BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G01270.2 Length=2790 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg486948 jgi|Araly1|486948|fgenesh2_kg.6__82__AT5G01270.1 3995 0.0 > Ahg486948 jgi|Araly1|486948|fgenesh2_kg.6__82__AT5G01270.1 Length=2759 Score = 3995 bits (2163), Expect = 0.0 Identities = 2375/2476 (96%), Gaps = 20/2476 (1%) Strand=Plus/Plus Query 20 AAACCCTCATTT-GCGGAGAAAAATCACAGAGAAAAGTAGCGAAGTTTGAGAGAAATTGA 78 |||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| Sbjct 1 AAACCCTC-TTTAGCGGAGAGAAATCACAAAGAAAAGTAGC-----------GAAATTGA 48 Query 79 ATCTGCAGATTCTCTCACGCATTTTCCCAGAAACTGTTTATCTTCACTACCTGATTCGTC 138 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 49 ATCTGCAGATTTTCTCACGCATTTTCCCAGAAACTG-TTATCTTCACTACCTGATTCGTT 107 Query 139 CTTCAGAAGTGTGAATTGAACGAATTCACGATGAATCGTTTGGGTCATAAATCCGTGGTT 198 |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| Sbjct 108 CTTCAGAAGTCTGAATTGAACGAATTTACGATGAGTCGTTTAGGTCATAAATCCGTGGTT 167 Query 199 TATCACGGAGATTTACGTTTGGGGGAACTTGATGTGAACCATGTATCTTCAAGTCATGAA 258 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 168 TATCACGGAGATTTGCGTTTGGGGGAACTTGATGTGAACCATGTATCTTCAAGTCATGAA 227 Query 259 TTTCGATTCCCGAACGATGAGATTCGAATCCACCATCTATCTCCGGCTGGTGAGAGATGT 318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 228 TTTCGATTCCCGAACGATGAGATTCGAATCCACCATCTATCTCCGGCTGGTGAGAGATGT 287 Query 319 CCTCCGCTCGCGATTCTTCAGACGATTGCTTCTTTTGCCGTTCGATGCAAGCTTGAGTCA 378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 288 CCTCCGCTCGCGATTCTTCAGACGATTGCTTCTTTTGCCGTTAGATGCAAGCTTGAGTCA 347 Query 379 TCGGCTCCGGTGAAATCTCAAGAGTTAATGCATCTACACGCAGTCTGTTTCCATGAATTG 438 ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 348 TCGGCTCCGGTCAAACCTCAAGAGTTAATGCATCTACACGCAGTCTGTTTCCATGAATTG 407 Query 439 AAGACTGCAGTGGTTATGCTCGGAGATGAGGAGATTCATTTAGTGGCGATGCCGAGTAAG 498 |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 408 AAGACTGCTGTGGTTTTGCTCGGAGATGAGGAGATTCATTTAGTGGCGATGCCGAGTAAG 467 Query 499 GAGAAGAAGTTCCCGTGTTTTTGGTGTTTTTCGGTTCCTTCAGGTCTTTATGATTCGTGC 558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 468 GAGAAGAAGTTCCCGTGTTTTTGGTGTTTTTCGGTTCCTTCAGGTCTTTATGATTCCTGT 527 Query 559 TTAAGGATGCTTAATACTCGGTGTTTGTCTATTGTGTTTGATTTGGATGAGACTTTGATT 618 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 528 TTAAGGATGCTTAATACTCGGTGTTTGTCAATTGTGTTTGATCTGGATGAGACTTTGATT 587 Query 619 GTTGCAAATACTATGAAGTCATTTGAGGATAGAATCGAGGCTCTTAAATCTTGGATTTCA 678 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 588 GTTGCAAATACCATGAAGTCATTTGAGGATAGAATCGAGGCTCTTAAATCTTGGATTTCA 647 Query 679 CGTGAGATGGATCCTGTGAGGATTAATGGGATGTCAGCAGAACTTAAAAGGTATATGGAT 738 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 648 CGAGAGATGGATCCTGTGAGGATTAATGGAATGTCAGCAGAACTTAAAAGGTATATGGAT 707 Query 739 GATAGGATGCTGCTGAAGCAGTATATTGATAATGACTATGCTTTTGATAACGGAGTTTTG 798 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 708 GATAGGATGCTGCTGAAGCAGTATATTGATAATGACTATGCATTTGATAACGGAGTTTTG 767 Query 799 TTAAAGGCTCAACCTGAGGAAGTCCGCCCAACTTCTGATGGACAAGAGAAAGTTTGTAGA 858 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 768 TTAAAGGCTCAACCTGAGGAGGTCCGCCCAACTTCTGATGGACTCGAGAAAGTTTATAGA 827 Query 859 CCCGTGATTAGATTGCCGGAGAAGAATACTGTGCTTACTCGGATTAAGCCAGAGATCCGT 918 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 828 CCCGTGATTAGATTGCCGGAAAAGAATACTGTGCTTACTCGAATTAATCCAGAGATCCGT 887 Query 919 GACACTAGTGTGCTTGTAAAACTGAGACCAGCATGGGAGGAGTTAAGAAGTTATTTGACA 978 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 888 GACACTAGTGTGCTTGTAAAACTGAGACCAGCGTGGGAGGAGTTGAGAAGTTATTTGACA 947 Query 979 GCCAAAACTAGGAAACGTTTTGAAGTTTACGTTTGTACCATGGCTGAAAGGGATTATGCT 1038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 948 GCCAAAACTAGGAAACGTTTTGAAGTTTACGTTTGTACCATGGCTGAAAGGGATTATGCT 1007 Query 1039 CTGGAAATGTGGAGACTGCTTGATCCGGAAGCACACTTGATAAGTCTCAAGGAGCTTCGA 1098 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1008 CTGGAAATGTGGAGACTACTTGATCCTGAAGCACACTTGATAAGTCTCAAGGAGCTTCGA 1067 Query 1099 GATCGTATCGTCTGCGTAAAACCAGACGCCAAGAAATCGTTGTTAAGTGTCTTCAATGGT 1158 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1068 GATCGTATTGTCTGCGTTAAACCAGACGCCAAGAAATCGTTGTTAAGTGTTTTCAATGGT 1127 Query 1159 GGCATTTGCCACCCGAAAATGGCAATGGTCATTGATGACCGTATGAAGGTTTGGGAGGAC 1218 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1128 GGCATATGCCACCCGAAAATGGCAATGGTCATTGATGACCGTATTAAGGTTTGGGAGGAC 1187 Query 1219 AAGGATCAACCACGGGTTCATGTTGTTTCTGCATATCTTCCTTATTATGCTCCACAAGCA 1278 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1188 AAGGATCAACCACGGGTTCATGTTGTTCCTGCATATCTTCCTTATTATGCTCCACAAGCA 1247 Query 1279 GAGACAGCCCTTGTCGTTCCACAT-CTCTGCGTAGCAAGAAATGTTGCATGCAATGTCAG 1337 ||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1248 GAGGCATCCCTTCTCGTTCCA-ATTCTCTGCGTAGCAAGAAATGTTGCTTGCAATGTCAG 1306 Query 1338 AGGTTACTTTTTCAAGGAATTTGATGAGAGTTTAATGAGTAGTATATCTTTGGTTTACTA 1397 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1307 AGGTTACTTTTTCAAGGAATTTGATGAGAGTTTAATGAGTAGTATATCTTTGGTTTACTA 1366 Query 1398 TGAAGATGATGTGGAAAATTTACCTCCATCACCGGATGTGAGCAACTACGTCGTTATAGA 1457 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1367 TGAAGATGATGTGGAAAATTTACCTCCATCACCAGATGTGAGCAACTATGTCGTTATAGA 1426 Query 1458 GGATCCTGGCTTTGCTTCAAATGGAAACATAAATGCTCCTCCAATTAACGAAGGAATGTG 1517 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 1427 GGATCCTGGCTTTGCCTCAAATGGAAACATAAATGCTCCTCCAATGACCGAAGGAATGTG 1486 Query 1518 TGGGGGTGAAGTGGAACGAAGACTAAACCAAGCGGCTGCAGCTGATCATTCTACTCTTCC 1577 |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1487 TGGGGGTGAAGTGGAACGCAGACTAAACCAATCGGCTGCAGCTGATCATTCTACTCTTCC 1546 Query 1578 TGCAACAAGTAACGCTGAGCAGAAACCTGAAACCCCTAAGCCGCAGATAGCAGTTATACC 1637 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1547 TGCAACAAGTAACGCTGAGCAGAAACCTGAAACCCCTAAGCCGCAGATAGCAGTTATACC 1606 Query 1638 AAATAATGCAAGCACGGCAACTGCAGCAGCACTGTTACCTTCTCATAAACCTAGTTTGCT 1697 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1607 AAATAACGCAAGCACGGCAACTGCAGCAGCACTGTTACCTTCGCATAAACCTAGTTTGCT 1666 Query 1698 TGGAGCTCCTAGGCGGGATGGCTTCACTTTTTCTGATGGTGGAAGACCCCTTATGATGAG 1757 |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1667 TGGAGCTCCTAGACGGGATGGCGTCACTTTTTCTGATGGTGGAAGACCCCTTATGATGAG 1726 Query 1758 GCCTGGTGTAGATATAAGGAACCAAAACTTTAATCAACCCCCCATTCTGGCTAAAATTCC 1817 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1727 GCCTGGTGTAGATATAAGGAACCAAAACTTTAATCAACCGCCCATTCTGGCTAAAATTCC 1786 Query 1818 TATGCAGCCACCTTCCTCGTCTATGCATTCTCCGGGTGGTTGGTTGGTAGATGATGAGAA 1877 |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1787 TATGCAGCCACCTTCCTCTTCTATGCATTCTCAGGGTGGTTGGTTGGTAGATGATGAGAA 1846 Query 1878 TAGACCTTCTTTTCCTGGTCGGCCTTCAGGACTTTATCCAAGTCAATTTCCTCATGGAAC 1937 |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1847 TAGACCATCTTTTCCTGGTCGACCTTCAGGAATTTATCCAAGTCAATTTCCTCATGGAAT 1906 Query 1938 ACCAGGTTCTGCTCCTGTTGGTCCATTTGCACATCCATCCCACTTGAGGAGTGAAGAGGT 1997 |||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1907 ACCAGGTTATGCTCCTGTTGGTTCATTCGCACACCCATCCCACCTGAGGAGTGAAGAGGT 1966 Query 1998 AGCAATGGATGATGACCTGAAAAGGCAAAATCCTTCACGTCAAACAACAGAAGGTGGAAT 2057 | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1967 ATCAATGGATGATGACCTGAAAAGGCAAAATCTTTCACGTCAAACAACAGAAGGTGGATT 2026 Query 2058 ATCCCAGAATCATTTGGTGTCAAATGGTAGAGAACATCATACAGATGGTGGAAAGAGTAA 2117 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2027 ATCCCAGAATCATTTGGTGTCAAATGGTAGAGAACATCATACAGATGGTGGAAAGAGTAA 2086 Query 2118 TGGCGGGCAATCTCATTTATTTGTGAGTGCACTGCAAGAAATTGGAAGAAGATGTGGTTC 2177 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2087 TGGCGGGCAATCTCATTTATTTGTGAGTGCACTACAAGAAATTGGAAGAAGATGTGGTTC 2146 Query 2178 AAAGGTGGAGTTTAGGACTGTGATAAGTACCAACAAAGAGTTACAGTTTTCAGTTGAGGT 2237 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2147 AAAGGTGGAGTATAGGACTGTGATAAGTACCAACAAAGAGTTACAGTTTTCAGTTGAGGT 2206 Query 2238 GTTGTTCACGGGTGAGAAGATAGGCATTGGGATGGCAAAAACTAAGAAAGATGCACATCA 2297 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2207 TTTGTTCACGGGTGAGAAGATAGGCATTGGGATGGGAAAAACTAAGAAAGATGCACATCA 2266 Query 2298 ACAAGCGGCTGAGAATGCTCTTCGAAGTTTGGCTGAAAAGTATGTTGCACATGTGGCACC 2357 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2267 ACAAGCGGCCGAGAATGCTCTTCGAAGTTTGGCTGAAAATTATGTTGCACATGTGGCACC 2326 Query 2358 TCTAGCTAGAGAAACAGAGAAAGGTCCGGAAAATGATAATGGATTTTTGTGGGAAAGCAG 2417 |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2327 TCTATCTAGAGAAACAGCGAAAGATCCGGAAAATGATAATGGATTTTTGTGGGAAAGCAG 2386 Query 2418 TGAAGATGTATCAAACAAAGGACTTGAAGAGGAAGCGCCTAAAGAAAACATTTCAGAGTT 2477 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2387 TGAAGATGGATCAAACAAAGGACTTGTAGAGGAAGCACCTAAAGAAAACATTTCAGAGTT 2446 Query 2478 ---AGTTTTG-AGAAA 2489 ||||||| ||||| Sbjct 2447 GTGAGTTTTGCAGAAA 2462 Score = 124 bits (67), Expect = 3e-27 Identities = 87/96 (91%), Gaps = 4/96 (4%) Strand=Plus/Plus Query 2478 AGTTTTGAGAAAGTGAGTATGAAACCTTGCACCCAAGGCTCCACCT-C---AATTAGGCT 2533 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 2664 AGTTTTGAGAAAGTGAGTATGAAACCTTGCACCCAAGGCTCCACCCACCTGAATTAGGCT 2723 Query 2534 TTGTCTTGTGTATAGTGATTGTATATTTGTAGTCTA 2569 |||| || |||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 2724 TTGTGTTATGTATAGTGATTGTATATTTTTCGTCTA 2759 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 105281437180 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5