BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38200.1
Length=5294
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490579 jgi|Araly1|490579|fgenesh2_kg.7__12__AT4G38200.1 6951 0.0
Ahg355773 jgi|Araly1|355773|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002946 632 7e-180
> Ahg490579 jgi|Araly1|490579|fgenesh2_kg.7__12__AT4G38200.1
Length=5253
Score = 6951 bits (3764), Expect = 0.0
Identities = 4010/4126 (97%), Gaps = 27/4126 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 979 AGGTTTCTAAATGCCATCAAGCAGT-TGCTCTGCTTGTCGCTGTTAAAGAATAGCGCACT 1037
||||||||||||||||||||||| | | |||||| |||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGGTTTCTAAATGCCATCAAGCAATAT-CTCTGCCTGTCTCTATTAAAGAATAGCGCACT 1076
Query 1038 TTCGGTTATGTCTATTTTTCAACTTCAGTGTGCTATCTTCACAACCTTACTACGGAAATA 1097
||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1077 CTCGATTATGTCTATTTTTCAACTTCAATGTGCTATCTTCACTACCTTACTACGGAAATA 1136
Query 1098 TAGATCGGGTATGAAATCAGAAGTAGGTATATTCTTTCCGATGCTTGTCCTCCGGGTCCT 1157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TAGATCGGGTATGAAATCAGAAGTAGGTATATTCTTCCCGATGCTTGTCCTCCGGGTCCT 1196
Query 1158 TGAAAATGTTCTCCAGCCAAGTTTCGTGCAGAAAATGACCGTGCTCAGCTTACTCGAGAA 1217
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TGAAAATGTTCTCCAGCCAAGTTTCGTGCAGAAAATGACCGTGCTCAGCTTACTCGAGAA 1256
Query 1218 CATTTGCCACGACCCAAACCTAATCATTGACATATTTGTGAACTTTGACTGCGATGTGGA 1277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CATTTGCCACGACCCAAACCTAATCATTGACATATTTGTGAACTTTGACTGCGATGTGGA 1316
Query 1278 GTCTCCCAACATCTTCGAAAGGATTGTCAACGGTCTTCTGAAAACTGCTCTAGGGCCTCC 1337
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GTCTCCGAACATCTTCGAAAGGATTGTCAACGGTCTTCTGAAAACTGCTCTAGGGCCTCC 1376
Query 1338 TCCTGGTTCATCGACAATATTGTCCCCAGTCCAGGATATTACTTTTCGGCACGAATCTGT 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TCCTGGTTCATCGACAATATTGTCCCCAGTCCAGGATATTACTTTTCGGCACGAATCTGT 1436
Query 1398 GAAGTGCTTGGTTAGCATTATTAAGGCAATGGGAACATGGATGGACCAACAATTGAGCGT 1457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GAAGTGCTTGGTTAGCATTATTAAGGCAATGGGAACATGGATGGACCAACAATTGAGCAC 1496
Query 1458 GGGAGATTCACTTCTGCCTAAGAGCTTAGAAAATGAGGCACCTGCAAACAATCATTCAAA 1517
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GGGAGAATCACTTCTGCCTAAGAGCTTAGAAAATGAAGCACCTGCAAACAATCATTCAAA 1556
Query 1518 CTCAAATGAAGAAGATGGGACGACTATAGATCATGACTTTCACCCAGATTTGAATCCAGA 1577
||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1557 CTCAAATGAAGAAGACGGGACAACTACAGATCATGACTTTCACCCAGATTTGAGTTCAGA 1616
Query 1578 GTCATCAGACGCTGCAACTCTTGAACAGAGGAGGGCATACAAAATTGAACGCCAGAAAGG 1637
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GTCATCAGACGCTGCAACTCTTGAACAAAGGAGGGCATACAAAATTGAACGCCAGAAAGG 1676
Query 1638 CGTCACTCTATTCAATAGAAAGCCGTCAAAGGGTATTGAGTTTCTTATCAGCTCTAAAAA 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CGTCACTCTATTCAATAGAAAGCCGTCAAAGGGTATTGAGTTTCTTATCAGCTCTAAAAA 1736
Query 1698 GGTTGGCAACTCCCCGGATGAGGTGGTGTCGTTCCTGAGGAATACCACAGGCTTGAATGC 1757
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GGTTGGCAACTCCCCGGATGAGGTGGTATCGTTCCTGAGGAATACCACAGGCTTGAATGC 1796
Query 1758 AACCATGATTGGTGATTATTTGGGTGAAAGAGAGGATTTTCCAATGAAAGTTATGCATGC 1817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AACCATGATTGGTGATTATTTGGGTGAAAGAGAGGAGTTTCCAATGAAAGTTATGCATGC 1856
Query 1818 CTATGTGGACTCGTTTGATTTCAAGGAGATGAATTTTGGTGAGGCAATTAGGTTTTTCTT 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CTATGTGGACTCGTTTGATTTCAAGGAGATGAATTTTGGTGAGGCAATTAGGTTTTTCTT 1916
Query 1878 AAGGGGCTTCAGGCTTCCTGGGGAAGCACAGAAAATTGACCGCATAATGGAAAAGTTTGC 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AAGGGGCTTCAGGCTTCCTGGGGAAGCACAGAAAATTGACCGCATAATGGAAAAGTTTGC 1976
Query 1938 TGAACGCTTTTGCAAATGCAATCCAAATTCATTCAGCAGTGCTGACACAGCATATGTTCT 1997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TGAACGCTTTTGCAAATGCAATCCAAATTCATTCAGCAGTGCTGACACAGCATATGTTCT 2036
Query 1998 TGCATACTCTGTAATAATGCTTAACACTGATGCCCACAATATCATGGTTAAAGAGAAGAT 2057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TGCATACTCTGTAATAATGCTTAACACTGATGCCCACAATGTCATGGTTAAAGAGAAGAT 2096
Query 2058 GACCAAGGCTGATTTTATCAGAAATAACCGAGGCATTGATGATGGCAAAGATCTCCCAGA 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GACCAAGGCTGATTTTATCAGAAATAACCGAGGCATTGATGATGGCAAAGATCTCCCAGA 2156
Query 2118 AGAGTATCTTGGTGCGCTTTATGACCAAGTTGTCATAAATGAAATAAAGATGAGTTCTGA 2177
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 AGAGTATCTTGGTGCGCTTTATGATCAAGTTGTCAAAAATGAAATAAAGATGAGTTCTGA 2216
Query 2178 TTCTTCAGCCCCAGAAAGCAGGCAGTCCAATGGCCTGAATAAACTACTGGGTCTGGACGG 2237
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TTCTTCTGCCCCAGAAAGCAGGCAGTCCAATGGCCTGAATAAACTACTGGGTCTGGACGG 2276
Query 2238 TATACTCAATCTGGTTTATTGGACACAGACGGAAGAAAAAGCGGTGGGGGCTAATGGTCT 2297
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 TATACTCAATCTGGTTTATTGGACACAGACAGAAGAAAAAGCGGTGGGGGCTAATGGTCT 2336
Query 2298 TCTTATAAAGGATATTCAAGAAAAGTTCAGGTCGAAGTCTGGAAAATCAGAATCAGCTTA 2357
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TCTTATAAAGCATATTCAAGAAAAGTTCAGGTCGAAGTCTGGAAAATCAGAATCAGCTTA 2396
Query 2358 CCATGTAGTCACAGACGTTGCAATATTGCGTTTTATGGTTGAAGTTTCCTGGGGACCAAT 2417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CCATGTAGTCACAGACGTTGCAATATTGCGTTTTATGGTTGAAGTTTCCTGGGGACCAAT 2456
Query 2418 GCTTGCCGCATTCAGCGTGACACTTGATCAGAGTGATGACAGGCTTGCTGCAGTTGAATG 2477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 GCTTGCCGCATTCAGCGTGACACTTGATCAGAGTGATGACAGGCTTGCTGCAGTTGAATG 2516
Query 2478 CTTACGAGGCTTTCGGTATGCAGTTCATGTGACAGCAGTTATGGGTATGCAAACGCAAAG 2537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 CTTACGAGGCTTTCGGTATGCAGTTCATGTGACAGCAGTTATGGGTATGCAAACGCAAAG 2576
Query 2538 AGATGCATTTGTCACTTCCATGGCCAAGTTCACAAATCTCCATTGCGCAGGAGATATGAA 2597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AGATGCATTTGTCACTTCCATGGCCAAGTTCACAAATCTCCATTGCGCAGGAGATATGAA 2636
Query 2598 GCAAAAGAATGTCGATGCTGTTAAAGCCATAATTTCAATTGCCATTGAAGATGGTAATCA 2657
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GCAAAAGAATGTCGATGCTGTTAAAGCCATCATATCAATTGCCATTGAAGATGGTAATCA 2696
Query 2658 CTTGCAAGATGCTTGGGAGCACATTTTGACTTGTCTTTCTAGAATAGAGCATTTGCAATT 2717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 CTTGCAAGATGCTTGGGAGCACATTTTGACTTGTCTTTCTAGAATAGAGCATTTGCAATT 2756
Query 2718 ATTGGGCGAGGGTGCTCCAAGTGATGCATCTTATTTTGCTTCAACCGAGACCGAAGAGAA 2777
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2757 ATTGGGTGAGGGTGCTCCAAGTGATGCATCTTATTTTGCTTCATCCGAGACCGAAGAGAA 2816
Query 2778 GAAAGCCTTGGGTTTTCCTAACTTGAAGAAAAAAGGAGCCCTCCAGAATCCGGTGATGAT 2837
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 GAAAGCCTTGGGGTTTCCTAACTTGAAGAAAAAAGGAGCCCTCCAGAATCCGGTGATGAT 2876
Query 2838 GGCTGTGGTTCGAGGGGGCTCATATGATAGCAGTACAATTGGACCAAATATGCCGGGGCT 2897
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 GGCTGTGGTTCGAGGGGGCTCATATGATAGCAGCGCAGTTGGACCAAATATGCCGGGGCT 2936
Query 2898 TGTGAAGCAGGACCAAATCAATAACTTCATTGCAAACTTGAATTTGCTTGACCAGATCGG 2957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 TGTGAAGCAGGACCAAATCAATAACTTCATTGCAAACTTGAATTTGCTTGACCAGATCGG 2996
Query 2958 GAGTTTTCAGTTGAATAATGTATATGCTCATAGCCAGCGGCTGAAGACTGAAGCCATAGT 3017
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2997 GAGTTTTCAGTTGAATAATGTATATGCTCATAGCCAGCGGTTGAAGACTGAAGCCATAGT 3056
Query 3018 AGCATTTGTTAAAGCTCTATGCAAAGTCTCTATGTCAGAACTGCAGTCTCCTACGGATCC 3077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AGCATTTGTTAAAGCTCTATGCAAAGTCTCTATGTCAGAACTGCAGTCTCCTACGGATCC 3116
Query 3078 TCGAGTATTTAGCCTTACAAAATTAGTTGAGATCGCCCACTACAACATGAACCGCATCAG 3137
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 TCGAGTGTTTAGCCTCACAAAATTAGTTGAGATCGCCCACTACAACATGAACCGCATCAG 3176
Query 3138 GCTAGTCTGGTCTCGCATATGGAGCATCCTGTCAGAtttttttGTATCTGTTGGCTTGTC 3197
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3177 GCTAGTCTGGTCTCGCATTTGGAGCATCCTGTCAGATTTTTTTGTATCTGTTGGCTTGTC 3236
Query 3198 AGAGAATCTTTCTGTTGCAATATTCGTTATGGACTCACTACGACAACTGTCTATGAAGTT 3257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 AGAGAATCTTTCTGTTGCAATATTCGTTATGGACTCACTACGACAACTGTCTATGAAGTT 3296
Query 3258 CTTGGAACGTGAGGAGCTGGCTAATTACAACTTTCAGAATGAATTTCTTCGACCATTTGT 3317
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3297 CTTGGAACGTGAGGAGCTGGCAAATTATAACTTTCAGAATGAATTTCTTCGACCATTTGT 3356
Query 3318 CATTGTTATGCAAAAAAGCAGTTCTGCTGAAATAAGAGAACTAATAGTTCGGTGCATTTC 3377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 CATTGTTATGCAAAAAAGCAGTTCTGCTGAAATAAGAGAACTAATAGTTCGGTGCATTTC 3416
Query 3378 TCAAATGGTACTCAGCCGTGTCAGTAATGTGAAATCAGGGTGGAAAAGTGTTTTCAAGGT 3437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 TCAAATGGTACTCAGCCGTGTCAGTAATGTGAAATCAGGGTGGAAAAGTGTTTTCAAGGT 3476
Query 3438 TTTCACAACTGCAGCAGCTGATGAAAGGAAGAACATTGTATTGTTGGCCTTTGAGACGAT 3497
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3477 TTTCACAACTGCAGCAGCTGATGAAAGGAAAAACATTGTATTGTTGGCCTTTGAGACAAT 3536
Query 3498 GGAAAAAATTGTCCGAGAGTACTTTTCATATATCACAGAGACGGAGGCAACAACCTTTAC 3557
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3537 GGAAAAAATTGTCCGAGAGTACTTTTCATACATCACAGAGACGGAGGCAACAACCTTTAC 3596
Query 3558 TGATTGTGTTCGATGCCTCATAACTTTTACAAACAGCACATTTACCAGCGATGTTAGCCT 3617
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3597 TGATTGTGTTAGATGCCTCATAACTTTCACAAACAGCACGTTTACCAGCGATGTTAGCCT 3656
Query 3618 GAACGCTATCGCGTTTCTACGATTTTGTGCCCTAAAACTTGCAGACGGAGGCCTCGTGTG 3677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3657 GAACGCTATCGCGTTTCTACGATTTTGTGCCCTAAAACTTGCAGACGGAGGCCTTGTGTG 3716
Query 3678 GAATGAGAAGGGTAGGTCCAGCAGTCCCAGTACTCCAGTAACAGATGACCATTCACCAAG 3737
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3717 GAATGAGAAGGGTAGGTCCAGCAGTCCCGGTACTCCAGTAACAGATGACCATGCACCAAA 3776
Query 3738 TACCCAAAATTTTATGGATGCAGATGAGAATATTTCATATTGGGTTCCTTTGCTCACAGG 3797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3777 TACCCAAAATTTTATGGATGCAGATGAGAATATTTCATATTGGGTTCCTTTGCTCACAGG 3836
Query 3798 ATTGTCTAAGCTAACTTCTGATTCCAGATCAGCAATCCGTAAAAGCTCCTTGGAAGTGCT 3857
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3837 ATTGTCTACGCTAACTTCTGATTCCAGATCAGCAATCCGTAAAAGCTCCTTGGAAGTTCT 3896
Query 3858 CTTTAATATTTTGAAGGATCATGGCCATATTTTTTCACGAACATTCTGGATCGGCGTTTT 3917
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3897 CTTTAATATTTTAAAGGATCATGGCCATATTTTTTCACGAACATTCTGGATCGGCGTTTT 3956
Query 3918 TAGTTCTGTTATATATCCTATATTTAACAGCGTCTGGGGCGAGAATGATCTGCTTTCTAA 3977
||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3957 CAGTTCTGTTATTTATCCTATATTTAACAGTGTGTGGGGCGAGAATGATCTGCTTTCTAA 4016
Query 3978 AGATGAACATAGTTCATTTCCATCTACATTTTCTTCACATCCTAGTGAAGTTTCTTGGGA 4037
||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4017 AGATGAACACACTTCATTTCCATCTACATTTTCTCCACATCCTAGTGAAGTTTCTTGGGA 4076
Query 4038 TGCTGAGACTTCAGCTATGGCGGCACAGTATCTGGTAGACCTATTTGTCAGtttttttAC 4097
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4077 TGCTGAGACTTCAGCTATGGCGGCACAGTCTCTGGTAGACCTATTTGTCAGCTTTTTTAC 4136
Query 4098 TGTGATAAGGTCTCAACTTTCAAGTGTAGTATCCTTACTTGCTGGTCTTATAAGAAGTCC 4157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4137 TGTGATAAGGTCTCAACTTTCAAGTGTAGTATCCTTACTTGCTGGTCTTATAAGAAGTCC 4196
Query 4158 AGCTCAGGGTCCTACAGTAGCTGGGGTTGGCGCGTTGCTGCGGTTGGCAGACGAATTGGG 4217
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4197 AGCTCAGGGTCCTACAGTAGCTGGAGTTGGCGCGTTGTTGCGGTTGGCAGACGAATTGGG 4256
Query 4218 TGACAGGTTCTCGGAAAATGAGTGGAAGGAGAtttttttGGCTGTGAACGAAGCTGCTTC 4277
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4257 TGACAGGTTCTCGGAAGATGAGTGGAAGGAGATTTTTTTGGCTGTGAAAGAAGCTGCTTC 4316
Query 4278 ATTGACATTGTCTAGTTTCATGAAAACACTGAGAACCATGGATGACATTCCAGATGAGGA 4337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4317 ATTGACATTGTCTAGTTTCATGAAAACACTGAGAACCATGGATGACATTCCAGATGAGGA 4376
Query 4338 TACATTGTCTGATCAGGACTTTAGTAATGAAGATGACATCGACGAGGACAGCCTGCAAAC 4397
| || | | | | | | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4377 --C-TT-T---A---G---T--A--A-TGAAGATGACGTCGACGAGGACAGCCTGCAAAC 4418
Query 4398 TATGTCTTATGTTGTGGCAAGAACAAAAAGTCACATAACCGTCCAGCTGCAAGTTGTTCA 4457
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 4419 TATGTCTTATGTTGTTGCAAGAACAAAGAGTCACATAGCCGTCCAGTTGCAAGTTGTTCA 4478
Query 4458 GGTAGTGACGGATCTCTACCGAATCCATCAGCAGTCATTGTTGGCATCGCACGTTACTGT 4517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4479 GGTAGTGACGGATCTCTACCGAATCCATCAGCAGTCATTGTTGGCATCGCACGTCACTGT 4538
Query 4518 TATACTGGAGATACTCTCATCAATCTCATCACATGCCCACCAGTTAAATTCTGATTTGAT 4577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4539 TATACTGGAGATACTCTCATCAATCTCATCACATGCCCACCAGCTAAATTCTGATTTGAT 4598
Query 4578 ATTGCAGAAGAAAGTGAGGAGAGCGTGCTCTATCCTGGAGCTCTCTGAACCTCCCATGCT 4637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4599 ATTGCAGAAGAAAGTGAGGAGAGCGTGCTCTATCCTGGAGCTCTCTGAACCTCCCATGCT 4658
Query 4638 TCATTTCGAAAATGACACGTTTCAGAACTACCTGGACATTCTTCAAGCCATAGTGACAAA 4697
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 4659 TCATTTCGAAAATGACACGCATCAGAACTACCTGGACATTCTTCAAGCCATACTGACATA 4718
Query 4698 TAATCCAGGAGTGTCGTTGGAGCTAAACGTAGAGTCTCAGCTGATGACAGTGTGTATGCA 4757
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4719 CAATCCAGGAGTGTCCTTGGAGCTAAACATAGAGTCTCAGCTGATGACAGTGTGTGTGCA 4778
Query 4758 AATACTGAAGATGTACCTGAAATGCACTTTGTTTCAGGGTGATGAGTTGGAAGAAACCAG 4817
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4779 ATTACTGAAGATGTACCTGAAATGCACTTTGTTTCAGGGTGAAGAGTTGGAAGAAACCAG 4838
Query 4818 GCAGCCCAAAAACTGGATTCTACCCATGGGAGCAGCCTCGAAGGAAGAAGCAGCAGCGAG 4877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4839 GCAGCCCAAAAACTGGATTCTACCCATGGGAGCAGCATCGAAGGAAGAAGCAGCAGCGAG 4898
Query 4878 ATCTCCCCTAGTGGTTGCAGTGCTGAAGGCTCTGAGGGAACTGAAAAGAGATTCATTCAA 4937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4899 ATCTCCCCTAGTGGTTGCAGTGCTGAAGGCTCTGAGGGGACTGAAAAGAGATTCATTCAA 4958
Query 4938 GAGGTATGCACCGAATTTCTTCCCATTGTTGGTGGAGCTTGTGCGGAGCGAGCACAGCTC 4997
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4959 GAGGTATGCACCAAATTTCTTCCCATTGTTGGTGGAGCTTGTGCGGAGCGAGCACAGCTC 5018
Query 4998 TTCACAAGTCCCACAAGTCTTAAGCACAGTGTTCCATACATGTATGGGTGCAATGATGGA 5057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5019 TTCACAAGTCCCACAAGTCTTAAGCACAGTGTTCCATACATGTATGGGTGCAATGATGGA 5078
Query 5058 TGAATA-A-TAGGGTGGTTATAAGTG-G--G--TTTTGACATTCGA 5096
|||||| | | ||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 5079 TGAATAGAATTGGGTGGTTATAAGTGCGCTGAATTTTGACATTCGA 5124
Score = 1574 bits (852), Expect = 0.0
Identities = 947/991 (96%), Gaps = 14/991 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGTCGTCGCAGAACCTTGGTGGCGCCACCAGATGCGGCCGGGTGATTGGGCCATCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGTCGTCGCAGAACCTTGGTGGCGCCACGAGATGCGGCCGGGTGATTGGGCCATCT 60
Query 61 TTGGACAAGATCATAAAAAATGCCGCCTGGCGCAAGCACACCTTCCTTGTTTCCGCCTGT 120
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGGACAAGATCATCAAAAATGCCGCCTGGCGCAAGCACACCTTCCTTGTTTCCGCCTGT 120
Query 121 AAGTCTGTACTCGACAAGCTCGAAG-CTCTCTCCGATTCTCCCGATCCTTCGTCGCCTCT 179
|||||||| ||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 AAGTCTGTCCTCGACAAGCTCG-AGACTCTTTCTGATTCTCCCGATCCTTGGTCGCCTCT 179
Query 180 CTTCGGTCTCACTACCTCCGATGCAGATGCCGTTCTTCAGCCACTCCTTCTCTCTCTTGA 239
|||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 180 CTTCGGTCTCACCACTTCCGATTCAGATGCCGTCCTTCAGCCACTTCTTCTCTCTCTTGA 239
Query 240 TACCGGCTATGCTAAGGTTATTGAGCCTGCTCTCGATTGCTCTTTCAAGctcttctctct 299
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TACCGGCTACGCCAAGGTTATTGAGCCTGCTCTCGATTGCTCTTTCAAGCTCTTCTCTCT 299
Query 300 ctccctcctccggggcgaggtctgctcctcgtcccctgattctcttctctACAAGCTCAT 359
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTCCCTTCTCCGGGGCGAGGTCTGCTCCTCTTCCCCTGATTCTCTTCTCTACAAGCTCAT 359
Query 360 CCATGCGATCTGCAAGGTTTGCGGCATCGGCGAGGAGTCAATTGAGCTGGCGGTCCTTCG 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 CCATGCGATCTGCAAGGTTTGCGGCATCGGCGAGGAGTCTGTTGAGCTGGCGGTCCTTCG 419
Query 420 TGTCCTCCTCGCCGCCGTCAGATCTCCTCGCATCCTAATCCGTGGCGATTGTTTGCTCCA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGTCCTCCTCGCCGCCGTCAGATCTCCTCGCATCCTAATCCGTGGCGATTGTTTGCTCCA 479
Query 480 TCTAGTCAGGACCTGCTACAATGTGTATCTCGGCGGATTCAACGGGACCAACCAGATCTG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCTAGTCAGGACCTGCTACAATGTGTATCTCGGCGGATTCAACGGGACCAACCAGATCTG 539
Query 540 CGCTAAATCTGTGCTGGCTCAGATCATGCTCATCGTCTTCACCAGATCCGAGGCGAATTC 599
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 540 CGCTAAATCTGTGTTGGCTCAGATCATGCTCATCGTCTTCACCAGATCCGAGGCCAATTC 599
Query 600 CATGGATGCATCACTCAAAACGGTTAATGTCAACGACTTGCTTGCCATCACGGATAAGAA 659
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TATGGATGTATCACTCAAAACGGTTAACGTCAACGACTTGCTTGCCATCACGGATAAGAA 659
Query 660 TGTCAACGAAGGGAACTCTGTTCATATTTGTCAGGGATTCATTAACGACGTCATTACGGC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 TGTCAACGAAGGGAACTCTGTTCATATTTGTCAGGGATTCATTAACGACGTTATTACGGC 719
Query 720 CGGGGAAGCAGCTCCTCCTCCGGATTTC--GC--G-CT---AGT-CCAACCACCAGAGGA 770
|||||||||||||||||||||||||||| || | || || |||||||||||| ||
Sbjct 720 CGGGGAAGCAGCTCCTCCTCCGGATTTCATGCTAGTCTTGCAGGGCCAACCACCAGACGA 779
Query 771 AGGTGCTTCTTCAACTGAGGATGAAGGCACAGGCAGCAAGATCAGGGAAGACGGTTTCCT 830
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 780 AGGTGCTTCTTCAACTGAGGATGTGGGCACA---AGCAAGATCATGGAAGACGGTTTCCT 836
Query 831 TCTCTTCAAAAATCTCTGTAAGTTGTCTATGAAGTTCTCGTCACAAGAGAACACCGACGA 890
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TCTCTTCAAAAACCTCTGTAAGTTGTCTATGAAGTTCTCGTCACAAGAGAACACCGACGA 896
Query 891 TCAGATTCTTGTGAGAGGCAAGACTTTGTCTCTCGAGTTGCTCAAAGTCATCATTGATAA 950
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TCAGATTCTTGTGAGAGGCAAGACTTTGTCCCTCGAGTTGCTCAAAGTCATCATTGATAA 956
Query 951 CGGCGGCCCAATTTGGCTCTCTGACGAAAGG 981
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CGGCGGCCCAATTTGGCTCTCTGACGAAAGG 987
Score = 224 bits (121), Expect = 5e-57
Identities = 129/133 (97%), Gaps = 0/133 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5162 TCGACGGAGATGCGAGATTTACAGGTTTTGTGCTGTTGATTGATAGTGCTGATATAAAGT 5221
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5121 TCGATGGAGATGCGAGATTTACAGGTTTTGTGCGGTTGATTGCTAGTGCTGATATAAAGT 5180
Query 5222 AATTGATTACTGTTTGTAGAAACTAAGAAAAGAATGGTGAGATTAGGAGGGTCATTGCAT 5281
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5181 AATTGATTACTGTTTGTAGAAACTAAGAAAAGTATGGTGAGATTAGGAGGGTCATTGCAT 5240
Query 5282 TTTGTCTGCAATG 5294
|||||||||||||
Sbjct 5241 TTTGTCTGCAATG 5253
> Ahg355773 jgi|Araly1|355773|fgenesh1_pg.C_scaffold_7002946
Length=1704
Score = 632 bits (342), Expect = 7e-180
Identities = 428/471 (91%), Gaps = 0/471 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3988 AGTTCATTTCCATCTACATTTTCTTCACATCCTAGTGAAGTTTCTTGGGATGCTGAGACT 4047
||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 496 AGTTCATCGCCATCCACATTTTCTCCACGTCCTAACGAAGCTTCTTGGGATGCTGAAACT 555
Query 4048 TCAGCTATGGCGGCACAGTATCTGGTAGACCTATTTGTCAGtttttttACTGTGATAAGG 4107
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 556 TCAGCTATGGCGGCACAGTCTCTGGTGGACCTATTTGTCAGCTTTTTTACTGTTATAAGG 615
Query 4108 TCTCAACTTTCAAGTGTAGTATCCTTACTTGCTGGTCTTATAAGAAGTCCAGCTCAGGGT 4167
|| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 616 TCCCAACTTTCAAGTGTAGTATCTTTACTCGCTGGTCTCATAAGAAGTCCAGCTCAGGGT 675
Query 4168 CCTACAGTAGCTGGGGTTGGCGCGTTGCTGCGGTTGGCAGACGAATTGGGTGACAGGTTC 4227
|||||||||||||| || || ||||||||| || | || |||||| |||||| ||| |||
Sbjct 676 CCTACAGTAGCTGGAGTGGGTGCGTTGCTGTGGCTAGCGGACGAACTGGGTGGCAGTTTC 735
Query 4228 TCGGAAAATGAGTGGAAGGAGAtttttttGGCTGTGAACGAAGCTGCTTCATTGACATTG 4287
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 736 TCAGAAGATGAGTGGAAGGAGATTTTTTTGGCTGTGAAAGAAGCTGCTTCATTGACATTG 795
Query 4288 TCTAGTTTCATGAAAACACTGAGAACCATGGATGACATTCCAGATGAGGATACATTGTCT 4347
||||| ||||| |||| |||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 796 TCTAGCTTCATAAAAATACTGAGAATCGTAGATGACATTCCAGATGAGGAAACATTGTCT 855
Query 4348 GATCAGGACTTTAGTAATGAAGATGACATCGACGAGGACAGCCTGCAAACTATGTCTTAT 4407
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 856 GATCAGGACTTTAGTAATGAAGATGACGTCGACGAGGACAGCCTGCAAATTATGTCTTAT 915
Query 4408 GTTGTGGCAAGAACAAAAAGTCACATAACCGTCCAGCTGCAAGTTGTTCAG 4458
||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 916 GTTGTTTCAAGAACAAAGAGTCACATAACCGTCCAGTTGCAAGTTGTTCAG 966
Score = 230 bits (124), Expect = 1e-58
Identities = 136/142 (96%), Gaps = 0/142 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3451 GCAGCTGATGAAAGGAAGAACATTGTATTGTTGGCCTTTGAGACGATGGAAAAAATTGTC 3510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 163 GCAGCTGATGAAAGGAAGAACATTGTATTGTTGGCCTTTGAGACAATGGAAAAAATTGTC 222
Query 3511 CGAGAGTACTTTTCATATATCACAGAGACGGAGGCAACAACCTTTACTGATTGTGTTCGA 3570
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 223 CGAGAGTATTTTTCATATATCACAGAGACGGAGGCAACAACTTTTACTGATTGTGTTAGA 282
Query 3571 TGCCTCATAACTTTTACAAACA 3592
||||| |||||||| |||||||
Sbjct 283 TGCCTTATAACTTTCACAAACA 304
Score = 193 bits (104), Expect = 1e-47
Identities = 128/140 (91%), Gaps = 0/140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4801 GAGTTGGAAGAAACCAGGCAGCCCAAAAACTGGATTCTACCCATGGGAGCAGCCTCGAAG 4860
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1138 GAGTTGGAAGAGACCAGGCAGCCTAAAAACTGGATTCTACCCATGGGAACAGCATCGAAG 1197
Query 4861 GAAGAAGCAGCAGCGAGATCTCCCCTAGTGGTTGCAGTGCTGAAGGCTCTGAGGGAACTG 4920
||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||| | ||||||| ||||
Sbjct 1198 GAAGAAGCAGCAGCGAGATCTCCGCTAGTAGTTACAGTGTTGAAGACACTGAGGGGACTG 1257
Query 4921 AAAAGAGATTCATTCAAGAG 4940
|||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GAAAGAGATTCATTCAAGAG 1277
Score = 191 bits (103), Expect = 5e-47
Identities = 146/167 (87%), Gaps = 2/167 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4582 CAGAAGAAAGTGAGGAGAGCGTGCTCTATCCTGGAGCTCTCTGAACCTCCCATGCTTCAT 4641
||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 964 CAGAAGAAACTGAGGAGGGCATGCTCTATCCTGGAGCTATCCGAACCTCCCATGCTTCAT 1023
Query 4642 TTCGAAAATGACACGTTTCAGAACTACCTGGACATTCTTCAAG-CCATAGTGACAAATAA 4700
||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||||| | ||
Sbjct 1024 TTCGAAAATGACACGCACCAGAACTACCTGGATGTTCTCCAAGACC-TACTGACATACAA 1082
Query 4701 TCCAGGAGTGTCGTTGGAGCTAAACGTAGAGTCTCAGCTGATGACAG 4747
|||||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||| ||||
Sbjct 1083 TCCAGGAGTGTCCTTGGAGCTAAACATAGAGTCTGAACTGATCACAG 1129
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 200449236991
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5