BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38190.1
Length=3513
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490578 jgi|Araly1|490578|fgenesh2_kg.7__11__AT4G38190.1 5903 0.0
> Ahg490578 jgi|Araly1|490578|fgenesh2_kg.7__11__AT4G38190.1
Length=3517
Score = 5903 bits (3196), Expect = 0.0
Identities = 3420/3526 (97%), Gaps = 23/3526 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTCCAC-GCCTCCTCAAACTTCTAAAAAGGTCCGTAACAATTCCGGTAGCGGCCA 59
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGTCCACACCCT-CTCAAACTTCTAAAAAGGTCCGTAACAATTCCGGTAGCGGCCA 59
Query 60 AACCGTCAAATTTGCAAGACGAACATCTAGCGGAAGATATGTGAGTTTATCTCGAGATAA 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 AACCGTCAAATTTGCAAGACGAACATCTAGCGGACGATATGTGAGTTTATCTCGAGATAA 119
Query 120 TATAGAATTATCAGGCGAGCTCTCCGGGGATTATTCTAACTATACGGTGCACATACCTCC 179
||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TATTGAATTATCAGGCGAGCTCTCTGGGGACTATTCTAACTATACGGTGCACATACCTCC 179
Query 180 GACGCCGGACAATCAGCCCATGGCCACCAAAGCCGAAGAGCAATACGTGTCAAATTCTTT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 180 GACGCCGGACAATCAGCCCATGGCCACCAAAGCCGAAGAGCAATACGTGTCCAATTCTTT 239
Query 240 ATTTACTGGTGGTTTCAACAGTGTAACACGTGCACATCTTATGGACAAAGTGATCGATTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 240 ATTTACTGGTGGTTTCAACAGTGTAACACGTGCACATCTTATGGACAAAGTCATCGATTC 299
Query 300 AGATGTCACACACCCTCAGATGGCTGGCGCTAAAGGCTCTTCGTGTGCCATGCCTGCTTG 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGATGTCACACACCCTCAGATGGCTGGCGCTAAAGGCTCCTCGTGTGCCATGCCTGCTTG 359
Query 360 CGACGGAAATGTCATGAAAGACGAGAGAGGAAAGGACGTGATGCCATGTGAATGCCGGTT 419
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CGACGGAAAAGTCATGAAAGACGAGAGAGGAAAGGACGTGATGCCATGTGAATGCCGGTT 419
Query 420 TAAGATCTGTAGGGATTGCTTCATGGACGCCCAGAAAGAGACAGGCCTTTGTCCAGGATG 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 CAAGATCTGTAGGGATTGCTTCATGGACGCCCAGAAAGAGACAGGTCTTTGTCCAGGATG 479
Query 480 CAAGGAACAATACAAAATCGGGGACCTAGATGACGATACGCCTGACTATTCTAGTGGTGC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 480 CAAGGAACAATACAAAATCGGGGACCTAGATGACGATACGCCTGATTTTTCTAGTGGTGC 539
Query 540 TCTCCCCTTACCAGCTCCAGGGAAAGATCAACGTGGGAACAACAACAACATGTCTATGAT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTCCCCTTACCAGCTCCAGGGAAAGATCAACGTGGCAACAACAACAACATGTCTATGAT 599
Query 600 GAAGAGGAACCAAAACGGTGAATTTGATCACAACAGATGGCTATTCGAGACGCAAGGCAC 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 600 GAAGAGGAACCAAAACGGTGAATTTGATCACAACAGATGGTTATTCGAGACGCAAGGCAC 659
Query 660 ATATGGGTACGGTAATGCGTATTGGCCTCAAGACGAAATGTATGGCGATGATATGGATGA 719
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATATGGTTACGGTAATGCGTATTGGCCTCAAGACGAAATGTATGGCGATGATATGGATGA 719
Query 720 AGGGATGAGAGGCGGCATGGTGGAAACAGCTGACAAGCCATGGCGGCCACTGAGCCGACG 779
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 720 AGGAATGAGAGGCGGCATGGTGGAAACAGCTGACAAGCCATGGCGGCCATTGAGCCGACG 779
Query 780 AATCCCTATTCCAGCCGCCATCATTAGTCCTTACAGATTACTAATCGTCATTCGTTTTGT 839
|||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 780 AATCCCAATCCCAGCCGCCATCATTAGTCCGTACAGATTATTAATCGCCATTCGTTTTGT 839
Query 840 CGTGCTATGtttttttCTAACTTGGAGGATCCGAAATCCTAACGAAGACGCAATATGGTT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 840 CGTGCTATGTTTTTTTCTAACTTGGAGGATCCGAAATCCTAACGAGGACGCGGTATGGTT 899
Query 900 ATGGCTCATGTCTATAATATGCGAGCTTTGGTTTGGATTTTCATGGATTCTAGACCAGAT 959
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 ATGGCTGATGTCTATAATATGCGAGCTTTGGTTTGGATTTTCATGGATTCTAGACCAGAT 959
Query 960 CCCTAAGTTGTGTCCAATAAACCGGTCCACTGACCTGGAAGTTCTTCGTGACAAATTTGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CCCTAAGTTGTGTCCAATAAACCGGTCCACTGACCTGGAAGTTCTTCGTGACAAATTTGA 1019
Query 1020 CATGCCTTCTCCCTCCAACCCAACAGGGAGGTCGGATCTCCCAGGTATTGACCTTTTTGT 1079
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CATGCCTTCTCCCTCCAACCCCACAGGGAGGTCTGATCTTCCAGGTATTGACCTTTTTGT 1079
Query 1080 GTCAACGGCAGATCCAGAGAAAGAGCCGCCCCTTGTCACCGCCAACACGATTCTGTCCAT 1139
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1080 GTCAACGGCAGATCCAGAGAAAGAGCCACCCCTTGTCACCGCCAATACTATTCTGTCCAT 1139
Query 1140 ATTGGCCGTTGATTATCCGGTGGAGAAGGTGTCATGCTATCTTTCTGATGATGGAGGAGC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATTGGCCGTTGATTATCCGGTGGAGAAGGTGTCATGCTATCTTTCTGATGATGGAGGAGC 1199
Query 1200 TCTTCTATCCTTTGAAGCTATGGCAGAAGCTGCTAGCTTTGCGGATCTCTGGGTACCTTT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 TCTTCTATCCTTTGAAGCTATGGCAGAAGCTGCTAGCTTTGCGGATCTTTGGGTACCTTT 1259
Query 1260 TTGTCGCAAACATAACATTGAGCCTCGAAATCCAGACTCGTATTTCAGTTTGAAGATAGA 1319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TTGTCGCAAACATAACATTGAGCCCCGAAATCCAGACACGTATTTCAGTTTGAAGATAGA 1319
Query 1320 TCCAACAAAGAATAAGAGCAGAATTGATTTTGTCAAGGACAGAAGAAAGATTAAGAGGGA 1379
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 TCCAACAAAAAATAAGAGCAGAATTGATTTTGTCAAGGACAGAAGGAAGATTAAGAGGGA 1379
Query 1380 GTATGATGAATTCAAGGTTCGCATCAACGGCCTCCCTGACTCAATACGGAGGAGGTCAGA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GTATGATGAATTCAAGGTTCGCATCAACGGCCTCCCTGACTCAATACGGAGGAGGTCAGA 1439
Query 1440 TGCATTTAATGCAAGGGAGGAAATGAAAGCTCTAAAACAGATGAGGGAGAGCGGAGGTGA 1499
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGCATTTAACGCAAGGGAGGAAATGAAAGCACTAAAACAGATGAGGGAGAGCGGAGGTGA 1499
Query 1500 TCCAACAGAGCCTGTGAAAGTCCCCAAAGCCACGTGGATGGCAGATGGCACCCACTGGCC 1559
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1500 TCCAACAGAACCTGTTAAAGTCCCCAAAGCCACGTGGATGGCCGATGGCACCCACTGGCC 1559
Query 1560 AGGAACTTGGGCAGCCTCTACTCGAGAGCATTCCAAAGGTGATCATGCTGGGATTCTCCA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGGAACTTGGGCAGCCTCTACTCGAGAGCATTCCAAAGGTGATCATGCTGGGATTCTCCA 1619
Query 1620 GGTGATGTTGAAACCACCTAGCAGCGATCCATTAATTGGAAATAGCGACGATAAAGTCAT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1620 GGTGATGTTGAAACCACCTAGCAGCGATCCATTAATTGGCAATAGCGACGATAAAATCAT 1679
Query 1680 TGATTTTTCAGACACGGACACTCGTTTACCCATGTTTGTGTATGTGTCACGTGAGAAGCG 1739
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGACTTTTCAGACACGGACACTCGTTTACCCATGTTTGTCTATGTGTCACGTGAGAAGCG 1739
Query 1740 GCCTGGATATGATCACAACAAGAAAGCTGGAGCCATGAATGCACTTGTTCGTGCCTCTGC 1799
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ACCGGGCTATGATCACAACAAGAAAGCTGGAGCCATGAATGCACTTGTTCGTGCCTCTGC 1799
Query 1800 TATCCTCTCAAATGGACCTTTTATCCTTAATCTTGATTGTGATCATTACATCTATAACTG 1859
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TATTCTCTCAAATGGACCTTTTATCCTTAATCTTGATTGTGATCATTACATCTATAACTG 1859
Query 1860 TAAGGCCGTACGAGAAGGGATGTGTTTTATGATGGACAGAGGTGGTGAAGACATTTGCTA 1919
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TAAGGCCATCCGAGAAGGGATGTGTTTTATGATGGACAGAGGTGGTGAAGACATTTGCTA 1919
Query 1920 CATTCAGTTTCCGCAAAGATTCGAAGGCATCGATCCTTCTGATAGATATGCTAACAATAA 1979
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CATTCAGTTTCCGCAAAGATTTGAAGGCATCGATCCTTCTGATAGATATGCTAACAATAA 1979
Query 1980 CACTGTATTT-TTTGACGGTAATATGCGTGCTCTCGACGGTGTCCAGGGACCAGTTTATG 2038
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CACTGT-TTTCTTTGACGGTAATATGCGTGCTCTCGACGGAGTCCAGGGACCAGTTTATG 2038
Query 2039 TTGGAACAGGTACTATGTTTAGGCGCTTTGCTCTCTATGGTTTTGATCCACCCAACCCTG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTGGAACAGGTACTATGTTTAGGCGCTTTGCTCTCTACGGTTTTGATCCACCCAACCCTG 2098
Query 2099 ACAAGCTTCTTGAGAAGAAGGAATCAGAAACAGAGGCTCTAACCACCAGTGACTTTGACC 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ACAAGCTTCTTGAGAAGAAGGAATCAGAAACAGAGGCTCTAACCACCAGTGACTTTGACC 2158
Query 2159 CGGACCTTGATGTCACACAACTCCCCAAGCGCTTTGGGAACTCCACACTCCTAGCTGAGT 2218
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CGGACCTTGATGTCACACAACTCCCTAAGCGCTTTGGCAACTCCACACTCCTAGCTGAGT 2218
Query 2219 CAATTCCAATTGCAGAGTTCCAAGGTCGTCCATTGGCAGACCACCCGGCTGTCAAGTACG 2278
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 CAATTCCTATTGCAGAGTTCCAAGGTCGTCCATTGGCAGACCACCCGGCTGTCAAGTACG 2278
Query 2279 GTCGTCCTCCCGGAGCCCTTAGAGTCCCTCGTGACCCACTTGATGCTACCACTGTCGCAG 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GTCGTCCTCCCGGAGCCCTTAGAGTCCCTCGTGACCCACTTGATGCTACCACTGTCGCAG 2338
Query 2339 AGTCTGTTTCTGTAATCTCTTGTTGGTATGAGGATAAAACGGAGTGGGGAGATAGAGTTG 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2339 AGTCTGTTTCTGTAATCTCTTGTTGGTATGAGGATAAAACGGAATGGGGAGATAGAGTTG 2398
Query 2399 GATGGATTTATGGGTCGGTGACAGAGGACGTGGTCACAGGATACCGCATGCATAATCGTG 2458
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 GGTGGATTTATGGGTCGGTGACAGAGGACGTGGTCACAGGATACCGCATGCATAATCGTG 2458
Query 2459 GGTGGCGCTCGGTTTACTGCATAACTAAGCGAGATTCTTTTCGAGGCTCTGCACCCATTA 2518
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2459 GGTGGCGCTCTGTTTACTGCATCACTAAGCGAGATTCTTTTCGAGGCTCTGCTCCCATTA 2518
Query 2519 ATCTCACGGATCGTCTTCACCAGGTGTTGCGGTGGGCCACTGGGTCTGTTGAGATCTTCT 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 ATCTCACGGATCGTCTTCACCAGGTGTTGCGGTGGGCCACTGGGTCTGTTGAGATCTTCT 2578
Query 2579 TCTCTAGAAACAACGCCATTCTCGCCTCCAAACGTCTCAAGTTCCTCCAACGTCTCGCAT 2638
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 TCTCTAGAAGCAACGCCATTCTCGCCTCCAAACGTCTCAAGTTCCTCCAACGTCTCGCAT 2638
Query 2639 ACCTCAATGTTGGGATATACCCTTTCACGTCTCTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTC 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 ACCTCAATGTTGGGATATACCCTTTCACGTCTCTGTTTCTCATCCTCTATTGTTTTCTTC 2698
Query 2699 CGGCATTCTCTCTTTTCTCTGGACAGTTCATCGTGCGGACGCTCAGTATCTCCTTCTTGG 2758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2699 CGGCATTCTCTCTTTTCTCTGGACAGTTCATCGTGCGGACGCTCAGTATCTCCTTCTTAG 2758
Query 2759 TCTACCTTCTTATGATCACCATTTGTTTGATTGGATTGGCGGTTTTGGAGGTCAAGTGGT 2818
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TCTACCTTCTTATAATCACCATTTGTTTGATTGGCTTGGCGGTTTTGGAGGTCAAGTGGT 2818
Query 2819 CTGGCATTGGGCTGGAAGAATGGTGGAGAAACGAACAGTGGTGGCTCATCTCAGGAACAA 2878
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 CTGGCATTGGGCTCGAAGAATGGTGGAGAAACGAACAGTGGTGGCTCATCTCAGGAACAA 2878
Query 2879 GCTCTCACCTTTACGCAGTGGTCCAAGGAGTCCTCAAAGTGATTGCAGGGATCGAGATCT 2938
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 GCTCTCACCTTTACGCAGTGGTCCAAGGAATCCTCAAAGTGATTGCAGGGATCGAGATCT 2938
Query 2939 CCTTTACCTTGACGACCAAGTCAGGGGGAGATGACAATGAAGACATATACGCGGATTTGT 2998
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2939 CCTTTACCTTGACTTCCAAGTCAGGGGGAGATGACAATGATGACATATACGCAGATTTGT 2998
Query 2999 ACATAGTGAAATGGTCGTCGCTGATGATACCGCCTATAGTGATAGCAATGGTGAACATAA 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 ACATAGTGAAATGGTCGTCGCTGATGATACCGCCTATAGTGATAGCAATGGTGAACATAA 3058
Query 3059 TAGCGATTGTGGTGGCGTTCATCAGGACAATATACCAAGCGGTGCCACAATGGAGCAAGC 3118
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TAGCTATTGTGGTGGCGTTCATAAGGACGATATACCAAGCGGTGCCACAATGGAGCAAGC 3118
Query 3119 TAATCGGAGGAGCATTTTTCAGCTTCTGGGTGTTGGCGCATTTGTATCCATTTGCAAAAG 3178
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 TAATAGGAGGAGCATTTTTCAGCTTCTGGGTGTTGGCGCATTTGTATCCATTTGCAAAAG 3178
Query 3179 GATTGATGGGACGAAGAGGCAAAACTCCAACCATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTCATTG 3238
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3179 GATTGATGGGACGAAGAGGCAAAACTCCAACGATAGTTTTTGTGTGGGCAGGTCTGATTG 3238
Query 3239 CCATCACCATCTCTCTACTGTGGACGGCCATAAACCCAAACACCGGACCTGCAGCTGCTG 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 CCATCACCATCTCTCTACTGTGGACGGCCATAAACCCAAACACCGGACCTGCAGCTGCTG 3298
Query 3299 CAGAGGGTGTTGGAGGCGGTGGTTTTCAATTCCCGTAATTAAAAAAGCATTCATATAGG- 3357
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3299 CTGAGGGTGTTGGAGGCGGTGGTTTTCAATTCCCGTAA--AAA---GCATTCATATAGGG 3353
Query 3358 CGACTTGAGAGTTTTGTAGACTAATCACAAGAAATTAATACG-TATACTATCtttgtttc 3416
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 3354 CGACTTGAGAGTTTTGTAGACTAATCACAAGAAATTAATACGCT-TACTATCTTTGTTTC 3412
Query 3417 -tttt-tgttttt-----gtttttgtt-C--CTGGTAGTAAATTTTCAGATAACTACATG 3466
|||| | ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3413 CTTTTATTTTTTTTATTTGTTTTTGTTTCTTCTGGTAGTAAATTTTCAGATAACTACATA 3472
Query 3467 TATATCTGGATTGAGATGTCATGACTGTATAAATCAGCCTTTGTAT 3512
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3473 TA-ATCTGGATTGAGATGTCATGACTGTATAAATCAGCCTTTGTAT 3517
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132668699478
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5