BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G01660.1
Length=2244
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg892043 jgi|Araly1|892043|Al_scaffold_0006_39 3064 0.0
> Ahg892043 jgi|Araly1|892043|Al_scaffold_0006_39
Length=1866
Score = 3064 bits (1659), Expect = 0.0
Identities = 1793/1858 (97%), Gaps = 8/1858 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 391 GGTTTACCCTCTAACCACTA-TCCATACGTGCAGAAGATTGATATTGGTTTGCCATTGTT 449
|||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 13 GGTTTACCCTATAACCAC-ATTCCATACGTGCAGAAGATTGATACTGGTTTGCCATTGTT 71
Query 450 TCTTTTCAACTATTCTGATCGTACACTTCATGGCATTTTTGAGGCTGCTGGTTGTGGTCA 509
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 72 TCTTTTCAACTATTCTGATCGTACTCTTCATGGCATTTTTGAGGCTGCTGGTTCTGGTCA 131
Query 510 GCTCAATTTTGACCCTTATGGCTGGACCTCTGATGGTTCTGAGAGAACCTCATATCCTGC 569
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 132 GCTGAATATTAACCCTTATGGCTGGACCTCTGATGGTTCTGATAGAACCTCATATCCTGC 191
Query 570 ACAGGTTCCAATCAGTGTTAGGTTACAGTGTGAACCACTTTCCGAGGAAAAATTCAAACC 629
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 ACAGGTTCAAATCAGTGTGAGGTTACAGTGTGAACCACTTTCCGAGGAAAAATTCAAACC 251
Query 630 TGCAATTGCAGATAATTACTACAGTTCTCACCATTTTTGGTTTGAGCTTGATCATTTCCA 689
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 252 TGCAATTGCAGATAATTACTACAGTTCTCACCATTTTTGGTTCGAGCTTGATCATTTCCA 311
Query 690 AACAAGGAAGTTGACATGTCTGCTAACATCTTTTGCTGTGAAACCTAAACCACCCATGAA 749
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 312 AACAAGTAAGTTGACATGTCTGCTAACATCTTTTGCTGTGAAACCTAAACCACCCATGAA 371
Query 750 TACACCAAACACAAGACAGATCTTTCGCTTGATTTCATCAAGTGAAAAGAAAGAGAACAG 809
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 TACACCAAACACAAGACAGATCTTTCGCTTGATTTCATCAAGTGAAAAGAAAGAGAACAG 431
Query 810 TGATGAGGTTAAGCCTTCTGAGAATGAACCAGTGGGTAGCTTGGAAGTGTCACTCAGTTC 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 432 TGATGAGGTTAAGCCTTCTGAGAATGAACCAGTGGGTAGCTTGGAAGTGGCACTCAGTTC 491
Query 870 TGGCGGAGAATCTGACTCCTCTGCTGCTGCTTCTCATCCTGGTTTCTCTGAGAACCATCC 929
|||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 TGGCAGAGAATCTGAATCCTCTGCTGCAGCTTCTTATCCTGGTTTCTCTGAGAACCATCC 551
Query 930 AGACGTACAGAACCCCAAACAAATAGATAAGGATCATGTTCTTGAGAAACTGAAGGATCT 989
|||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 552 AGACGTACAGAACCCCAAACAAATTGAGAAGGATTATGTTCTTGAGAAACTGAAGGATCT 611
Query 990 CGTC-TTTAGTCATGATGAGCATGGAGACAACAGTCTAACTGAAACTGTTGAACAAGCCA 1048
| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 C-TCCTTTGGTCATGATGAGCATGGAGACAATAGTCTAACTGAAACTGTTGAACAAGCCA 670
Query 1049 ACATTCC-CACCTGCAAGAACTTGGAAGACAGAGATACACTTGAAGAGGAAACATGTTCA 1107
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 ACATTCCTC-CCTGCAAGAACTTGGAAGACAGAGATACACTTGAAGAGGAAACATGTTCA 729
Query 1108 GAGGGGAAAATAGATGGCAGTTGTCTTGTATCCTCTCCTCTTCCACATACAATAAGCCAG 1167
||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 GAGGGAAAAAAAGATGGCAGTTCTCTTGTATCCTCTCGTCTTCCACATACAATAAGCCAG 789
Query 1168 TTGATGCATGAGGTGAAGGAACTCAGGGCATGCGGGCTGGAAAATTCAACCAAGATATGT 1227
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 TTGATGCATGAGGTGAAGGAACTCAGGGCATACGGGCTGGAAAATTCAACCAAGATATGT 849
Query 1228 TACTTGGAAGAGAAGCTGGACAAAGCACACAAGGAAATTTATCA-ATTGACAGAGCGTTG 1286
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||
Sbjct 850 TACTTGGAGGAGAAGCTGGACGAAGCACACAAGGAAATTTAT-AGATTGAGAGAGCGTTG 908
Query 1287 CAACATGCTGGAGTCCATATCAGGTCCTTTAATCACCAAAGCTGGTGGCAGTGATTTGGA 1346
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 909 CAACATGCTGGAGTCCATATCAGGTCCTTTAATCACCAAAGCTGGTGGTAGTGATATGGA 968
Query 1347 GATCCATTCACCAGATGATACCAGCTTAGATCCAACTGAGGCAATTCTTCTTTTAGGGGG 1406
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 GATCCATTCACCAGATGATTCCAGCTTAGATCCAACTGAGGCAATTCTTCTTTTAGGGGG 1028
Query 1407 ATTTGATAAAGACTCTGAAACATGGTTGTCATCAGTGCAGTCATATTTTCCATCCAGGAA 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 ATTTGATAAAGACTCTGAAACATGGTTGTCATCAGTGCAGTCATATTTTCCATCCAGGAA 1088
Query 1467 TGTTGTAAAGGCTCATAGTTCAATGAGCTGTATCCGTTCAAATGCATCAGTGGCAAAGTT 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1089 TGTTGTAAAGGCTCATAGTTCAATGAGCTGTATCCGTTCAAATGCATCAGTGGCAAAATT 1148
Query 1527 GGATGGTAAAATTTACGTCTTTGGAGGTGATGACGGTGGCCGTGGCTGGACCAACTCAGC 1586
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1149 GGATGGTAAAATTTACGCCTTTGGAGGTGATGACGGTGGCCGTGGCTGGACCAACACAGC 1208
Query 1587 TGAATCCTTTAACCAGACTGATGGCCAGTGGAGCTTGTGcccccccTTAAACGAGCGAAA 1646
|||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1209 TGAATCATATAACGAGACTGATGGCCAGTGGAGCTTGTGCCCCCCCTTAAACGAGCGTAA 1268
Query 1647 AGGAAGTTTAGGTGGAGCCACTTTGGATGGAAAAATATTTGCAATCGGAGGTGGGAATGG 1706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 AGGAAGTTTAGGTGGAGCCACTTTGGATGGAAAAATATTTGCAATCGGAGGTGGGAATGG 1328
Query 1707 GATGGTATCTTTTTCAGATGTTGAGATGCTTGATCCAGATATAGGGAGATGGATCAGAAC 1766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1329 AATGGTATCTTTTTCAGATGTTGAGATGCTTGATCCAGATATAGGTAGATGGATCAGAAC 1388
Query 1767 AAGGTCAATGGGGCAGGAGAGATTTGCAGTTGCGTCCGTGGAGCATAAAAGTTCAATTTA 1826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1389 AAGGTCAATGGGGCAGGAGAGATTTGCAGTTGCGTCCGTGGAGCATAAAGGTTCGATTTA 1448
Query 1827 TGCTGTCGGTGGTTATGATGGTAAAGAGTACCTGAACACAGCTGAAAGGTTTGATCCTAG 1886
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 TGCTGTCGGTGGTTTTGATGGTAAAGCGTACCTGAACACAGCTGAAAGGTTTGATCCTAG 1508
Query 1887 AGAGCACTCCTGGATGAATATTGCATCGATGAAGTCGAGAAGAGGCTGCCATTCTCTTGT 1946
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 AGAGCACTCCTGGATGAATATTACATCGATGAAGTCAAGAAGAGGCTGCCATTCTCTTGT 1568
Query 1947 TGTTCTGAATGAAAAACTATATGCGATTGGTGGGTTTGATGGTGAGACAATGGTATCGAG 2006
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 TGTTCTGAACGAAAAACTATATGCGATTGGTGGGTTTGATGGTGAGACAATGGTATCGAG 1628
Query 2007 TGTTGAGATATATGAGCCAAGGACAGGGACATGGATGACGGGAGAACCAATGAAGGATTT 2066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TGTTGAGATATATGAGCCAAGGACAGGGACATGGATGACAGGAGAACCAATGAAGGATTT 1688
Query 2067 AAGAGGATATTCAGCAGTGGCAGTGGTTAAAGACTCAATATATGTGATCGGAGGATACAA 2126
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1689 AAGAGGATATTCAGCAGTGGCAGTGGTTAAAGACACGATATATGTCATCGGAGGATACAA 1748
Query 2127 AGGGGAAGAGGATGACATATTAGACACTGTTGAGTGTTTTAAGGAAGGTGAAGGGTGGAA 2186
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 AGGGGAAGAGGATGACATATTAGACACTGTAGAGTGTTTCAAGGAAGGTGAAGGGTGGAA 1808
Query 2187 AAACGTGCCTTCTTCCTCGATCGGTAGGCGTTGCTTTCTATCTGCGGTGGCTTTGTAA 2244
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1809 AAATGTGCCTTCTTCCTCGATCGGTAGGCGTTGCTTTCTATCTGCAGTGGCTTTGTAA 1866
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84484163410
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5