BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G39530.1
Length=2505
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg352947 jgi|Araly1|352947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7000120 4017 0.0
> Ahg352947 jgi|Araly1|352947|fgenesh1_pg.C_scaffold_7000120
Length=3174
Score = 4017 bits (2175), Expect = 0.0
Identities = 2392/2499 (96%), Gaps = 6/2499 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGAAGCTATCGCTGTTGGCGTAAAGTCCAAGAAACCATACGTTTATACTCCTCTTCA 60
||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1 ATGAGAAGCTATCGCAGTTGGCGTCAAGTGCAAGAAACGATACGTTTATACTCTTCGTCT 60
Query 61 TCTTCTTCTGCTTCAAG-TCTTTTGGAATTTGTAAACGCAGATTTTCCTTCTACGATAGG 119
||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 61 TCTTCTTCTACTTC-AGCTCTTTTGGAATTTGTAAACGCAGAATTTCCTTCTACAATAGG 119
Query 120 AATCCGAGGAAGGCGCGAATTTGCTCGTCTCTTGCAGCTGCGTGCGTCAGATGATCTGTT 179
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 120 AATTCGAGGAAGACGCGAATTTGCTCGTCTCTTGCAGCTGCGTGCGTTAGATGATCCGTT 179
Query 180 GCATTATCAAAATGTAGTTCATGGTCAGATTATTGTTTGGGGCCTCGAGTTAGATACGTA 239
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 180 GCTTTATCACAATGTAGTTCATGGTCAGATTATTGTTTCAGGTCTTGAGTTAGATACGTA 239
Query 240 TCTTAGCAACATTTTGATCAATTTGTATTCGAGAGCTGGTGGTATGGTTTATGCACGTAA 299
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCTTAGCAACATTTTGATGAATTTGTATTCGAGAGCTGGTGGTATGGTTTATGCACGTAA 299
Query 300 GGTGTTCGAGAAAATGCCTGAGAGAAACTTAGTTTCTTGGTCTACCATGGTTTCAGCTTG 359
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGTGTTTGAGAAAATGCCTGAGAGAAACTTGGTTACTTGGTCTACCATGGTTTCAGCTTG 359
Query 360 CAACCATCATGGGATTTATGAGGAATCTTTGGTGGTTTTCTTAGAGTTCTGGAGAACTAG 419
||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 CAACCATCATGGGTTTTACGAGGAGTCTTTGGTGGTTTTCTTAGACTTCTGGAGAACTAG 419
Query 420 AAAAGACAGTCCGAATGAATATATTTTGTCGAGTTTTATTCAAGCTTGCTCAGGCTTAGA 479
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 420 AAAAAACAGTCCGAATGAATATATTTTGTCGAGTTTTATTCAAGCTTGTTCGGGATTAGA 479
Query 480 TGGTCGTGGGCGTTGGATGGTGTTTCAACTACAAAGTTTTCTTGTCAAGAGTGGGTTTGA 539
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 480 TGGTAGTGGGCGTTGGATGGTGTTTCAACTGCAAAGTTTTCTTGTCAAGAGTAGGTTTGA 539
Query 540 TAGGGATGTTTATGTTGGTACCTTGTTGATTGATTTTTATTTGAAGGATGGTAATATCGA 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 540 TAGGGATGTTTATGTTGGTACCTTGTTGATTGATTTTTATTTAAAGGAAGGTAATATCGA 599
Query 600 TTATGCGAGGCTTGTGTTTGATGCTTTACCAGAGAAATCTACTGTGACTTGGACGACCAT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 TTATGCGAGGCTTGTGTTTGATGCTTTACCAGAGAAATCTACTGTGACTTGGACGACAAT 659
Query 660 GATCAGTGGGTGTGTAAAAATGGGAAGAAGCTACGTTTCATTACAGCTGTTCTACCAACT 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 GATCAGTGGGTGTGTAAAAATGGGAAGAAGCTACGTTTCATTACAGCTATTCTACCAACT 719
Query 720 AATGGAA-GACAATGTTGTTCCAGATGGCTACATCCTTTCGACGGTTCTAAGTGCATGTT 778
||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 720 AATGGAAGGA-AATGTTGTTCCGGATGGTTACATCCTTTCGACGGTTTTAAGTGCGTGTT 778
Query 779 CAATACTTCCGTTTCTTGAAGGTGGGAAGCAGATTCATGCGCACATCTTAAGATATGGAC 838
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 779 CAATACTTCCGTTTCTTGAAGGCGGGAAGCAGATTCATGCGCACATCTTAAGATACGGAC 838
Query 839 TTGAGATGGATGCCTCACTGATGAATGTGCTTATAGATTCTTATGTGAAGTGTGGCAGAG 898
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 ATGAAAAGGATGCCTCACTGATGAATGTGCTTATAGATTCTTATGTGAAGTGTGGCAGAG 898
Query 899 TTATAGCGGCTCATAAGCTATTCAATGGAATGCCGAATAAAAACATCATTTCGTGGACCA 958
||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTAGAGCGGCTCATAAGCTATTCGATGGAATGCCAAATAAAAACATCATTTCGTGGACCA 958
Query 959 CTTTGCTCTCTGGTTATAAGCAGAACGCTCTTCATAAAGAAGCCATGGAATTGTTTACCA 1018
|||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTTTACTGTCTGGTTATAAGCAGAACTCTCTTCATAAAGAAGCCATGGAATTGTTTACCA 1018
Query 1019 GTATGTCAAAGTTTGGTTTAAAGCCGGATATGTATGCTTGCTCTAGCATACTCACATCTT 1078
||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GTATGCCAAAGTTTGGTTTAAAGCCGGATATGTTTGCTTGCTCTAGCATACTCACATCTT 1078
Query 1079 GTGCCTCACTTCATGCTTTGGGATTTGGAACACAAGTTCATGCTTACACTATCAAAGCCA 1138
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GTGCCTCACTTCATGCTTTGGAATTTGGAACACAAGTTCATGCTTACACTATCAAAGCCA 1138
Query 1139 ATCTTGGCAATGATAGCTATGTGACTAACAGCTTGATTGACATGTATGCGAAATGTGACT 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1139 ATCTTGGCAATGATAGCTATGTGACTAACAGCTTGATTGACATGTATGCGAAATGTGATT 1198
Query 1199 GTTTGACCGATGCCAGAAAAGTTTTTGATATTTTCGCTGCTGCTGATGTGGTTTTATTCA 1258
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTTTGACTGAGGCCAGAAAAGTTTTTGATATTTTCGCTGCTGATGATGTGGTTTTATTCA 1258
Query 1259 ATGCAATGATTGAAGGTTACTCGAGACTTGGGACACAATGGGAACTACATGAAGCATTGA 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1259 ATGCAATGATTGAAGGTTACTCGAGACTTGGGACTCAATGGGAACTACATGACGCATTGA 1318
Query 1319 ACATCTTTCGTGACATGAGGTTCAGATTGATTCGACCTAGCCTATTGACTTTTGTTAGCC 1378
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACATCTTTCATGATATGAGGTTCAGATTGATTCGACCTAGCCTATTGACTTTTGTTAGCC 1378
Query 1379 TTCTACGTGCATCTGCTTCTTTAACAAGCTTGGGACTGAGTAAACAAATCCATGGATTGA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TTCTACGTGCATCTGCTTCTTTAACAAGCTTGGGACTGAGTAAACAAATCCATGGATTGA 1438
Query 1439 TGTTCAAATATGGGTTAAACTTAGATATATTTGCTGGAAGCGCTTTGATTGATGTTTACT 1498
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1439 TGTTCAAATTTGGGTTAAACTTGGATATATTTGCTGGAAGCGCTTTGATTGCTGTTTACT 1498
Query 1499 CAAATTGCTACTGCCTCAAGGATTCCAGGCTTGTGTTTGATGAAATGAAAGTGAAAGATC 1558
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1499 CAAATTGCTACTGTCTCAAGGATTCTAGGCTTGTGTTTGATGAAATGAAAGAGAAAGATC 1558
Query 1559 TTGTTATCTGGAATTCTATGTTTGCAGGTTATGTTCAACAATCAGAGAACGAAGAAGCTC 1618
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGTTATCTGGAATTCTATGTTTTCAGGTTATGTTCAACAATCAGAGAACGAAGAAGCTC 1618
Query 1619 TCAACCTGTTTCTGGAATTACAGTTATCAAGAGAAAGACCTGACGAATTCACGTTTGCCA 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1619 TCAACCTGTTTCTGGAATTACAGTTATCAAGAGACAGACCTGACGAATTCACTTTTGTGG 1678
Query 1679 ACATGGTTACAGCAGCTGGCAACCTAGCAAGTGTTCAATTGGGTCAAGAGTTCCATTGCC 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 ACATGGTTACAGCAGCTGGCAACCTAGCAAGTCTTCAATTGGGTCAAGAGTTCCATTGCC 1738
Query 1739 AGCTTCTGAAAAGAGGCTTGGAATGTAATCCGTATATTACAAATGCTCTACTAGATATGT 1798
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGCTCCTGAAAAGAGGCTTGGAATGTAATCCGTATATTACAAATGCTCTACTAGATATGT 1798
Query 1799 ACGCCAAATGTGGTAGTCCCGAAGACGCTCATAAGGCTTTTGATTCAGCAGCTTCAAGAG 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ACGCCAAATGTGGTAGTCCCGAAGACGCTCATAAGGCTTTTGATTCAGCAGCTTCAAGAG 1858
Query 1859 ATGTAGTTTGTTGGAATTCTGTCATCTCATCTTATGCGAATCATGGAGAAGGCA-AAAAG 1917
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1859 ATGTGGTTTGTTGGAATTCTGTCATCTCATCTTATGCGAATCATGGAGAAGGTAGAAAAG 1918
Query 1918 GCTCTTCAGATGCTTGAAAAAATGATGAGTGAGGGAATAGAGCCTAACTACATCACCTTT 1977
||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 -CTCTTCAAATGCTTGAAAAAATGATGTGTGAGGGAATAGAGCCTAACTACATCACCTTT 1977
Query 1978 GTTGGAGTTCTATCAGCGTGTAGCCATGCTGGTCTTGTAGAAGATGGACTTAAGCAATTT 2037
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GTGGGAGTTCTATCAGCGTGTAGCCATGCTGGTCTTGTAGAAGATGGACTTAAGCAATTT 2037
Query 2038 GAGTTAATGCTTCGATTTGGAATTGAACCTGAAACTGAGCACTATGTTTGTATGGTATCT 2097
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GAGTTAATGCTGCGATTTGGAATTGAACCTGAAACTGAGCACTATGTTTGTATGGTATCT 2097
Query 2098 CTTTTAGGCCGTGCTGGTAGATTGAACAAAGCAAGGGAGTTAATTGAGAAAATGCCGACA 2157
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CTTTTAGGCCGTGCTGGTAGATTGAACGAAGCAAGGGAGTTAATTGAGAAAATGCCGACA 2157
Query 2158 AAACCAGCTGCTATAGTATGGAGGAGCTTGCTGAGTGGATGCGCAAAGGCCGGTAACGTC 2217
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2158 AAACCAGCTGCTATAGTATGGAGGAGCTTACTGAGCGGATGCGCAAAGGCCGGTAATGTC 2217
Query 2218 GAGTTAGCTGAACATGCTGCTGAAATGGCTATTTTGTCTGATCCCAAGGACAGTGGATCG 2277
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2218 GAGTTAGCTGAGTATGCTGCTGAAATGGCTATTTTGTCTGATCCAAAGGACAGTGGATCG 2277
Query 2278 TTTACTATGCTTTCTAATATTTACGCGTCCAAGGGTATGTGGACTGAAGCTAAGAAGGTG 2337
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2278 TTTACTTTGCTTTCTAATATTTACGCGTCCAAGGGTATGTGGACTGATGCGAAGAAGGTA 2337
Query 2338 AGAGAAAGAATGAAGGTTGAAGGTGTGGTGAAAGAACCTGGACGTAGTTGGATTGGGATT 2397
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2338 AGAGAAAGAATGAAGTTTGAAGGTGTGGTGAAAGAACCTGGACATAGTTGGATTGAGATT 2397
Query 2398 AATAAGGAGGTTCATATATTTTTGTCTAAGGATAAATCTCACTGCAAGGCTAATCAAATT 2457
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 AATAAGGAGGTTCATATCTTTTTGTCTAAGGATAAATCTCACTGCAAGGCTAATCAAATT 2457
Query 2458 TATGAAGTGTTAGACGACTTACTTGTGCAGATCAGAGGA 2496
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TATGAAGTGTTAGACGACTTGCTTGTGCAGATCAGAGGA 2496
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94425717355
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5