BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G37910.1
Length=2418
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490823 jgi|Araly1|490823|fgenesh2_kg.7__256__AT4G37910.1 3651 0.0
> Ahg490823 jgi|Araly1|490823|fgenesh2_kg.7__256__AT4G37910.1
Length=2384
Score = 3651 bits (1977), Expect = 0.0
Identities = 2261/2397 (94%), Gaps = 24/2397 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 TCTCCGACCTTAAACCCTCCGATC-CAAAAATCTCCACCGACTCTAATCCAATCAAATGG 85
|||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1 TCTCTGACCTTAAACCCTACGATCTC-AAAATCTCCACCGACTCTCATCAAATCAAATGG 59
Query 86 CCTCCGTCGCGCTTCTACGGTCTTTTCGTCGCCGTGAAGTCCAAATGGCTTCCGTATCTG 145
|||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 60 CCTCCGTCGCACTTCTACGGTCCCTTCGCCGCCGTGAAGTCCAAACGGCTTCCGTATCTG 119
Query 146 CGTTTAAATCCGTTTCCGCAAATGGAAAGAATTCTATGTTTGGGAAATTAGGTTACTTGG 205
||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 120 CGTTTAAATCCATCTCCGGAAATGGAAAGACGTCTTTGTTTGGGAAATTGGGTTACTTGG 179
Query 206 CGAGACCTTTCTGCTCGAGGCCTGTGGGGAATGATGTTATTGGTATTGATTTGGGTACTA 265
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 180 CGAGACCTTTCTGCTCGAGGCCTGTAGGGAATGATGTTATCGGTATTGATTTGGGTACTA 239
Query 266 CCAATTCTTGTGTATCTGTGATGGAGGGAAAGACCGCTAGGGTTATTGAGAATGCGGAAG 325
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CCAATTCTTGTGTAGCTGTGATGGAAGGAAAGACCCCTAGGGTTATTGAGAATGCGGAAG 299
Query 326 GAAGTCGAACCACACCATCGGTTGTTGCTATGAACCAAAAAGGGGAACTCCTTGTTGGAA 385
||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 300 GAAGTCGAACCACACCATCAGTGGTTGCTATTAACCAAAAAGGGGAACTCCTTGTTGGGA 359
Query 386 CACCGGCTAAACGTCAGGCCGTGACCAATCCAACAAACACGATTTTCGGTTCTAAACGTT 445
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CACCGGCTAAACGCCAGGCTGTGACCAATCCAACAAACACGATTTTCGGTTCTAAACGTT 419
Query 446 TGATTGGGAGACGTTTTGATGATCCACAGACTCAGAAGGAGATGAAAATGGTTCCTTACA 505
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 420 TGATTGGGAGACGTTTTGACGATCCACAGACACAGAAGGAGATGAAAATGGTTCCTTATA 479
Query 506 AGATTGTTAAGGCACCTAACGGTGATGCTTGGGTCGAAGCCAATGGACAAAAGTTTTCTC 565
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 480 AGATTGTCAAGGCACCTAACGGTGATGCTTGGGTCGAAGCCAATGGACAGATGTTTTCTC 539
Query 566 CCAGTCAGATTGGAGCTAATGTCCTCACTAAAATGAAGGAAACAGCTGAAGCTTACCTCG 625
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 540 CCAGTCAGATTGGAGCTAATATTCTCACTAAAATGAAGGAAACCGCTGAAGCTTACCTCG 599
Query 626 GGAAATCTATCAACAAAGCTGTTGTTACCGTTCCAGCTTATTTCAATGATGCACAGAGAC 685
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GGAAATCTATCACCAAAGCTGTTGTTACTGTTCCAGCGTATTTCAATGATGCACAGAGAC 659
Query 686 AAGCCACTAAGGATGCTGGGAAAATCGCTGGTCTTGATGTCCAGAGGATCATCAACGAAC 745
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 660 AAGCCACCAAGGATGCTGGGAAAATCTCTGGTCTTGATGTCCTGAGGATCATCAACGAAC 719
Query 746 CTACAGCTGCTGCACTATCATATGGTATGAACAACAAGGAAGGTGTCATTGCAGTGTTTG 805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CTACAGCTGCTGCACTATCATATGGTATGAACAACAAGGAAGGTGTCATTGCAGTGTTTG 779
Query 806 ATCTTGGAGGTGGAACCTTTGATGTTTCTATCTTGGAAATCTCAAGTGGTGTTTTTGAGG 865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 ATCTTGGAGGTGGAACCTTTGATGTTTCTATCTTGGAAATCTCAAGTGGTGTTTTTGAGG 839
Query 866 TTAAAGCAACAAATGGAGATACCTTTTTGGGAGGAGAAGACTTTGACAACACCTTGTTGG 925
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 840 TTAAAGCAACAAATGGAGATACCTTTTTGGGAGGGGAAGACTTTGACAACACTTTGTTGG 899
Query 926 AGTACTTGGTTAATGAGTTCAAAAGATCAGATAATATTGATCTGACTAAAGACAACCTTG 985
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 900 AGTACTTGGTTGATGAGTTCAAAAGATCAGATAATATTGATCTGACTAAAGACAAGCTTG 959
Query 986 CCCTCCAGAGGCTGAGAGAAGCTGCAGAGAAGGCCAAGATTGAGCTCTCATCGACAACTC 1045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 960 CCCTCCAGAGGCTGAGAGAAGCTGCAGAGAAGGCCAAGATTGAGCTCTCTTCGACATCCC 1019
Query 1046 AGACCGAAATCAACCTGCCTTTCATTACAGCGGATGCTTCAGGAGCTAAGCACTTGAACA 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGACCGAAATCAACCTGCCTTTCATTACAGCGGATGCTTCAGGAGCTAAGCACTTGAACA 1079
Query 1106 TCACCTTAACTAGGTCAAAGTTTGAAGGTTTGGTGGGCAAGTTGATTGAGAGAACAAGAT 1165
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1080 TCACCTTAACTAGGTCAAAGTTTGAAGCTCTGGTGGGCAAGTTGATCGAGAGAACAAGAT 1139
Query 1166 CCCCGTGCCAAAACTGCCTGAAGGATGCTGGAGTCACAATTAAGGAAGTTGATGAGGTTC 1225
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CCCCGTGCCAAAACTGCCTGAAGGATGCTGGAATCACAGTTAAGGAAGTTGATGAGGTTC 1199
Query 1226 TTCTTGTTGGTGGAATGACCCGTGTTCCCAAAGTGCAAGAGATAGTTTCTGAGATCTTTG 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TTCTTGTTGGTGGAATGACCCGTGTTCCCAAAGTGCAAGAGATAGTTTCTGAGATCTTTG 1259
Query 1286 GGAAGAGTCCTTGTAAAGGTGTTAACCCGGATGAAGCGGTTGCCATGGGAGCAGCCATTC 1345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGAAGAGTCCTTGTAAAGGTGTTAACCCGGATGAAGCGGTTGCCATGGGAGCAGCCATTC 1319
Query 1346 AAGGTGGTATCCTCCGTGGTGATGTGAAGGATTTGCTTCTTTTGGACGTGGTTCCTCTCT 1405
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1320 AAGGTGGTATCCTCCGTGGTGATGTGAAGGAGCTGCTTCTTTTGGATGTTACTCCTCTCT 1379
Query 1406 CATTGGGTATTGAAACA-TTGG-GTGCAGTCTTCACCAAGTTGATTCCACGAAACACCAC 1463
|||||||| | |||||| |||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1380 CATTGGGTCTCGAAACACTTGGAG-GAA-TCTTCACCAAGTTGATTCAACGAAACACCAC 1437
Query 1464 TATTCCCACAAAGAAGTCTCAGGTTTTCTCCACAGCTGCTGACAACCAGATGCAAGTGGG 1523
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TATTCCCACAAAGAAATCTCAGGTTTTCTCCACAGCTGCAGACAACCAGATGCAAGTGGG 1497
Query 1524 AATCAAAGTTCTTCAGGGAGAACGTGAAATGGCGGCTGACAACAAAGTGCTTGGAGAATT 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1498 AATCAAAGTTCTTCAGGGAGAACGTGAAATGGCATCGGACAACAAACTGCTTGGAGAATT 1557
Query 1584 CGACCTTGTTGGCATCCCACCGGCACCTAGAGGAATGCCACAGATCGAAGTTACATTCGA 1643
||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CGACCTTATGGGGATCCCACCAGCACCTAGAGGAATGCCACAGATCGAAGTTACATTCGA 1617
Query 1644 CATTGATGCAAATGGTATTACTACTGTCTCAGCGAAAGACAAAGCAACAGGTAAAGAGCA 1703
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CATTGATGCAAATGGTATTGTTACTGTGTCAGCGAAAGACAAAGCAACAGGTAAAGAGCA 1677
Query 1704 GA-ATATCACAATCAGATCTTCAGGTGGTCTCTCAGACGATGAGATTAACAGAATGGTGA 1762
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 -ACAGATCACAATCAGATCTTCAGGTGGTCTCTCAGACGATGAGATTAACAGAATGGTGA 1736
Query 1763 AAGAAGCTGAGCTTAACGCACAGAAGGATCAAGAGAAGAAGCAACTTATCGACCTTAGGA 1822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1737 AAGAAGCTGAGCTTAACGCACAGAAGGATCAAGAGAAGAAGCAGCTTATCGACCTTAGGA 1796
Query 1823 ACAGTGCTGATACAACAATTTACAGTGTAGAGAAGAGCTTGAGTGAATACAGAGAGAAGA 1882
||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ACAGTGCTGATACTACCATATACAGTGTTGAGAAGAGCTTGAGTGAATACAGAGAGAAGA 1856
Query 1883 TTCCAGCTGAGATTGCCTCTGAGATCGAAACTGCAGTGTCTGATCTCAGGACTGCTATGG 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TTCCAGCTGAGATTGCCTCTGAGATCGAAACTGCAGTGTCTGATCTCAGGACTGCTATGG 1916
Query 1943 CTGGTGAGGATGTCGAGGACATCAAGGCTAAGGTCGAAGCTGCAAACAAGGCAGTGTCGA 2002
|||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1917 CTGGTGAGGAAATTGAAGACATCAAGGCTAAGCTCGAAGCTGCGAACAAGGCAGTGTCGA 1976
Query 2003 AGATCGGAGAACACATGTCTAAGGGATCTGGATCATCTGGTTCCGATGGAAGCTCTGGTG 2062
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||||||||
Sbjct 1977 AGATCGGAGAACACATGTCTAAGGGATCCGGATCATCTGATTCCTCTGGACCCTCTGGTG 2036
Query 2063 AGGGTACAAGTGGGACTGAGCAGACGCCTGAAGCTGAATTCGAGGAGGCCAGTGGTTCAA 2122
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||
Sbjct 2037 AGGGTACAAGTGGAACTGAGCAGACGCCTGAAGCTGAATTTGAGGAAGCAAGCGGTTCAA 2096
Query 2123 GGAAGTGAGGTTGCCGCTAACCGGTTCCATACAGAAATCAGGTTTTTC-CCAAAATAAGT 2181
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2097 GGAAGTGAGGTTGC---TAACCGGTTCCATACAAAAATCAGGTTTTTTTCCAAA-TAAGT 2152
Query 2182 TTACA-TGCTTATCTCCTCCCTCACAAATTTGATTAGTTTTGTGTATTTAAAACCTTATT 2240
||| | ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 TTA-AGTGCTTATCTCC-C--TCACAAATTTGAGTAGTTTTGTGTATTTAAAACCTTATT 2208
Query 2241 TGAGAGGTA--TC---ATCTCTTCGAAACCTATTGAGAGTCCCGGATGTAGTTTGTTTGA 2295
||||||| | || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 2209 TGAGAGGCACCTCTTGATATCTTCGAAACCTATTGAGAGTCTCGGATGTAGTTTCTTTGA 2268
Query 2296 TTGGTTATTTTCATGAAGTTTACGGTTATTATCTTGACCGGTTAAATGAGTCAATTTCAC 2355
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2269 TTGGTTTTTTTCATGAAATTTACGGTTATTATCTTGACCGGTTAA-TGAGTCAATTTCAG 2327
Query 2356 ATAAGATTATGACCTTTTAAGTTTGGTTTATGGATGAAGAATGGCGATAATTGAATT 2412
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2328 ATAAGATTATGACCTTTTAAGTTTGTTTTATGGATGAAGAATGGCGACAATTGAATT 2384
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 91111866040
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5