BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G03540.3
Length=2286
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939738 jgi|Araly1|939738|scaffold_600282.1 2470 0.0
> Ahg939738 jgi|Araly1|939738|scaffold_600282.1
Length=1955
Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0
Identities = 1430/1476 (97%), Gaps = 2/1476 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 580 TAAAGCGGTGGAGCCTGATCGCCTATTTGATGGCCTTCCCAACTCACTGAGACCATCCTC 639
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TAAAGCCGTGGAGCCTGATCGCCTATTTGATGGCCTTCCCAACTCACTGAGACCATCCTC 539
Query 640 AGACGGGGATGGAGGTGGAAAACCCCACGGAGGACATCACAATGATGACGCGGAAACTGC 699
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 AGACGGTGATGGAGGTGGAAAACCCCACGGAGGACATCACAACGATGACGCGGAAACTGC 599
Query 700 TGCTTATACACTTCCAATCCTCATTCCGTCACGGGTGTTGCCACTTTTGCATGACTTGGC 759
|||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AGCTTATACACTTCCAATCCTCATTCCGTTAAGGGTATTGCCACTTTTGCATGACTTGGC 659
Query 760 ACAGCAAATGGTTCAGGCTGGTCACCAACAACAGTTGCTACAAATTTATAGGGACACACG 819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 660 ACAGCAAATGGTTCAGGCTGGTCACCAACAACAGTTGCTACAAATTTATAGAGAAACACG 719
Query 820 TTCCTTTGTCTTGGAAGAAAGCTTAAAGAAATTGGGAGTTGAAAAACTTAGCAAAGAGGA 879
|| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 ATCTTTTGTCTTGGAAGAAAGCCTAAGGAAATTGGGAGTTGAAAAACTTAGCAAAGAGGA 779
Query 880 TGTCCAGAGGATGCAGTGGGAAGTTTTGGAGGCCAAAATTGGAAATTGGATCCATTTCAT 939
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGTTCAGAGGATGCAGTGGGAAGTTTTGGAGGCCAAAATTGGAAATTGGATCCATTTCAT 839
Query 940 GCGCATTGCTGTTAAATTACTCTTTGCTGGAGAAAGACAAGTATGTGACCAGATATTCCG 999
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 GCGCATTGCTGTTAAATTACTCTTTGCTGGAGAAAGGCAAGTATGTGACCAGATATTTCG 899
Query 1000 AGGCTTCGATTCTCTAAGTGATCAGTGTTTTGCAGAAGTTACAGTGAGCAGTGTCTCAAT 1059
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGGTTTCGATTCTCTAAGTGATCAGTGTTTTGCAGAGGTTACAGTGAGCAGTGTCTCAAT 959
Query 1060 GCTACTTAGCTTTGGGGATGCTATAGCCAGGAGCAAGAGATCTCCAGAAAAGTTGTTTGT 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTACTTAGCTTTGGGGATGCTATAGCCAGGAGCAAGAGATCTCCAGAAAAGTTGTTTGT 1019
Query 1120 ACTCTTAGACATGTATGAGATAATGCGGGAGCTTCATACAGAGATTGAGACAATTTTCAA 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACTCTTAGACATGTATGAGATAATGCGGGAGCTTCATACAGAGATTGAGACAATTTTCAA 1079
Query 1180 AGGGAAAGCATGCCTCGAAATTAGAGATTCTGCGACGGGCTTGACAAAGCGGTTGGCGCA 1239
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGGTAAAGCATGCCTTGAAATTAGAGATTCTGCTACGGGCTTGACAAAGCGGTTGGCGCA 1139
Query 1240 AACTGCTCAGGAAACATTTGGTGATTTTGAAGAAGCTGTTGAGAAAGATGCTACAAAGAC 1299
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GACTGCTCAGGAAACATTTGGTGATTTCGAAGAAGCTGTTGAGAAAGATGCTACAAAGAC 1199
Query 1300 TGCTGTTCTAGATGGAACTGTCCACCCACTAACAAGCTATGTCATCAATTATGTCAAGTT 1359
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1200 TGCTGTTCTAGATGGAACCGTCCACCCACTAACAAGCTATGTCATCAATTATGTGAAGTT 1259
Query 1360 TTTATTCGACTACCAAACAACATTGAAGCAACTTTTCTTGGAATTTGGAAATGGAGATGA 1419
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTTATTCGACTACCAAACGACATTGAAGCAACTTTTCTTGGAATTTGGAAATGGAGATGA 1319
Query 1420 CTCAAATTCGCAGCTAGCATCCGTAACGATGCGGATAATGCAGGCGCTTCAAAACAACTT 1479
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 CTCAAATTCGCAGCTAGCATCTGTAACAATGCGGATAATGCAGGCACTTCAAAACAACTT 1379
Query 1480 GGACGGAAAATCGAAACAGTACAAAGATCCTGCATTGACACACTTGTTCCTGATGAACAA 1539
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGATGGAAAATCGAAACAGTACAAAGATCCTGCATTGACACACTTGTTCCTGATGAACAA 1439
Query 1540 CATTCATTACATGGTCAGATCTGTGCGCAGGTCAGAAGCCAAGGATTTGTTAGGCGATGA 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1440 CATTCATTACATGGTCAGATCTGTGCGCAGGTCAGAAGCCAAGGATTTGCTAGGCGATGA 1499
Query 1600 TTGGGTTCAAAGACATAGGCGTATCGTGCAGCAACATGCAAACCAATACAAAAGAGTTGC 1659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 TTGGGTTCAAAGACATAGGCGTATCGTGCAGCAACATGCAAACCAATACAAAAGGGTTGC 1559
Query 1660 CTGGACAAAGATACTACAAAGCTCATCGGCGCAAGGTTTGACCTCATCTGGGGGAGGAAG 1719
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CTGGACAAAGATATTACAATGCTCATCGGCGCAAGGTTTAACCTCATCTGGGGGAGGAAG 1619
Query 1720 TTTAGAGGGAGGAAACAGCAGTGGAGTTTCAAGAGGATTATTAAAAGAGAGGTTCAAGAT 1779
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTTAGAGGGAGGAAACAGCAGTGGAGTTTCACGAGGATTATTGAAAGAGAGGTTCAAGAT 1679
Query 1780 GTTCAATATGCAGTTTGATGAGTTGCATCAGAGACAATCGCAATGGACAGTTCCAGACAC 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GTTCAATATGCAGTTTGATGAGTTGCATCAGAGACAATCTCAATGGACAGTTCCAGACAC 1739
Query 1840 AGAGTTAAGAGAGTCACTAAGACTTGCTGTTGCTGAAGTATTATTGCCTGCTTATAGATC 1899
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1740 AGAGTTAAGAGAGTCACTAAGACTTGCTGTTGCCGAAGTATTATTGCCTGCTTACAGATC 1799
Query 1900 ATTCCTCAAACGCTTTGGGCCTTTGGTTGAGAGTGGGAAGAATCCTCAGAAATACATAAA 1959
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ATTCCTCAAACGCTTTGGGCCCTTGGTTGAGAGTGGGAAGAATCCTCAGAAATACATAAA 1859
Query 1960 GTATACAGCTGAAGATCTTGAAAGATTGTTGGGTGAGTTGTTTGAAGGAAAGTCTATGAA 2019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GTATACAGCTGAAGATCTTGAAAGATTGTTGGGTGAGTTGTTTGAAGGAAAGTCTATGAA 1919
Query 2020 TGAACCACGCCGGTaaaaaaaCAACT--AAAAGATG 2053
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1920 TGAACCACGCCGGTAAAGAAACAACCCCAAAAGATG 1955
Score = 734 bits (397), Expect = 0.0
Identities = 457/485 (94%), Gaps = 7/485 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 TTTCTCCAGTTTTGGAA-TTCGCCATGGCTGTTGATAGCAGAATGGATCTGCTAAGCGAA 76
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1 TTTCTCCAGTTTTGGAATTTTGCCATGGCTGTTGATAGCAGAATGGATCTACTCAGCGAA 60
Query 77 AGAGCTGTGTTGATGAGAGCATCTCTTCAAAAGAGTCAAACCATCACCGATAATGTTGTT 136
|||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAGCTCTGTTGATGAGAGCTTCTCTTCAGAAGAGTCAAACCATCACCGATAATGTTGTC 120
Query 137 TCTATCCTCGGCTCCTTCGATAGTCGTCTGTCTGCTCTTGAAACCGCCATGCGTCCTACT 196
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCTATCCTCGGCTCTTTCGATAGTCGTCTCTCTGCTCTCGAAACCGCCATGCGTCCTACT 180
Query 197 CAGATTAGGACTCATGCTATAAGGAAAGCTCATGAGAATATTGATAGGACTCTTAAGGCT 256
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAGATTAGAACTCATGCTATAAGGAAAGCTCATGAGAATATTGATAGGACTCTTAAGGCT 240
Query 257 GCTGAAGTTATTTTGTCTCAATTCGATCTCCTCCGTCAGGCAGAGACTAAAGTACTCAAG 316
||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCTGAGGTTATTTTGTCTCAATTCGATCT-C-ACGT----CAGAGACTAAAGTACTCAAG 294
Query 317 GGGCCACATGAGGACCTGGAAAGTTATCTGGATGCAATTGCTCAACTCAGAAAGATTATT 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 GGGCCACATGAGGACCTGGAAAGTTATCTGGATGCAATTGCTCAACTCAGAAAGATTATT 354
Query 377 CGTTATTTTATGAGCAACAAAAGCTTTAAGAGTAGTGATGGAGTTCTCAACCACGCAAAT 436
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 355 CGTTATTTTATGAGCAACAAAAGCTTAAAGAGTAGCGATGGAGTTCTCAACCATGCTAAT 414
Query 437 AGTTTGCTTGCTAAAGCACAGTCAAAGCTGGAGGAAGAGTTTAAGCAGTTGCTAGCTTCT 496
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 415 AGCTTGCTTGCTAAAGCACAGTCAAAGCTAGAGGAGGAGTTTAAGCAGTTGCTTGCTTCT 474
Query 497 TACAG 501
|||||
Sbjct 475 TACAG 479
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86083953700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5