BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38440.1
Length=4620
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490606 jgi|Araly1|490606|fgenesh2_kg.7__39__AT4G38440.1 5986 0.0
> Ahg490606 jgi|Araly1|490606|fgenesh2_kg.7__39__AT4G38440.1
Length=4366
Score = 5986 bits (3241), Expect = 0.0
Identities = 3668/3872 (95%), Gaps = 38/3872 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 612 TTCTCCTCCCCTAGCTGTTTCGAATGGACTTGGGACTCGACACGCGTCTTCGTCTCTTGA 671
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 521 TTCTCCTCCCCTAGCTGTTTCCAATGGACTTGGGACTAGACAGGCGTCTTCCTCTCTTGA 580
Query 672 AAGTGATATTGATGTTGAGAACCATGCAAAGTTGCAGACAATGTCACCCGACGAGATTGC 731
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 581 GAGTGATATTGATGTTGAGAACCATGCAAGGTTGCAGACAATGTCCCCCGAAGAGATTGC 640
Query 732 TGAGGCTCAGGCTGAGTTATTGGACAAGATGGATCCTGCACTACTCTCCATTTTGAAGAA 791
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 TGAGGCACAGGCCGAGTTATTGGACAAGATGGATCCTGCACTACTCTCCATTTTGAAGAA 700
Query 792 ACGAGGTGAGGCAAAATTGAAGAAGCGAAAGCATTCTGTGCAGGGGGTTTCCATCACCGA 851
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |
Sbjct 701 ACGAGGTGAGGCAAAATTGAAGAAGCGAAAGCATTCAGTACAGGGGGTTTCCATTACCCA 760
Query 852 TGAAACAGCAAAGAATTCAAGAACTGAGGGTCATTTTGTCACTCCTAAAGTGATGGCAAT 911
||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 761 TGAGACATCAAAGAATTCAAGAACTGACGGTCATTTTGTCACTCCTCAAGTGATGGCAAC 820
Query 912 ACCGA-AAGAAAAAAGTGTGGTGCAAAAGCCAGGGATAGCCCAAGGATTCGTGTGGGATG 970
||| | ||||||||| |||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 821 ACC-AGAAGAAAAAACTGTGCTGCACAAGTCAGCGATAGCCCAAGGATTTGTGTGGGATA 879
Query 971 CATGGACTGAGAGGGTTGAGGCAGCCAGAGACTTGAGATTTTCTTTTGACGGGAATGTTG 1030
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 880 CATGGACTGAGAGGGTTGAGGCAGCCAGGGACTTGAGATTTTCTTTTGACGGGAATGTTG 939
Query 1031 TTGAGGAAGATG---TTGTCTCGCCAGCTGAAACTGGTGGAAAGTGGTCTGGTGTTGAAT 1087
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 940 TTGAGGATGATGTTCTTGTCTCGCCAGCTGAAACTGGTGGAAAGTGGTCTGGCGTTGAAT 999
Query 1088 CTGCTGCCGAACGTGATTTCTTGAGAACCGAGGGGGATCCTGGGGCCGCAGGTTACACTA 1147
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1000 CTGCTGCCGAACGTGACTTCTTGAGAACCGAGGGGGATCCTGGGGCAGCAGGGTACACCA 1059
Query 1148 TCAAAGAAGCTATTGCTCTTGCACGAAGTGTGATTCCCGGGCAGAGATGTCTTGCTTTGC 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1060 TCAAAGAAGCTATTGCTCTTGCACGAAGTGTGATTCCCGGGCAGAGAAGCCTTGCTTTGC 1119
Query 1208 ATCTGCTTGCATCTGTACTCGACAAAGCTTTGAACAAACTTTGTCAAAGCAGAATAGGCT 1267
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1120 ATCTGCTTGCATCTGTACTCGACAAAGCTTTGAACAAACTTTGTCAGAGCAGAATAGGCT 1179
Query 1268 ACGCAAGGGAAGAAAAAGATAAATCCACTGACTGGGAAGCCATCTGGGCTTATGCCCTTG 1327
|| ||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1180 ACACAAGGGAAGGAAAAGATAAAGCCACCGATTGGGAAGCCATCTGGGCATATGCCCTTG 1239
Query 1328 GACCGGAACCTGAGCTTGTCTTAGCATTGAGGATGGCTCTTGATGACAACCATGCCTCTG 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 GACCGGAACCTGAGCTTGTCTTAGCATTGAGGATGGCTCTTGATGACAACCATGCCTCTG 1299
Query 1388 TTGTTATAGCATGTGTAAAAGTGATTCAGTGTCTACTGAGCTGTTCTCTTAACGAGAATT 1447
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1300 TTGTTCTAGCATGTGTAAAAGTGATTCAGTGTCTACTGAGCTGTTCTCTTAACGAGAACT 1359
Query 1448 TCTTTAATATTCTGGAGAACATGGGACCACACGGGAAAGATATCTTCACGGCCTCGGTGT 1507
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 TCTTTGATATTTTGGAGAACATGGGACCACACGGGAAGGATATCTTCACGGCCTCGGTGT 1419
Query 1508 TCAGGAGTAAGCCGGAAATTGATCTTGGCTTCCTCCGTGGTTGCTACTGGAAGTACAGCG 1567
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1420 TCAGGAGTAAGCCGGAAATTGATCTTGGCTTCCTCCGTGGTTGCTACTGGAAGTACAGTG 1479
Query 1568 CTAAACCCTCCAATATTGTTGCGTTCCGTGAAGAAATCTTGGATGACGGGACAGAAGATA 1627
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||
Sbjct 1480 CTAAACCCTCCAATATTGTTCCTTTCCGTGAAGAAATCATGGATGAAGGCACAGAAGATA 1539
Query 1628 CGGATACTATTCAGAAAGATGTTTTTGTAGCCGGACAAGATGTTGCTGCTGGTCTCGTCA 1687
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1540 CGGATACTATTCAGAAAGATGTTTTTGTAGCCGGACAAGATGTTGCTGCTGGTCTTGTCA 1599
Query 1688 GAATGGATATCCTTCCAAGAATTTATCACCTTCTGGAGACAGAACCAACAGCAGCGCTTG 1747
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1600 GAATGGATATCCTTCCAAGAATTTATCATCTTCTGGAGACAGAACCAACAGCAGCGCTTG 1659
Query 1748 AGGACAGCATAATCTCTGTTACTATTGCGATAGCAAGGCATTCTCCAAAATGCACAACTG 1807
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660 AGGACAGCATAATCTCTATTACTATTGCGATAGCAAGGCATTCTCCAAAATGCACAACTG 1719
Query 1808 CAATCTTGAAGTATCCCAAATTTGTGCAAACAATTGTGAAAAGATTCCAATTGAACAAAA 1867
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| ||
Sbjct 1720 CAATCTTGAAGTATCCCAAATTTGTGCAAACAATTGTGAAGAGCTTCAAATTGAACAGAA 1779
Query 1868 GAATGGACGTTCTTTCTTCTCAGATCAACTCTGTCCGCCTCTTAAAGGTGTTGGCCCGGT 1927
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 GAATGGACGTTCTTCCTTCTCAGATCAATTCTGTCCGCCTCTTAAAGGTGTTGGCCCGGT 1839
Query 1928 ATGATCAAAGTACTTGCATGGAATTTGTGAAGAATGGGACTTTCAATGCGGTCACATGGC 1987
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1840 ATGATCAAAGTACTTGCATGGAATTTGTGAAGAACGGGACTTTCAATGCGGTCACGTGGC 1899
Query 1988 ATTTGTTTCAGTTCACCTCATCTCTTGACTCATGGGTGAAGCTAGGGAAGCAGAACTGCA 2047
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 ATTTGTTTCAGTTCACCTCCTCTCTTGACTCATGGGTGAAGCTAGGGAAGCAGAACTGCA 1959
Query 2048 AGCTTTCATCTACCTTGATGGTTGAACAGCTCCGGTTTTGGAAGGTCTGTATCCATAGTG 2107
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1960 AGCTTTCATCTACTTTGATGGTTGAACAGCTCCGGTTTTGGAAGGTCTGTATCCATAGTG 2019
Query 2108 GCTGTTGCGTATCTCGCTTCCCAGAGCTATTCCCAGCTCTGTGTCTGTGGTTGAGTTGTC 2167
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 GCTGTTGCGTAGCTCGCTTCCCAGAGCTATTCCCAGCTCTGTGTCTGTGGTTGAGTTGTC 2079
Query 2168 CATCATTCGAAAAGCTCAGGGAGAAAAATCTCATCAGCGAGTTTACTTCTGTGTCAAACG 2227
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2080 CATCATTTGAAAAGCTCAGGGAGAAAAATCTCATCAACGAGTTTACTTCTGTGTCAAAGG 2139
Query 2228 AGGCCTACCTGGTCCTTGAGGCTTTTGCCGAGACACTTCCTAATATGTACTCACAAAACA 2287
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2140 AGGCCTACCTGGTCCTTGAGGCTTTTGCCGAGACACTTCCTAATATGTACTCACAAAACA 2199
Query 2288 TTCCACGGAATGAATCTGGGACATGGGACTGGAGCTATGTTAGCCCTATGATTGATTCAG 2347
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200 CTCCACGGAACGAATCTGGGACATGGGACTGGAGTTATGTTAGCCCTATGATTGATTCAG 2259
Query 2348 CACTGAGTTGGATAACATTGGCCCCGCAATTACTC-AAGTGGGAGAAAGGAATCGAAAGT 2406
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2260 CACTGAGCTGGATAACATTGGCCCCTCAATTACTCGAA-TGGGAGAAAGGAATCGAAAGT 2318
Query 2407 GTCTCTGTATCAACTACTACTCTGTTGTGGTTGTATTCAGGTGTCATGCGTACAATTTCC 2466
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 GTCTCTGTATCCACTACTTCTCTGTTGTGGTTGTATTCAGGTGTCATGCGTACAATTTCC 2378
Query 2467 AAAGTCCTTGAGAAAATCTCTGCGGAGGGAGAGGAAGAACCTCTACCATGGCTACCGGAG 2526
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2379 AAAGTCCTTGAGAAAATCTCTGCCGAGGGAGAGGAAGAACCTCTACCATGGCTGCCGGAG 2438
Query 2527 TTTGTTCCAAAGATTGGCCTTGCCATTATCAAGCACAAGCTTCTTAGTTTTTCTGTTGCA 2586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 TTTGTTCCAAAGATTGGCCTTGCCATTATCAAGCACAAGCTTCTTAGTTTTTCTGTTGCA 2498
Query 2587 GACGTAAGTAGGTTTGGAAAAGACTCTTCCAGGTGTTCCTCTTTTATGGAGTATTTGTGT 2646
|||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2499 GACGTAAGTAGGCTTGGAAATGACTCCTCCAGGTGTTCCTCTTTTATGGAATTTTTGTGT 2558
Query 2647 TTTCTAAGAGAACGATCTCAAGATGACGAACTAGCATTAGCTTCTGTGAATTGTCTTCAT 2706
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2559 TTTCTGAGAGAACGATCTCAAGATGACGAACTAGCATTAGCTTCTGTGAGTTGTCTTCAT 2618
Query 2707 GGGTTAACACGGACTATCGTGTCCATCCAAAATCTGATAGAATCTGCTAGATCCAAGATG 2766
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2619 GGGTTAACACAGACTATCGTGTCCATCCAAAATCTGATAGAATCTGCTAGATCGAAGATG 2678
Query 2767 AAAGCTCCGCATCAGGTAAGTATTTCCACTGGAGATGAATCTGTGCTTGCAAATGGGATA 2826
||| || | ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2679 AAAACTTCTCATGAGGAAAGTATTTCCACTAGAGATGAATCTGTGCTTGCAAAAGGAATA 2738
Query 2827 CTGGCAGAGTCTCTGGCTGAGCTAACATCTGTGTCGTGCTCTTTTAGAGATTCTGTTTCA 2886
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 CTGGCAGAGTCTCTGGCTGACCTAACATCTGTGTCGAGCTCTTTTAGAGATTCTGTTTCA 2798
Query 2887 TCAGAATGGCCCATCGTGCAATCAATTGAGCTACATAAACGAGGCGGATTGGCCCCCGGC 2946
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2799 TCAGAATGGCCCATCGTGCAATCCATTGAGCTACATAAACGAGGCGGATTGGCTCCCGGC 2858
Query 2947 GTTGGACTTGGTTGGGGAGCTAGCGGTGGTGGGTTTTGGTCAACCAGAGTTCTGTTGGCA 3006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 GTTGGACTTGGTTGGGGAGCTAGCGGTGGTGGGTTTTGGTCAACCAGAGTTCTGTTGGCA 2918
Query 3007 CAGGCTGGTGCCGGTCTTCTGAGTCTCTTTCTTAACATCTCTCTGA-GCGACTCGCAGAA 3065
||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2919 CAGGCCGATGCCGATCTTCTGAGTCTCTTTCTTAACATCTCTCTGATG-GACTCGCAGAA 2977
Query 3066 TGATCAGGGATCTGTTGGCTTTATGGATAAAGTAAACTCCGCTTTAGCTATGTGTTTGAT 3125
||||||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2978 TGATCAGGGATCTGTTGGCTTAATAGATAAAATGAACTCCGCTTTAGCTATGTGCTTGAT 3037
Query 3126 TGCAGGTCCAAGGGATTATTTACTCGTGGAAAGAGCCTTTGAATATGTCCTTAGACCGCA 3185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3038 TGCAGGTCCAAGGGATTATTTACTCGTGGAAAGAGCCTTTGAATATGTCCTTAGACCGCA 3097
Query 3186 TGCTTTAGAACACCTGGCCTGCTGTATCAAGTCAAACaaaaaaaaCATATCGTTTGAATG 3245
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 TGCTTTAGAGCACCTGGCCTGCTGTATCAAGTCAAACAAAAAAAACATATCGTTTGAATG 3157
Query 3246 GGAATGCAGCGAAGGGGACTATCATCGTATGAGCAGTATGCTTGCTTCTCACTTCAGACA 3305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3158 GGAATGCAGCGAAGGGGACTATCATCGTATGAGCAGTATACTTGCTTCTCACTTCAGACA 3217
Query 3306 TAGATGGTTACAGCAAAAGGGAAGATCGATAGCCGAGGAAGGGGTCAGTGGGGTAAGGAA 3365
|||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3218 TAGATGGTTACAGCCAAAGGGAAAATCAAAAGCCGAGAAAGGGGTCAGTGGGGTAAGGAA 3277
Query 3366 GGGCACAGTTGGTCTGGAGACTATTCATGAGGACGGTGAAATGTCAAATAGTTCAACTCA 3425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3278 GGGCACAGTTGGTCTGGAGACTATTCATGAGGACGGTGAAATGCCAAATTGTTCAACTCA 3337
Query 3426 GGATAAAAAATCAGACTCCTCGACCATAGAGTGGGCTCACCAGAGAATGCCCCTACCTCC 3485
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3338 GTATAAACAATCAGACTCCTCGACCATAGAGTGGGCTCACCAGAGAATGCCCCTACCTCC 3397
Query 3486 ACACTGGTTTCTCAGCGCCATCTCAGCAGTCCACAGTGGTAAAACCTCAACAGGGCCACC 3545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3398 ACACTGGTTTCTCAGCGCCATCTCAGCAGTCCACAGTGGAAAAACCTCAACAGGGCCACC 3457
Query 3546 AGAATCCACAGAGTTGCTTGAAGT-TGCAAAAGCTGGAGTTTTCTTTCTTGCAGGACTTG 3604
||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3458 AGAATCCACGGAGTTGCTTGAAGTAT-CAAAAGCTGGAGTTTTCTTTCTTGCAGGACTTG 3516
Query 3605 AGTCATCGTCTGGTTTTGGATCGCTTCCCTCTCCTGTTGTGAGTGTACCGTTGGTTTGGA 3664
|||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3517 AGTCATCGTCTGGTTTTGGATCGCTTACGTCTCCTGTTGTGAGTGTGCCGTTGGTTTGGA 3576
Query 3665 AGTTTCACGCTTTGTCTACCGTATTGCTTGTTGGAATGGACATCATCGAAGACAAGAACA 3724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3577 AGTTTCACGCTTTGTCTACCGTATTGCTTGTTGGAATGGACATCATCGAAGACAAGAACA 3636
Query 3725 CTAGGAACTTGTACAATTATCTGCAGGAGCTTTATGGGCAGTTTCTTGATGAAGCGAGAC 3784
|||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3637 CTAGGAACTTGTACAATTTTCTGCAGGAGCTCTATGGGCAGTATCTTGATGAAGCGAGAC 3696
Query 3785 TAAATCACCGTGACACTGAGCTTCTGAGGTTCAAGTCAGACATTCATGAGAACTACTCTA 3844
||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 3697 TAAATCACCGTGACATTGAGCTCCTGAGGTTCAAGTCAGAGATTCACGAGAACTACTCTA 3756
Query 3845 CTTTTCTGGAGATGGTGGTGGAGCAGTATGCTGCGGTGTCATATGGTGATGTAGTGTATG 3904
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3757 CTTTTATGGAGATGGTCGTGGAGCAGTATGCTGCGGTGTCATATGGTGATGTAGTATATG 3816
Query 3905 GCCGGCAGGTCTCGGTTTACCTGCATCAATGCGTGGAACACTCTGTTCGGCTTTCGGCAT 3964
| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3817 GGCGACAGGTCTCGATTTACCTGCATCAATGTGTGGAACACTCTGTTCGGCTTTCGGCAT 3876
Query 3965 GGACAGTGCTCTCCAATGCCCGTGTTCTCGAGCTTCTGCCGAGTCTAGACAAGTGCTTGG 4024
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3877 GGACGGTGCTCTCCAATGCCCGTGTTCTCGAGCTTCTACCGAGTCTAGACAAGTGCTTGG 3936
Query 4025 GAGAAGCGGATGGTTACCTCGAACCTGTTGAGGAAAATGAGGCCGTCCTTGAGGCCTACC 4084
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 3937 GAGAAGCGGATGGTTACCTTGAACCGGTTGAGGAAAATGAGGCAGTCATTGAGGCCTATC 3996
Query 4085 TGAAGTCATGGACTTGTGGGGCATTGGACAGAGCTGCGACGCGTGGATCAGTAGCCTATA 4144
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3997 TGAAGTCATGGACTTGTGGAGCATTGGACAGAGCTGCGACGCGTGGATCAATAGCCTATA 4056
Query 4145 CGCTGGTTGTGCATCACTTTTCATCTTTAGTCTTTTGCAACCAAGCCAAGGATAAAGTAT 4204
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4057 CGCTGGTTGTGCATCACTTTTCATCATTAGTCTTGTGCAACCAAGCCAAGGATAAAGTAT 4116
Query 4205 CCCTGCGGAATAAGATTGTCAAGACTCTTGTCAGGGATTTATCAAGAAAGCGGCATCGTG 4264
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 4117 CCCTGCGGAATAAGATTGTTAAGACTCTTGTCAGAGATTTATCCAGAAAGAGGCATCGTG 4176
Query 4265 AGGGGATGATGTTAGATCTCCTGCGGTATAAG-AAAGGGTCTGCGAACGCCATGGAAGAA 4323
||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4177 AGGGGATGATGCTAGATCTCCTGAGGTATA-GTAAAGGGTCTGAGAACGCCATGGAAGAA 4235
Query 4324 GAAGTGATAGCAGCGGAGACAGAGAAAAGAATGGAGGTGTTGAAAGAGGGTTGCGAAGGG 4383
|| | | | | ||| | | || || | || ||||||| |||||||||||
Sbjct 4236 GA-G--A-A--A----AGA-AT-G----GA--GGCG-TG--GAAAGAGTGTTGCGAAGGG 4274
Query 4384 AACTCCACCCTCCTCTTGGAACTGGAGAAGCTGAAATCAGCCGCTCTCTGTGGAAGAAGG 4443
||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4275 AACTCGGCCCTCCTCTCGGAACTGGAGAAGCTCAAATTGGCCGCTCTCTGTGGAAGAAGG 4334
Query 4444 TGAA--C--GAGAGAATGAGAGGAAAGAAAGT 4471
|||| | |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4335 TGAAAACCTGAGAGAGTGAGAGGAAAGAAAGT 4366
Score = 658 bits (356), Expect = 0.0
Identities = 472/526 (90%), Gaps = 16/526 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 GAGTGATGGAGCAAAGTAGCGGGAGA---GTCAATCCGGAACA-GCCGAACAACGTCTTG 99
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1 GAGTGATGGAGCAAAGTAGCGGGAGACTCATCAATCCGGAACAGGCC-AACAACGTCTTG 59
Query 100 GCGAGCCTTGTCGGGAGCATCGTGGAGAAAGGAATATCGGAGAATAAGCCTCCAAGCAAG 159
| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 60 GGGAGGCTTGTGGGGAGCATCGTGGAGAAAGGAATATCGGAGAATAAGCCGCCAAACAAG 119
Query 160 CCGCTTCCCCCAAGGCCCTCCCTTCTTTCCTTCCCCGTCGCTCGTCATCGTTCTCACGGA 219
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CCGCTTCCCCCAAGACCCTCCCTTCTGTCCTTCCCCGTCGCTCGTCATCGTTCTCACGGA 179
Query 220 CCCCATTTGGCTCCTGTGGGAAGCAGCATAGCACAACCTAAGGATTACAATGACGATCAG 279
||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||| || |
Sbjct 180 CCCCAAGGGGTTCCTGTGGGAAGCAGCATTGCACAACCTAAAGATAACGATGAGGAAGAA 239
Query 280 GAAGAAGAAGAAGCAGAAGAACGTTTCATGAATGCAGACTCCATTGCTGCTTTTGCTAAA 339
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 240 GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACGTTTCATGAATGCAGACTCCGTTTCTGCTTTTGCTAAA 299
Query 340 CCGCTTCAAAGAAAAGAGAAGAAAGACATGGACCTCGGGAGGTGGAAAGATATGGTCTCT 399
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 300 CCGCTTCAAAGAAAGGAGAAGAAAGACATGGATCTCCGGAGGTGGAAAGATATGCTCTCT 359
Query 400 GGGGATGATCCTGCATCCACACATGTCCCTCAGCAATCAAGGAAACTTAAGATCATTGAA 459
||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 360 AGGGATGAGCCTGCATCCACACATGGCCCTCAGCAATCAAGGAGAGTTAAGATCATTGAA 419
Query 460 ACGAGACCGCC-CTATGTTGCTTCAGCCGATGCGGCCACTACATCCAGCAACACTTTACT 518
||||| || || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACGAGGCC-CCTCTCTGTTGCTTCAGCCGATGCGGCCGCTACATCCAGCAACACTTTACT 478
Query 519 GGCT---------GCCAGGGCATCAGACCAGAGAGAGTTTGTTTCT 555
|||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 479 GGCTCAAAAACCTGCCAGGGCATCATACCAGAGAGACATTGTTTCT 524
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 174798432789
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5