BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01630.1
Length=3734
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg486909 jgi|Araly1|486909|fgenesh2_kg.6__43__AT4G00020.1 5550 0.0
> Ahg486909 jgi|Araly1|486909|fgenesh2_kg.6__43__AT4G00020.1
Length=3533
Score = 5550 bits (3005), Expect = 0.0
Identities = 3327/3481 (96%), Gaps = 28/3481 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGACGTGGCATTTATTTTCCGATTCCAGCGGCGATGGTTTCCGGTGGGAAGTCGCT 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 73 ATGTCGACGTGGCAATTATTTTCCGATTCCAGCGGCGATGGTTTCCGGTGGGAAGTCGCT 132
Query 61 GGCCGGATTCTTCAGTCCGTCTCGGATTCTACGCCAACCAAGGCGCTCGAATCGACAGCT 120
||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 133 GGCCGGATTCTCCAGTCCGACTCGGATTCTACTCCAACCAAGGCGCTCGAATCCACAGCT 192
Query 121 CCTCTACCTTCCATGGCCGATCTCTTGCTCCAAGGATGCTCGAAGCTTATAGAACGGGAA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 193 CCTCTACCTTCCATGGCCGATCTCTTGCTCCAAGGATGCTCGAAGCTTATAGAACGGGAG 252
Query 181 GAATCGATGCCTGGGGAAATCCCAATGTTCAGGACTGGGCTGGGGAAGTCTGTAGTTCTT 240
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 253 GAAGCGCTGCCTGGGGAAATCCCAATGTTCAGGACTGGTCTGGGGAAGTCTGTACCTCTA 312
Query 241 AAAGAGTCTTCGATTGCTAAAGCCAAATCCATTTTAGCAGA-GAATGTTGCTTATTCAGA 299
||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||| || |||
Sbjct 313 AAAGAATCTTCCATTGCTAAAGCCAAATCCCTTTTAGCAGATTCA-GGTACTTTTTTAGA 371
Query 300 TTTGCAGAACACAAATTGCTCAATTCCCCAAACGAGACAAGTGGATACAGCTGAAACTAT 359
|||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 372 TTTGCAGAACACTAATTGCTCAAATCCCCAAATGAGACAAGTGGATTCAGCTGAAACTTT 431
Query 360 GCCAATGTTCAGGACGGCCTTGGGGAAAACTGTCCCTTTGAAAGAGTCTTCAATTGCCAA 419
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 GCCTATGTTCAGGACGGCCTTGGGGAAATCTGTCCCTTTGAAAGAGTCTTCAATTGCCAA 491
Query 420 ACCTTTGTCTATTCTAGG-AAGTGATATGATAATTGACTCAGACAACGTTCTTCCCAGGG 478
| ||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 492 AGCTTTGTCTATTCT-GGCAAGTGATAAGATTATTGACTCAGACTACGTTCTTCCCAGGG 550
Query 479 AGAGTGGGTTTGGTGTTCCCAACA-GTCTTTTTCAGACAGCTTCCAACAAAAAGGTTAAT 537
|||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 551 AGAGTGGGTTTGGTGTGCCCAACACG-CTTTTTCAAACAGCTTCTAACAAGAAGGTTAAT 609
Query 538 GTATCTTCTGCCGGTTTAGCAAGAGCCAAGGCATTGTTAGGACTAGAAGAAGATGATTTG 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 GTATCTTCTGCCGGTTTAGCAAGAGCCAAGGCATTGCTAGGACTAGAAGAAGATGATTTG 669
Query 598 AATGGATTTAACCATGTGAACCAGTCGTCTTCTTCCCTCCAGCAACATGGGTGGTCCGGT 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 670 AATGGATTTAACCATGTGAACCAGTCGTCTTCTTCCCTCCAGCAACATGGGTTGTCCGTT 729
Query 658 TTAAAAACTCATGAGGAGTTTGATGCTACAGTGGTTAAGCATCATTCAGGAACTCCAGGA 717
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 TTAAAAACTCATGAGGAGTTTGACGCTACAGTGGTTAAGCATCATTCAGGAACTCCAGGA 789
Query 718 CAATATGAGAATTATGTATCTGGGAAGAGATCTGAAATCTTAAATCCATCGTTAAAGGTG 777
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 790 CAATATGAGGATTATGTATCTGGGAAGAGACCTGAAATCTTAAATCCATCTTTAAAGGTG 849
Query 778 CCTCCAACAAAGTTTCAGACTGCTGGTGGAAAATCATTGTCAGTGTCAGCTGAGGCGTTG 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 850 CCTCCAACAAAGTTTCAGACTGCTGGTGGAAAATCATTGTCAGTGTCTGCTGAGGCGTTG 909
Query 838 AAACGTGCCAGAAACCTTCTTGGTGACCCTGAGTTAGGGTCTTTCTTTGATGATGTAGCT 897
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 910 AAACGTGCCAGAAACCTTCTTGGTGACCCTGAGTTAGGGTCTTTCTTTGATGATGTGGCT 969
Query 898 GGAGGTGATCAATTTTTTACACCACAGAAAGATGAAAGGCTAAGTGATATTGCTATAAAC 957
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 970 GGAGGTGATCAATTTGTTACACCACAGAAAGATGAAAGGTTAGGTGATATTGCTATAAAC 1029
Query 958 AATGGAAGTGTCAACACAGGTTATATTGCTCATGAAGAAAAGACAAGCAACAAACATACG 1017
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1030 AATGGAAGTGCCAACACAGGTTATATTGCTCATGAAGAAAAGTCAAGCAACAAACATACG 1089
Query 1018 TCAAATAGTTTTGTATCTCCTCTTCATTCATCTTCAAAGCAATTTAGATCAGTTAACTTG 1077
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1090 TCAAATAGTTTTGTATCTCCTCTTCGGTCATCTTCAAAGCAATTTAGATCAGTCAACTTG 1149
Query 1078 GAGAACCTAGCTTCAGGGGGTAATTTGATCAAGAAATTTGATACGGCTGTTGATGAGACC 1137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |
Sbjct 1150 GAGAACCTAGCTTCAGGGGGTAATTTGATCAAGAAATTTGATGCAGCTGTTGATGAGA-C 1208
Query 1138 A-ATTGTGCTCTGAATATCAGTAAACCTGCTACACATGGACTATCAAATAACAGGCCTTT 1196
| | ||||||| | | || |||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1209 AGACTGTGCTC------T--G--AA--TGCTACACATGGACTATCAAATAACAAGCCTAT 1256
Query 1197 AGCATC-AGATATGGCAGTGAATAATTCCAAGGGAAACGGTTTCATTCCAAGAGCTAGGC 1255
|||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1257 AGCATCTA-ATATGGCAGTGACTAATTCCAAGGAAAACGGTTTCATTCCAAGAGGTAGGC 1315
Query 1256 AACTTGGAAGGCCTGCTGATCAGCCACTTGTTGATATAACAAATCGCAGAGATACAGCTT 1315
|| |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1316 AATTTGGAAGGCCAGCTGACCAGCCGCTTGTCGATATAACAAATCGCAGTGATACAGCTT 1375
Query 1316 ATGCAAACAATAAACAAGACAGTACCCAAAAGAAAAGGCTGGGAAAGACAGTCTCCGTTT 1375
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATGCAAACATTAAACAAGATAGTACCCAAAAGAAAAGGCTGGGAAAGACAGTCTCCGTTT 1435
Query 1376 CTCCTTTCAAAAGGCCAAGGATTTCATCCTTTAAAACTCCTTTAAAGAAAAATGCTCAGC 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CTCCTTTCAAAAGGCCAAGGATTTCATCCTTTAAAACTCCTTTAAAGAAAAATGCTCAGC 1495
Query 1436 AAGCTTCAAGTGGTTTGTCTGTTGTATCGTGTGATACACTTACTTCCAAAAAGGTACTTT 1495
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1496 AAGCTTCAAGTGGTTTGTCTGTCGTATCGTGTGATACACTTACTTCCGAAAAGGTGCTTT 1555
Query 1496 CTACAAGATATCCAGAAAAGTCTCCAAGAGTATATATCAAGGAG-TTTTTTGGAATGCAT 1554
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1556 CTACAAGATACCCAGAAAAGTCTCCAAGAGTATATATCAAGG-GTTTTTTTGGAATGCAT 1614
Query 1555 CCGACAGCTACGACCAGGATGGATTATGTGCCAGACCATGTCAGAAGAATCAAATCAAGT 1614
|| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 CCAACAGCTACGACCAAGATGGATAATGTGCCAGACCATGTCAGAAGAATCAAATCAAGT 1674
Query 1615 AATGCAGATAAATATGTATTCTGTGATGAGTCTTCTTCAAACAAGGTTGGAGCTGAAACT 1674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AATGCAGATAAATATGTATTCTGTGATGAGTCTTCTTCAAACAAGGTTGGAGCTGAAACT 1734
Query 1675 TTTCTTCAAATGTTGGCTGAGTCGGGTGCTTCCTTACAACATGCATCCAGAAAGTGGGTT 1734
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TTTCTTCTAATGTTGGCTGAGTCTGGTGCTTCCTTACAACATGCATCCAGAAAGTGGGTC 1794
Query 1735 ACTAATCACTACAGGTGGATAGTCTGGAAACTTGCATGCTACGACATATACTACCCAGCC 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ACTAATCACTACAGGTGGATAGTCTGGAAACTTGCATGCTATGACATATACTACCCAGCC 1854
Query 1795 AAATGCAGAGGAAACTTTCTAACAATCACCAATGTTCTTGAGGAACTAAAATACAGATAT 1854
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AAATGCAGAGGAAACTTTCTGACAATCACCAATGTTCTTGAGGAACTAAAATACAGATAT 1914
Query 1855 GAGAGAGAGGTCAATCATGGTCATTGCTCTGCAATCAAGAGGATTCTGAGTGGTGATGCT 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GAGAGAGAGGTCAATCATGGTCATTGCTCTGCAATCAAGAGGATTCTGAGTGGTGATGCT 1974
Query 1915 CCAGCTTCTTCAATGATGGTCCTCTGCATATCAGCTATTAATCCAAGGACCGATAATGGT 1974
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1975 CCAGCTTCTTCAATGATGGTGCTCTGCATATCAGCTATTAATCCAAAGACCGATAATGAT 2034
Query 1975 TCTCAGGAAGCACATTGTTCTGATAATTGCAGCAATGTGAAAGTCGAACTCACTGATGGG 2034
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2035 TCTCAGGAAGCACATTGTTCTGATATTTGCAGCAATGTGAAAGTAGAACTCACTGATGGG 2094
Query 2035 TGGTACTCGATGAATGCTGCTCTGGATGTCGTGCTAACCAAGCAGCTGAATGCTGGCAAA 2094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TGGTACTCGATGAATGCTGCTCTGGATGTCGTGCTAACAAAGCAGCTGAATGCTGGCAAA 2154
Query 2095 TTGTTTGTGGGGCAGAAGCTTCGAATCCTCGGGGCAGGACTTTCTGGCTGGGCTACCCCA 2154
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TTGTTTGTCGGGCAGAAGCTTCGAATCATCGGGGCAGGACTTTCTGGCTGGGCTACCCCA 2214
Query 2155 ACATCACCACTTGAGGCAGTGATTTCAAGTACAATCTGTTTGTTGTTGAATATTAATGGG 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 ACATCACCACTTGAGGCAGTGATTTCAAGTACAATCTGTTTGTTGTTGAATATTAATGGG 2274
Query 2215 ACATACAGAGCTCACTGGGCGGACCGACTAGGCTTCTGTAAAGAAATTGGTGTCCCTCTG 2274
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2275 ACATACAGAGCTCACTGGGCGGACCGACTAGGCTTCTGTAAAGAAACTGGTGTCCCTCTG 2334
Query 2275 GCTTTCAACTGTATCAAGTGCAATGGGGGTCCAGTGCCTAAAACGCTAGCTGGCATCACA 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 GCTTTCAACTGTATCAAGTGCAATGGGGGTCCAGTGCCTAAAACGCTAGCTGGCATCACA 2394
Query 2335 CGAATATACCCCATCCTATACAAGGAAAGGTTAGGTGAAAAGAAGTCAATAGTTCGATCA 2394
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 CGAATATACCCCATCCTATACAAGGAAAGGTTAGGTGAAAAGAAGTCAATAGTTCGATCA 2454
Query 2395 GAGAGAATAGAAAGTAGAATTATACAGCTGCATAATCAGAGGCGCTCAGCTCTTGTTGAG 2454
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 GAGAGAATGGAAAGTAGAATTATACAGCTGCATAATCAGAGGCGCTCAGCTCTTGTTGAG 2514
Query 2455 GGTATTATGTGTGAGTACCAGAGAGGAATTAATGGTGTTCACAGCCAAAACGATACTGAC 2514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2515 GGTATTATGTGTGAGTACCAGAGAGGAATTAATGGTGTTCACAGCCAGAACGACACTGAC 2574
Query 2515 AGCGAAGAAGGAGCCAAGGTCTTTAAGCTGTTAGAGACGGCTGCTGAACCTGAACTTCTT 2574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 AGCGAAGAAGGAGCCAAGGTCTTTAAGCTGTTAGAGACGGCTGCTGAACCTGAACTTCTT 2634
Query 2575 ATGGCTGAAATGAGCCTAGAGCAGTTGACATCTTTCACTACATATAAAGCAAAATTTGAG 2634
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 ATGGCAGAAATGAGCCCAGAGCAGTTGACATCTTTCACAACATATAAAGCAAAATTTGAG 2694
Query 2635 GCAGCCAAGCAAATGCAGATGGAAAAATCAGTGGCAAAAGCTCTGGAAGACGCTGGTTTA 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 GCAGCCAAGCAAATGCAGATGGAAAAATCAGTGGCAAAAGCTCTGGAAGACGCTGGTTTA 2754
Query 2695 GGTGAAAGGAACGTCACCCCATTCATGAGGATTAGGCTTGTTGGCCTGACGAGCTTAAGT 2754
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 GGTGAAAGGAATGTCACCCCATTCATGAGGATTAGGCTTGTTGGCCTGACGAGCTTAAGT 2814
Query 2755 AATGAAGGAGAGCACAATCCAAAAGAAGGCATTGTAACAATCTGGGATCCCACGGAGAGA 2814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 TATGAAGGAGAGCACAATCCAAAAGAAGGCATTGTAACAATCTGGGATCCCACGGAGAGA 2874
Query 2815 CAGAGAACCGAGCTGACGGAGGGGAAAATATACATAATGAAAGGGCTAGTACCAATGAAC 2874
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 CAGAGAACCGAGCTGACAGAGGGAAAAATATACATAATGAAAGGGCTAGTACCAATGAAC 2934
Query 2875 TCAGATTCAGAAACACTTTACTTACATGCCAGAGGGTCAAGCTCAAGATGGCAGCCTTTG 2934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2935 TCAGATTCAGAAACACTTTACTTACATGCCAGAGGGTCTAGCTCAAAATGGCAGCCTTTG 2994
Query 2935 TCTCCA-AAAGATTCTGAAAATTTTCAGCCTTTTTTCAACCCTCGTAAACCAATCTCTTT 2993
|||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 TCTC-AGAAAGATTCTGAAAATTTTCAGCCCTTTTTCAACCCTCGTAAACCAATCTCTTT 3053
Query 2994 GTCAAATCTTGGTGAAATTCCTCTGTCAAGTGAATTTGATATCGCTGCGTACGTTGTATA 3053
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3054 GTCAAATCTTGGTGAAATTCCTTTTTCAAGTGAATTTGATATCGCTGCATACGTTGTATA 3113
Query 3054 TGTTGGAGATGCATACACAGATGTTCTACAAAAGAAGCAGTGGGTGTTTGTGACAGATGG 3113
||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3114 TGTTGGAAATGCATACACGGATGTTCAACAAAAGAAGCAGTGGGTGTTTGTGACAGATGG 3173
Query 3114 ATCCACACAACATTCAGGGGAAATCTCAAACAGTCTTCTTGCTATAAGCTTCAGCACCCC 3173
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3174 ATCCACTCAACATTCAGGGGAAATCTCAAACAGTCTTCTTGCTATAAGCTTCAGCACCCC 3233
Query 3174 ATTCATGGATGATAGCTCTGTTTCCCACATCAGCCATAATTTGGTTGGATCCGTGGTCGG 3233
|| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 ATCCATGGAAGATAGCTCTATTTCCCACATTAGCCATAATTTGGTTGGATCCGTGGTCGG 3293
Query 3234 ATTTTGCAATCTAATTAAAAGAGCAAAGGATGCGACAAACGAAATGTGGGTTGCTGAGAC 3293
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |
Sbjct 3294 ATTCTGCAATCTAATTAAAAGAGCAAAGGATGCGAAAAACAAAATGTGGGTTGGTGAGGC 3353
Query 3294 AACAGAGAACTCAGTCTACTTCATAAACGCAGAAGCTGCCTACTCTTCTCACCTTAAAAC 3353
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3354 AACAGAGAACTCAGTCTACTTCATAAACGCAGAAGCTGCCTACTCTTCTCACCTCAAAAC 3413
Query 3354 CCGCAGTGCCCATATCCAAACATGGGCTAAGCTCTATTCTTCCAA-ATCCGTCATCCATG 3412
| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 3414 CAGCAGTGCCCATATCCAAGCCTGGGCTAAGCTCTCTTCTTCCAACA-CCGTCATCCATG 3472
Query 3413 AACTTCGGCAAAGAGTCCTATTTATAATCGGTGCTTGTAAATCACCTTCATGCTGAAGAT 3472
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3473 AACTTCGGCAAACAGTCCTATCTATAATCGGTGCTTGTAAATCACCTTCATGCTGAAGAT 3532
Query 3473 A 3473
|
Sbjct 3533 A 3533
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141079423111
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5