTCTACATTA 1760
|| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ATCTGTCAGGTTTTAGCTCACATGTGGCTGGAATCTGAGACTTATGCTGGCTCTACATTA 1440
Query 1761 GTAGACATCGCATC-T-T-CTTC---ATCATC-T----G-CTGTGGTGTCAGCATCGTCC 1808
||||| |||||||| | | |||| |||||| | | |||||||||||| ||||||
Sbjct 1441 GTAGATATCGCATCGTCTTCTTCCTCATCATCATCATCGGCTGTGGTGTCAGTATCGTCG 1500
Query 1809 AAGAAAGGTGAGAGGTCTGATTTTGAGAAGAAACTTGGTGAGTTTTTCAAGCATCAAATC 1868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AAGAAAGGTGAGAGGTCTGATTTTGAGAAGAAACTTGGTGAGTTTTTCAAGCATCAAATC 1560
Query 1869 GAGTCGGATTCTTCATCGGCATATGGGGATGGGTTCAGGCAAGGTAACCAAGCAGTTCTT 1928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GAGTCGGATTCTTCATCGGCATATGGGGATGGGTTCAGGCAAGGTAACCAAGCAGTTCTT 1620
Query 1929 AAGCATGGTCTGAGGCGAACCCTCGACCATATTCGCTTGACCGGTACATTTCCTTAA 1985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AAGCATGGTCTGAGGCGAACCCTCGACCATATTCGCTTGACCGGTACATTTCCTTAA 1677
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80027604745
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5