BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01270.2
Length=2790
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486948 jgi|Araly1|486948|fgenesh2_kg.6__82__AT5G01270.1 3995 0.0
> Ahg486948 jgi|Araly1|486948|fgenesh2_kg.6__82__AT5G01270.1
Length=2759
Score = 3995 bits (2163), Expect = 0.0
Identities = 2375/2476 (96%), Gaps = 20/2476 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AAACCCTCATTT-GCGGAGAAAAATCACAGAGAAAAGTAGCGAAGTTTGAGAGAAATTGA 78
|||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1 AAACCCTC-TTTAGCGGAGAGAAATCACAAAGAAAAGTAGC-----------GAAATTGA 48
Query 79 ATCTGCAGATTCTCTCACGCATTTTCCCAGAAACTGTTTATCTTCACTACCTGATTCGTC 138
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 49 ATCTGCAGATTTTCTCACGCATTTTCCCAGAAACTG-TTATCTTCACTACCTGATTCGTT 107
Query 139 CTTCAGAAGTGTGAATTGAACGAATTCACGATGAATCGTTTGGGTCATAAATCCGTGGTT 198
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 108 CTTCAGAAGTCTGAATTGAACGAATTTACGATGAGTCGTTTAGGTCATAAATCCGTGGTT 167
Query 199 TATCACGGAGATTTACGTTTGGGGGAACTTGATGTGAACCATGTATCTTCAAGTCATGAA 258
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 168 TATCACGGAGATTTGCGTTTGGGGGAACTTGATGTGAACCATGTATCTTCAAGTCATGAA 227
Query 259 TTTCGATTCCCGAACGATGAGATTCGAATCCACCATCTATCTCCGGCTGGTGAGAGATGT 318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 TTTCGATTCCCGAACGATGAGATTCGAATCCACCATCTATCTCCGGCTGGTGAGAGATGT 287
Query 319 CCTCCGCTCGCGATTCTTCAGACGATTGCTTCTTTTGCCGTTCGATGCAAGCTTGAGTCA 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 288 CCTCCGCTCGCGATTCTTCAGACGATTGCTTCTTTTGCCGTTAGATGCAAGCTTGAGTCA 347
Query 379 TCGGCTCCGGTGAAATCTCAAGAGTTAATGCATCTACACGCAGTCTGTTTCCATGAATTG 438
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TCGGCTCCGGTCAAACCTCAAGAGTTAATGCATCTACACGCAGTCTGTTTCCATGAATTG 407
Query 439 AAGACTGCAGTGGTTATGCTCGGAGATGAGGAGATTCATTTAGTGGCGATGCCGAGTAAG 498
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 AAGACTGCTGTGGTTTTGCTCGGAGATGAGGAGATTCATTTAGTGGCGATGCCGAGTAAG 467
Query 499 GAGAAGAAGTTCCCGTGTTTTTGGTGTTTTTCGGTTCCTTCAGGTCTTTATGATTCGTGC 558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 468 GAGAAGAAGTTCCCGTGTTTTTGGTGTTTTTCGGTTCCTTCAGGTCTTTATGATTCCTGT 527
Query 559 TTAAGGATGCTTAATACTCGGTGTTTGTCTATTGTGTTTGATTTGGATGAGACTTTGATT 618
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 528 TTAAGGATGCTTAATACTCGGTGTTTGTCAATTGTGTTTGATCTGGATGAGACTTTGATT 587
Query 619 GTTGCAAATACTATGAAGTCATTTGAGGATAGAATCGAGGCTCTTAAATCTTGGATTTCA 678
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 GTTGCAAATACCATGAAGTCATTTGAGGATAGAATCGAGGCTCTTAAATCTTGGATTTCA 647
Query 679 CGTGAGATGGATCCTGTGAGGATTAATGGGATGTCAGCAGAACTTAAAAGGTATATGGAT 738
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 648 CGAGAGATGGATCCTGTGAGGATTAATGGAATGTCAGCAGAACTTAAAAGGTATATGGAT 707
Query 739 GATAGGATGCTGCTGAAGCAGTATATTGATAATGACTATGCTTTTGATAACGGAGTTTTG 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 708 GATAGGATGCTGCTGAAGCAGTATATTGATAATGACTATGCATTTGATAACGGAGTTTTG 767
Query 799 TTAAAGGCTCAACCTGAGGAAGTCCGCCCAACTTCTGATGGACAAGAGAAAGTTTGTAGA 858
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 768 TTAAAGGCTCAACCTGAGGAGGTCCGCCCAACTTCTGATGGACTCGAGAAAGTTTATAGA 827
Query 859 CCCGTGATTAGATTGCCGGAGAAGAATACTGTGCTTACTCGGATTAAGCCAGAGATCCGT 918
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 828 CCCGTGATTAGATTGCCGGAAAAGAATACTGTGCTTACTCGAATTAATCCAGAGATCCGT 887
Query 919 GACACTAGTGTGCTTGTAAAACTGAGACCAGCATGGGAGGAGTTAAGAAGTTATTTGACA 978
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 888 GACACTAGTGTGCTTGTAAAACTGAGACCAGCGTGGGAGGAGTTGAGAAGTTATTTGACA 947
Query 979 GCCAAAACTAGGAAACGTTTTGAAGTTTACGTTTGTACCATGGCTGAAAGGGATTATGCT 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 GCCAAAACTAGGAAACGTTTTGAAGTTTACGTTTGTACCATGGCTGAAAGGGATTATGCT 1007
Query 1039 CTGGAAATGTGGAGACTGCTTGATCCGGAAGCACACTTGATAAGTCTCAAGGAGCTTCGA 1098
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 CTGGAAATGTGGAGACTACTTGATCCTGAAGCACACTTGATAAGTCTCAAGGAGCTTCGA 1067
Query 1099 GATCGTATCGTCTGCGTAAAACCAGACGCCAAGAAATCGTTGTTAAGTGTCTTCAATGGT 1158
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1068 GATCGTATTGTCTGCGTTAAACCAGACGCCAAGAAATCGTTGTTAAGTGTTTTCAATGGT 1127
Query 1159 GGCATTTGCCACCCGAAAATGGCAATGGTCATTGATGACCGTATGAAGGTTTGGGAGGAC 1218
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1128 GGCATATGCCACCCGAAAATGGCAATGGTCATTGATGACCGTATTAAGGTTTGGGAGGAC 1187
Query 1219 AAGGATCAACCACGGGTTCATGTTGTTTCTGCATATCTTCCTTATTATGCTCCACAAGCA 1278
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 AAGGATCAACCACGGGTTCATGTTGTTCCTGCATATCTTCCTTATTATGCTCCACAAGCA 1247
Query 1279 GAGACAGCCCTTGTCGTTCCACAT-CTCTGCGTAGCAAGAAATGTTGCATGCAATGTCAG 1337
||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1248 GAGGCATCCCTTCTCGTTCCA-ATTCTCTGCGTAGCAAGAAATGTTGCTTGCAATGTCAG 1306
Query 1338 AGGTTACTTTTTCAAGGAATTTGATGAGAGTTTAATGAGTAGTATATCTTTGGTTTACTA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 AGGTTACTTTTTCAAGGAATTTGATGAGAGTTTAATGAGTAGTATATCTTTGGTTTACTA 1366
Query 1398 TGAAGATGATGTGGAAAATTTACCTCCATCACCGGATGTGAGCAACTACGTCGTTATAGA 1457
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1367 TGAAGATGATGTGGAAAATTTACCTCCATCACCAGATGTGAGCAACTATGTCGTTATAGA 1426
Query 1458 GGATCCTGGCTTTGCTTCAAATGGAAACATAAATGCTCCTCCAATTAACGAAGGAATGTG 1517
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1427 GGATCCTGGCTTTGCCTCAAATGGAAACATAAATGCTCCTCCAATGACCGAAGGAATGTG 1486
Query 1518 TGGGGGTGAAGTGGAACGAAGACTAAACCAAGCGGCTGCAGCTGATCATTCTACTCTTCC 1577
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 TGGGGGTGAAGTGGAACGCAGACTAAACCAATCGGCTGCAGCTGATCATTCTACTCTTCC 1546
Query 1578 TGCAACAAGTAACGCTGAGCAGAAACCTGAAACCCCTAAGCCGCAGATAGCAGTTATACC 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1547 TGCAACAAGTAACGCTGAGCAGAAACCTGAAACCCCTAAGCCGCAGATAGCAGTTATACC 1606
Query 1638 AAATAATGCAAGCACGGCAACTGCAGCAGCACTGTTACCTTCTCATAAACCTAGTTTGCT 1697
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1607 AAATAACGCAAGCACGGCAACTGCAGCAGCACTGTTACCTTCGCATAAACCTAGTTTGCT 1666
Query 1698 TGGAGCTCCTAGGCGGGATGGCTTCACTTTTTCTGATGGTGGAAGACCCCTTATGATGAG 1757
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 TGGAGCTCCTAGACGGGATGGCGTCACTTTTTCTGATGGTGGAAGACCCCTTATGATGAG 1726
Query 1758 GCCTGGTGTAGATATAAGGAACCAAAACTTTAATCAACCCCCCATTCTGGCTAAAATTCC 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 GCCTGGTGTAGATATAAGGAACCAAAACTTTAATCAACCGCCCATTCTGGCTAAAATTCC 1786
Query 1818 TATGCAGCCACCTTCCTCGTCTATGCATTCTCCGGGTGGTTGGTTGGTAGATGATGAGAA 1877
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 TATGCAGCCACCTTCCTCTTCTATGCATTCTCAGGGTGGTTGGTTGGTAGATGATGAGAA 1846
Query 1878 TAGACCTTCTTTTCCTGGTCGGCCTTCAGGACTTTATCCAAGTCAATTTCCTCATGGAAC 1937
|||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 TAGACCATCTTTTCCTGGTCGACCTTCAGGAATTTATCCAAGTCAATTTCCTCATGGAAT 1906
Query 1938 ACCAGGTTCTGCTCCTGTTGGTCCATTTGCACATCCATCCCACTTGAGGAGTGAAGAGGT 1997
|||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1907 ACCAGGTTATGCTCCTGTTGGTTCATTCGCACACCCATCCCACCTGAGGAGTGAAGAGGT 1966
Query 1998 AGCAATGGATGATGACCTGAAAAGGCAAAATCCTTCACGTCAAACAACAGAAGGTGGAAT 2057
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1967 ATCAATGGATGATGACCTGAAAAGGCAAAATCTTTCACGTCAAACAACAGAAGGTGGATT 2026
Query 2058 ATCCCAGAATCATTTGGTGTCAAATGGTAGAGAACATCATACAGATGGTGGAAAGAGTAA 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 ATCCCAGAATCATTTGGTGTCAAATGGTAGAGAACATCATACAGATGGTGGAAAGAGTAA 2086
Query 2118 TGGCGGGCAATCTCATTTATTTGTGAGTGCACTGCAAGAAATTGGAAGAAGATGTGGTTC 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 TGGCGGGCAATCTCATTTATTTGTGAGTGCACTACAAGAAATTGGAAGAAGATGTGGTTC 2146
Query 2178 AAAGGTGGAGTTTAGGACTGTGATAAGTACCAACAAAGAGTTACAGTTTTCAGTTGAGGT 2237
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 AAAGGTGGAGTATAGGACTGTGATAAGTACCAACAAAGAGTTACAGTTTTCAGTTGAGGT 2206
Query 2238 GTTGTTCACGGGTGAGAAGATAGGCATTGGGATGGCAAAAACTAAGAAAGATGCACATCA 2297
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 TTTGTTCACGGGTGAGAAGATAGGCATTGGGATGGGAAAAACTAAGAAAGATGCACATCA 2266
Query 2298 ACAAGCGGCTGAGAATGCTCTTCGAAGTTTGGCTGAAAAGTATGTTGCACATGTGGCACC 2357
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 ACAAGCGGCCGAGAATGCTCTTCGAAGTTTGGCTGAAAATTATGTTGCACATGTGGCACC 2326
Query 2358 TCTAGCTAGAGAAACAGAGAAAGGTCCGGAAAATGATAATGGATTTTTGTGGGAAAGCAG 2417
|||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 TCTATCTAGAGAAACAGCGAAAGATCCGGAAAATGATAATGGATTTTTGTGGGAAAGCAG 2386
Query 2418 TGAAGATGTATCAAACAAAGGACTTGAAGAGGAAGCGCCTAAAGAAAACATTTCAGAGTT 2477
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2387 TGAAGATGGATCAAACAAAGGACTTGTAGAGGAAGCACCTAAAGAAAACATTTCAGAGTT 2446
Query 2478 ---AGTTTTG-AGAAA 2489
||||||| |||||
Sbjct 2447 GTGAGTTTTGCAGAAA 2462
Score = 124 bits (67), Expect = 3e-27
Identities = 87/96 (91%), Gaps = 4/96 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2478 AGTTTTGAGAAAGTGAGTATGAAACCTTGCACCCAAGGCTCCACCT-C---AATTAGGCT 2533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2664 AGTTTTGAGAAAGTGAGTATGAAACCTTGCACCCAAGGCTCCACCCACCTGAATTAGGCT 2723
Query 2534 TTGTCTTGTGTATAGTGATTGTATATTTGTAGTCTA 2569
|||| || |||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2724 TTGTGTTATGTATAGTGATTGTATATTTTTCGTCTA 2759
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105281437180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5