BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT4G39850.3
Length=4846
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg490770 jgi|Araly1|490770|fgenesh2_kg.7__203__AT4G39850.1 5247 0.0
> Ahg490770 jgi|Araly1|490770|fgenesh2_kg.7__203__AT4G39850.1
Length=4689
Score = 5247 bits (2841), Expect = 0.0
Identities = 3115/3245 (96%), Gaps = 27/3245 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 88 tctctctctatctctatctctcGATTTGGGGGAGTTCCGTCACGGTGGACTAGTACGTCT 147
||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGATTT-GGGGAGTTCCGTTACGGTGGACTAGTACGTCT 59
Query 148 CGTTGCCGTTGGTGGCGTAGTCGGAATTAATTTCCTCGGCGTTGAGATTCACATGGTCTA 207
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 CGTTGCCGTTGGTGGCGGAGTCGGAATTAA-TTCCTCGGCGTTGAGATTCACATGGTCTA 118
Query 208 GAATTCTAGCTAAG-TGGTTGTTGTTGTTGTTACGATTTCCGATTTCTCGAG-ttttttt 265
|||||| | || || ||| || || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 119 GAATTCGAACTTAGTTGG-TGGTGGTGTTGTTACGATTTCCGATTTGTCGAGTTTTTTTT 177
Query 266 t-ttA---T--ATTTAGCTTCTGTTTC-GTTTATCCCTCCCGGAGACACTC-C-T--TGG 314
| ||| | |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| | | | |
Sbjct 178 TATTAGGTTGAATTTAGCTTCTGTTGCAATTTATTTCTCCTGGAGACACTCTCATACT-G 236
Query 315 TCG-AATCTCTCATGCTGAGGTGTTTTGGACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGG 373
| ||| ||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGGTAAT-TCT--T-CTCAGGTGTTTTGTACACTTGTTGTCAAGAAGAAACCAGTTTTGG 292
Query 374 TTCTGATTAATCGTTGGTTGGAAAATATACTCAATTCCAGGCCATGCCTTCACTTCAACT 433
||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 293 TTCTGATTAATCGTTGGTTGG-AGA-ATACTCAATTCCA-GCCATGCCTTCACTCCAACT 349
Query 434 ATTGCAGTTAACTGAGCGGGGTCGGGGTCTTGTAGCGTCAAGACGGAAATCTATACTGCT 493
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 GTTGCAGTTAACTGAGCGGGGTCGGGGTCTTGTAGCGTCAAGACGGAAATCTATACTGCT 409
Query 494 TGCGGCTGGGATTGTAGCTGCTGGTGGAACTGCTGTTTACCTGAAATCAAGGGTC-GCTT 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 410 TGCGGCTGGGATTGTAGCTGCTGGTGGAACTGCTGTTTACCTGAAATCAAGGGTCAGC-T 468
Query 553 CCCGGAGGCCTGATTCTTCGCGTCTTTGCAATGGTCAGAGTGATGATGATGAGACTTTGG 612
||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 469 CCCCAAGGCCTGATTCTTCGCGTCATTGCAATGGTCAGAGTGATGATGATGAGGCATTGG 528
Query 613 AAAAGCTGACTGCAACTGATCAAAATGCAAAGATAACCACGAAAAAGAAGAAAGGAGGAG 672
|||||||||| | || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 529 AAAAGCTGACAGGAAATGATAAAAATGCAAAGATAACCATGAAAAAGAAGAAAGGAGGAG 588
Query 673 GATTGAAGTCTCTTCAGGTTCTGACTGCTATTCTTCTCTCTCAGATGGGAAAAATGGGTG 732
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 589 GGTTGAAGTCTCTTCAGGTTCTGACTTCTATTCTTCTGTCTCAGATGGGAAAAATGGGTG 648
Query 733 CCAGGGATCTTTTGGCACTAGTCGCCACCGTGGTTTTCAGAACAGCTTTGAGCAATAGAT 792
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 649 CCAGGGATCTTTTGGCACTAGTCGCCACAGTGGTTTTCAGAACAGCTTTGAGCAATAGAT 708
Query 793 TGGCAAAAGTGCAAGGTTTCCTTTTCCGTGCTGCTTTCTTAAGGCGTGCGCCACTGTTTC 852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 709 TGGCAAAAGTGCAAGGTTTCCTTTTCCGTGCTGCTTTCTTAAGGCGTGCGCCACTGTTTC 768
Query 853 TACGGCTCATCTCCGAGAATATTATGTTGTGTTTCATGCTATCAACATTGCACTCTACTT 912
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |
Sbjct 769 TACGACTCATCTCCGAGAATATTATGTTGTGTTTCATGCTATCGACGTTGCACTCTACAT 828
Query 913 CAAAGTACATAACTGGGGCATTGAGTTTGCGATTCAGAAAGATATTGACCAAGATTATCC 972
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 829 CAAAGTACATAACTGGGGCCTTGAGTTTGCGATTCAGAAAGATATTGACGAAGATTATCC 888
Query 973 ATTCACACTATTTTGAGAATATGGTATATTACAAAATATCACACGTGGATGGTCGGATTA 1032
||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 889 ATTCACATTATTTTGAGAATATGGTTTATTATAAAATATCACACGTGGATGGTCGGATAA 948
Query 1033 CGCACCCTGAACAAAGAATTGCCAGCGATGTACCAAGATTCTCCTCAGAGTTGAGCGATC 1092
||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 949 CGCACCCCGAGCAGCGAATTGCCAGCGATGTGCCAAGATTCTCCTCAGAGTTAAGCGATC 1008
Query 1093 TTATACTGGATGATTTGACGGCGGTTACTGATGGAATTTTGTATGCATGGCGCCTGTGTT 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 TTATACTGGATGATTTGACGGCGGTTACTGATGGAATTTTGTATGCATGGCGCCTGTGTT 1068
Query 1153 CATATGCTAGTCCAAAATACATCTTCTGGATACTGGCCTATGTACTGGGGGCTGGGACGG 1212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1069 CATATGCTAGTCCAAAATACATCTTCTGGATACTGGCCTATGTACTGGGGGCTGGGACGG 1128
Query 1213 CGATAAGAAACTTTTCTCCTTCTTTTGGGAAATTGATGTCCAAGGAACAGCAGTTAGAAG 1272
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 CGATAAGGAACTTTTCTCCTTCTTTTGGGAAATTGATGTCCAAGGAACAGCAGTTAGAAG 1188
Query 1273 GAGAGTACCGGCAACTTCATTCACGCTTAAGGACTCATTCGGAAAGCATAGCATTCTATG 1332
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1189 GGGAGTACCGGCAACTTCATTCACGCTTAAGGACTCATTCGGAAAGCATAGCATTTTATG 1248
Query 1333 GTGGGGAAACCAGGGAAGAATCTCATATACAACAAAAGTTCAAGAATCTTGTTAGCCATA 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GTGGGGAAACCAGGGAAGAATCTCATATACAACAAAAGTTCAAGAATCTTGTTAGCCATA 1308
Query 1393 TGAGTCACGTGCTTCATGATCACTGGTGGTTTGGTATGATCCAAGATTTTCTGCTGAAGT 1452
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 TGAGCCATGTGCTTCATGATCACTGGTGGTTTGGTATGATCCAAGATTTTCTGCTGAAGT 1368
Query 1453 ATCTTGGGGCCACAGTTGCAGTTATTCTGATTATCGAACCATTCTTCTCTGGGCATCTAA 1512
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 ATCTTGGTGCCACAGTTGCAGTTATTCTGATTATCGAACCATTCTTCTCTGGGCATCTAA 1428
Query 1513 GACCTGACGACTCGACCTTAGGAAGAGCTGAGATGCTTAGCAATATAAGATATCACACTA 1572
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 GACCTGACGACTCGACCTTAGGAAGAGCCGAGATGCTAAGCAATATAAGATATCACACTA 1488
Query 1573 GTGTCATTATATCTCTCTTTCAGGCGTTGGGAACACTTTCTATAAGTTCCAGGCGGCTCA 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 GTGTCATTATATCTCTCTTTCAGGCGTTGGGAACACTTTCTATAAGTTCCAGGCGGCTCA 1548
Query 1633 ACCGACTCAGTGGTTATGCTGACCGAATCCATGAGTTGATGGCTGTCTCAAGAGAACTCA 1692
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 ACCGACTCAGTGGTTATGCTGACCGTATCCACGAGTTGATGGCTGTCTCAAGAGAACTCA 1608
Query 1693 GTGGTGATGATAAATCGTCTTTCCAGAGAAATAGAAGCAGAAATTATCTAAGTGAAGCTA 1752
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1609 GTGGTGATGAGAAATCATCTTTCCAGAGAAATAGAAGCAGAAATTACCTAAGTGAAGCTA 1668
Query 1753 ATTATGTAGAGTTTTCCGATGTCAAGGTTGTTACTCCAACCGGAAATGTTTTGGTGGAGG 1812
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 ATTATGTTGAGTTTTCCGATGTCAAGGTTGTTACTCCAACCGGAAATGTTTTGGTGGAGG 1728
Query 1813 ATCTCACCCTTCGAGTTGAGCAAGGGTCTAATCTTCTGATTACAGGTCCTAATGGAAGTG 1872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 ATCTCACCCTTCGAGTTGAGCAAGGGTCTAATCTTCTGATTACAGGTCCTAATGGAAGTG 1788
Query 1873 GCAAGAGTTCCCTTTTCCGAGTATTAGGAGGTCTATGGCCCCTGGTGTCTGGACATATTG 1932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1789 GCAAGAGTTCCCTTTTCCGAGTATTAGGAGGTCTATGGCCCCTGGTGTCTGGGCATATTG 1848
Query 1933 TGAAGCCAGGAGTTGGTTCTGATCTTAACAAGGAGATCTTCTATGTGCCGCAACGGCCTT 1992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1849 TGAAGCCAGGAGTTGGTTCTGATCTTAACAAGGAGATCTTCTACGTGCCGCAACGGCCTT 1908
Query 1993 ATATGGCAGTAGGAACACTTCGTGACCAGTTAATATATCCTCTTACTTCTGGCCAAGAGA 2052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1909 ATATGGCAGTAGGAACACTTCGTGACCAGTTAATATATCCTCTTACTTCTGACCAAGAGA 1968
Query 2053 GTGAACTGCTCACTGAGATTGGAATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGATCTAGAATATT 2112
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 GTGAACCGCTCACTGAGATTGGAATGGTGGAGCTATTGAAAAATGTTGATCTAGAATATT 2028
Query 2113 TATTGGATCGCTACCAACCTGAAAAAGAGGTTAATTGGGGTGATGAATTATCTCTTGGAG 2172
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2029 TATTGGATCGCTACCAACCTGAAAAAGAGGTTAATTGGGGTGACGAATTATCACTTGGAG 2088
Query 2173 AGCAACAGAGATTGGGTATGGCCAGACTATTCTACCACAAACCCAAATTTGCAATTCTAG 2232
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2089 AGCAACAGAGATTGGGGATGGCCAGACTATTCTACCACAAACCCAAGTTTGCAATTCTAG 2148
Query 2233 ATGAATGCACAAGTGCTGTCACAACTGATATGGAAGAACGCTTTGCCGCTAAGGTTCGAG 2292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2149 ATGAATGCACAAGTGCTGTCACAACTGATATGGAAGAACGCTTTGCCGCCAAGGTTCGAG 2208
Query 2293 CTATGGGAACTTCTTGCATAACAATCTCCCATCGTCCAGCGCTTGTTGCATTCCATGATG 2352
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 CTATGGGAACTTCTTGCATAACAATTTCCCATCGTCCAGCGCTTGTTGCATTCCATGATG 2268
Query 2353 TTGTTCTGTCATTAGACGGTGAAGGAGGATGGAGTGTTCATTACAAGAGGGATGACTCTG 2412
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2269 TTGTTCTGTCATTAGACGGTGAAGGGGGTTGGAGTGTTCACTACAAGAGGGATGACTCTG 2328
Query 2413 CCCTTCTGACGGATGCTGAAATTGATTCAGTGAAAAGTTCAGATACAGATCGGCAAAATG 2472
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2329 CCCTTCTGACGGATGCTGAAATTGATTCAGCGAAAATTTCAGATACTGATCGGCAAAATG 2388
Query 2473 ATGCGATGGTTGTTCAACGAGCGTTTGCTGCAGCTAGAAAGGAATCTGCTACTAATTCAA 2532
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2389 ATGCGATGGTTGTTCAAAGAGCGTTTGCTGCAGCTAGAAAGGAATCTGCTACTAAATCAA 2448
Query 2533 AGGCTCAGTCGTACCAGACACAGTTAATTGCAAGATCACCTGTTGTAGATAAAAGTGTAG 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AGGCTCAGTCGTACCAGACACAGTTAATTGCAAGATCGCCTGTTGTAGATAAAAGTGTAG 2508
Query 2593 TGTTGCCTCGTTTTCCTCAACCTCAAACATCCCAAAGGGCTTTACCATCAAGAGTAGCTG 2652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 TGTTGCCTCGTTTTCCTCAACCTCAAACATCCCAAAGGGCTTTACCATCAAGAGTAGCTG 2568
Query 2653 CAATGTTAAACGTGTTGATACCCACTATATTTGACAAGCAAGGAGCTCAACTGCTTGCTG 2712
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2569 CAATGTTAAACGTGTTGATACCCACTATATTTGACAAACAAGGAGCACAACTGCTTGCTG 2628
Query 2713 TTGCTTGCCTTGTCGTCTCAAGAACGCTGATCTCTGACCGAATAGCCTCTTTGAATGGGA 2772
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTGCCTGCCTTGTCGTCTCAAGAACACTGATCTCTGACCGAATAGCCTCTTTGAATGGGA 2688
Query 2773 CCACTGTGAAGTATGTCTTGGAGCAAGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTGA 2832
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 CCACTGTGAAGTATGTCTTGGAGCAGGATAAGGCAGCCTTTGTTCGTTTGATTGGTTTGA 2748
Query 2833 GTGTTCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCACTAAGGCATTTAACGCAAA 2892
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2749 GTGTCCTCCAAAGTGGTGCATCTTCTATAATTGCTCCTTCATTAAGGCATTTAACGCAAA 2808
Query 2893 GGCTAGCGTTAGGGTGGAGGATTCGTTTGACTCAACATCTGCTAAGGAACTATTTGAGAA 2952
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2809 GGCTAGCGTTAGGGTGGAGGATTCGTTTGACTCAACATCTGCTACGGAATTATTTGAGAA 2868
Query 2953 ATAATGCGTTTTACAAGGTTTTCCACATGTCAGGCAATAGTATTGATGCGGACCAGAGAC 3012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2869 ATAATGCGTTTTACAAGGTTTTCCACATGTCAGGCAATAGTATTGATGCGGATCAGAGAC 2928
Query 3013 TCACTCGTGACCTGGAAAAGTTAACCGCTGACTTGTCTGGACTTCTTACTGGAATGGTAA 3072
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 TCACTCGTGACCTGGAAAAGTTAACCTCTGACTTGTCTGGACTTCTTACTGGAATGGTAA 2988
Query 3073 AGCCATCGGTTGACATTCTCTGGTTCACCTGGAGGATGAAGTTACTGACTGGTCAGAGGG 3132
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2989 AGCCATCGGTCGACATTCTCTGGTTCACCTGGAGGATGAAGTTATTGACTGGTCAGAGGG 3048
Query 3133 GAGTTGCCATACTTTACACATATATGTTACTTGGTCTTGGTTTTCTGAGACGTGTTGCTC 3192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 GAGTTGCCATACTTTACACATATATGTTACTTGGTCTGGGTTTTCTGAGACGTGTTGCTC 3108
Query 3193 CCGATTTCGGTGATCTAGCCGGTGAAGAACAGCAGCTTGAAGGGAAGTTTCGGTTTATGC 3252
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 3109 CCGATTTCGGTGATCTAGCCGGTGAAGAACAGCTGCTTGAGGGGAAGTTTAGGTTTATGC 3168
Query 3253 ACGAGAGGCTGAACACTCATGCTGAATCTATTGCATTCTTTGGAGGTGGAGCTCGAGAAA 3312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3169 ACGAGAGGCTGAACACTCATGCTGAATCTATTGCATTCTTTGGAGGTGGAGCACGAGAAA 3228
Query 3313 AGGCT 3317
|||||
Sbjct 3229 AGGCT 3233
Score = 2405 bits (1302), Expect = 0.0
Identities = 1402/1450 (97%), Gaps = 8/1450 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3363 ATGGTTGACAAAAAATTCAGGGCCCTACTGGATCATTCTCTCATGCTCTTGAGGAAGAAA 3422
||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 ATGGTTGACGCAAAATTCAGGGCCCTACTGGACCACTCTCTCATGCTCTTGAGGAAGAAA 3293
Query 3423 TGGTTGTATGGCATACTTGATGATTTTGTGACAAAGCAACTTCCCAATAATGTGACGTGG 3482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3294 TGGTTGTATGGCATACTTGATGATTTTGTGACAAAGCAACTCCCCAATAATGTGACGTGG 3353
Query 3483 GGATTGAGTTTATTGTATGCCCTAGAACACAAGGGAGACAGAGCACTTGTCTCCACTCAA 3542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3354 GGATTGAGTTTATTGTATGCCCTAGAACACAAGGGAGACAGAGCACTTGTCTCCACTCAA 3413
Query 3543 GGTGAATTGGCACATGCATTGCGGTATCTAGCTTCTGTTGTCTCCCAAAGCTTTATGGCT 3602
|| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3414 GGCGAGTTGGCACATGCGTTGCGGTATCTAGCTTCTGTTGTCTCCCAAAGCTTTATGGCT 3473
Query 3603 TTTGGCGATATTCTTGAACTACACAAGAAGTTCCTGGAGCTCTCTGGTGGTATTAACAGA 3662
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3474 TTTGGCGATATTCTTGAACTACACAAGAAGTTCCTTGAGCTCTCTGGTGGTATTAACAGA 3533
Query 3663 ATTTTTGAGCTCGATGAGTTTTTGGATGCTTCTCAGTCAGGTGTTACCTCAGAAAATCAA 3722
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3534 ATTTTTGAGCTCGATGAGTTTTTGGATGCCTCTCAGTCAGGTGTTACCTCAGAAAATCAC 3593
Query 3723 ACAAGTCGTTTGGATTCTCAAGATCTACTTTCCTTTTCGGAGGTGGATATCATTACCCCT 3782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3594 ACAAGTCGTTTGGATTCTCAAGATCTACTTTCCTTTTCGGAGGTGGATATCATTACCCCT 3653
Query 3783 GCTCAGAAATTGATGGCTAGCAAGTTGTCGTGTGAAATAGTTTCAGGGAAAAGCCTGCTC 3842
||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3654 GCTCAGAAACTGATGGCTAGCAAGTTGTCATGCGAAATAGTTTCAGGGAAAAGTCTGCTC 3713
Query 3843 GTCACAGGTCCAAATGGTAGTGGAAAGACTTCAGTATTTAGAGTCCTTAGAGATATCTGG 3902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3714 GTCACAGGTCCAAATGGTAGTGGAAAGACTTCAGTATTTAGAGTCCTTAGAGATATCTGG 3773
Query 3903 CCCACTGTATGTGGAAGACTTACCAAACCATCATTGGATATCAAAGAACTTGGGTCAGGG 3962
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3774 CCCACTGTATGTGGAAGACTTACCAAACCATCGTTGGATATCAAAGAACTTGGGTCAGGG 3833
Query 3963 AATGGCATGTTTTTTGTCCCGCAGCGACCTTATACATGTTTAGGGACACTGAGAGATCAA 4022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3834 AATGGCATGTTTTTTGTCCCGCAGCGACCTTATACATGTTTAGGGACACTGAGAGATCAA 3893
Query 4023 ATTATATACCCTCTATCTAAAGAAGAAGCAGAGAAAAGGGCAGCAAAGTTGTACACCAGT 4082
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3894 ATTATATACCCTCTATCTAAAGAAGAAGCAAAGAAAAGGGCAGCAAAGTTGTACACCAAT 3953
Query 4083 GGAGAGAGCTCAACAGAAGCTGGAAGCATTCTGGATTCTCATTTGAAAACCATTCTGGAG 4142
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3954 GGAGAGAGCGCAACAGAAGCTGGAAGCATTCTGGATGCTCATTTGAAAACCATTCTGGAG 4013
Query 4143 AATGTTCGGTTAGTTTATCTCTTGGAAAGAGACGTAGGTGGTTGGGATGCTACTACCAAT 4202
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4014 AATGTTCGATTAGTTTATCTCTTGGAAAGAGATGTAGGTGGTTGGGATGCTACTACCAAT 4073
Query 4203 TGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGATTAGGCATGGCACGTTTATTCTTT 4262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4074 TGGGAAGACATATTATCTCTTGGAGAGCAACAGAGACTAGGCATGGCACGTTTATTCTTT 4133
Query 4263 CACAGGCCGAAGTTTGGAGTCCTTGATGAATGCACAAATGCGACGAGTGTTGATGTTGAG 4322
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4134 CACAGACCGAAGTTTGGAGTCCTTGATGAATGCACAAATGCGACGAGTGTTGATGTTGAG 4193
Query 4323 GAACAGCTCTATAGAGTTGCACGAGACATGGGAGTCACTTTCATAACCTCATCACAACGG 4382
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4194 GAACAGCTCTATAGGGTTGCACGAGACATGGGCGTCACTTTCATAACCTCATCACAACGG 4253
Query 4383 CCGGCTCTGATCCCATTCCATTCCTTGGAGCTAAGGCTGATTGATGGAGAAGGAAACTGG 4442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4254 CCGGCTCTGATCCCATTCCATTCCTTGGAGCTAAGGCTGATTGATGGAGAAGGAAACTGG 4313
Query 4443 GAGCTCCGTTCGATCGAACAGACAACAGAGTGAACTCAGCAAAACATTTTTAGAAAGGTC 4502
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4314 GAGCTCCGTTCGATCGAACAGACAACAGAGTAAACTCAGCAAAACATTTA-AGAAAGGTC 4372
Query 4503 T--ATATAGTTGTTAAAGAAAAAAGTAATAAAGTTAAA-GCCATTAGACGATGCAAGCTA 4559
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4373 TCTATATAGTTCTTAAAGAAAAAAGTAATAAAGTTAAAAGCCATTAGACGATGCAAGCTA 4432
Query 4560 TATGGTATGTAGTATATGGATTCTTCCTC---GATCGCAAGGAGTGGAAGAGAATGCGTC 4616
||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4433 TATGGTATGTAGTTTATCGATTCTTCCTCCTCGATCGCAAGGAGTGGAAGAGAATGCGTC 4492
Query 4617 GATGCTAGTGCTTTTGTTAGAATTGGAGGATTTGATTTGATTCTAGATATATATAAATGT 4676
||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4493 GATGCTACTGCTTTTGTTAGATTTGGAGGATT-GATTTGATTCTAGATATATATAAATGT 4551
Query 4677 AGGCGATTGAATTGGTGGAGCATTTTGAGTTCTCCTATGGAGTATGGTCTTAGCTTTGAA 4736
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4552 AGGTGATTGAATTGGTGGAGCATTTTGAGTTCTCCTATGGAGTATGTTCTTAGCTTTGAA 4611
Query 4737 CAAACAAAGAATATAGTGATCACTCAAATAATGTACAGTTCGTTTCAATTTCCTTTGTTG 4796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 4612 GAAACAAAGAATATAGTGATCACTCAAATAATGTACAGTTCGTTTCTGTTTCCTCTGTTG 4671
Query 4797 GGATTAGTTT 4806
|||||| |||
Sbjct 4672 GGATTACTTT 4681
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 183399444287
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5