BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01040.1
Length=2052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486975 jgi|Araly1|486975|fgenesh2_kg.6__109__AT5G01050.1 2702 0.0
Ahg472269 jgi|Araly1|472269|fgenesh2_kg.1__2223__AT5G01040.1 2558 0.0
> Ahg486975 jgi|Araly1|486975|fgenesh2_kg.6__109__AT5G01050.1
Length=1773
Score = 2702 bits (1463), Expect = 0.0
Identities = 1676/1779 (94%), Gaps = 14/1779 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 ATGCCTCGACTTCATCATTATCTCTCAAATCAAGCGTTCCTCGTCCTTCTTCTCTTCTCT 91
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Sbjct 1 ATGCCTCGACTTCATCATTATCTCCCAATTCAAACCTTCGTCGTTCTTCTTCTCTTCTCT 60
Query 92 TCCATTGCCTCAGCAGCTGTTGTCGAACATGTTCTCCACATCCAAGACGTCGTGGTGAAA 151
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Sbjct 61 TCCATTGCCTCAGCAGCTATTGTCGAACATGTCCTCCACGTCAAAGACGTCATGGTGAAA 120
Query 152 CCGTTATGCAAGGAGCAAATAATACCGGCAGCTAATGGAAGTCTTCCCGGCCCAACGATA 211
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Sbjct 121 CCGTTATGCAAGGAGCAAATGATACCAACAGTTAACGGAAGTTTTCCGGGTCCAACGATA 180
Query 212 AACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTAATGTCATTAACAACTCAACTTACAATGTA 271
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Sbjct 181 AACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTCATGTCATTAACAACTCAACTTACAACGTA 240
Query 272 ACCATCCACTGGCATGGAGTTTTCCAGTTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 331
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Sbjct 241 ACCATCCATTGGCATGGAGTTTTTCAGTTGAAGAGCGTATGGATGGACGGTGCGAATATG 300
Query 332 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAGGTTACAACTTCACATATCAATTTGATATCACTGGA 391
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Sbjct 301 ATAACTCAATGTCCGATTCAACCAAGTAACAACTTCACATATCAATTCGATATCACCGGA 360
Query 392 CAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTCTTCACGGG 451
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Sbjct 361 CAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTACGTGCCACTCTTCATGGG 420
Query 452 GCTCTAGTCATCCGTCCCCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTTCCTAAACCCTACAAGGAA 511
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Sbjct 421 GCTCTAGTCATCCGTCCTCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTTCCTAAACCCTACAAGGAA 480
Query 512 GTTCCTATCGTTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCCAATTACGGCCA 571
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Sbjct 481 GTTCCTATCATTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGACTTCTCGAATTACGGCCA 540
Query 572 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 631
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Sbjct 541 GCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGAGATTCATATCCTTGCTCT 600
Query 632 GAGAATAGAATGTTTAACCTCAAAGTTGTACAAGGAAAAACATACTTGCTAAGGATCGTA 691
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Sbjct 601 CAGAATAGAATGTTTAACCTCAAGGTTGTACACGGAAAAACATACTTGCTAAGGATTATA 660
Query 692 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTCACAGTTGTC 751
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Sbjct 661 AACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAATCACAACGTCACAGTTGTC 720
Query 752 GCTGTAGATGCTGTCTACTCGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACGCCGGGA 811
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Sbjct 721 GCTGTAGATGCTGTCTACACGACGCCGTACCTCACCGATGTGATGATCTTAACGCCGGGA 780
Query 812 CAGACCGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGGCCATTGGAAAGTACTACATGGCCACC 871
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Sbjct 781 CAAACTGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGCCCATTGGAATGTACTACATGGCCACC 840
Query 872 CTCCCTTACATTAGTGCCATTGGGATACCA--A-CCCCCGACATCAAACCCACCAGAGGC 928
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Sbjct 841 ATCCCTTACTTTAGTGCCATCGGGATACCAGCATCCCCCGACATCAAACCCACCAGAGGA 900
Query 929 TTAATCGTCTACCAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGCGGAGCCGTTGATGCCTG-T 987
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Sbjct 901 TTAATCGTCTACGAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGTGAAGCCGTTGATGCCTGCT 960
Query 988 GCCGAATGACAT-GTCCACCGCTCATAGGTTCACCTCAAACATCACTAGCCTCGTTGGTG 1046
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Sbjct 961 -ACGACTGACATAG-CCACCTCTCATAGGTTCTCCTCGAACATCACTAGCCTCGTGGGTG 1018
Query 1047 GACCACACTGGACA-CCAGTCCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACCATGGGG 1105
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Sbjct 1019 GACCACACTGGA-AGCCAGTGCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTCATAACCATGGGG 1077
Query 1106 CTTGGCTTAGACCCATGTCCAGCGGGCACCAAGTGTATTGGACCGTTAGGTCAAAGGTAT 1165
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Sbjct 1078 CTTGGCTTAGACCCATGTCCTTCGGGTACCAAGTGTATTGGACCGTTGGGTCAAAGGTAT 1137
Query 1166 GCTGGTTCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATCCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCT 1225
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCTGGATCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATTCCGGAGAGAATCTCTATGCAAGAGGCT 1197
Query 1226 TATTTTTACAACATTAGTGGCA-TCTACACCGACGATTTTCCCAACCAACCACCGCTTAA 1284
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Sbjct 1198 TATTTTTACAACATTAGTGG-AGTCTACACCGAAGATTTTCCCGACCAACCACCGGTTAA 1256
Query 1285 ATTTGATTACACAAAATTCGAACAACGTACCAATAATGACATGAAGATGATGTTTCCGGA 1344
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Sbjct 1257 ATTTGATTACACAAAATTCCAACAGCGTACGAATTCTGACATGAAGATGATGTTTCCGGA 1316
Query 1345 AAGAAAGACTAGCGTCAAGAA-AATTAGATTTAATTCTACAGTCGAGATCGTTTTGCAGA 1403
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Sbjct 1317 AAGAAAGACTAGCGTCAA-AACAATTAGATTTAATTCAACAGTCGAGATTGTTTTGCAAA 1375
Query 1404 ACACGGCTATAATCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTCCACGGTTTCAACTTCTATG 1463
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Sbjct 1376 ACACGGCTATTCTCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTTCACGGCTTCAACTTCTATG 1435
Query 1464 TGTTAGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTTAATCTAT 1523
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Sbjct 1436 TTTTGGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAAGCTAAATCTAT 1495
Query 1524 TTAACCCGCAAATGCATAATACCGTTGGTGTACCACCAGGCGGATGGGTTGTCCTCAGAT 1583
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Sbjct 1496 TTAACCCACAGATGCACAATACCGTTGGTGTACCACCAGGTGGATGGGTTGTCCTCAGAT 1555
Query 1584 TTATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCAT 1643
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Sbjct 1556 TTATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGCACATTTACCAT 1615
Query 1644 ACGGGATTATGAGTGCTTTCATAGTTCAAAACGGGCCAACTCCGGAAACGAGCTTGCCAT 1703
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Sbjct 1616 ACGGGATTATGAATGCTTTCATAGTTCAAAATGGGCCAACTCCGGAAACGAGCTTGCCAT 1675
Query 1704 CTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGGGATCCTACGATCTATGACTCTCGGACGA 1763
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Sbjct 1676 CTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGTGATCCTACGATCTATGACTCTCGGACGA 1735
Query 1764 CTAACATTGATTTGTCTTACTAAAAGTAATTTAGGTTCG 1802
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Sbjct 1736 CTAACACTGATTTGTCTTACTAAAAGCAACT-AGGTTCG 1773
> Ahg472269 jgi|Araly1|472269|fgenesh2_kg.1__2223__AT5G01040.1
Length=1895
Score = 2558 bits (1385), Expect = 0.0
Identities = 1651/1781 (93%), Gaps = 11/1781 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 TATCCTTACATTAACAATGCCTCGACTTCATCATTATCTCTCAAATCAAGCGTTCCTCGT 75
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Sbjct 1 TATCTTTACATCAACAATGCCTCGACTTCATCATTATCTCCCAAATCAAGCCTTCCTCGT 60
Query 76 CCTTCTTCTCTTCTCTTCCATTGCCTCAGCAGCTGTTGTCGAACATGTTCTCCACA-TCC 134
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Sbjct 61 CTTTTTTCTCTTCTCTTCCATTGCCTCAGCAGCTACTGTCGAACATGTTTTCCA-AGTCA 119
Query 135 AAGACGTCGTGGTGAAACCGTTATGCAAGGAGCAAATAATACCGGCAGCTAATGGAAGTC 194
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Sbjct 120 AAGACGTCATGGTGAAACCGTTATGCAAGGAACAAATGATACCGGCAGTTAATGGAAATC 179
Query 195 TTCCCGGCCCAACGATAAACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTAATGTCATTAACA 254
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Sbjct 180 TTCCCGGTCCAACGATCAACGTTAGAGAAGGCGACACTCTTGTGGTTCATGTCATCAACA 239
Query 255 ACTCAACTTACAATGTAACCATCCACTGGCATGGAGTTTTCCAGTTGAAGAGCGTATGGA 314
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Sbjct 240 ACTCAACTTATAATGTAACCATCCACTGGCATGGAGTTTTTCAGCTGAAGAGCGTATGGA 299
Query 315 TGGACGGTGCGAATATGATAACTCAATGTCCGATTCAACC-AGGTTACAACTTCACATAT 373
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Sbjct 300 TGGACGGTGCAAATATGATAACTCAATGTCCGATTCAACCTA-GTTACAACTTCACATAT 358
Query 374 CAATTTGATATCACTGGACAAGAAGGTACATTGTTATGGCACGCACACGTCGTTAATCTA 433
||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 359 CAATTCGATATTACCGGTCAAGAAGGTACATTGTTGTGGCATGCACACGTCGTTAATCTA 418
Query 434 CGTGCCACTCTTCACGGGGCTCTAGTCATCCGTCCCCGATCCGGCCGTCCTTACCCTTTT 493
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Sbjct 419 CGAGCCACTCTTCACGGGGCTCTACTCATCCGTCCCCGATCCGGCCGTCCTTATCCTTTT 478
Query 494 CCTAAACCCTACAAGGAAGTTCCTATCGTTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGA 553
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Sbjct 479 CCTAAACCCTACGAGGAAGTTCCTCTCATTTTTCAACAATGGTGGGACACAGATGTTAGA 538
Query 554 CTTCTCCAATTACGGCCAGCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATCAATGGCCTCGCCGGA 613
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Sbjct 539 CTTCTCGAAATACGGCCAGCTCCGGTTTCTGATGCTTACCTCATGAATGGCCTCGCTGGA 598
Query 614 GATTCATATCCTTGCTCTGAGAATAGAATGTTTAACCTCAAAGTTGTACAAGGAAAAACA 673
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Sbjct 599 GATTCATATCCTTGCTCTAAGAATAGAATGTTTAACCTCAAGGTAGTACAAGGCAAAACA 658
Query 674 TACTTGCTAAGGATCGTAAACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAAT 733
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Sbjct 659 TACTTGCTAAGGATTATAAACGCAGCACTCAACACTCACCTCTTCTTCAAAATAGCCAAT 718
Query 734 CACAACGTCACAGTTGTCGCTGTAGATGCTGTCTACTCGACGCCGTACCTCACCGATGTG 793
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Sbjct 719 CACAACGTCACAGTTGTCGCTGTAGATGCTGTCTACACGACACCGTACCTAACCGATGTG 778
Query 794 ATGATCTTAACGCCGGGACAGACCGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGGCCATTGGA 853
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Sbjct 779 ATGATCTTAACCCCGGGACAAACCGTTGACGCACTTCTCACCGCCGACCAGCCCATTGGA 838
Query 854 AAGTACTACATGGCCACCCTCCCTTACATTAGTGCCATTGGGATACCAACCCCCGACATC 913
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Sbjct 839 AAGTACTACATGGCCACCATCCCTTACATTAGTGCCATTGGGATACCGACCCCTGATACC 898
Query 914 AAACCCACCAGAGGCTTAATCGTCTACCAGGGTGCCACGTCATCATCATCGCCAGCGGAG 973
|| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || | | ||
Sbjct 899 AACCCCACCAGAGGCTTAATCGTCTACGAGGGTGCCACGTCATCATCG-C-CC-GTGAAG 955
Query 974 CCGTTGATGCCTGTGCCGAATGACATGTCCACCGCTCATAGGTTCACCTCAAACATCACT 1033
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Sbjct 956 CCGTTGATGCCTGCGCCGAATGACATACCCACCGCTCATAGGTTCTCATCAAACATCACT 1015
Query 1034 AGCCTCGTTGGTGGACCACACTGGACACCAGTCCCTCGTCACGTGGACGAGAAGATGTTC 1093
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Sbjct 1016 AGCCTCGTGGGTGGACCACACTGGACACCAGTGCCTCGCCATATAGACGAGAAGATGTTC 1075
Query 1094 ATAACCATGGGGCTTGGCTTAGACCCATGTCCAGCGGGCACCAAGTGTATTGGACCGTTA 1153
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Sbjct 1076 ATAACGATGGGGCTTGGCTTAGACCCATGTCCTTCGGACATCAAATGTATTGGACCGTTA 1135
Query 1154 GGTCAAAGGTATGCTGGTTCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATCCCGGAGAGAATCTCT 1213
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GGTCAAAGATATGCTGGTTCTCTCAACAACCGCACTTTTATGATCCCGGAGAGAATCTCT 1195
Query 1214 ATGCAAGAGGCTTATTTTTACAACATTAGTGGCA-TCTACACCGACGATTTTCCCAACCA 1272
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 ATGCAAGAGGCTTATTTTTACAACATTACTGG-AGTCTACACCGACGATTTTCCCAACCA 1254
Query 1273 ACCACCGCTTAAATTTGATTACACAAAATTCGAACAACGTACCAATAATGACATGAAGAT 1332
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Sbjct 1255 ACCACCGGTTAAATTTGATTACACAAGATTCGAACAGCGTACCAATTCTGACTTCAAGAT 1314
Query 1333 GATGTTTCCGGAAAGAAAGACTAGCGTCAAGAAAATTAGATTTAATTCTACAGTCGAGAT 1392
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GATGTTTCCGGAAAGAAAGACTAGCGTCAAGACAATTAGGTGTAATTCTACAGTCGAGAT 1374
Query 1393 CGTTTTGCAGAACACGGCTATAATCTCCCCGGAGAGCCACCCCATGCACCTCCACGGTTT 1452
||||||||| ||||| || ||| || || ||||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 1375 CGTTTTGCAAAACACCGCGATACTCACCAGGGAGAGCCACCCCATGCACCTTCATGGCTT 1434
Query 1453 CAACTTCTATGTGTTAGGTTATGGATTTGGTAACTATGATCCTATTCGTGATGCAAGAAA 1512
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Sbjct 1435 CAACTTCTATGTGTTGGGTTATGGATTTGGTAACTACGATCCTGTCCGTGATGCAAGAAA 1494
Query 1513 GCTTAATCTATTTAACCCGCAAATGCATAATACCGTTGGTGTACCACCAGGCGGATGGGT 1572
||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1495 GCTAAATCTATTTAACCCACAAATGCGTAATACCGTTGGTGTACCACCAGGTGGATGGGT 1554
Query 1573 TGTCCTCAGATTTATCGCTAATAATCCTGGTGTATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGC 1632
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TGTCCTCAGATTTATCGCTAATAATCCTGGTATATGGCTGTTCCATTGTCACATGGATGC 1614
Query 1633 ACATTTACCATACGGGATTATGAGTG-CTTTCATAGTTCAAAACGGGCCAACTCCGGAAA 1691
|||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1615 TCATTTACCATACGGAATTATGA-TGGCTTTCATAGTTCAAAATGGGCCAACTCCAGAAA 1673
Query 1692 CGAGCTTGCCATCTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTCGGGATCCTACGATCTATG 1751
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Sbjct 1674 CGAGCTTGCCATCTCCACCGTCGAATCTTCCGCAATGCACTAGGGATCCTAGGATCTATG 1733
Query 1752 ACTCTCGGACGACTAACATTGATTTGTCTTACTAAAAGTAA 1792
|||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 ACTCTCCGATGACTAATGTTGATTTGTCTTACTAAAAGTAA 1774
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77170836370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5