BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38120.1
Length=3694
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490568 jgi|Araly1|490568|fgenesh2_kg.7__1__AT4G38120.1 5834 0.0
Ahg356214 jgi|Araly1|356214|fgenesh1_pg.C_scaffold_8000001 929 0.0
> Ahg490568 jgi|Araly1|490568|fgenesh2_kg.7__1__AT4G38120.1
Length=3683
Score = 5834 bits (3159), Expect = 0.0
Identities = 3533/3708 (95%), Gaps = 47/3708 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTCTCGTTTTTGATTGCTTAGTTTTTTCCCGGGAGACTGAAACATGTTCACGGCGGCAGC 64
||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCTCGTTTGTGATTGCTTAG-TTTTCCCCCGGAGATTGAAACATGTTCACGGCGGCAGC 59
Query 65 TTCGTCAAGCGTGGGAAGGTGGCGGACGGCGTTTCTCTCTCTCAGGGACGAAATCTCAAC 124
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 60 TTCGTCAAGCGCGGGAAGGTGGCGGACGGCGTTTCTCTCTCTGAGGGACGAAATCGCAAC 119
Query 125 CACTCCACCGCCGCCGGTTCCTCTGTTGCTCGAGGATCTACTCTTCTCTCAATCCCATTC 184
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GACTCCACCGCCGCCGGTTCCTCTGTTGCTCCAGGATCTACTCTTCTCTCAATCCCATTC 179
Query 185 CCTTATCTCTGCCGTCTCTCACCTCCCACTGCACGAGCTCACTTCCGATTGCTTGTTCCT 244
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CCTTGTCTCTGCCGTCTCTCACCTCCCACCGCACGAGCTCACTTCCGATTGCTTGTTCCT 239
Query 245 GCTCGATTTGGTTTCCAAAGCTGATGGTCCTGACTGGATCCCTGTCTCTCGTCATACTTG 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GCTCGATTTGGTTTCCAAAGCTGATGGTCCTGACTGGATCCCTGTCTCTCGTCATACTTG 299
Query 305 TCAACTGATTCACGATGTTTGTGCTCGTCTACTTTTCCAACTAAATTCTTCGTCATGGCC 364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 300 TCAACTGATTCACGATGTTTGTGCTCGTCTACTTTTCCAACTTAATTCTTCGTCATGGCC 359
Query 365 GCTCCTTCTTCACTCTTTTGCTTCTGTCTTGGAGTTTCTTCTTCGCCAACCCATGCCTTC 424
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GTTCCTTCTTCACTCTTTTGCTTCTGTCTTGGAGTTTCTTCTTCGCCAACCCATGCCTTC 419
Query 425 TTCACCTTATTCCGCTGCCTATTTCTCCAGAATCGAACCTGTGATCCAATGCTTCGAGAC 484
|||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 420 TTCACCCTATTCCACTGCATATTTCTCCAGAATCGAACCTGTCATCCAATGCTTCGAGAC 479
Query 485 TTTAAGACGTTTGGCCCCTATGCATCCGGAGAACATTCATCTAGTCAAGTTTCTTGTGCG 544
| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 480 TCTAAGACGTTTGGCCGCTATGCACCCGGAGGACATTCATCTTGTCAAGTTTCTTCTGCG 539
Query 545 CGTAGTTCCTTTATTACACCAGGATTTAGTTTTATCCTATGGTTTCTCAAATCAAGACCC 604
| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 540 CATAATTCCTTTATTACACCAGGATTTAGTTTTATCGTATGGTTTCTCAAATCAAAACCC 599
Query 605 TTCTCCTACTTTACTTGTGGAAAAGAAACTGCCTCAACAGAATCGCTTATGGGATTCCAT 664
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 600 CCCTCCTACTTTAGATCTGGAAAAGAAACTGCCTCAACAGAATAGCTTATGGGATTTCAT 659
Query 665 GGCTCTTGCCTTTGACATGTTTGGTAGAGCATTTTCTCTATCTGAGTCTTTGTTTCCTAC 724
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 660 GGCTCTTGCCTTTGACATGTTTGGTAGAGCATTCTCTGTATCTGAATCTTTGTTTCCTAC 719
Query 725 TGACGTCTCCCAATGCACGCTAGAGGTTCTAAGGAAAGTAATGGACGTATTAGCATCTAA 784
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 TGACGTCTGCCAATGCTCGCTAGAGGTTCTAAGGAAAGTAATGGACGTCCTAGCATCTAA 779
Query 785 GGGCCAGCTTGTCGAAGACCGATTCATGT----G---G-----A-GG---T---A-TATG 824
|||||||||||||||| ||||||| |||| | | | || | | ||||
Sbjct 780 GGGCCAGCTTGTCGAAAACCGATTTATGTGGAGGTACGTCTTAAGGGCTTTACAACTATG 839
Query 825 CCTTTGGTTTTGTGGAGACTACAATTTACTCCt-ttttttCTGGGTTCTATTAGACTTGT 883
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 840 CCTTTGGTTTTGTGGAGACTACAATTTACTCCTCTTTTTCCTGGTTTATATTAGACTTGT 899
Query 884 TGCCCTCTTAGCGTCATTGAGAATGTTTTTCTGTTTTGGACTTACTGGCCCACCTCAGTT 943
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GGCCCCCTTAGCGGCATTGAGAATGTTTTTCTGTTTTGGACTTACTGGCCCACCTCAGTT 959
Query 944 ATCAGTTTCTGATGTTGTTCACAACGATAAGCATTTGAATGTCAAGCTTTCTCCATTGAT 1003
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 960 ATCTCATTCTGATGTTGTTCACAAAGATAAGCATTTGAATGTCAAGCTTTCTACATTGAT 1019
Query 1004 TTCTGGAGTAAGTAAGAATGCCAAGAATACTCCTTATAGGCCACCCCACTTGCGCAAGAG 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTCTGGAGTAAGTAAGAATGCCAAGAATACTCCTTATAGGCCACCCCACTTGCGCAAGAG 1079
Query 1064 GGATGATTTGAACACTAGGCAGCCAGTGTCTTCAAG-CTGGCGGCGCCTATCTGCTCATG 1122
||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1080 GGATGATTTGAACACTAAGCAGCCAGTGTATT-GTGACTGGCGGCGCCTGTCTGCTCATG 1138
Query 1123 ATTCTGGTAGTTCTGATGTTATATCATCAGATTCCGATTTTAGTGACAGTGACGGCTCCG 1182
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 ATTCTTGTAGTTCTGATGTTATATCATCAGATTCTGATTTTAGTGACAGTGACGGTTCCG 1198
Query 1183 TACCGGATTCTTATTTTGCCCAAAGCTCCAAGGTTAGAATAGCTGCAATTGTTTGCATAC 1242
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TACCGGATTCTTATTTTGCCCAAAGCTCGAAGGTTAGAATAGCTGCAATTGTTTGCATAC 1258
Query 1243 AGGATCTTTGCCAGGCTGATTCAAAGTCATTTACCACTCAGTGGGTGACTCTCTTTCCAA 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AGGATCTTTGCCAGGCTGATTCAAAGTCATTTACCACTCAGTGGGTGACTCTCTTTCCAA 1318
Query 1303 CAAGTGATGTACTCAAGCCAAGGAAGTTTGAAGCTACTCTAATGACCTGCTTGCTTTTTG 1362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CAAGTGATGTACTCAAGCCAAGGAAGTTTGAAGCTACTCTAATGACCTGCTTGCTTTTTG 1378
Query 1363 ATCCTCATTTGAAGGTAAGGATTGCATCTGCGTCAGCTCTTGCCACCATGATGGATGGGC 1422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ATCCTCATTTGAAGGTAAGGATTGCATCTGCGTCAGCTCTTGCCACCATGATGGATGGGC 1438
Query 1423 CTTCATCTATTTTCCTTCAAGTGGCAGAGTACAAGGAATCTACTAAATATGGATCATTTA 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1439 CTTCATCTATTTTCCTTCAAGTGGCAGAGTACAAGGAATCTACCAAATATGGATCATTTA 1498
Query 1483 TGCCCCTCTCCAATTCCCTTGGTCTAATATTAATGCAACTCCACACAGGCATTCTACATT 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TGCCCCTCTCCAATTCCCTTGGTCTAATATTAATGCAACTCCACACAGGCATTCTACATT 1558
Query 1543 TGATTCACAGTGATAATCATGGTAGATTGTTGATTCAGCTGTTCAAGATCCTCTTGCTTC 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGATTCACAGTGATAATCATGGTAGATTGTTGATTCAGCTGTTCAAGATCCTCTTGCTTC 1618
Query 1603 TAATATCAAGCACACCTTACTCGAGAATGCCGGGAGAATTGCTGCCAAAAGTTATAATGT 1662
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGATATCAAGCACACCTTACTCGAGAATGCCGGGAGAATTGCTGCCAAAAGTTATAATGT 1678
Query 1663 CTCTGCATGCTAGGATTAATGAGGGCTTTCCTTTCAAAAATGATAAAACTGGTCTGCTGG 1722
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CTCTGCATGCTAGGATTAATGAGGGGTTTCCTTTCAAAAATGATAAAACTGGTCTGCTGG 1738
Query 1723 TTGCCGCAATAGGTTGCCTGTCAGCTGCATTTTCCACCTTTCCTCCTCAAATGAAAGTGC 1782
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 TTGCTGCAATAGGTTGCCTGACAGCTGCATTTTCCACCTTTCCTCCTCAAATGAAAGTGC 1798
Query 1783 ATAATATGCTTTTGGATGAGACATCAGCAGGATTCAATGGATGTGAATGGAATTCAGGAG 1842
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATTATATGCTTTTGGATGAGACATCAGCAGGATTCGATGGATGTGAATGGAATTCAGGAG 1858
Query 1843 TTCTTTCTACTTTATTTCGTTTTGCTGAGCAATTTTCTGACGCATCAACATGCATTGAGG 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TTCTTTCTACTTTATTTCGTTTTGCTGAGCAATTTTCTGACGCATCAACATGCATTGAGG 1918
Query 1903 CTCTTCAGGTCCTCCGAGCTGTGGCTCTCAATTATCCAACCTTAGTGCCAGCATATTGGG 1962
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CTCTTCAGGTCCTCCGAGCTGTGGCTCTCAATTACCCAACCTTAGTGCCAGCATATTGGG 1978
Query 1963 AAAGGGTCTCTATCCTCGTGTATAAACTTTTGCAGTCTGCTGTTGTTGAAGATTCTCCAA 2022
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1979 AACGGGTCTCTGTCCTCGTGTATAAACTTTTGCAGTCTGCTGTTGTTGAAGATTCTCAAA 2038
Query 2023 CGACATGGAAGTCTTCGGTTAGAGAGTCTGTTGGATATAATGGGGATAAAGTCCTTACAG 2082
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |
Sbjct 2039 CGACATGGAAGGCTTCAGTTAGAGAGTCTGTTGGATATAAT-GGG-----G-------A- 2084
Query 2083 CTGCTATTAAGGTTTTGGATGGATGCCTTCGCGCAATATCTGGATTTAAGGGAACCGAAG 2142
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2085 ----TA--AA-GTTTTGGATGGATGCCTTCGCGCAATATCTGGATTTAAGGGAACAGAAG 2137
Query 2143 ATCTTCAGTATGATAGATTAATGGATACACCATTTACATCTGACTGCATAAGGTCAATAA 2202
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2138 ATCTTCAGTACGATAGATTAATGGATACACCATTTACATCTGACTGCATAAGGTCAATAA 2197
Query 2203 GAATCTCATCTGCACCATCATATGGATTTGATAATACCCAAGAGCCAATCTTTCAGGCAG 2262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2198 GAATCTCATCTGCACCATCATATGGATTTGATAATACCCAAGAGCCAATCTTTCAGGCAG 2257
Query 2263 GATGTGACCAATGGTCTGAGGCTATTCGTAAACATATAGTTCTGGTGTTACACCATGGTT 2322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 GATGTGACCAATGGTCTGAGGCTATTCGTAAACATATAGTTCTGGTGTTACACCATGGTT 2317
Query 2323 CTGCAGTGGTGAGGAGCACTACAGTTACTTGCTTTGCTGGTATTACATCCTCCATATTTT 2382
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2318 CTGCAGTGGTGAGGAGCACTACAGTTACTTGCTTTGCTGGTATAACATCCTCCATATTTG 2377
Query 2383 CCGCTTTCAATAAGCAGGAAAAGGACTTTATTACTTCATCAATTATAACCGCTGCATTGC 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2378 CCGCTTTCAATAAGCAGGAAAAGGACTTTATTACTTCATCAATTATAACCGCTGCATTGC 2437
Query 2443 ATGACAAAACACCTTCAGTCAGATCAGCAGCTTGCCGAGCGATTGGTGTTATTTCATGTT 2502
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 2438 ATGACAAAACACCTTCAGTCCGATCAGCAGCTTGCCGCGCTATTGGTGTAATTTCATGTT 2497
Query 2503 TTCCAGAAACTTCTTTAAGTGCGGAGATATATGAAAAATTTATCTTAGCTGTTGAAGCGA 2562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2498 TTCCAGAAACTTCTTTAAGTGCGGAGATATATGAAAAATTTATCATAGCTGTTGAAGCAA 2557
Query 2563 ATACCCGGGACTCCTTGACCTCGGTGCGTATAACAGCATCATGGGCTTTGGCCAATCTAT 2622
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2558 ATACCCGCGACTCCTTGACCTCGGTGCGTATAACAGCATCATGGGCCTTGGCCAATGTAT 2617
Query 2623 GCGATGCTCTGCGATACCGCGTTGATGATAGGTCCTTTGAAGGATTGAAGACAACTTCAC 2682
|||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2618 GCGATGCTCTACGATACCGCGTCGATGATAGATCCTTTGAAGGATTAAAGACAACTTCAC 2677
Query 2683 AAGTTGTGGATGCACTAATAGAATGTGCTTTGCGCCTAACTGAGGATGGGGACAAGGTTA 2742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2678 AAGTTGTGGATGCACTAATAGAATGTGCTTTGCGCCTAACTGAGGATGGGGACAAGGTTA 2737
Query 2743 AATCCAATGCAGTTCGGGCACTGGGGAGTATTTCAAAATATGTAAAATTGAGATGCATGA 2802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2738 AATCCAATGCAGTTCGGGCACTGGGGAGTATTTCAAAATATGTAAACTTGAGATGCATGA 2797
Query 2803 CAAGTATAAAGTCAGTGGACCAAGATGTGTTACCTTTTCCCCATCAACAGTCATCAAATT 2862
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2798 CAAGTATAAAGTCAGTGGACCAAGATGTATTACCTTTTCCCCATCAACATTCATCAAATT 2857
Query 2863 CTCACCATCTATCCTGCGCGGTAGATACAAGGTGGTTGGAGAGAACCGTGCAAGCATTTC 2922
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2858 CCCACCATCTATCCTGCGCGGGAGATACAAGGTGGTTGGAGAGAACCGTTCAGGCATTTC 2917
Query 2923 TTTCCTGTGTTACTACTGGTAATGTTAAGGTTCAATGGAATGTTTGTCATGCGTTGAGCA 2982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2918 TTTCCTGTGTTACTACTGGTAATGTTAAGGTTCAATGGAATGTTTGTCATGCGTTGAGCA 2977
Query 2983 ATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTGCAAGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTTTA 3042
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2978 ATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAATTGCAAGATATGGATTGGGCTCCAAGTGTTTTTA 3037
Query 3043 GTATCTTACTATTGCTACTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATAAGAATACAAGCTGCTT 3102
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3038 GTATCTTACTATTGCTGCTTCGTGATGCATCAAACTTTAAGATTAGAATACAAGCTGCTG 3097
Query 3103 CCGCTTTAGCTGTCCCAGCAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGTCA 3162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 CCGCTTTAGCTGTCCCAGCAACCCCACTTGCTTATGGGAGATCATTCCCTGATGTTGTCA 3157
Query 3163 AAGGTGTAGAGCATACTTTACAAAGTCTCCATTCTGACAGAGAGACGACTCCAGCAAATT 3222
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3158 AAGGTGTAGAGCATACTTTACAAAGTCTGCATTCTGACAGAGAGACGACTCCAACAAATT 3217
Query 3223 TCAAATATAAGAGGTCGCTTGAGAATCAGTTAACGTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCC 3282
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3218 TTAAATATAAGAGATCGCTTGAGAATCAGTTAACCTCAACCATGCTGCATCTCCTGAGCC 3277
Query 3283 TAGTTTCAAGCTGTCATTTCGAAGCGTTGTCAGAATTTCTTATAAGAAAAGCCTCATTTC 3342
||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 3278 TAGTTTCAAGCTGTCATTTCGAAGCGTTGACTGATTTTCTTATAAGAAAAGCCGCTTTTC 3337
Query 3343 TAGAGGAGTGGTTGAGAGGATTGTGTGTGACATTGAAAGAGGAAGATAATGTTTCTGGAT 3402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3338 TAGAGGAGTGGTTGAGAGGATTGTGTGTGACATTGAAGGAGGAAGATAATGTGTCTGGAT 3397
Query 3403 CAAGCGGCACAAGCACTTCGGGTGGGAAGCAGAAGAAAGAGTTGATCTCTAGAGCTATAC 3462
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3398 CAAGCGGCACAAGCACTTCGGGTGGGAAGCTGAAGAAAGAGTTGATCTCTAGAGCGATAC 3457
Query 3463 GGTCGCTTGCCAGAAGTTTGCGGGCTGGACATAGCTCTGAAATGGCTCAAAAGTTGCAGG 3522
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3458 GGTCGCTTGCCAGAAGCTTGCGGGCTGGACATAGCTCTGAAATGGCTCTAAAGTTGCAGG 3517
Query 3523 AGTTAGATAGCAATGTGAATTGACTGAGCAAGCAATGCTTCTCGATCGGGTTAACTTGGC 3582
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3518 AGTTAGAGAGCAATG--AATTGACTGAGCAAGCAATGCTTCTCGATCTGGTTAACTTGGC 3575
Query 3583 CCTGTAATTTCCAACTCAAGTGACTGTAAACAGTTCAACACATGTACATTAGCTCCCATG 3642
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3576 TCTGTAATTTCTAACTCAAGTGACTGTAAACAATTCAATACATGTACATTAGCTCCCATG 3635
Query 3643 ACAAATTTTGCCAAAAGCATCAGAATGAAATTGGCGGATATATTATAG 3690
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3636 ACAAATTTTGCTAAAAGAATCAGAATGAAATTGGCGGATATATTATAG 3683
> Ahg356214 jgi|Araly1|356214|fgenesh1_pg.C_scaffold_8000001
Length=795
Score = 929 bits (503), Expect = 0.0
Identities = 690/776 (89%), Gaps = 29/776 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 622 TGGAAAAGAAA-CTGCCTCAACAGAATCGCTTATGGGATTCCATGGCTCTTGCCTTTGAC 680
||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TGGAAAA-AAAGCTGCCTGAACAGAATAGCTTATGGGATTCCATGGCTCTTGCCTTTGAA 60
Query 681 ATGTTTGGTAGAGCATTTTCTCTATCTGAGTCTTTGTTTCCTACTGACGTCTCCCAATGC 740
||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 61 ATGTTTGGTAGAGCATTTTCTGTGTCTGAGTCTTTGTTTCCTACTGACGTCTGCCAATGC 120
Query 741 ACGCTAGAGGTTCTAAGGAAAGTAATGGACGTATTAGCATCTAAGGGCCAGCTTGTCGAA 800
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 121 ACGCTAGAGGTTCTAAGGAAAGTAATGGATGTCTTAGCATCCAAGGGCCTGCTTGTCGAA 180
Query 801 GACCGATTCATGTGGAG---GTA-T-ATGCCTT-T-GGTTTTGTG---GA-G-AC-TACA 847
|||||||| |||||||| || | ||||||| | || | || | || | | ||||
Sbjct 181 GACCGATTTATGTGGAGATTTTATTCATGCCTTCTAGGCTGTGCGCACGAGGTCCTTACA 240
Query 848 ATTTACTCCtttttttCTGGGTTCT-ATTA-GACTTGTTGCCCTCTTAGCGTCATTGAGA 905
| || | | | | || | |||| || | | ||| | || ||||| ||||||||
Sbjct 241 A-ATA-T-CAAATGTCCT-GTTTCTGATCACGTCTT-AAG-TTTCATAGCGGCATTGAGA 294
Query 906 ATGTTTTTCTGTTTTGGACTTACTGGCCCACCTCAGTTATCAGTTTCTGATGTTGTTCAC 965
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 295 ATGTTTTTCTGTTTTGGACTTACTGGCCCACCCCAGTTCTCTCATTCTGATGTTGTTCAC 354
Query 966 AACGATAAGCATTTGAATGTCAAGCTTTCTC-CATTGATTTCTGGAGTAAGTAAGAATGC 1024
|| |||||||| || ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 355 AAAGATAAGCAATTAAATGTCATGCTTTC-CACATTGATTTCTGGAGTAAGTAAGAACGC 413
Query 1025 CAAGAATACTCCTTATAGGCCACCCCACTTGCGCAAGAGGGATGATTTGAACACTAGGCA 1084
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 414 CAAGAATAATCCTTATAGGCCACCCCACTTGCGCAAGAGGGATGTTTTGAACACTAAGCA 473
Query 1085 GCCAGTGTCTTCAAG-CTGGCGGCGCCTATCTGCTCATGATTCTGGTAGTTCTGATGTTA 1143
||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 474 GCCAGTGTCTT-GTGACTGGCGGCGCCTGTCTGCTCATGATTCTGGTAGTTGTGATGTTA 532
Query 1144 TATCATCAGATTCCGATTTTAGTGACAGTGACGGCTCCGTACCGGATTCTTATTTTGCCC 1203
||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 533 TATCATCAGATTCTGATTTTAGTGACAGTGATGGTTCCGTACGGGATTCTTATTGTGCCC 592
Query 1204 AAAGCTCCAAGGTTAGAATAGCTGCAATTGTTTGCATACAGGATCTTTGCCAGGCTGATT 1263
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 AAAGCTCGAAGGTTAGAATAGCTGCCATTGTTTGCATACAGGATCTTTGCCAGGCTGATT 652
Query 1264 CAAAGTCATTTACCACTCAGTGGGT-GACTCTCTTTCCAACAAGTGATGTACTCAAGCCA 1322
||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 653 CAAAGTCATTTACCACTCAGTGGATGGA-TCTCTTTCCAACCAGTGATGTACTCAAGCCA 711
Query 1323 AGGAAGTTTGAAGCTACTCTAATGACCTGCTTGCTTTTTGATCCTCATTTGAAGGT 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 AGGAAGTTTGAAGCTACTCTAATGACCTGCTTGCTTTTTGATCCTCATTTGAAGGT 767
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139557120191
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5