BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38360.2
Length=1900
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg352843 jgi|Araly1|352843|fgenesh1_pg.C_scaffold_7000016 2394 0.0
> Ahg352843 jgi|Araly1|352843|fgenesh1_pg.C_scaffold_7000016
Length=1452
Score = 2394 bits (1296), Expect = 0.0
Identities = 1411/1464 (96%), Gaps = 18/1464 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 283 ATGGATA-TAT-T-AAAGTCTTACCATCTCCTAGCTGCTGCTTACTCGGCTCCTGCGTGG 339
||||||| ||| | ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGATATTATATCAAAGTCTTACCATCT-C---CT--TGCTTACTCGGCTCCTGCTTGG 54
Query 340 GCAAGCTTTATGGCCGGTGCTTTTTTGGTTCTCACCCTCTCCCTTTCCTTGTTTCTTGTC 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 GCAAGCTTTATGGCCGGTGCTTTTTTGGTTCTCACGCTCTCCCTTTCCTTGTTTCTTGTC 114
Query 400 TTCGATCACCTTTCTACTTACAAGAACCCTGAGGAGCAAAAGTTTTTGATTGGAGTCATC 459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 115 TTCGATCACCTTTCTACTTACAAGAACCCTGAGGAGCAAAAGTTTTTGATCGGAGTCATC 174
Query 460 CTCATGGTCCCTTGCTATTCTATTGAATCGTTTGCATCACTTGTTAAACCATCCATCAGT 519
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 175 CTCATGGTCCCTTGCTATTCAATTGAATCGTTTGCATCACTTGTCAAACCATCCATCAGT 234
Query 520 GTTGACTGTGGGATTCTTCGAGACTGCTATGAATCCTTTGCCATGTACTGTTTTGGTAGA 579
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 GTTGATTGTGGGATCCTTCGAGACTGCTATGAATCCTTTGCCATGTACTGTTTTGGTAGA 294
Query 580 TACCTTGTTGCCTGCATT-GGTGGGGAAGAAAGGACTATCGAGTTTATGGAAAGACAAGG 638
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 295 TACCTTGTTGCCTGC-TTAGGTGGGGAAGAAAGGACTATTGAGTTTATGGAAAGACAAGG 353
Query 639 GCGTAAGAGCTTTAAGACGCCACTCTTAGATCACAAGGATGAAAAGGGAATC-ATCAAAC 697
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 354 GCGTAAGAGCTTTAAGACGCCACTGTTAGATCAGAAGGATGAAAAGGGAA-CAATCAAAC 412
Query 698 ATCCTTTTCCTATGAATTTATTCTTAAAACCGTGGAGGCTCAGTCCCTGGTTTTATCAAG 757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 ATCCTTTTCCTATGAATTTATTCTTAAAACCGTGGAGGCTCAGTCCCTGGTTTTATCAAG 472
Query 758 TTGTTAAGTTTGGTATTGTTCAATATATGATAATAAAGTCTTTAACTGCCCTCACAGCTC 817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 TTGTTAAGTTTGGTATTGTTCAATATATGATAATAAAGTCTTTAACTGCCCTCACAGCTC 532
Query 818 TGATTCTTGAAGCCTTCGGTGTGTACTGTGAAGGAGAGTTTAAATGGGGATGTGGGTACC 877
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 TGATTCTTGAAGCGTTCGGTGTGTACTGTGAAGGAGAGTTTAAATGGGGATGTGGGTACC 592
Query 878 CTTATTTGGCAGTTGTTCTAAATTTTAGTCAGTCATGGGCATTATACTGTCTGGTTCAGT 937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CTTATTTGGCAGTTGTTCTAAATTTTAGTCAGTCATGGGCATTATACTGTCTGGTTCAGT 652
Query 938 TCTATGGTGCAACGAAAGATGAGCTTGCACACATCCAA-CCACTGGCTAAATTTCTAACA 996
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 653 TCTATGGTGCAACGAAAGATGAGCTTGCACACATA-AAGCCGCTGGCTAAATTTCTAACA 711
Query 997 TTTAAGTCGATTGTGTTTCTCACTTGGTGGCAAGGTGTTGCCATTGCTCTCCTCTCTTCC 1056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 712 TTTAAGTCGATTGTGTTTCTCACTTGGTGGCAAGGTGTTGCCATTGCTCTTCTCTCTTCC 771
Query 1057 CTCGGCTTGTTCAAAAGTTCAATTGCACAAAGCTTGCAGTTGAAGACTAGCGTGCAAGAT 1116
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 772 CTCGGTTTGTTCAAAAGTTCAATTGCACAAAGCTTGCAGTTGAAGACTAGTGTTCAAGAT 831
Query 1117 TTCATCATTTGCATAGAGATGGGTATTGCTTCCGTTGTTCACCTGTATGTATTCCCAGCA 1176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 832 TTCATCATTTGCATAGAGATGGGTATTGCTTCCGTTGTTCACCTGTACGTATTCCCAGCA 891
Query 1177 AAGCCTTATGGTCTAATGGGAGACCGCTTTACTGGATCCGTTTCAGTTCTTGGTGACTAT 1236
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 AAACCTTACGGTCTAATGGGAGACCGCTTTACAGGATCCGTTTCAGTTCTTGGTGACTAT 951
Query 1237 GCATCTGTTGACTGTCCTATTGATCCAGATGAGATTAGGGACAGTGAGAGACCAACAAAA 1296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 952 GCATCTGTTGACTGTCCTATTGATCCAGATGAGATTAGGGACAGTGAGAGGCCAACAAAG 1011
Query 1297 GTCCGTCTACCACATCCTGACGTTGATATCAGAAGTGGTATGACCATCAAAGAAAGTATG 1356
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1012 GTCCGCCTACCACATCCTGATGTTGATATCAGAAGTGGTATGACCATCAAAGAAAGCATG 1071
Query 1357 CGAGATGTTTTCGTTGGTGGTGGTGAATACATTGTTAAAGACGTGAGATTCACAGTGACT 1416
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AGAGATGTTTTCGTTGGTGGTGGTGAATATATTGTTAAAGACGTGAGATTCACAGTGACT 1131
Query 1417 CAAGCGGTGGAGCCTATGGAGAAGAGCATCACAAAGTTCAATGAGAAACTGCACAAGATC 1476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 CAAGCGGTGGAGCCTATGGAGAAGAGCATCACAAAGTTCAATGAGAAACTGCACAAGATC 1191
Query 1477 TCCCAGAACATTAAGAAACACGACAAGGAAAAGAGAAGAGTGAAGGACGATAGTTGCATG 1536
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1192 TCCCAGAACATAAAGAAACACGACAAGGAAAAGAGAAGAGTTAAGGACGATAGTTGCATG 1251
Query 1537 TCATCATCACCCAGTCGGAGAGTGATTCGAGGGATTGATGATCCGCTTCTAAATGGGAGT 1596
|||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TCATCATC-C--AGTCGGAGAGTGATTCGCGGGATCGATGATCCGCTTCTAAATGGGAGT 1308
Query 1597 TTTAGCGATAGTGGAGTTACAAGAACCAAAAAGCACAGGCGTAAATCGGGATACACTAGC 1656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1309 TTTAGCGATAGTGGAGTTACAAGAACCAAAAAGCACAGGCGTAAATCAGGATACACTAGC 1368
Query 1657 GCAGAGAGCGGGGGAGAGAGCAGTAGTGATCAAGCTTATGGTGGATTTGAAGTCAGGGGC 1716
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1369 GCAGAGAGCGGAGGAGAGAGCAGTAGTGATCAAGCTTATGGTGGATTTGAAGTGAGGGGC 1428
Query 1717 CGCAGATGGATCACCAAAGATTAA 1740
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 CGCAGATGGATCACCAAAGATTAA 1452
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71381119130
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5