BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G37510.1
Length=1862
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490868 jgi|Araly1|490868|fgenesh2_kg.7__301__AT4G37510.1 3083 0.0
Ahg938950 jgi|Araly1|938950|scaffold_503141.1 1009 0.0
Ahg944081 jgi|Araly1|944081|scaffold_700310.1 621 5e-177
> Ahg490868 jgi|Araly1|490868|fgenesh2_kg.7__301__AT4G37510.1
Length=1856
Score = 3083 bits (1669), Expect = 0.0
Identities = 1801/1864 (97%), Gaps = 12/1864 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTGCTGCAAAAATCGTGTCTTTTGCGTGTTCTCGAGTCGAATTGGATGATTT-GATTCTT 59
||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || |||||||| | |||||
Sbjct 1 CTGTTGCAAAAATCGTGTC-TTT--GTGTTCTCGAGTCGAGTTTGATGATTTGGTTTCTT 57
Query 60 AATTTTTGTTTGATAGTAACAGTCTAAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTCCATC 119
|||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 58 AATTTTTGTTTG--A-TAATAGTCTAAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTTCATC 114
Query 120 TTCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCATCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCATCTTCAAT 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 115 ATCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCATCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCTTCTTCAAT 174
Query 180 TTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAATCGATTCTCACAAAATCCAGATTCCAAAATCTCCG 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 175 TTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAATCGATTCTCACAAAACCCAGATTCCAAAATCTCCG 234
Query 240 AATTTGCGCTTCCGTGACGGCGGAGACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGCCCTCAACGTCT 299
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 235 AATTTGCGCTTCCGTGGCGGCGGAGACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGTCCTCAACGTCT 294
Query 300 CCTCAAAGAGCTAGCACAGCGTAAAACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCTAA 359
|||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 295 CCTCAAGGAGCTTGCGCAGCGTAAAACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCGAA 354
Query 360 ACGATTCATCTTAAGGCCACCATTAGACGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAG 419
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 ACGATTCATCTTAAGACCACCATTAGATGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAG 414
Query 420 TCCACAATTGTCTCTGAAGTCGTTTCCTTTACTTAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCT 479
||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 415 TCCACAATTGTCTCTCAAGTCGTTTCCTTTACTCAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCT 474
Query 480 TAACAACGCTGATAAAACATGGATCGATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TAACAACGCTGATAAAACATGGATCGATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGG 534
Query 540 GTATTCTCTGGAACCTTCAGAGAGTTTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATAC 599
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 535 GTATTCTCTGGAGCCTTCAGAGAGTTTAGGAGATGATAATCCAGCGAAACACTTTGATAC 594
Query 600 GTTGCTCTATCTTGCTTTCCAGCATCCGTCTTGTGATAGAGCACGTGCGAGGCATGTGAA 659
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GTTGCTCTATCTTGCGTTCCAGCATCCGTCTTGTGATAGGGCACGTGCGAGGCATGTGAA 654
Query 660 GAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTTCTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCTCTTACGGA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTTCTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCTCTTACGGA 714
Query 720 GTTTTTCTTGCAGAGGTATCCGAGGGAATCTCCGGGACCTATGAGGGAGAGAGTGTTTGC 779
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTTTTTCTTGCAGAGGTATCCGAGGGAATCTCCTGGACCTATGAGGGAGAGAGTGTTTGC 774
Query 780 TTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCGAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATCTCAT 839
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 TTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCCAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATCTCAT 834
Query 840 CTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGGAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTAAATC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 CTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGAAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTAAATC 894
Query 900 TGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGTTTTGGGATGCCGGAAGTGTATCG 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGCTATGGGATGCCGGAAGTGTATCG 954
Query 960 TGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAAGCAG 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 TGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAAGCAG 1014
Query 1020 GAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAGGTTG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1015 GAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAGGTTG 1074
Query 1080 GCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGCTATT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1075 GCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCAAGGCTATT 1134
Query 1140 CAGAGCTTGTGTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAG 1199
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 CAGAGCTTGTGTTCCTCCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAG 1194
Query 1200 CAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCAAGGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 CAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCCTTACCGATGAATGATAGAATCAAGGA 1254
Query 1260 GATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCC 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGGTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCC 1314
Query 1320 TTCAAAGCATAAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATATGTAGGACA 1379
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1315 TTCGAAGCATAAGTTTGAACACCCACGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATACGTAGGACA 1374
Query 1380 GAAGATACAGGACATAGCAATGGCTGAACGTTTGTTAATGAAGCACTTGGACGCACCAGG 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GAAGATACAGGACATAGCAATGGCTGAACGTTTGTTAATGAAGCACTTGGACGCACCAGG 1434
Query 1440 GAAGTGGTTGCAAGAGAAGCATAGACGTCTATTAATGAACAAATTCTGCGGCCGGTATCT 1499
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1435 GAAGTGGTTGCAAGAGAAGCATCGGCGTCTATTAATGAACAAATTCTGCGGGCGGTATCT 1494
Query 1500 TAGAGAAAAACGTCTTCACAACTTTATAATATACTCAGAGGAGGTTCATGATCGGTATGA 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GAGAGAAAAACGTCTTCACAACTTTATAATATACTCAGAGGAGGTTCATGATCGGTATGA 1554
Query 1560 ACATAACCGGAGACTTAGGAATCCGGCGACAACCGCTGTCCAACAAGCCATTCACGGCCT 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 ACATAACCGGAGACTTAGGAATCCGGCGACAACCGCTGTTCAACAAGCCATTCACGGCCT 1614
Query 1620 CGCCTACACCATCTACGGGAAACCCGATGTTCGGCGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CGCCTACACCATCTACGGGAAACCCGATGTTCGGCGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTT 1674
Query 1680 CGAACAAATCCAACCTAAAGCTGTCTGAAAATC-GAAGCTGTCTCTCTCATTTGTCT-AA 1737
|||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1675 CGAACAAATCCAACCTAAAGCTGTGTGAAAATCAGA-G-TGTCTCTCTCATTTGTCTTAA 1732
Query 1738 TGTCTTTTAGTATACTACTGGGTTTGATTTATGTAGTTAAATGCTTAATTACCTTT-GGT 1796
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 1733 TGTCTTTTAGTATACTACTGGATATGATTTATGTAGTTAAATACTTCATTACCTTTTGGT 1792
Query 1797 GAAAAGTTGAAAACTTTAAACTAGCAAAATGAGCTTCATCAGTATAATCTTAGGTTCATC 1856
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1793 GAAATGTTGAAAACTTGAAACTAGCAAAATGAGCTTCATAAGTATAATCTCAGGTTCATC 1852
Query 1857 AGTT 1860
||||
Sbjct 1853 AGTT 1856
> Ahg938950 jgi|Araly1|938950|scaffold_503141.1
Length=1264
Score = 1009 bits (546), Expect = 0.0
Identities = 600/627 (96%), Gaps = 0/627 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 85 AAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTCCATCTTCTTCTCTCCTTCGCATTTGTTCA 144
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 12 AAAGAAGCAATGGAGCTTTGTTCTTCATCTTCATCATCTTCACTCCTTCGCATTTCTTCA 71
Query 145 TCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCATCTTCAATTTCTCAGTTCCCATCTAAAACCCAA 204
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||
Sbjct 72 TCTTCAGCACCAGAAATCTCATTTTCACCTTCAATTTCTCGGTTCTCATCTAAAATCCAA 131
Query 205 TCGATTCTCACAAAATCCAGATTCCAAAATCTCCGAATTTGCGCTTCCGTGACGGCGGAG 264
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 132 TCGATTCTCACAAAACCCAGATTCCAAAATCTCCGAATTTGCGCTTCCGTGACTGCGGAG 191
Query 265 ACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGCCCTCAACGTCTCCTCAAAGAGCTAGCACAGCGTAAA 324
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 192 ACTCAAGGTCTTCCACGAGACAGTCCTCAACGTCTCCTCAAGGAGCTTGCGCAGCGTAAA 251
Query 325 ACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCTAAACGATTCATCTTAAGGCCACCATTA 384
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 252 ACAGCGACAGGACCGAAGAAAAAGGTTCCTCCGAAACGATTCATCTTAAGACCACCATTA 311
Query 385 GACGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAGTCCACAATTGTCTCTGAAGTCGTTT 444
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 312 GATGATAAGAAATTAGCTGAGAGATTCCTCAATAGTCCACAATTGTCTCTCAAGTCATTT 371
Query 445 CCTTTACTTAGCTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCTTAACAACGCTGATAAAACATGGATC 504
||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 CCTCTACTCATTTCTTGTCTTCCATCGTCAAAGCTTAACAACGCTGATAAAACATGGATC 431
Query 505 GATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGGGTATTCTCTGGAACCTTCAGAGAGT 564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 432 GATGAGTATCTTCTTGAAGTTAAACAAGCTTTAGGGTATTCTCTGGAGCCTTCAGAGATT 491
Query 565 TTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATACGTTGCTCTATCTTGCTTTCCAGCAT 624
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 492 TTAGGAGATGATAATCCGGCGAAACACTTTGATACGTTGCTCTATCTTGCGTTCCAGCAT 551
Query 625 CCGTCTTGTGATAGAGCACGTGCGAGGCATGTGAAGAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTT 684
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 CCGTCTTGTGATAGGGCACGTGCGAGGCATGTGAAGAATGGGCACTCGAGGCTTTGGTTT 611
Query 685 CTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCT 711
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 CTGGGTCAGTATGTGCTTGAGCTTGCT 638
Score = 802 bits (434), Expect = 0.0
Identities = 499/527 (95%), Gaps = 18/527 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 776 TTGCTTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCGAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATC 835
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 TTGCTTTGATTGGGAAGAGGTATCTCCCCAAATGGATTAAAGCAGCGAGCTTGCAAAATC 693
Query 836 TCATCTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTAGGAAAGAGCGTGAGCCACCGGTTA 895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | | |
Sbjct 694 TCATCTTTCCTTATGATGATATGGATAAGTTGATTA-G---GA-----A---A---G--- 735
Query 896 AATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTATCTATGTTTTGGGATGCCGGAAGTGT 955
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 736 AATCTGTGTTCTGGGCTTTGTTTGGTGCCATCTGTCTATGCTATGGGATGCCGGAAGTGT 795
Query 956 ATCGTGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAA 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 796 ATCGTGTACTTTTTGAGGTGTTTGGGATGGATCCAGATGCTGATGAGTGTCAGCCTCGAA 855
Query 1016 GCAGGAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAG 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 856 GCAGGAGACAGCTCGAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAG 915
Query 1076 GTTGGCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGC 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 916 GTTGGCAAGATATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCGAGGC 975
Query 1136 TATTCAGAGCTTGTGTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTG 1195
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 TATTCAGAGCTTGTGTTCCACTGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTG 1035
Query 1196 ACAGCAAACCAAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCA 1255
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1036 ACAGCAAACCTAAAGTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTACCGATGAATGATAGAATCA 1095
Query 1256 AGGAGATAACTGAAGCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAG 1302
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1096 AGGAGATAACTGAAGCAAGAAACATTGAACTTGGACTCGGTTTACAG 1142
> Ahg944081 jgi|Araly1|944081|scaffold_700310.1
Length=595
Score = 621 bits (336), Expect = 5e-177
Identities = 352/360 (98%), Gaps = 0/360 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1030 GAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGGAAAAAGCTAGGTTGGCAAGATATT 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGGATGTAGATTATGTTTCTGTTGAATTTGAAGGCAAAAAGCTAGGTTGGCAAGATATT 60
Query 1090 GCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCTAGGCTATTCAGAGCTTGT 1149
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCTACTTAAAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCGAGGCTATTCAGAGCTTGT 120
Query 1150 GTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAGCAAACCAAAA 1209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GTTCCACCGGGAATGCATCGTTTCAGAGGGAACATATGGGATTTTGACAGCAAACCTAAA 180
Query 1210 GTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTAACGATGAATGATAGAATCAAGGAGATAACTGAA 1269
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTATGCAGACCCTCGGATACCCTTTACCGATGAATGATAGAATCAAGGAGATAACTGAA 240
Query 1270 GCAAGAAACATCGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCAT 1329
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCAAGAAACATTGAACTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCAC 300
Query 1330 AAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATATGTAGGACAGAAGATACAG 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGTTTGAACACCCGCGGTTTTGTTTTGAGCGGCTGGAATACGTAGGACAGAAGATACAG 360
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69933689820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5