BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01020.1
Length=1799
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486868 jgi|Araly1|486868|fgenesh2_kg.6__2__AT5G01020.1 2894 0.0
> Ahg486868 jgi|Araly1|486868|fgenesh2_kg.6__2__AT5G01020.1
Length=1782
Score = 2894 bits (1567), Expect = 0.0
Identities = 1722/1793 (96%), Gaps = 25/1793 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 AAACTGTAAAGACAGAGAGAAGAGCACTCCCCAGTCTCAGTGGTGCGGTGAGGAGAGCTT 63
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 AAACTGTAAAGACAGAGAGAAGAGCACT-CCCAGTCCCAGTGGTGCGGTGAGGAGAGCTT 60
Query 64 CGTTGTCTTC-CCCATTGCAATTAGGGTTTTCAAAACGGGTAATCGAATTCGGTGGTGCT 122
|||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||
Sbjct 61 CGTTGTCTTCTCCGATTGCAATTAGGGTTTT---AA-----AATCG-ATTCCGTGGTGCT 111
Query 123 CGGCTTTGA-AATTGAGGATGAGATCCTTTCCACTTCCTTCTACCTGCTGACAATGGGCA 181
| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 112 CAGCTTTGAGAATTGAGAATGAGATCCTTTCCACTTCCTTCTAACTTCTGACAATGGGCA 171
Query 182 ACTGCGGTACTAGAGACGAGGCTGCCGTCTTCACTCCTCAAGCTCAAGCCCAACAGCTCC 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 ACTGCGGTACTAGAGACGAGGCTGCCGTCTTCACTCCTCAAGCTCAAGCCCAACAGCTCC 231
Query 242 AGAAGAAGCACTCCCGATCCGTCTCAGATCTGAGCGATCCATCCACTCCTCGCTTCCGAG 301
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 232 AGAAGAAGCACTCCCGCTCCGTCTCAGATCTGAGCGATCCATCCACTCCTCGCTTCCGGG 291
Query 302 ACGACTCTCGCACTCCTATTTCGTATGCCCAAGTCATCCCCTTTACTTTGTTTGAGCTTG 361
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 292 ACGACTCTCGCACTCCTCTTTCGTATGCCCAAGTCATCCCCTTCACTTTGTTTGAGCTTG 351
Query 362 AGACCATCACCAAGAGCTTCCGCCCAGATTATATACTCGGAGAAGGTGGTTTCGGTACCG 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 AGACCATCACCAAGAGCTTCCGCCCAGATTATATACTCGGAGAAGGTGGTTTCGGTACCG 411
Query 422 TCTACAAGGGTTACATTGATGACAATCTCCGCGTCGGCCTCAAGTCTCTCCCTGTTGCCG 481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 412 TCTACAAGGGTTACATTGATGACAATCTCCGCGTCGGCCTCAAGTCTCTCCCCGTTGCCG 471
Query 482 TCAAGGTCCTTAACAAGGAGGGACTCCAGGGTCACCGTGAATGGCTTACAGAGGTCAACT 541
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 TCAAGGTCCTAAACAAGGAGGGACTCCAGGGCCACCGTGAATGGCTTACAGAGGTCAACT 531
Query 542 TCCTCGGCCAACTCCGTCATCCCAACCTCGTCAAGCTTATTGGTTACTGCTGCGAGGACG 601
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 TCCTCGGCCAGCTCCGTCATCCCAACCTCGTCAAGCTTATTGGTTACTGCTGCGAGGACG 591
Query 602 ATCACCGATTACTTGTTTATGAGTTCATGCTGCGAGGCAGTCTTGAGAATCACCTATTTC 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 ATCACCGATTACTTGTTTATGAGTTCATGCTGCGAGGCAGTCTTGAGAATCACCTATTTC 651
Query 662 GAAAAACCACAGCTCCGCTATCTTGGTCTAGAAGGATGATGATTGCTCTTGGAGCTGCGA 721
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GAAAAACCACAGCTCCTCTATCTTGGTCTAGAAGGATGATGATTGCTCTTGGAGCTGCGA 711
Query 722 AAGGCCTTGCTTTCCTCCACAATGCTGAAAGACCGGTTATTTATAGGGATTTCAAGACTT 781
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 AAGGCCTTGCTTTCCTCCACAATGCTGAAAGACCAGTTATTTATAGGGATTTCAAGACTT 771
Query 782 CCAATATACTGCTTGACTCCGACTACACCGCCAAGCTTTCAGATTTTGGCTTAGCTAAAG 841
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CCAATATACTGCTTGACTCGGACTACACAGCCAAGCTTTCAGATTTTGGCTTAGCTAAAG 831
Query 842 CTGGACCCCAGGGTGATGAAACCCATGTATCAACTCGAGTTATGGGTACTTATGGCTATG 901
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 CTGGGCCCCAGGGTGACGAAACCCATGTATCAACTCGAGTTATGGGTACTTATGGCTATG 891
Query 902 CTGCCCCAGAATATGTGATGACTGGACACTTGACGGCCAGAAGTGATGTATACAGCTTTG 961
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 CTGCCCCAGAATATGTGATGACTGGACACCTGACGGCCAGAAGTGATGTATACAGCTTTG 951
Query 962 GAGTTGTTCTTCTAGAGATGTTGACAGGAAGAAAATCAGTGGATAAGACAAGACCTAGCA 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GAGTTGTTCTTCTAGAGATGTTGACAGGAAGAAAATCAGTGGATAAGACAAGACCTAGCA 1011
Query 1022 AAGAGCAGAACTTGGTTGATTGGGCTCGGCCAAAGCTGAATGATAAAAGAAAACTGCTGC 1081
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AAGAGCAGAACTTGGTTGATTGGGCTCGGCCGAAGCTGAATGATAAAAGAAAACTGCTGC 1071
Query 1082 AGATAATTGACCCAAGACTGGAGAACCAATACTCTGTCAGGGCAGCTCAGAAGGCATGCA 1141
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AAATAATTGACCCAAGACTGGAGAACCAATACTCTGTCAGGGCAGCTCAGAAGGCATGCA 1131
Query 1142 GCTTGGCGTATTATTGTCTTAGCCAGAACCCGAAAGCTAGGCCATTGATGAGCGATGTGG 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GCTTGGCGTATTATTGTCTTAGCCAGAACCCGAAAGCTAGGCCATTGATGAGCGATGTGG 1191
Query 1202 TTGAGACTTTGGAACCTTTGCAGTGTACTGGTGATGCCCTGATCCCTTGTGCAACTACTA 1261
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1192 TTGAGACTTTGGAACCTTTGCAGTGTACAGGTGATGCCCTGATCCCTGGTGCAACAACTG 1251
Query 1262 CAGCTGGAGCTGCATTTGCAATGGGAGGGGTGCCTGATTACAGAATGCACCGGAGGTTTG 1321
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CAGCTGGAGCTGCATTTGCTATGGGAGGGGTGCCTGATTACAGAATGCACCGGAGGTTTG 1311
Query 1322 CAAAGAACGTTGGGCCAGGTGCAATTTGCCGGTCACCCAATCCAAATTATTCACCGGGTG 1381
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 CAAAGAACGTTGGGCCAGGTGCGATTTGCAGGTCACCCAATCCAAATTATTCACCGGGTG 1371
Query 1382 GACCTGCAGCATGCAGAGTTCGGTGATTAGTGTCAAGTGTATATAATCCGTTTCGCTGTG 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1372 GACCTGCAGCATGCAGAGTTCGGTGATTAGTGTCAAGTGTACATAATCGGTTTCGCTGTG 1431
Query 1442 TCTCCTTTTCCGTAATTTCTCTCAGAGCCAA---A--CATCTGGTTGCTAAAAATCGTGG 1496
|||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1432 TCTCCTTTTCTGTAATTTCTCTCAGAGCCAAGCCAAACATCTGGTTGCTAAAAATCATGG 1491
Query 1497 ATGCACGTTGTTTTTGTTGTTGTTGATGCTGCTGTTTATTGCCACTTTACTGTGTTGATC 1556
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 ATGCACGTTGTTTTTGTTGTTGTTGAAGCTGCTGTTTATTGCCACTTTACTGTGTTGATC 1551
Query 1557 TGTCTAGAGTCTTGTATGATTATGAATGAGTGTGGTTCTTGTTTAATCCGCACTCTGATG 1616
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TGTCTAGAGTCTTGTATGATTATGAATGAGCGTGGTTCTTGTTTAATCCGCACTCTGATG 1611
Query 1617 CAGTATGCTTGTAGTAGTCGACACTTATTCACTCCAAGGTGAAtttttttt-GTGTAAGC 1675
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1612 CAGTGTGCTTGTAGTAGTCGACACTTATTCACTCCAAGGTGAATTTTTTTTTGTGTAAGC 1671
Query 1676 AGATA-TGGTTTTCTAACAAGTGGACATTCTCCAGCCAT-AATGGTTTGGTAGGGTTGCA 1733
|| || |||||||||||||||||| ||||| || |||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 1672 AG-TAATGGTTTTCTAACAAGTGGTCATTCCCCGGCCACGAA-GGTTTGGTAGTGTTGCA 1729
Query 1734 CAT--T-GTACTTACTGGGCGAAGAGAAGATAACATATCAATGAACAGTAGAC 1783
| | | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1730 CGTAGTAGTACTTACTGGGCGAAGAGAAGATAGCATATCAATGAACATTAGAC 1782
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67534004385
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5