BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G38600.1
Length=6139
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg943823 jgi|Araly1|943823|scaffold_700052.1 9439 0.0
> Ahg943823 jgi|Araly1|943823|scaffold_700052.1
Length=5696
Score = 9439 bits (5111), Expect = 0.0
Identities = 5515/5705 (97%), Gaps = 48/5705 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAACTCGGAGCCGCAAGCGGGCGGAGGCGACCTCAGCTGCCCCAtcttcttcttct 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 21 ATGGAAACTCGGAGCCGCAAGCGGGCGGAGGCGACCTCAGCTGCCCCATCTTCTTCTCCT 80
Query 61 tcttctcctcctcctcctccctctgcctctGGTCCCACCACCCGCAGCAAACGCGCTCGt 120
||||| ||| | ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TCTTCACCT-C-CCT-CTGCCTCTG---CTGGTCCCACCACCCGCAGCAAACGCGCTCG- 133
Query 121 ctttcttcttcttcttcttcctcacttgcccccactcctccttcttcctccaccaccacc 180
|| | |||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||
Sbjct 134 ---TC-T-TTCTTCTTCTTCCTCACTTG---------C-CC--CTTCCT---CCACCACC 173
Query 181 cgctctcGTTCTTCTCGCTCTGCCGCCG-C-C-GCT---GCTCCCATGGACACCTCCACC 234
|||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 174 CGCTCTCGTTCTTCTCGCTCTGCCGCCGCCACTGCTCCAGCTCCCATGGACACCTCCACT 233
Query 235 GA--C-TCTTCTGGATTTCGCCGAGGCGGACGTGGTAACAGGGGAAACA---ACAACGA- 287
|| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |
Sbjct 234 GACTCTTCTTCTGGATTTCGCCGAGGCGGTCGTGGTAACAGGGGAAACACCGATAAC-AC 292
Query 288 TAATTCTGACAAAGGTAAGGAGAAGGAACATGACGTTAGGATTAGGGAGC-GTGAAAGAG 346
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 293 CAACTCTGACAAGGGTAAGGAGAAGGAACATGACGTTAGGATTAGGGA-CAGAGAAAGAG 351
Query 347 AAAGAGACCGAGCCAGAGAACAACTCAACATGGATGCTGCCGCCGCCGCTGCTAGGAGCG 406
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 352 AAAGAGACCGAGCCAGAGAACAACTCAACATGGATGCTGCTGCCGCCGCTGCTAGGAGCG 411
Query 407 CTGACGAGGATGACGACAATGACAGTGAGGATGGCAACGGCGGTTTCATGCATCCTAACA 466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 412 CTGACGAGGATGACGACAATGACAGTGAGGATGGCAACGGCGGATTCATGCATCCTAACA 471
Query 467 TGAGCTCTGCGAGCAGTGCTTTACAAGGCTTGCTCAGGAAGCTCGGTGCTGGATTGGATG 526
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 472 TGAGCTCTGCCAGCAGTGCTTTACAAGGCTTGCTCAGGAAGCTTGGAGCTGGATTGGATG 531
Query 527 ACTTGCTTCCTTCTTCCGGTATCGGCTCTGCTTCTTCCTCCCACTTGAATGGAAGGATGA 586
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 ACTTGCTTCCTTCTTCCGGTATCGGCTCTGCTTCATCTTCCCACTTGAATGGAAGGATGA 591
Query 587 AGAAGATTCTCTCTGGCTTGCGCGCTGAAGGAGAAGAGGGAAAACAGGTCGAGGCTTTAA 646
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 592 AGAAGATTCTCTCTGGCTTGCGCTCTGAAGGAGAAGAGGGAAAGCAGGTCGAGGCCTTAA 651
Query 647 CCCAGCTTTGTGAGATGTTATCCATTGGGACCGAAGACTCGCTTAGCACCTTCTCTGTTG 706
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 652 CCCAGCTGTGTGAGATGTTATCCATTGGAACCGAAGACTCGCTAAGCACCTTCTCTGTTG 711
Query 707 ATTCCTTCGTCCCAGTTCTTGTCGGTCTACTTAACCATGAAAGCAATCCCGACATTATGC 766
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 ATTCCTTCGTGCCAGTTCTTGTGGGTCTACTTAACCATGAAAGCAATCCCGACATTATGC 771
Query 767 TTCTTGCTGCCAGGGCTCTTACCCATCTATGTGATGTCTTGCCGTCTTCTTGTGCTGCTG 826
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 TTCTTGCAGCCAGGGCTCTTACCCATCTATGTGATGTCTTGCCGTCTTCTTGTGCTGCTG 831
Query 827 TTGTACATTACGGGGCAGTTTCATGCTTGGTGGCCAGATTGCTAACCATAGAATACATGG 886
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 832 TTGTACATTACGGGGCAGTTTCATGCTTAGTGGCTAGATTGCTAACCATTGAATACATGG 891
Query 887 ACTTGGCGGAACAGTCTCTGCAAGCTCTCAAAAAGATATCTCAGGAGCACCCAACTGCCT 946
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 ACTTGGCGGAGCAGTCTCTGCAAGCTCTCAAAAAGATATCTCAGGAGCACCCAACTGCCT 951
Query 947 GTTTGCGAGCTGGTGCTCTTATGGCTGTGCTCTCGTATCTGGATTTCTTCTCCACTGGTG 1006
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GTTTGCGAGCTGGCGCTCTTATGGCTGTGCTCTCGTATCTGGATTTCTTCTCCACTGGTG 1011
Query 1007 TTCAGCGCGTAGCACTATCTACTGCTGCCAACATGTGCAAGAAACTACCTTCTGATGCAT 1066
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1012 TTCAGCGCGTAGCACTATCTACTGCTGCAAACATGTGTAAGAAACTGCCTTCGGATGCAT 1071
Query 1067 CTGATTATGTTATGGAAGCTGTACCTTTGCTGACAAACCTACTTCAGTATCATGATTCGA 1126
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1072 CTGATTATGTTATGGAAGCTGTACCATTGCTGACAAACCTACTTCAGTATCATGATGCGA 1131
Query 1127 AGGTTTTGGAATATGCTTCTATCTGTCTGACTCGAATTGCTGAAGCATTTGCACCGTATC 1186
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AGGTTTTGGAATATGCTTCTATATGTCTGACTCGGATTGCTGAAGCATTTGCACCGTATC 1191
Query 1187 CCGAGAAATTAGATGAATTATGTAACCATGGCCTGGTGACGCAAGCTGCGTCTCTTATTT 1246
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 CTGAGAAATTAGATGAATTATGTAACCATGGCCTGGTGACGCAAGCTGCGTCTCTTATTT 1251
Query 1247 CCACGAGCAATTCAGGAGGTGGGCAAGCATCTCTTAGTGTGTCAACATACACGGGGTTAA 1306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CCACGAGCAATTCAGGAGGTGGGCAAGCATCTCTTAGTGTGTCAACATACACGGGGTTAA 1311
Query 1307 TCCGATTACTTTCTACCTGTGCGAGCGGGTCACCTCTTGGATTCAGGACATTACTTCTTC 1366
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TCCGATTACTTTCTACCTGTGCGAGTGGGTCACCTCTTGGATTCAGGACATTACTTCTTC 1371
Query 1367 TTGGTATTAGTAGCATTCTTAAGGATATTCTGTTGGGTTCTGGGGTCTCTGCTAATGCAT 1426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1372 TTGGTATTAGTAGCATTCTTAAGGATATTCTGTTGGGTTCTGGGGTCTCTGCTAATACAT 1431
Query 1427 CTGTATCCCCAGCACTGAGCCGGCCTGCAGATCAGATTTATGAGATAGTCAACCTAGCGA 1486
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 CTGTATCCCCAGCACTGAGCCGGCCTGCAGATCAGATTTTTGAGATAGTCAACCTAGCGA 1491
Query 1487 ATGAGCTCCTCCCTCCATTGCCAGAAGGAGTTATCTCTCTTCCTACTAGCACAAACGCTC 1546
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATGAGCTACTCCCTCCATTGCCAGAAGGAGTTATCTCTCTTCCTACTAGCACAAACGCTT 1551
Query 1547 TTGTGAAAGGTTCATGCCAAAAGAAATCTAGTCCAAGTACTTCAGGAAAACAAGAAGATA 1606
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TTGTGAAAGGTTCATGCCAAAAGAAATCTTGTCCAAGTACTTCAGGAAAACAAGAAGATG 1611
Query 1607 TTCTAAAAATTTCACCAAGAGAAAAATTACTTGGTGATCAACCTGAACTTCTGCAGCAGT 1666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1612 CTCTAAAAATTTCACCAAGAGAAAAATTACTTGGTGATCAACCTGAACTTCTGCAGCAAT 1671
Query 1667 TTGGATTGGATCTTCTTCCAGTTTTAGTGCAGATCTATGGTTCTAGTGTCAATGGTACGA 1726
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1672 TTGGATTGGATCTTCTTCCAGTTTTAGTGCAGATCTATGGTTCTAGTGTCAATGGTACTA 1731
Query 1727 TTCGCCATAAATGTCTCTCAGTCATTGGAAAGTTGATGTATTTCAGCAGTTCAGAAATGA 1786
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1732 TTCGCCATAAATGTCTCTCAGTCATCGGAAAGTTGATGTATTTCAGCAGTTCAGAGATGA 1791
Query 1787 TTCAATCTCTAATTGGTGACACAAATATTTCGAGCTTCTTGGCTGGTGTCTTGGCATGGA 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 TTCAATCTCTAATTGGTGACACAAATATTTCGAGCTTCTTGGCTGGTGTCTTGGCATGGA 1851
Query 1847 AAGACCCACAGGTCTTGGTTCCTGCTCTACAAGTTGCAGAGATTTTGATGGAAAAGCTTC 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1852 AAGACCCACAGGTCTTGGTTCCTGCTCTACAAGTTGCAGAGATATTGATGGAAAAGCTTC 1911
Query 1907 CTGAAACATTCTCGAAAGTGTTTGTGAGGGAAGGGGTAGTCCATGCTGTAGATCAACTTG 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CTGAAACATTCTCGAAAGTGTTTGTGAGGGAAGGGGTGGTCCATGCTGTAGATCAACTTG 1971
Query 1967 TCTTGGTTGGTAAACCATCCCATGCCTCACCTACTGATAAGGACAATGACTGTGTACCCG 2026
|||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1972 TCTTGGTTGGTAAATCTTCTCATGCCTCACCTACTGATAAGGACAATGACTGTGTGCCCG 2031
Query 2027 GATCTGCACGATCTAGGCGTTATAGACGGCGCAGTAGTAATGCCAATTCCGATGGAAACC 2086
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GATCTGCACGATCTAGGCGTTATAGACGGCGAAGTAGTAATGCCAATTCCGATGGAAACC 2091
Query 2087 AGTCGGAAGAGCCTAAGAATCCTGCGTCCCTTACCATAGGGGCAAACCATAATTCCCTTG 2146
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2092 AGTCGGAAGAGCCTAAGAATTCTGCGTCCCTTAACATAGGTGCAAACCATAATTCCCTGG 2151
Query 2147 ATACTCCTACAGCTAGCTTCATGCTAAGGGAAACAGTTAGTTCCTGCGCCAAAGCATTCA 2206
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2152 ATACTCCTACAGCTAGCTTCATGCTAAGGGAAACAGTTAGTTCCTGTGCCAAAGCATTCA 2211
Query 2207 AAGACAAGTACTTCCCGTCTGATGGTGGGGATGTTGATGTTGGAGTTACAGATGATCTTT 2266
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2212 AAGACAAGTACTTCCCGTCTGATGGTGGGGATCTTGATGTTGGAGTTACAGATGATCTCT 2271
Query 2267 TACATCTGAAGAATCTTTGCACGAAGCTAACTGCTGGTATAGATGATCATAAAGTGAAAG 2326
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 TACATCTGAAGAATCTTTGCACGAAGCTAACTGCTGGTATAGATGATCATAAAGTGAAAG 2331
Query 2327 GAAAGGGAAAATCTAAAGCCTCTGGGCCATTCCTTGGCGATTTCTCTGCTAGCAAGGAAG 2386
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 GGAAGGGAAAATCTAAAGCCTCTGGGCCATGCCTTGGCGATTTCTCTGCTAGCAAGGAAG 2391
Query 2387 AGTACTTGATTGGTGTCATTTCTGAGATACTTGGCGAGATAAGTAAAGGGGATGGTGTCT 2446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2392 AGTACTTGATTGGTGTCATTTCTGAGATACTTGGCGAGCTAAGTAAAGGGGATGGTGTCT 2451
Query 2447 CAACTTTTGAGTTTATTGGCAGTGGTGTGGTTGCAGCATTGCTTAACTATTTTTCTTGTG 2506
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 CAACTTTTGAGTTTATTGGCAGTGGTGTGGTTGCAGCATTGCTTAACTATTTTTCTTGTG 2511
Query 2507 GATACTTTTCCAAAGAGAAGATCTCCGAACTTAAT-TTGCCCAAACTTCGCCAGGAGGGA 2565
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2512 GATACTTTTCCAAAGAGAAGATCTCCGAACTT-ATATTGCCCAAACTTCGCCAGGAGGGA 2570
Query 2566 CTCAGAAGGTTTAAAGCTTTTCTAGAAGTCGCTCTTCCTTTTGATGGTAATGAGGGAAAG 2625
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 CTCAGAAGGTTCAAAGCTTTTCTAGAAGTCGCTCTTCCTTTTGATGGTAATGAGGGAAAG 2630
Query 2626 GTCCCTCCTATGACAGTTTTGATTCAGAAACTTCAAAATGCTTTATCGTCACTGGAGCGC 2685
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2631 GTCCCTCCTATGACAGTTTTGATTCAGAAACTTCAAAATGCTTTATCGTCACTGGAACGC 2690
Query 2686 TTTCCTGTTGTCCTTAGCCATCCCTCAAGGTCACTAAGTGGAAGTGCTCGGCTCTCCTCG 2745
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 TTTCCCGTTGTCCTTAGCCATCCCTCAAGGTCACTAAGTGGAAGTGCTCGGCTCTCCTCT 2750
Query 2746 GGTTTGAGTGCTTTGGCACATCCTTTAAAGTTGCGATTATGCCGAGCATCTGGAGAGAAA 2805
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2751 GGATTGAGTGCTTTGGCACATCCTTTAAAGTTGCGATTATGCCGTGCACCTGGAGAGAAA 2810
Query 2806 ACACTACGTGATTACTCCTCCAATATTGTACTTATAGATCCATTGGCAAGCTTAGCAGCA 2865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2811 ACACTACGTGATTACTCCTCCAATATTGTACTTATAGATCCATTGGCAAGCATAGCAGCG 2870
Query 2866 GTGGAGGAATTTCTGTGGCCCCGAGTTCAACGGAGTGAATCTGCTCTGAAGCCGGCAGCG 2925
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 GTGGAGGAATTTCTGTGGCCCCGAGTTCAACGCAGTGAATCTGCTCTGAAGCCGGCAGCG 2930
Query 2926 CCTATTGGCAATACAGAGCCAGGCACGTTACCTAGCGGTGCTGGTGTTTCATCACCATCT 2985
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 CCTGCTGGAAATACAGAGCCAGGCACGTTACCTAGCGGTGCTGGTGTTTCATCACCATCT 2990
Query 2986 TCGTCAACTCCAGCTTCAACCACTCGTCGTCATTCTTCTAGATCTCGATCGGCAATTAAC 3045
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2991 TCGTCAACTCCAGCTTCCACCACTCGTCGTCATTCTTCTAGATCTCGATCGGCAATTAAC 3050
Query 3046 ATCGGTGATACTTCAAAGAAAGATCCTGTGCATGAGAAAGGTACCAGCTCATCGAAAGGA 3105
|| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 ATAGGTGATGCCTCAAAGAAAGATCCTGTGCCTGAGAAAGGTACCAGCTCATCGAAAGGA 3110
Query 3106 AAAGGTAAAGGCGTTATGAAACCGGCTCAGGCGGATAAGGGGCCTCAAACAAGGAGCAAT 3165
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3111 AAAGGTAAAGGCGTTATGAAACCGGCTCAGGCGGATAAGGGGCCTCAAACAAGGAGCAGT 3170
Query 3166 GCTCAAAAGAGAGCTGTTCTTGACAAAGATACTCAAATGAAACCAGCTAGCGGAGACTCC 3225
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3171 GCTCAAAAGAGAGCTGTCCTTGACAAAGATACTCAAATGAAACCAGCTAGCGGAGACTCC 3230
Query 3226 AGTTCTGAGGATGAGGAATTGGAAATATCCCCAGTCGACATtgatgatgccttggtgatt 3285
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 AGTTCTGAGGATGAGGAATTGGATATATCCCCAGTCGACATTGATGATGCCTTGGTGATT 3290
Query 3286 gaagaggatgacatttctgatgatgaagatgatgataatgaagatgttttggatgaCAGT 3345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3291 GAAGAGGATGACATTTCTGATGATGAAGATGATGATAATGAAGATGTTTTGGATGACAGT 3350
Query 3346 CTTCCCATGTGCACGCCTGATAAAGTCCATGATGTGAAATTGGCGGACTCAGTGGATGAT 3405
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 CTTCCCATGTGCACGCCTGATAAAGTGCATGATGTGAAATTGGCGGACTCAGTGGATGAT 3410
Query 3406 GATGGTCTAGCAACCAGCGGCCGACAAATGAATCCAGCTTCTGGAGGCACTAGTGGAGCC 3465
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3411 GATGGTCTAGCAACCAGTGGCCGACAAATGAATCCAGCTTCTGGAGGCACTAGTGGAGCA 3470
Query 3466 GCAGCAGCAAGGGCATCTGATTCTATTGATACTGGCATTGGGAATTCCTATGGTTCTAGA 3525
||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3471 GCAGCAGCACGGGGATCTGATTCTACTGATACTGGCATTGGGAATTCTTATGGTTCTAGG 3530
Query 3526 GGTGCACTCTCCTTTGCTGCTGCAGCGATGGCTGGGCTTGGAGCTGCCAGTGGTAGAGGT 3585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3531 GGTGCACTCTCCTTTGCTGCTGCAGCGATGGCTGGGCTTGGAGCTGCCAGTGGTAGAGGT 3590
Query 3586 ATCAGGGGAAGTAGGGACTTGCATGGACGTACCCTAAATCGAAGTTCAGATGAGCCCTCT 3645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3591 ATCAGGGGAAGTAGGGACTTGCATGGACGTACCCTAAATCGAAGTTCAGATGAGCCCTCT 3650
Query 3646 AAGTTGATATTTACTGCGGCAGGAAAACAACTTAGTAGGCATTTGACGATTTATCAGGCT 3705
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3651 AAGTTGATATTTACTGCGGGAGGAAAGCAACTTAGTAGGCATTTGACGATTTATCAGGCT 3710
Query 3706 GTACAGCGACAACTTATGCTAGATGAAGATGATGATGACAGGTTTGGTGGCAGTGATCTA 3765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3711 GTACAGCGACAACTTATGCTAGATGAAGATGATGATGACAGGTTTGGTGGCAGTGATCTA 3770
Query 3766 GTCTCAAGTGATGGAAGCAGATTCAATGATATTTACACCATCATGTACCAGAGGCCAGAC 3825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3771 ATCTCAAGTGATGGAAGCAGATTCAATGATATTTACACCATCATGTACCAGAGGCCAGAT 3830
Query 3826 AGCCAAGTGAATAGGTTGTCTGTTGGTGGAGCAAGTTCTACCACACCGTCAAAATCCACG 3885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3831 AGCCAAGTGAATAGGTTGTCTGTTGGTGGAGCAAGTTCTACCACACCGTCAAAATCCACG 3890
Query 3886 AAATCTG---CTACTACCAATTCCAGTGTAGAATCTCAGTCACATAGGGCATCTCTTTTG 3942
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3891 AAATCTGCTACTACTACCAATTCCAGTGTAGAATCTCAGTCACATAGGGCATCTCTTTTG 3950
Query 3943 GATAGTATCTTACAAGGGGAGCTTCCATGCGACCTTGAGAAGTCGAATTCTACATATAAT 4002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3951 GATAGTATCTTACAAGGGGAGCTTCCATGCGACCTTGAGAAGTCGAATTCTACATATAAT 4010
Query 4003 GTTCTGGCACTGTTACGTGTATTAGAGGGTTTAAATCAGCTTTGCCCTCGTTTAAGAGCC 4062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4011 GTTCTGGCACTGTTACGTGTATTAGAGGGTTTAAATCAGCTTTGCCCTCGTTTAAGAGCC 4070
Query 4063 CAAACTCTTTCCGATCGTTTTGCAGAGGGTAAAATTACAAGTCTAGATGATCTGAGTACA 4122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4071 CAAACTCTTTCCGATCGTTTTGCAGAGGGTAAAATTACAAGTCTAGATGATCTGAGTACA 4130
Query 4123 ACTGCTGCTAAGGTTCCTCTTGATGAATTTGTCAATAGCAAACTTACACCCAAATTGGCT 4182
||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4131 ACTGCTGCTAAGGTTCCTCATGAAGAATTCGTCAATAGCAAACTTACACCCAAATTAGCT 4190
Query 4183 CGACAAATCCAGGATGCGCTTGCTTTGTGCAGTGGAAGTCTTCCCTCTTGGTGCTACCAG 4242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4191 CGACAAATCCAGGATGCGCTTGCTTTGTGCAGTGGAAGTCTTCCCTCTTGGTGCTACCAG 4250
Query 4243 TTGACTAGAGCATGCCCATTTTTGTTTCCGTTTCAAACCCGGAGACAGTATTTCTACTCG 4302
||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4251 TTGACTAGAGCATGCCCATTTCTATTCCCGTTTCAAACCCGGAGACAGTATTTCTACTCA 4310
Query 4303 ACTGCTTTTGGGTTGTCTCGTGCATTGAATCGTTTGCAGCAGCAGCAAGGTGCTGACGGC 4362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4311 ACTGCTTTTGGGTTGTCTCGTGCATTGAATCGTTTGCAGCAGCAGCAAGGTGCTGACGGC 4370
Query 4363 AGTGGGTCTACAAATGAACGAGAGATGAGAATAGGGAGATTGCAGCGCCAGAAAGTCCGT 4422
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4371 AGTGGGTCTACAAATGAACGAGAGATGAGAATAGGGAGATTGCAGCGCCAGAAAGTCCGT 4430
Query 4423 GTATCCCGAAATAGGATATTAGATTCTGCTGCAAAAGTTATGGAGATGTATTCTAGCCAG 4482
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4431 GTATCCCGAAATAGGATATTAGATTCTGCTGCGAAAGTTATGGAGATGTATTCTAGCCAG 4490
Query 4483 AAAGCTGTGCTTGAAGTAGAATATTTTGGTGAAGTTGGTACTGGTCTAGGCCCTACCCTT 4542
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4491 AAAGCTGTTCTTGAAGTAGAATATTTTGGTGAAGTTGGTACTGGTCTAGGACCTACCCTT 4550
Query 4543 GAGTTTTACACACTTCTAAGCCATGATCTGCAAAAGGCTTCCCTAGGGATGTGGAGATCA 4602
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4551 GAGTTTTACACACTTTTAAGCCATGATCTGCAAAAGGTTTCCCTAGGGATGTGGAGATCA 4610
Query 4603 AGTTCTGGTGACAAGGTATCTATGCAAATTGGTAGAGATGAGATTGAAGACGGAAAACCA 4662
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 4611 AGTTCTGGTGACAAGGTATCTATGCAAATTGATAGAGATGAGATTGAAGATGGAAAATCA 4670
Query 4663 TCTGCAGCTAACAGAGATATAGTTCTGGCACCACTTGGATTGTTTCCTCGGCCTTGGCCC 4722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 4671 TCTGCAGCTAACAGAGATATAGTTCTGGCACCACTTGGGTTGTTTCCTCGACCTTGGCCC 4730
Query 4723 TCAACAGCTGACATATCTGAAGGTGGTCAGTTTCATAAAGTCATTGAATATTTCCGCCTT 4782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4731 TCAACAGCTGACATATCTGAAGGTGGTCAGTTTCATAAAGTCATTGAATATTTCCGCCTT 4790
Query 4783 TTAGGGCGTGTGATGGCCAAAGCACTTCAAGATGGACGGCTATTGGACGTCCCATTGAGT 4842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4791 TTAGGGCGTGTGATGGCCAAAGCACTTCAAGATGGACGGCTATTGGACGTCCCATTGAGT 4850
Query 4843 ACAGCGTTTTATAAACTTATTCTTGGTCAAGAGCTTGATTTGCATGATATTGTATTATTT 4902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4851 ACAGCGTTTTATAAACTTATTCTTGGTCAAGAGCTTGATTTGCATGATATTGTATTATTT 4910
Query 4903 GACGCTGAACTTGGCAAGACCTTGCAAGAGCTGCGTGTTGTTGTTGCCCGCAAGCACTAT 4962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 4911 GACGCTGAACTTGGCAAGACCTTGCAAGAGCTGCGTGTTCTCGTTGCCCGCAAGCACTAT 4970
Query 4963 CTGGAGGGAGTAGGTGGTGACAATAGCAGCACGATTTCTGATTTATGTTTACGTGGATGC 5022
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4971 CTGGAGGCAGTAGGTGGTGACAATAGCAGCACGGTTTCTGATTTATGTTTACGTGGATCC 5030
Query 5023 CGAATAGAAGATCTCTCCTTGGAATTCACGCTACCTGGCTATCCTGAGTACATCCTGAGA 5082
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5031 CGAATAGAAGATCTCTTCTTGGACTTCACGCTACCTGGCTATCCTGAGTACATTCTGAGA 5090
Query 5083 TCAGGAGATGAAATTGTTGATATTACTAATCTTGAGGAGTATATATCCCTTGTCGTTGAT 5142
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5091 TCAGGAGATGAAATTGTTGATATTACTAATCTTGAGGAGTATATATCCCTTGTCGTTGAG 5150
Query 5143 GCTACTGTCAAGAGAGGAGTCACTCGGCAGATCGAAGCCTTCAGATCTGGATTCAATCAG 5202
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5151 GCTACTGTGAAGAGAGGAGTCACTCGGCAGATCGAAGCCTTCAGATCTGGATTCAATCAG 5210
Query 5203 GTGTTTGACATAACATCTCTACAAATATTCACCCCTTCTGAGCTGGACTATTTGCTGTGT 5262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5211 GTGTTTGACATAACATCTCTACAAATATTCACCCCTTCTGAGCTGGACTACTTGCTGTGT 5270
Query 5263 GGTCGTAGAGAGTTGTGGGAGGTGGAGACTCTTGCTGAACATATCAAATTTGATCATGGG 5322
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5271 GGTCGTAGAGAGTTGTGGGAGGTGGAGACTCTTGCTGAACATATCAAATTTGATCACGGT 5330
Query 5323 TATAATGCCAAAAGTCCGGCAATCATTAACTTACTGGAGATCATGGGAGAACTTACAGCA 5382
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5331 TACACTGCCAAAAGTCCGGCAATCATTAACTTACTGGAGATCATGGGAGAACTTACAGCA 5390
Query 5383 GATCAGCAGAGGGCTTTCTGCCAATTTGTAACTGGAGCTCCTAGGCTTCCTCCTGGTGGC 5442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5391 GATCAGCAGAGGGCTTTCTGCCAATTTGTAACTGGAGCTCCTAGGCTTCCTCCTGGTGGC 5450
Query 5443 TTAGCTGTTCTGAACCCAAAGCTTACGATTGTGAGAAAGCACTCATCGACCTCAAGTGCA 5502
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5451 TTAGCTGTTCTGAACCCAAAGCTCACGATTGTAAGAAAGCACTCATCGACCTCAAGTGCA 5510
Query 5503 GCAGCCAACGGAGCAGGGGCTTCGGAGACAGCAGATGATGATTTGCCCAGTGTCATGACT 5562
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5511 GCAGCCAATGGAGCAGGGGCTTCGGAGACAGCAGATGATGATTTGCCCAGTGTCATGACT 5570
Query 5563 TGCGCAAACTACCTTAAACTCCCTCCTTATTCTACAAAGGAAATCATGTACAAGAAACTG 5622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5571 TGCGCAAACTACCTTAAACTCCCTCCTTATTCTACAAAGGAAATAATGTACAAGAAACTG 5630
Query 5623 CTCTACGCCATCAACGAAGGGCAAGGATCGTTCGACCTCTCATAAGCAACATATGGCTGT 5682
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 5631 CTCTACGCCATCAACGAAGGGCAAGGATCGTTTGACCTCTCATAAGCAACAGATGGCTCT 5690
Query 5683 GTTTC 5687
|||||
Sbjct 5691 GTTTC 5695
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 232607886176
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5