BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G03280.1
Length=4803
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487099 jgi|Araly1|487099|fgenesh2_kg.6__233__AT5G03280.1 7005 0.0
> Ahg487099 jgi|Araly1|487099|fgenesh2_kg.6__233__AT5G03280.1
Length=4706
Score = 7005 bits (3793), Expect = 0.0
Identities = 4092/4236 (97%), Gaps = 21/4236 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 573 TGTAGAGTTGACCTTGAATCCTACTCTGAGTAATTATATTATCAGATAGATTTAGGATGG 632
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 TGTTGAGTTGACCTTAAATCCTACTCTGAGTAATTATATTATCAGATAGATTTAGGATGG 546
Query 633 AAGCTGAAATTGTGAATGTGAGACCTCAGCTAGGGTTTATCCAGAGAATGGTTCCTGCTC 692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 AAGCTGAAATTGTGAATGTGAGACCTCAGCTAGGGTTCATCCAGAGAATGGTTCCTGCTC 606
Query 693 TACTTCCTGTCCTTTTGGTTTCTGTCGGATATATTGATCCCGGGAAATGGGTTGCAAATA 752
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 TACTGCCAGTCCTTTTGGTTTCTGTCGGATATATTGATCCCGGGAAATGGGTTGCAAATA 666
Query 753 TCGAAGGAGGTGCTCGTTTCGGGTATGACTTGGTGGCAATTACTCTGCTTTTCAATTTTG 812
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TTGAAGGAGGTGCTCGTTTCGGGTATGACTTGGTGGCAATTACTCTGCTTTTCAATTTTG 726
Query 813 CCGCCATCTTATGCCAATATGTTGCAGCTCGCATAAGCGTTGTGACTGGTAAACACTTGG 872
|||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 727 CCGCCATCTTGTGCCAGTATGTAGCAGCTCGAATAAGCGTTGTAACTGGTAAACACTTGG 786
Query 873 CTCAGATCTGCAATGAAGAATATGACAAGTGGACGTGCATGTTCTTGGGCATTCAGGCGG 932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 CTCAGATCTGCAATGAAGAATATGACAAGTGGACGTGCATGTTCTTGGGCATTCAGGCGG 846
Query 933 AGTTCTCAGCAATTCTGCTCGACCTTACCATGGTTGTGGGAGTTGCGCATGCACTTAACC 992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 AGTTCTCAGCAATTCTGCTCGACCTTACCATGGTTGTGGGAGTTGCGCATGCACTTAACC 906
Query 993 TTTTGTTTGGGGTGGAGTTATCCACTGGAGTGTTTTTGGCCGCCATGGATGCGTTTTTAT 1052
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 907 TTTTGTTTGGGGTGGAGTTATCTACTGGAGTGTTTTTGGCTGCCATCGATGCGTTTTTAT 966
Query 1053 TTCCTGTTTTCGCCTCTTTCCTTGAAAATGGTATGGCAAATACAGTATCCATTTACTCTG 1112
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 967 TTCCTGTTTTCGCCTCTTTCCTTGAAAATGGTATGGCAAATACAGTATCCATTTGCTCGG 1026
Query 1113 CAGGCCTGGTATTACTTCTCTATGTATCTGGCGTCTTGCTGAGTCAGTCTGAGATCCCAC 1172
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 CAGGCCTGGTTTTACTTCTCTATGTTTCTGGCGTCTTGCTGAGTCAGTCTGAGATCCCAT 1086
Query 1173 TCTCTATGAATGGAGTGTTAACTCGGTTAAATGGAGAGAGCGCATTCGCACTGATGGGTC 1232
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 TCTCTATGAACGGAGTGTTAACTCGGTTAAATGGAGAGAGCGCATTCGCACTGATGGGTC 1146
Query 1233 TTCTTGGCGCAAGCATCGTCCCTCACAATTTTTATATCCATTCTTATTTTGCTGGGGAAA 1292
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TTCTTGGAGCAAGCATCGTCCCTCACAATTTTTATATCCATTCTTATTTTGCTGGGGAAA 1206
Query 1293 GTACATCTTCGTCTGATGTC-GACAAGAGCAGCTTGTGTCAAGACCATTTGTTCGCCATC 1351
||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1207 GTACATCTTTGTCAGATG-CGGACAAGAGCAGCTTGTGTCAAGATCATTTGTTCGCCATC 1265
Query 1352 TTTGGTGTCTTCAGCGGACTGTCACTTGTAAATTATGTATTGATGAATGCAGCAGCTAAT 1411
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1266 TTTGGTGTCTTCAGCGGACTTTCACTTGTAAATTATGTATTGATAAATGCAGCAGCGAAT 1325
Query 1412 GTGTTTCACAGTACTGGCCTTGTGGTACTGACTTTTCACGATGCCTTGTCACTAATGGAG 1471
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1326 GTGTTCCACAGTACTGGCCTTGTGGTATTGACTTTTCACGATGCCATGTCACTAATGGAG 1385
Query 1472 CAGGTATTTATGAGTCCGCTCATTCCAGTGGTCTTTTTGATGCTCTTGTTCTTCTCTAGT 1531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CAGGTATTTATGAGTCCGCTCATTCCAGTGGTCTTTTTGATGCTCTTGTTCTTCTCTAGT 1445
Query 1532 CAAATTACCGCACTAGCTTGGGCTTTCGGTGGAGAGGTCGTCCTGCATGACTTCCTGAAG 1591
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 CAAATTACAGCACTAGCTTGGGCTTTCGGTGGAGAGGTCGTCCTGCATGACTTCCTGAAG 1505
Query 1592 ATAGAAATACCCGCTTGGCTTCATCGTGCTACAATCAGAATTCTTGCAGTTGCTCCTGCG 1651
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 ATAGAAATACCCGGTTGGCTTCATCGTGCTACAATCAGAATTCTTGCAGTTGCTCCTGCC 1565
Query 1652 CTTTATTGTGTATGGACATCTGGTGCAGACGGAATATACCAGTTACTTATATTCACCCAG 1711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 CTTTATTGTGTATGGACATCTGGTGCAGACGGAATATACCAGTTACTTATATTCACCCAG 1625
Query 1712 GTCTTGGTGGCAATGATGCTTCCTTGCTCGGTAATACCGCTTTTCCGCATTGCTTCGTCG 1771
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1626 GTCCTGGTGGCGATGATGCTTCCTTGCTCAGTAATACCGCTGTTCCGCATTGCTTCGTCG 1685
Query 1772 AGACAAATCATGGGTGTCCATAAAATCCCTCAGGTTGGCGAGTTCCTCGCACTTACAACG 1831
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 AGACAAATCATGGGTGTCCATAAAATCCCTCAGGTTGGCGAGTTCCTCGCACTTACAACA 1745
Query 1832 TTTTTGGGATTTCTGGGGTTGAATGTTGTTTTTGTTGTTGAGATGGTATTTGGGAGCAGT 1891
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 TTTTTGGGATTTCTGGGTTTGAATGTTGTTTTTGTTGTTGAGATGGTATTTGGGAGCAGT 1805
Query 1892 GACTGGGCTGGTGGTTTGAGATGGAATACCGTGATGGGCACCTCGATTCAGTACACCACT 1951
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GACTGGGCTGGTGGTTTAAGATGGAATACCGTGATGGGCACCTCGATTCAGTACACCACT 1865
Query 1952 CTGCTTGTATCGTCATGTGCATCCTTATGCCTGATACTCTGGCTGGCAGCCACGCCGCTG 2011
|||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1866 CTGCTTGTATCGTCATGTGCATCCTTTTGCCTAATGCTCTGGCTTGCAGCTACGCCGCTG 1925
Query 2012 AAATCTGCGAGTAACAGAGCGGAAGCTCAAATATGGAACATGGATGCTCAAAATGCTTTA 2071
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 AAATCTGCGAGTAACAGAGCAGAAGCTCAAATATGGAACATGGATGCTCAAAATGCTTTA 1985
Query 2072 TCTTATCCATCTGTTCAAGAAGAGGAAATTGAAAGAA-CAGAAACAAGGAGGAACGAAGA 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||
Sbjct 1986 TCTTATCCATCTGTTCAAGAAGAGGAAATTGAAAGAAGC-GAAACAAGGCGGAATGAAGA 2044
Query 2131 CGAATCAATAGTGCGGTTGGAAAGCAGGGTAAAGGATCAGTTGGATACTACGTCTGTTAC 2190
|||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2045 CGAATCGATAGGGCGACTGGAAAGCAGGATAAAGGATCAGTTTGATACTACGTCTGTTAC 2104
Query 2191 TAGCTCGGTCTATGATTTGCCAGAGAACATTCTAATGACGGATCAAGAAATCCGTTCGAG 2250
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TAGCCCGGTCTATGATTTGCCAGAGAACATTCTAATGACGGATCAAGAAATCCGTTCGAG 2164
Query 2251 CCCTCCAGAGGAAAGAGAGTTGGATGTAAAGTACTCTACCTCTCAAGTTAGTAGTCTTAA 2310
||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 CCCTCTAGAGGAAAGTGAGTTGGATGTAAAATTCTCTACCTCTCAAGTTAGTAGTCTTAA 2224
Query 2311 GGAAGACTCTGATGTAAAGGAACAGTCTGTATTGCAGTCAACAGTGGTTAATGAGGTCAG 2370
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2225 GGAAGACTCTGATGTAAAGGAACAGTCTGTAGTGCAGTCAACGGTGGTTAATGAGGTCAG 2284
Query 2371 TGATAAGGATCTGATTGTTGAAACAAAGATGGCGAAAA-TTGAACCAATGAGTCCTGTGG 2429
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2285 TGATAAGGATCTGATTGTTGAAACAAAGATGGC-AAAATTTGAACCGATGAGTCCTGTGG 2343
Query 2430 AGAAGATTGTTAGCATGGAGAATAACAGCAAGTTTATTGAAAAGGATGTTGAAGGGGTTT 2489
||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 AGAAGATTGTTAGTATGGAGAATAACAGCATGTTCATTGAAAAGGATGTTGAAGGGGTTT 2403
Query 2490 CATGGGAAACAGAAGAAGCTACCAAAGCTGCTCCTACAAGCAACTTTACTGTCGGATCTG 2549
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 CATGGGAAACAGAAGAAGCTACCAAAGCTGCTCCTGCAAGCAACTTTACTGTCGGATCTG 2463
Query 2550 ATGGTCCTCCTTCATTCCGCAGCTTAAGTGGGGAAGGGGGAAGTGGGACTGGAAGCCTTT 2609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 ATGGTCCTCCTTCATTCCGCAGCTTAAGTGGGGAAGGGGGAAGTGGGACTGGAAGCCTTT 2523
Query 2610 CACGGTTGCAAGGTTTGGGACGTGCTGCCCGGAGACACTTATCTGCGATCCTTGATGAAT 2669
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2524 CACGGTTGCAAGGTTTGGGGCGTGCTGCCCGGCGACATTTATCAGCGATCCTTGATGAAT 2583
Query 2670 TTTGGGGACATTTATATGATTTTCATGGGCAATTGGTTGCTGAAGCCAGGGCAAAGAAAC 2729
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2584 TTTGGGGACATTTATATGATTTCCATGGGCAATTGGTTGCTGAAGCCAGGGCAAAGAAAA 2643
Query 2730 TAGATCAGCTGTTTGGCACTGATCAAAAGTCAGCCTCTTCTATGAAAGCAGATTCGTTTG 2789
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2644 TAGATCAGTTGTTTGGCGCTGATCAAAAGTCAGCCTCTTCTATGAAAGCAGATTCTTTTG 2703
Query 2790 GAAAAGACATTAGCAGTGGATATTGCATGTCACCAACTGCGAAGGGAATGGATTCACAGA 2849
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2704 GAAAAGACATGAGTAGTGGATATTGCATGTCACCAACTGCAAAGGGAATGGATTCACAGA 2763
Query 2850 TGACTTCAAGTTTATATGATTCACTGAAGCAGCAGAGGACACCGGGAAGTATCGATTCGT 2909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2764 TGACTTCAAGTTTATATGATTCACTGAAGCAGCAGAGGACACCCGGAAGTATCGATTCGT 2823
Query 2910 TGTATGGATTACAAAGAGGTTCGTCACCGTCACCGTTGGTCAACCGTATGCAGATGTTGG 2969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2824 TGTATGGATTACAAAGAGGTTCGTCACCGTCACCGTTGGTCAACCGTATGCAGATGTTGG 2883
Query 2970 GTGCATATGGTAACACCACTAATAATAATAATGCTTACGAATTGAGTGAGAGAAGATACT 3029
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884 GTGCTTATGGTAACACCACTAATAATAATAATGCTTATGAATTGAGTGAGAGAAGATACT 2943
Query 3030 CTAGCCTGCGTGCTCCATCATCTTCAGAGGGTTGGGAACACCAACAACCAGCTACAGTTC 3089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2944 CTAGCCTGCGTGCTCCATCATCTTCAGAGGGTTGGGAACACCAACAACCAGCTACAGTTC 3003
Query 3090 ACGGATACCAGATGAAGTCATATGTAGACAATTTGGCAAAAGAAAGGCTTGAAGCCTTAC 3149
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3004 ACGGATACCAGATTAAGTCATATGTTGACAATTTGGCAAAAGAAAGGCTTGAAGCCTTAC 3063
Query 3150 AATCCCGTGGAGAGATCCCGACATCGAGATCTATGGCGCTTGGTACATTGAGCTATACAC 3209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 AATCCCGTGGAGAGATCCCGACATCGAGATCTATGGCGCTTGGTACATTGAGCTATACAC 3123
Query 3210 AGCAACTTGCTTTAGCCTTGAAACAGAAGTCCCAGAATGGTCTAACCCCTGGACCAGCTC 3269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3124 AGCAACTTGCTTTAGCCTTGAAACAGAAGTCCCAGAATGGTCTAACCCCTGGACCAGCTC 3183
Query 3270 CTGGGTTTGAGAATTTTGCTGGGTCTAGAAGCATATCGCGACAATCTGAAAGATCTTATT 3329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3184 CTGGGTTTGAGAATTTTGCTGGGTCTAGAAGCATATCGCGACAATCTGAAAGATCTTATT 3243
Query 3330 ACGGTGTTCCATCTTCTGGCAATACTGATACTGTTGGCGCAGCAGTAGCCAATGAGAAAA 3389
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3244 ACGGTGTTCCATCTTCTGGAAATACTGATACTGTTGGCGCAGCAGTAGCCAATGAGAAAA 3303
Query 3390 AATATAGTAGCATGCCAGATATCTCAGGATTGTCTATGTCCGCAAGGAACATGCATTTAC 3449
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3304 AGTATAGTAGCATGCCAGATATCTCAGGATTGTCTATGTCTGCAAGGAACATGCATTTGC 3363
Query 3450 CAAACAACAAGAGTGGATACTGGGATCCGTCAAGTGGAGGAGGAGGGTATGGTGCGTCTT 3509
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3364 CGAACAACAAGAGCGGATACTGGGATCCGTCAAGTGGAGGAGGAGGGTATGGTGCGTCTT 3423
Query 3510 ATGGTCGGTTAAGCAATGAATCATCGTTATATTCTAATTTGGGGTCACGGGTGGGAGTAC 3569
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3424 ATGGTCGGTTAAGCAACGAATCATCGCTATATTCTAATTTGGGGTCACGGGTTGGAGTAC 3483
Query 3570 CCTCGACTTATGATGACATTTCTCAATCAAGAGGAGGCTACAGAGATGCCTACAGTTTGC 3629
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3484 CCTCGGCTTATGATGACATTTCTCAATCAAGAGGAGGCTACAGAGATGCCTACACTTTGC 3543
Query 3630 CACAGAGTGCAACAACAGGGACCGGATCGCTTTGGTCCAGACAGCCCTTTGAGCAGTTTG 3689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3544 CACAGAGTGCAACAACAGGGACCGGATCGCTTTGGTCAAGACAGCCCTTTGAGCAGTTTG 3603
Query 3690 GTGTAGCGGAGAGGAATGGTGCTGTTGGTGAGGAGCTCAGGAATAGATCGAATCCGATCA 3749
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3604 GTGTAGCGGAGAGGAATGGTGCAGTTGGTGAGGAGCTCAGGAATAGATCGAATCCGATAA 3663
Query 3750 ATATAGACAACAACGCTTCTTCTAATGTTGATGCAGAGGCTAAGCTTCTTCAGTCGTTCA 3809
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3664 ATATAGACAGCAACGCTTCTTCTAATGTGGATGCAGAGGCTAAGCTTCTTCAGTCGTTCA 3723
Query 3810 GGCACTGTATTCTAAAGCTTATTAAACTTGAAGGATCCGAGTGGTTGTTTGGACAAAGCG 3869
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3724 GGCACTGTATTCTAAAGCTTATCAAACTGGAAGGATCCGAGTGGTTGTTTGGACAAAGCG 3783
Query 3870 ATGGAGTTGATGAAGAACTGATTGACCGGGTAGCTGCACGAGAGAAGTTTATCTATGAAG 3929
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3784 ATGGAGTCGATGAAGAACTGATTGACCGGGTAGCTGCACGAGAGAAGTTTATCTATGAAG 3843
Query 3930 CTGAAGCTCGAGAAATAAACCAGGTGGGTCACATGGGGGAGCCACTAATTTCATCGGTTC 3989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3844 CTGAAGCTCGAGAAATAAACCAGGTGGGTCACATGGGGGAGCCACTAATTTCATCGGTTC 3903
Query 3990 CTAACTGTGGAGATGGTTGCGTTTGGAGAGCTGATTTGATTGTGAGCTTTGGAGTTTGGT 4049
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3904 CTAATTGTGGAGATGGTTGCGTTTGGAGAGCTGATCTGATTGTGAGCTTTGGAGTTTGGT 3963
Query 4050 GCATTCACCGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAGAGTCGGCCTGAGCTTTGGGGAAAGT 4109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3964 GCATTCACCGTGTCCTTGACTTGTCTCTCATGGAGAGTCGGCCTGAGCTCTGGGGAAAGT 4023
Query 4110 ACACTTACGTTCTCAACCGCCTACAGGGAGTGATTGATCCGGCGTTCTCAAAGCTGCGGA 4169
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4024 ACACCTACGTTCTCAACCGCCTTCAGGGAGTGATTGATCCGGCATTCTCAAAGCTGCGGA 4083
Query 4170 CACCAATGACACCGTGCTTTTGCCTTCAGATTCCAGCGAGCCACCAGAGAGCGAGTCCGA 4229
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4084 CACCGATGACACCGTGTTTTTGCCTTCAGATTCCAGCGAGCCACCAGAGAGCGAGTCCGC 4143
Query 4230 CTTCAGCTAACGGAATGTTACCTCCGGCTGCAAAACCGGCTAAAGGCAAATGCACAACCG 4289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4144 CTTCAGCTAACGGAATGTTACCTCCGGCTGCAAAACCGGCTAAAGGCAAATGCACAACCG 4203
Query 4290 CAGTCACACTTCTTGATCTAATCAAAGACGTTGAAATGGCAATCTCTTGTAGAAAAGGCC 4349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4204 CAGTCACACTTCTTGATCTAATCAAAGACGTTGAAATGGCAATCTCTTGTAGAAAAGGCC 4263
Query 4350 GAACCGGTACAGCTGCAGGTGATGTGGCTTTCCCAAAGGGGAAAGAGAATTTGGCTTCGG 4409
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4264 GAACCGGTACAGCTGCAGGAGACGTGGCTTTCCCAAAGGGGAAAGAGAATTTGGCTTCGG 4323
Query 4410 TTTTGAAGCGGTATAAACGTCGGTTATCGAATAAACCAGTAGGTATGAATCAGGATGGAC 4469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4324 TTTTGAAGCGGTATAAACGTCGGTTATCGAATAAACCGGTAAGTATGAATCAGGATGGAC 4383
Query 4470 CCGGTTCAAGAAAAAACGTGACTGCGTACGGATCATTGGGTTGAAGAAGAAGAACATTGT 4529
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 4384 CCGGTTCAAGAAAGAACGTGACTGCGTACGGATCATTGGGTTGAAGAAGAA-AA--T--- 4437
Query 4530 GAGAAATCTCATGATCAAAGTGACGTCGAGAGGGAAGCCGAAGAATCAAAACTCTCGCTT 4589
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4438 -------CTCATGATCAAGGAGACGTCGAGAGGGAAGCCGAAGAATCAAAACTCTTGCTT 4490
Query 4590 TTGATTGCTCCTCTGCTTCGTTAATTGTGTATTAAGAAAAGAAGaaaaaaaaTGGATTTT 4649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4491 TTGATTGCTCCTCTGCTTCGTTAATTGTGTATTAAGAAAAGAAGAAAAAAAAAGGATTTT 4550
Query 4650 TGTTGCTTCAGAATTTTTCGCTCtttttttCTTAATTTGGTTGTAATGTTATGTTTATAT 4709
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4551 TGTTGCTTCAGAATTTTTCGCTCTTTTTTTTTTAATTTGGTTGTAATGTTATGTTTATAT 4610
Query 4710 ACATATATCATCATCATAGGACCATAG-CTACAAACCGAATCCGGTTTGTGTAATTCTA- 4767
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4611 ACATATATCATCATCATAGGACCATAGGCTACAAACCGAATCCGGTTTGTGTAATTTTAA 4670
Query 4768 TGCGGAATCATAAAGAAATCGTCGGTTTGAAATGTT 4803
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4671 TGCGGAATCATAAAGAAATCGTCGGTTTGAATTGTT 4706
Score = 315 bits (170), Expect = 3e-84
Identities = 199/213 (93%), Gaps = 1/213 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 97 ttgaagatccgtttctctctctctcACTGAGACTATTGTTGTTAGGTCAACTTGCGATCA 156
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 74 TTGAAGATCCGTTTCTCTCTCTCTCACTGAGAATATTGTTCTTAGGTCAACTTGCGATCA 133
Query 157 TGGCGATTTCGAAGGTCTGAAGCTGATTTCGAATGGTTTGGAGATATCCGTAGTGGTTAA 216
|||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | | |||||
Sbjct 134 TGGCGATTTCAAAGGTCTGAGGCTGATTTCGAATGGTTTGGGGATATCCGAATTAGTTAA 193
Query 217 GCATATGGAAGTCTATGTTCTGCTCTTGGTTGCTCTGTTAGGGCTTCCTCCATTTGGACC 276
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 194 GCATATGGAAGTCTGTGTTCTGCTCTTGGCTGCTCTATTAGGGCTTCCTCCATTTGGACC 253
Query 277 AACTTAGCTGAATGTTGTATGATCTCTCTCCTT 309
||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 254 AACTTAGCTCA-TGTTGTATGGTCTCTCTCCTT 285
Score = 207 bits (112), Expect = 5e-52
Identities = 183/214 (86%), Gaps = 18/214 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 337 TCCTTAACTTAACATCTGGTTACTAGAGGAAACTTCAGCTATTATTAGGTAAAGAAAGAC 396
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 281 TCCTTAACTTAGCAT-TGGTTACTAGAGGAAACTTCAGCTATTA---GGTAAAAAAAGAC 336
Query 397 TGTACAGAGTTGTATAACAAGTA-AGCGTTAGAGTGGCTTTGTTTGCCTCGGTG--AT-- 451
||||||||| |||| |||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 337 TGTACAGAGCTGTAAAACAAG-ACAGTGTTAGAGTGGCTTTATTTGCCTCAGTGTTATTT 395
Query 452 --A--GAAGAACCGACTGATTCGTTGTTGTGTGTTAGCTTTGGAGGGAATCAGATTT-CG 506
| |||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 396 TGACAGAAGAACCGACTGATTCGCTACTGTGTGTGA-CTTTGGAGGGAATCAAATTTAC- 453
Query 507 CGAGGGAA-GGTGTTTTAGATCAAATCTGTGAAT 539
| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 454 CAAGGGAAAGGTGTTTTAGATCAAATCTGTGAAT 487
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 181762968648
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5