BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G02880.1
Length=4923
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487067 jgi|Araly1|487067|fgenesh2_kg.6__201__AT5G02880.1 7330 0.0
> Ahg487067 jgi|Araly1|487067|fgenesh2_kg.6__201__AT5G02880.1
Length=4929
Score = 7330 bits (3969), Expect = 0.0
Identities = 4647/4962 (94%), Gaps = 95/4962 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 AAATTTTCCAGAGATAAAACCCTAGAGAGATTCTCATCTTCTTTTCTTCAATCTCTCTGA 68
|||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 AAATTTTCCAAAGATAAAACCCT----AGATTCTCATCTTCTTTTCTTCAATCTCTCTGA 57
Query 69 GAATTTCTAGGTTTTCGTT----A-C---CGATTGGGTCAATCTGGTGAAAC-TCAAGGT 119
|||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 58 GAATTTTTAGGTTTTCGTTACCAATCTAACGATTGGGTCAATCTGGTGAAACTTTAAGGT 117
Query 120 TGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGATTTTAGGTTATGGAGAACAGAGGCCAGAAACGAA 179
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TGAGATCAGATAATTTAATTGGAAGA-CTTAAGTTATGGAGAACAGAGGCCAGAAACGAA 176
Query 180 TGGAGGTTGTGGAAGAGTTACCTGCTGATAAGAGAGCTTGTAACTCTCAGGATTTTAGAC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 177 TGGAGGTTGTGGAAGAGTTACCTGCTGATAAGAGAGCTTGTAACTCGCAGGATTTTAGGC 236
Query 240 CAAGCACATCCGGATCATCTGTTCAAGCTCAAGCTAATGATACGAATCCAGGACATGAAA 299
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||
Sbjct 237 CAAGCACATCTGGATCATCTGTTCAAGCTCAAGCTAATGGGACGAGTTCAGGACAAGAAA 296
Query 300 ACGTTGACGCTGATATGGATACTTCTTCATCTGCTTCGCCTTCGAGTCGATCAGATGAAG 359
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 297 ATGTTGACGCTGATATGGATACTTCTTCATCTGCTTCGCCTTCGAGTCGATC--A-G-AG 352
Query 360 AAGAACAGGAAGAGCAGGATAAGGAGGATTCGGACTATGGATCTTGCGATTCTGATGAGG 419
| | | | | | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 --G-A-A-G-A-A-CAGGAT-A--AGGATTCGGACTATGGATCTTGCGATTCTGATGAGG 401
Query 420 AAGATCCGAGGCAGAGGGTGCTTCAGGATTACCAGAGGCAGAGATCATCTGGTGATCATG 479
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 402 AAGATCCCAGACAGAGGGTGCTTCAGGATTACCAGAGGCAGAGATCATCTGGTGATCAAG 461
Query 480 GGAAATTGAAGTCTCTTTTGTTGAATTTGACTGGAGAAACTGATCCTTCTGGACAGTTAT 539
|||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||| || |||||||
Sbjct 462 GGAAATTGAAGTCTCTCTTGTCGAGTTTGACTGGAGAAACCGATCCTTCAGGGCAGTTAT 521
Query 540 CCAGGCTCACTGAGTTATGTGAAGTGTTGTCATTTTCTACTGAAGAATCGCTGTCCAGTG 599
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 522 CCGGGCTTACTGAGTTATGTGAAGTGTTGTCATTTTGTACTGAAGAATCGCTGTCCAGCG 581
Query 600 TTATGGCCAACATGCTATCACCGGTGCTTGTAAAGTTAGCTAAGCATGAGAACAATGCAG 659
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 582 TTATGGCCGACATGCTATCACCGGTGCTTGTAAAGTTATCTAAGCATGAGAACAATGCAG 641
Query 660 ATATTATGCTCCTCGCAATTAGAGCTATTACTTATTTGTGTGATGTTTATCCGCC-GTCA 718
||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 642 ATATTATGCTCCTTGCAATTAGAGCAATTACTTACTTGTGTGATGTTTATCC-CCGGTCA 700
Query 719 GTAGAATTCCTTGTAAGACATGATACCATTCCTGCTCTCTGCCAAAGACTTTTGACTATT 778
|||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 GTAGCATCCCTTGTAAGACATGATACTATTCCTGCTCTCTGCCAAAGACTTTTGACTATT 760
Query 779 GAGTACTTGGACGTTGCTGAGCAGTGTTTGCAAGCACTTGAGAAAATATCCCGAGATGAG 838
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 761 GAGTACTTGGACGTTGCTGAGCAATGTTTGCAAGCACTTGAAAAAATATCCCGAGATGAG 820
Query 839 CCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTTTCGTTTATTGATTTCTTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 CCGGTAGCCTGCTTGAATGCTGGAGCAATTATGGCAGTGCTTTCGTTTATTGATTTCTTC 880
Query 899 TCAACAAGCATACAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAAGCAGCTTTCT 958
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 881 TCAACAAGCATTCAGAGAGTCGCAATTTCTACTGTGGTCAATATATGTAGGAAGCTTCCT 940
Query 959 TCTGAGTCTCCCTCGCCTTTCATGGATGCTGTTCCAATATTATGCACTCTTCTTCAATAT 1018
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||
Sbjct 941 TCTGAGCCTGCCTCGCCTTTCATGGATGCTGTTCCAATTTTATGCAATCTTCTTCAGTAT 1000
Query 1019 GAAGATCGACAGCTGGTCGAGAATGTGGCTATTTGCTTGACAAAAATAGCAGATCAAGCC 1078
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 GAAGATCGACAGCTGGTTGAGAATGTGGCTATTTGCCTGACAAAAATAGCAGATCAAGTT 1060
Query 1079 AGTGAGTCACCGGCAATGTTGGATCAACTGTGTAGGCATGGACTAATTAATGAATCAACA 1138
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1061 AGCGAGTCACCGGCAATGTTGGATCAACTGTGTAGGCATGGACTAATTAATCAATCAACA 1120
Query 1139 CATCTCTTAAACTTGAATAGCCGCACTACCCTATCTCAACCTGTCTACAATGGTGTGATT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 CATCTCTTAAACTTGAATAGCCGCACTACCCTATCTCAACCTGTCTACAATGGTGTGATT 1180
Query 1199 GGAATGCTAAGAAAACTATCTTCTGGTTCAG-CTTTAGCTTTCAGAACGTTATATGAGCT 1257
||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 GGACTGCTAAGAAAACTTTCTTCTGGTTC-GACTTTAGCTTTCAGAACGTTATATGAGCT 1239
Query 1258 TAACATTGGCTACAGTTTAAAAGAAATCATGTCCACGTATGACATTTCTCATTCAGTGTC 1317
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1240 TAACATTGGCTATAGATTAAAAGAAATCATGTCCATGTATGACATTTCTCATTCAATGTC 1299
Query 1318 TTCTACACATCCTATCAATGCATGTTCTAATCAGGTGCATGAAGTCCTGAAGTTGGTGAT 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 1300 GTCTACACATCCTATCAATGCATGTTCTAATCAGGTGCATGAAGTCTTGAAGTTAGTAAT 1359
Query 1378 TGAGCTTCTTCCAGCTTCACCCGTAGAGGATAATCAGCTGGCATCGGAAAAGGAAAGTTT 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1360 TGAGCTTCTTCCAGCTTCACCCGTAGAGGATAATCAGCTGGCATTGGAAAAGGAAAGTTT 1419
Query 1438 TCTCGTCAATCAGCCTGATCTTTTGCAACAATTTGGAAGAGACATGCTTCCTGTCATGAT 1497
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1420 TCTTGTCAATCAGCCTGATCTTTTGAAACAATTTGGAACAGACATGCTTCCTGTTATGAT 1479
Query 1498 TCAGGTGCTAAACTCTGGAGCTAACGTATATGTTTCTTATGGTTGCCTATCAGCAATTCA 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480 TCAGGTGCTAAACTCTGGAGCTAACGTATATGTTTCTTATGGTTGCCTATCAGCAATTCA 1539
Query 1558 CAAGCTGACTTGCTTGAGTAAGTCCGGTGATATTGTCGAGTTACTGAAGAACACCAACAT 1617
|||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1540 CAAGCTGATTTGCTTGACTAAGTCAGGTGATCTTGTCGAATTACTGAAGAACGCCAACAT 1599
Query 1618 GTCAAGTGTTTTGGCTGGCATTCTGTCAAGGAAGGATCATCATGTAATTGTAGTAGCACT 1677
|||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1600 GTCAAGTGTTTTGGCTGGTATTTTGTCAAGAAAGGATCATCATGTGGTTGTAGTAGCACT 1659
Query 1678 ACAGGTTGCGGAAGTGCTTCTTGAGAAATACAGAGATACTTTTTTGAATTCTTTTATAAA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1660 ACAGGTTGCGGAAGTGCTTCTTGAGAAATACAGAGATGCATTTTTGAATTCCTTTATAAA 1719
Query 1738 GGAAGGTGtttttttCGCGATTGAAGCACTCTTAAGTTCTGATAGAGGG---C--AA--C 1790
|||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | || |
Sbjct 1720 GGAAGGTGTTTTTTTCGCAATTGAAGCACTCTCAAATTCTGATAGAGGGCAACAAAATCC 1779
Query 1791 A--A------A--A-TCAGGGATCAGCTGACCTTTCACAAAAGCCTGTTACAAAAGAGAT 1839
| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1780 AGTATCTGGTATCATTCAGGGATCAGCTGACCTTTCACAAAAGCCTGTTACAAAAGAGAT 1839
Query 1840 TGTGAAATGCTTGTGCCAATCTTTTGAAAGATCGCTATCCTCTTCTTCACAAACTTGTAA 1899
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1840 TGTGAAATGCCTGTGCCAATCTTTTGAAAGATCGCTATCCTCTGCTTCACAAACTTGTAA 1899
Query 1900 GATTGAAAAGGATTCTGTCTACGTTCTTGCAACACGTATCAAGGAGGGTTTCTTTGGACC 1959
||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1900 GATTGAAAATGATTCTGTCTACATTCTTGCAACACGTATCAAGGAGAGTTTCTTTGGACC 1959
Query 1960 TGAGGTATTCAACTCTGAGAAAGGCTTGACAGATGTCCTCCAAAACCTCAAGAACTTGTC 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1960 TGAGGTATTCAACTCTGAGAAAGGCTTGACAGATGTCCTCCAAAACCTCAAGAACTTGTC 2019
Query 2020 GGTAGCACTTAGCGAGTTGATGACTGTACCCATTGATGCGCATGTCCTGCATGATGAGAA 2079
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 AGTAGCACTGAGCGATTTGATGACTGTACCCATTGATGCACATGTCCTGCATGATGAGAA 2079
Query 2080 ATTCTTCTCAATATGGAACCAAATCATGGAAAGGCTGAATGGAAGGGAATCTGTGTCCAC 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2080 ATTCTTCTCAATATGGAACCAAATCATGGAAAGGCTGAATGGAAGGGAATCTGTGTCTAC 2139
Query 2140 TTTTGAATTCATTGAGAGCGGAGTTGTAAAGTCACTGGCAAGTTATCTTTCTAATGGACT 2199
||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2140 TTTTGAATTTACAGAGAGTGGAGTTGTAAAGTCACTGGCAAACTATCTTTCTAATGGACT 2199
Query 2200 CTATCAAAGGAAACTTAGCAAAGGGGGTCCTGAATGTGATAGTTTACCATTTATTGGTAA 2259
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2200 CTATCAAAGGAAACTTAGCAAAGGGGATCCCGAATGTGATAGTTTACCATTTGTTGGTAA 2259
Query 2260 GAGATTTGAGGTGTTCACAAGATTGCTTTGGTCTGATGGAGAGGCAACTTCATCCTTGTT 2319
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2260 GAGATTTGAGGTGTTCACAAGATTACTTTGGTCTGATGGCGAGGCAACTTCATCATTGTT 2319
Query 2320 AATACAGAAGCTCCAAAATTCCCTT-TCTTCTTTGGAAAACTTCCCAATTGTCCTAAGCC 2378
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 AATACAGAAGCTCCAAAATT-CCTTGTCTTCTTTGGAAAACTTCCCAATTGTCCTAAGCC 2378
Query 2379 AATTTTTGAAGCAGAAGAACTCATTTGCGGCTATTCCAAATGGGCGTTGCACTAGTTATC 2438
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 AATTTTTGAAGCAAAAGAACTCATTTGCGGCTATTCCAAATGGGCGTTGCACTAGTTATC 2438
Query 2439 CATGCCTAAAAGTTCGTTTTCTGAAAGCAGAGGGGGAGACTTCTTTGCGTGATTACTCCC 2498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2439 CATGCCTAAAAGTTCGTTTTCTGAAAGCAGAGGGGGAGACATCTTTGCGTGATTACTCCC 2498
Query 2499 AAGACTTTGTCACTGTTGACCCACTTTGCTATTTGGATGCTGTCGATCAATACTTGTGGC 2558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2499 AAGACTTTGTCACTGTTGACCCACTTTGCTATTTGGATGCTGTCAATCAATACTTGTGGC 2558
Query 2559 CTAAAGTTAATATAGAACCTATAGATTCTGTGGAAGCAAAAGATCAAGCTATAGAATGTC 2618
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2559 CTAAAGTTAATATAGAACCTATGGATTCTGTGGAAGCAAAAGATCAAGCTATAGAATGCC 2618
Query 2619 AATCTTCTCAATTGCAGTCAACTTCGATATCTTGTCAAGCTGAAAGCTCAAGTCCTATGG 2678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 2619 AATCTTCTCAATTGCAGTCAACTTCGATATCTTGTCAAGGTGAAAGCTCGAGTCCTATGG 2678
Query 2679 AGATTGACAGTGAGTCTTCTGATGCGTCTCAGTTGCAGGGATCTCAAGTGGAAGATC--A 2736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2679 AGATTGACAGTGAGTCTTCTGATGCGTCTCAGTTGCAGGGATCTCAAGTGGAAGATCGGA 2738
Query 2737 -G-A-----C--G-C-A---ACT--TCCAGGACAACAGAATGCTTCCTCCTCTGAAACCT 2780
| | | | | | | | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2739 CGCAGCTTCCAGGACTATGTAGTGGTTCAGGACAACAGAATGCTTCCTCCTCTGGAACCT 2798
Query 2781 CCTCTGAAAAAGAGGATGCGGTACCTAGACTTTTGTTTCGTCTCGAAGGGCTTGAACTAG 2840
| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2799 CTTCTGAAAAAGAGGATGCGCTACCTAGTCTTTTGTTTCGTCTTGAAGGGCTTGAACTAG 2858
Query 2841 ACCGTTCTTTGACAGTATATCAGGCGATTCTCTTGCACAAACTAAAATCAGAAAGTGAAG 2900
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2859 ACCGTTCTTTGACAGTATATCAGGCAATTCTCTTGCACAAACTAAAATCAGAAAGTGAAA 2918
Query 2901 CAACCAACGATTCGAAGCTGAGTGGACCCCACAACATCACTTATGAAAGGTCTGCACAAC 2960
| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 2919 CTACCAACGGTTTGAAGCTGAGTGGACCCCACAACATCACATATGAAAGGGCTGCACAAC 2978
Query 2961 TTGGGGATTCTCGTGAAAATCTGTTTCCACCTGGATCTATGGAAGATGATGAGTATCGCC 3020
||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2979 TTGGGGATTTTCATAAAAATCTGTTTCCACCCGGATCTATGGAAGATGATGAGTATCGCC 3038
Query 3021 CGTTCTTGTCCTATTTGTTTACTCAT-AGACTTGCTTTGCGCCTGAAGGGGTCAAGTCAT 3079
||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 3039 CGTTCTTATCCTATTTGTTTGCTCATCA-ACTTGCTTTGCGCCTCAAGGGGTCAAGTCCT 3097
Query 3080 CCTCCGTATGACATATTGTTTCTTCTTAAGAGTCTGGAGGGCATGAACAGATTTCTCTTT 3139
||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3098 CCTGCATATGACATATTGTTTCTGCTTAAGAGTCTGGAGAGCATGAACAGATTTCTCTTT 3157
Query 3140 CACCTGATTTCTCTTGAACGGATTAATGCTTTTGGTGAAGGTAGGCTAGAGAATTTGGAT 3199
|||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3158 CACCTGATTTCTCTTGAAAGGGTTAATGCTTTCGGTGAAGGTAGGCTGGAGAATTTGGAT 3217
Query 3200 GATCTGAGGGTACAAGTTCGTCCTGTGCCACATTCTGAATTTGTTAGCAGTAAGCTTACA 3259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3218 GATCTGAGGGTACAAGTTCGTCCTGTGCCACATTCTGAATTTGTTAGCAGCAAGCTTACA 3277
Query 3260 GAGAAGTTAGAGCAGCAGCTTCGTGATTCTTTTGCTGTGTCAACCTGCGGTCTGCCACCA 3319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3278 GAGAAGTTAGAGCAGCAGCTTCGTGATTCTTTTGCTGTGTCAACCTGCGGTCTGCCACCA 3337
Query 3320 TGGTTTAATGATCTAATGGATTCATGTCCGTGTTTATTTAGTTTTGAAGCCAAGTCTAAA 3379
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3338 TGGTTTAATGATCTAATGGATTCATGTCCGTTTTTGTTTAGTTTTGAAGTTAAATCTAAA 3397
Query 3380 TACTTCCGACTTGCAGCCTTTGGTTCACAGAAAATCCGTCATCATCCACAGCACCTTAGC 3439
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3398 TACTTCAGACTTGCAGCCTTTGGTTCACAGAAGGTCCATCATCATCCACAGCACCTTAGC 3457
Query 3440 AGTTCAAATGTTCATGGCGAAGCGCGCCCAGTGACTGGTAGTTTACCTCGTAAAAAGTTC 3499
|||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3458 AGTTCAAATGTTCAGGGCGAAGGGCGCCCAGTAACTGGTAGTTTACCTCGTAAAAAATTC 3517
Query 3500 TTAGCTTGCCGTGAAAACATTCTAGAGTCTGCTGCCAAAATGATGGAGTTATATGGAAAC 3559
|||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3518 TTAGTTTGCCGTGAAAAAATTCTAGAGTCTGCTGCCAAAATGATGGAGTTATATGGCAAC 3577
Query 3560 CAGAAGGTGGTCATTGAGGTTGAATACAGTGAAGAAGTCGGGACTGGTCTTGGGCCAACA 3619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3578 CAGAAGGTGGTCATTGAGGTTGAATACAGTGAAGAAGTCGGAACTGGTCTTGGGCCAACA 3637
Query 3620 CTGGAGTTCTATACGCTTGTCAGTAGGGCATTTCAAAATCCCGATCTTGGTATGTGGAGA 3679
|||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3638 CTGGAGATCTATACACTTGTCAGTAGAGCATTTCAAAATCCTGATCTTGGTATGTGGAGG 3697
Query 3680 AATGATTGTAGTTT-TATTGTTGGAAAGCCAG-TCGAACACTCGGGAGTTTTGGCATCTT 3737
||||||||||||| | ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3698 AATGATTGTAGTTCCT-TTGTTGGGAAGCCAGGT-GAACACTCGGGAGTTTTGGCATCTT 3755
Query 3738 CTTCAGGACTCTTTCCACGCCCTTGGTCAGGTACATCAACTACGTCAGATGTGCTGCAGA 3797
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3756 CTTCAGGACTCTTTCCACGACCTTGGTCAGGTACATCAACTACTTCAGATGTGCTGCAGA 3815
Query 3798 AATTTGTCCTCTTGGGGACAGTGGTAGCAAAGGCTTTACAAGATGGACGAGTCTTAGACC 3857
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3816 AATTTGTCCTTTTGGGGACAGTGGTAGCAAAGGCTTTACAAGATGGTCGAGTCTTAGACC 3875
Query 3858 TTCCACTTTCCAAAGCCTTCTACAAATTAATTCTCGGACAGGAGTTGAGTTCATTTGACA 3917
|||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3876 TTCCTTTTTCCAAAGCCTTCTATAAACTAATTCTCGGACAGGAGCTGAGTTCATTTGACA 3935
Query 3918 TCCACTTCGTTGACCCTGAACTTTGTAAAACACTGGTGGAATTGCAAGCTCTGGTACGTA 3977
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3936 TCCACTTCGTTGACCCTGAACTTTGTAAAACAATGGTGGAATTGCAAGCTCTGGCACGTA 3995
Query 3978 GGAAAAAGCTTTTCGCTGAAGCACATGGTGATTCCGGAGCAGCCAAGTGTGATTTAAGTT 4037
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 3996 GGAAAAAGGTTTTCACTGAAGCACATGGTGATTCCCGACCAGCCAAGTGTGATTTAAGTT 4055
Query 4038 TCCATGGAACAAAGATTGAGGACCTTTGTCTTGAATTTGCATTGCCTGGCTACACGGATT 4097
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 4056 TCCATGGAACAAAGATTGAGGACCTTTCTCTTGGATTTGCATTACCTGGCTACACAGACT 4115
Query 4098 ATGATCTCGCTCCCTATTCTGCA-AATGATATGGTAAATTTGGATAACCTCGAGGAATAT 4156
||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4116 ATGATCTTGCTCCCTATTCTG-ATAATGATATGGTAAATTTGGATAACCTCGAGGAATAT 4174
Query 4157 ATCAAGGGTATTGTCAATGCCACAGTATGTAATGGGATCCAAAAACAAGTGGAAGCATTT 4216
||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4175 ATCAAGGCTATTATCAATGCCACAGTATGTAATGGTATCCAAAAACAAGTGGAAGCATTT 4234
Query 4217 CGGTCTGGATTTAATCAGGTTTTCTCTATTGAACATCTTCGGATATTCAACGAAGAGGAG 4276
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4235 CAGTCTGGATTTAATCAGGTTTTCCCTATTGAACATCTTCGGATATTCAATGAAGAGGAG 4294
Query 4277 CTGGAAACTATGCTGTGTGGAGAATGTGATCTCTTTAGTATGAATGAAGTCTTGGATCAC 4336
|||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4295 CTGGAAACTATGTTGTGTGGAGAACGCGATCTCTTTAATATGAATGAAGTCTTGGATCAC 4354
Query 4337 ATCAAGTTTGATCATGGATATACTTCTAGCAGCCCACCAGTTGAATATTTATTGCAGATT 4396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||
Sbjct 4355 ATCAAGTTTGATCATGGATATACTTCTAGCAGCCCACCGGTTGAAAATTTGTTGGAGATT 4414
Query 4397 CTGCATGAGTTTGATAGGGAGCAACAACGAGCCTTTTTGCAATTTGTAACAGGATCTCCC 4456
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4415 CTGCATGAGTTTGACAGGGAGCAACAACGAGCGTTTCTGCAATTTGTAACAGGATCTCCT 4474
Query 4457 CGGTTACCTCATGGTGGTTTGGCGTCTCTCAGTCCCAAACTAACAATCGTCCGCAAGCAT 4516
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4475 CGGCTACCTCATGGTGGTTTGGCGTCTCTCAATCCCAAACTAACAATTGTCCGCAAGCAT 4534
Query 4517 GGTAGCGATTCTTCAGATACTGACCTCCCTAGTGTGATGACATGCGCCAATTATCTGAAG 4576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4535 GGTAGCGATTCTTCAGATACTGACCTCCCTAGTGTGATGACATGCGCCAATTATCTGAAG 4594
Query 4577 CTTCCTCCTTATTCATCCAAAGAGAAGATGAAGGAGAAGCTGATTTATGCCATAACGGAA 4636
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4595 CTTCCTGCTTATTCATCCAAAGAGAAGATGAAGGAGAAGCTGATTTATGCCATAACTGAA 4654
Query 4637 GGTCAAGGTTCCTTCCATCTCTCTTAAGTT-AGGTTCTTGTAAAAAGTTAGCAGAAGCGG 4695
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4655 GGTCAAGGTTCCTTCCATCTCTCTTAAGTTTAGGTTCTTGTATAAAGTTAGCAGAAGCGG 4714
Query 4696 TAGT-GGAAGAGAAGAGTGGATTGTTAGAAGAGACGAA-AGGAAGCtcttc-ttcttctt 4752
||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||
Sbjct 4715 TAGGAGGAAGAGAAGAGTGGATTGTTAGAAGAGAC-AAGAGGAAGCTCTTCCTTCTTCTT 4773
Query 4753 tttaacatgg-ttttaaaaagttttcttcttttttaggattttGTACAAAAGAATAGCAA 4811
|||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4774 TTTAACATGGCTTTTTAAA-GTTTTCTTCTTTTT-AGGATTTTGTACAAAAGAATAGTAA 4831
Query 4812 TAAGTATAA-GTACTAGGAAAACAAAAGAAACTCTCTTTTTAAACTTATGGAAAAAGTTG 4870
|||||| || ||| |||||| ||| ||||||||||||| || | |||||||||||||
Sbjct 4832 TAAGTA-AACGTA---GGAAAA-AAA-GAAACTCTCTTTTGAAG-TGATGGAAAAAGTTG 4884
Query 4871 TACATAAAGAAATTCCTAAACTGGTTTTAATATTATTGTATA 4912
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4885 TATATAAAGAAATTCCTAAACTGGTTTTAATATTATTGTATA 4926
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 186329877408
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5