BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04240.1
Length=4263
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487204 jgi|Araly1|487204|fgenesh2_kg.6__338__AT5G04240.1 6691 0.0
> Ahg487204 jgi|Araly1|487204|fgenesh2_kg.6__338__AT5G04240.1
Length=4249
Score = 6691 bits (3623), Expect = 0.0
Identities = 4064/4275 (95%), Gaps = 38/4275 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGTAATGTTGAAATTCCGAATTGGCTTAAAGCTTTGCCATTGGCACCTGTGTTTAGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGTAATGTTGAAATTCCGAATTGGCTTAAAGCTTTGCCATTGGCACCTGTGTTTAGA 60
Query 61 CCTACAGACACTGAATTTGCAGATCCCATTGCTTACATATCGAAAATCGAAAAGGAAGCT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 CCTACAGACACTGAATTTGCAGATCCCATTGCGTATATATCGAAAATCGAGAAGGAAGCT 120
Query 121 AGTGCCTTTGGGATTTGCAAGATCATTCCTCCTTTACCCAAGCCATCGAAAAAGTATGTT 180
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 AGTGCTTTTGGGATTTGCAAGATCATTCCTCCTTTACCCAAGCCATCCAAAAAGTATGTT 180
Query 181 TTCTACAACTTGAACAAGTCTCTTTTGAAGTGTCCCGAATTGGTTTCAGATGTTGACATT 240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 TTCTATAACTTGAACAAGTCTCTTTTGAAGTGTCCGGAGTTGGTTTCGGATGTTGACATT 240
Query 241 TCGAAGGTGTGTAAAGAGGATAGAGCTGTATTCACCACTAGGCAGCAAGAGTTAGGCCAA 300
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCCAAGGTGTGTAAAGAGGACAGAGCTGTATTCACCACTAGGCAGCAAGAGTTAGGCCAG 300
Query 301 ACTGTGaaaaaaaaC-AAAGGAGAGAAGGGTAAGAGTAATTCTCAAAGGAGTGGTGTTAA 359
|||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACTGTG-AAAAAAACGAAAGGAGAGAAGAGTAAGAGTAATTCTCAAAGGAGTGGTGTTAA 359
Query 360 GCAGGTTTGGCAAAGTGGAGGCGTTTATACATTGGATCAGTTTGAAGCTAAGTCGA-AAG 418
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 360 GCAGGTTTGGCAAAGTGGAGGCGTATATACATTGGAGCAGTTTGAAACTAAGTCGAGAA- 418
Query 419 CTTTCTACAAAACCCAATTAGGAACGGTTAAGGAACTGGCACCAGTTGTCATTGAGGCAT 478
|||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||| |||||||||||
Sbjct 419 CTTTCTACAAAAGCCAATTAGGGACGATTAAAGAAGTGTCACCAGTTGCCATTGAGGCAT 478
Query 479 TGTTCTGGAAAGCGGCTTTAGAGAAGCCTATATATATAGAGTATGCTAATGACGTGCCTG 538
||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 479 TGTTCTGGAAAACGGCTTCAGATAAGCCTATATACATAGAGTATGCTAATGATGTGCCTG 538
Query 539 GCTCTGCTTTCGGTGAGCCAGA-GGATCATTTCAGGCATTTCCGGCAGAGGAAGAGGAGG 597
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GCTCTGCTTTCGGTGAGCCAGATGG-TCATTTCAGGCATTTCCGGCAGAGGAAGAGGAGG 597
Query 598 GGCAGGGGATTTTATCAGAGGAAGACAGAAAAT-AATGATCCATCAGGTAAGAACGGTGA 656
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 598 GGCAGGGGATTTTATCAGAGGAAGACAG-AAATCAATGACCCATCAGGTAAGAGCGGTGA 656
Query 657 AAAGTCATCGCCTGAGGTAGAAAAGGCACCCCTTGCTTCTACAAGTTTATCATCTCAGGA 716
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 AAACTCATCCCCTGAGGTAGAAAAGGCACCCCTTGCTTCTACAAGTTTATCATCTCAGGA 716
Query 717 TTCGTCCAAGCAGAAGAACATGGATATTGTTGATGAAATGGAAGGTACTGCAGGCTGGAA 776
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 717 TTCGTCCAAGCAGAAGAACGTGGATATTGTTGATGAAATGGAAGGCACTGCAGGCTGGAA 776
Query 777 GCTCTCCAACAGTTCGTGGAACCTTCAGATGATTGCACGTTCACCTGGTTCTGTTACACG 836
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GCTCTCCAACAGTTCGTGGAACCTTCAGACGATTGCACGTTCACCTGGTTCTGTTACACG 836
Query 837 TTTCATGCCAGATGACATTCCTGGTGTTACATCTCCCATGGTTTATATCGGTATGTTGTT 896
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTTCATGCCAGATGACATCCCTGGTGTCACATCTCCCATGGTTTATATCGGTATGTTGTT 896
Query 897 CAGTTGGTTTGCCTGGCACGTTGAGGATCATGAGCTTCACAGTATGAATTATCTTCACAC 956
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 CAGCTGGTTTGCCTGGCACGTTGAGGATCATGAGCTTCACAGTATGAATTATCTTCACAC 956
Query 957 TGGCTCACCAAAGACTTGGTACGCTGTCCCTTGTGATTATGCGCTTGACTTTGAAGAGGT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 957 TGGCTCACCAAAGACTTGGTACGCTGTCCCTTGTGATTATGCGCTTGACTTTGAAGAGAT 1016
Query 1017 TATCCGCAAAAATTCTTATGGCAGGAACATTGACCAACTGGCTGCTCTCACCCAACTAGG 1076
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TATCCGCAAAAATTCTTGTGGCAGAAACATTGACCAATTGGCTGCTCTCACCCAACTAGG 1076
Query 1077 CGAAAAGACAACTCTTGTATCACCTGAGATGATAGTTGCATCTGGCATTCCCTGCTGTAG 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CGAAAAGACAACTCTTGTATCACCTGAGATGATAGTTGCATCTGGCATTCCCTGCTGTAG 1136
Query 1137 GTTGGTACAAAATCCTGGTGAATTTGTTGTGACTTTTCCGAGGTCTTATCATGTAGGATT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTTGGTACAAAATCCTGGTGAATTTGTTGTGACTTTTCCGAGGTCTTATCATGTAGGATT 1196
Query 1197 CAGCCACGGTTTTAACTGTGGGGAAGCCGCTAATTTTGGAACCCCACAGTGGCTCAACGT 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CAGCCACGGTTTTAACTGTGGGGAAGCCGCTAATTTTGGAACCCCACAGTGGCTCAACGT 1256
Query 1257 AGCAAAGGAAGCTGCTGTGCGTCGGGCAGCCATGAATTATCTACCCATGCTGTCCCATCA 1316
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGCTAAGGAAGCTGCTGTGCGTCGGGCAGCCATGAATTATCTACCCATGCTGTCCCATCA 1316
Query 1317 GCAGCTGCTATATCTCTTGACTATGTCCTTTGTTTCAAGAGTGCCACGATCATTGCTACC 1376
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GCAGCTGCTATATCTCTTGACCATGTCATTTGTTTCAAGAGTGCCACGATCATTGCTACC 1376
Query 1377 AGGTGGTCGTAGCTCCCGACTAAGAGATCGGCAGAGAGAAGAAAGAGAGTTCCTTGTGAA 1436
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGGTGGTCGTAGCTCCCGACTGAGAGATCGGCAGAGAGAAGAAAGAGAGTTCCTTGTGAA 1436
Query 1437 AAGAGCTTTTGTAGAAGATATATTGAACGAAAACAAGAATTTATCTGTTCTTCTTCGAGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AAGAGCTTTTGTAGAAGATATATTGAACGAAAACAAGAATTTATCTGTTCTTCTTCGAGA 1496
Query 1497 ACCAGGCTCTCGTTTGGTGATGTGGGACCCTGATTTACTTCCGCGTCATAGCGCACTGGC 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1497 ACCAGGCTCTCGTTTGGTGATGTGGGACCCTGATTTACTTCCGCGTCATAACGCAGTGGC 1556
Query 1557 TCTTGCAGCTGCTGGAGTTGCTGGTGCTTCTGCTGTTTCACCTCCAGCAGTGGCaaaaaa 1616
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1557 TCTTGCAGCTGC------TGC---TGCTTCTGCTGTTTCACCTCCAGCAGTGGCAACAAA 1607
Query 1617 aGAACTTGAGGAGGGTCATTCTGAATTGCAGAATAAAGAAAAGACTTCTCTTTTAGAGGA 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1608 TGAACTTGAGGAGGGTCATTCTGAATTGCAGAATAAAGAGAAGACGACTCTTTTAGAGGA 1667
Query 1677 ATTGAGCTTGTTCATGGAGAAGCTGAATGATGTATACTACGACGATGATGATGGTCTGCT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 ATTGAGCTTGTTCATGGAGAAGCTGAATGATGTATACTACGACGATGATGATGGTCTGCT 1727
Query 1737 TAACGATTTCCAAGTTGATACTGGAACCTTGCCATGTGTGGCTTGTGGCGTTCTTGGCTT 1796
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1728 TAACGATTTCCAAGTTGATTCTGGAACCTTGCCATGTGTGGCGTGTGGCGTTCTTGGCTT 1787
Query 1797 CCCCTTTATGTCTGTGGTACAGCCTTCTGAAAAAGCATTAAAAGATCTCTCAGAGAGACA 1856
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1788 CCCCTTTATGTCTGTGGTCCAGCCTTCAGAAAAAGCATTAAAAGATCTCCCAGAGAGACA 1847
Query 1857 AGGAGAGACAGATGCTCAGGAAATTATGACACTGTCATCAGAAAAGTCTGACTGCGAATG 1916
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 AGGAGATACAGATGCTCAGGAAATTACGACACTGTCATCAGAAAAGTCTGACTGCGAATG 1907
Query 1917 GAAAACGTCTTCTAGATATATAAGACCTCGCATTTTCTGCCTCGAACACACTATTGAACT 1976
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1908 GAAAACGTCTTCTAGATATATAAGACCTCACATTTTCTGCCTTGAACACACTATTGAACT 1967
Query 1977 TCAGAGACTGCTGCAATCAAGAGGTGGATTGAAATTCCTTGTTATTTGCCATAAAGACTT 2036
|||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1968 TCAGAGACTGCTGCAACCCAGAGGTGGACTGAAGTTCCTTGTAATTTGCCAGAAAGACTT 2027
Query 2037 TCAAAAATTCAAGGCACATGCGGCTATAGTGGCAGAGGAGGTCAAAGTCCCTTTCAGCTA 2096
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2028 TCAAAAATTTAAGGCACATGCGGCTATAGTGGCAGAGGAGGTCAAAGTCCCTTTCAGCTA 2087
Query 2097 TGATGATGTCCTGTTAGAGAGTGCATCTCAGGAAGAGTTGAGTCTAATTGATCTTGCAAT 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088 TGATGATGTCCTGTTAGAGAGTGCATCTCAGGAAGAGTTGAGTCTAATTGATCTTGCAAT 2147
Query 2157 TGAAGATGAAGAAAAATACGAACACAGTGTAGACTGGACCTCAGAACTTGGCATCAATTT 2216
||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148 TGAAGATGAAGAAAACTACGAACACGGTGTAGACTGGACCTCAGAACTTGGCATCAATTT 2207
Query 2217 ACGGTACTGTGTGAAAGTGAGGAAAAATTCCCCTACTAAGAAAATTCAGCATGCACTGTC 2276
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 ACGGTACTGTGTTAAAGTGAGGAAAAATTCCCCTACTAAGAAAATTCAGCATGCACTGTC 2267
Query 2277 ACTAGGTGGCTTGTTCTCCGATACAAGCCAGATGCTAGAT-TTTACAACTATCAGATGGC 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||
Sbjct 2268 ACTAGGTGGCTTGTTCTCCGATACAAGCCAGATGCTAGATATTT-CAACTATGAGATGGC 2326
Query 2336 TGCAGAGAAAATCACGCTCAAAAGCTAAACCCAGTTCTACCTCAAGTTTCACACCTTGTG 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2327 TGCAGAGAAAATCACGCTCAAAAGCTAAACCCATTTCTACCTCAAGTTTCACACCTCGTG 2386
Query 2396 AACATCTTGAAGTAAAAGCAGATGGAAAATTAAGGGATAATTTGGATTCTCAGACCGGAA 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2387 AACATCTTGAAGTAAAAGCAGATGGAAAATTAAGGGATAATATGGATTCTCAGGCCGGAA 2446
Query 2456 AAAAGGAAGAAAAGATCATCCAGTACTCGAGAAAGAAAAAGTTGAATCCAAAGCCTTCAG 2515
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2447 AAAAGGAAGAAAAGATCATCCAGTACTCTAGAAAGAAAAAGTTGAATCCAAAGCCTTCTG 2506
Query 2516 CAGAACAAGTTCAGGAGCTAGCTACCCTAGCTAAATCAAAAGATTTTGATAAGACATGTA 2575
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2507 CAGAACAAGGTCAGGAGCTAGCTACCCTAGCTAAATCAAAAGATTTTGATAAGACATGCA 2566
Query 2576 A-AAATTTTAGCAGTAGGTCACATCTGGATAGTGCAATTCGTTCTGAGATGAACAGTGAG 2634
| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 ATAAA-TTTACCAATAGGTCACATCTGGATAGTGCAATTCGTTCTGAGATGAACAGTGAG 2625
Query 2635 ATTGGAGACTCTGGAAGGGTCATTGGGGTATCATTTTCCATAAATCCTTGTAGCTCATCT 2694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 ATTGGAGACTCTGGAAGGGTCATTGGGGTATCATTTTCCATAAATCCTTGTAGCTCATCT 2685
Query 2695 TTCACTGTGGGACATGGGCAAGAACATCCCGAGATCACTGTCAAGTTTGGTTCAGATTTA 2754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2686 TTCACTGTGGGACATGGGCAAGAACATCCCGAGATCACTGTCAAGTTTGGTTCAGCTTTA 2745
Query 2755 GATGGGAATGTCACAAATAGTTTGAGTATGGTGAATGGAGACTCTGCTGACCTAACCTTA 2814
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2746 GATGGGAATGTCACAAATAGTTCCAGTATGGGGAATACAGACTCTGCTGACCTAACCTTA 2805
Query 2815 ACCTCCATATCCAGAGAGCAGCACCAAGGACACTCTATGACCAGCAATAATAATGGCTCC 2874
||||||||||| ||||||| || | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2806 ACCTCCATATCTAGAGAGC-GC-C-AAGGACACTCTTTGACCAGCAACAATAATGGCTCC 2862
Query 2875 AACTCAGGTAGTCATGTTGTGGCAAGCCAGACCATACTTGTTTCTACAGGTGATAATCAT 2934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||
Sbjct 2863 AACTCAGGTAGTCATGTTGTGGCAAGCCAGACCATACTTGCTTCTACAGATAATAATCAT 2922
Query 2935 GACGGACCAAGAAAATTGTCTGGTGATTATGTCTGCAGTGATGTGTCTGTACGTGGTATT 2994
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2923 GGTGGACCAAGAAAATTGTCTGGTGATTATGTCTGCAGTGATGTGTCTGTACGTGGTATT 2982
Query 2995 CAGGAAGCGGTTGAAATGAGTGACCAAGAGTTTGGAGAACCTAGGTCTACTGTCACTAAT 3054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2983 CAGGAAGCGGTTGAAATGAGTGACCAAGAGTTTGGAGAACCTAGGTCTACTGTCACTAAT 3042
Query 3055 ATTGAGGATGAACAGCAATCACAGATTGTGAAACCAACCCAAAGAGAAGCTGTATTTGGT 3114
|| |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 3043 ATCGAGGATGAACAGCAATCAAAGATGGTGCAACCAACCAAAAGAGAAGCTGTATCTGGT 3102
Query 3115 GATCACGAACAGGTGGAGGGAGCAGAAGCTGTGTCTACCAGAGAAAACTTGTGCTCTGAA 3174
||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3103 GATGACGCACAGGTGGAGGGAGCAGAAGCTGCGTGTACCATAGAAAACTTGTGCTCTGAA 3162
Query 3175 ATAATTCTGCACACTGAGCATTCTTCAGCTCATGTGGGTATGGAAATTCCTGACATAAAC 3234
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3163 ATTATTCTGCACACTGAGCATTCTTCAGCTCAAGTGGGTATGGAAATTCCTGAAATAAAC 3222
Query 3235 ACGGCCAGTGAGAACTTAGTTGTTGACATGACCCATGATGGTGAACCTTTGGAAAGTAGC 3294
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3223 ACGGCCAGTGAGAACATAGTTGTTGACATGACCCATGATGGTGAACCTTTGGAAAGTAGC 3282
Query 3295 GATATATTAAGTTCGAGCAATGGTGATGAAGCTTCTTCAAATGGATTGCAAGTTCTAAAT 3354
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3283 GATATATTAAGTTCGAGCAACGGTGATCAAGCTTCTTCAAATGGATTGCAAGTTCTAGAT 3342
Query 3355 GATGAGCTTAGCATGGAGAGTGAAGTTTCAAGCTCAGAAAACACCGAAGTTATTGAGGCT 3414
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 3343 GATGAGCTTAGCATGGAGAGCGAAGTTTCAAGCTCAGAAAACACTGAGGTTATCGAGGCT 3402
Query 3415 CCCAATTCTATGGGAGAAGCAAAGAAGAAGCGGAAAATAGAATCAGAGTCTGAGACAAAT 3474
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3403 CCCAATTCTATGGAAGAAGCAAAGAAGAAGCGGAAAATAGAATCAGAGTCTGAGACAAAT 3462
Query 3475 GATAATCCAGAGAGTAGCATTGGTTTCATAAGGAGTCCTTGTGAAGGGTTGAGGTCAAGG 3534
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3463 GATAATCTAGAGAGTAGCATTGGTTTCATAAGGAGTCCTTGTGAAGGGTTGAGGTCAAGG 3522
Query 3535 GGCAAGAGGAAAGCAACATGTGAAACTTCATTAAAGCACACTGAAACGAGTGATGAAGAG 3594
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 3523 GGCAAGAGGAAAGAAACATGTGAAACTTCATTAAAGCTCACTGAAATGAGTGATGAAGAG 3582
Query 3595 AAGAAACCCATTGCGAAAAGGCTGAAGAAAACACCAAAGGCTTGCTCAGGGAGTCGTCAG 3654
| |||||| |||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3583 AGGAAACCTATTGAGAAAAGGCTCAAAAAAACTCCAAAGGCTTGCTCAGGGAGTCGTCAC 3642
Query 3655 CAAGAAGTCCCCACGACAACTCACCCCAACCGTTGTTACCTAGAGGGATGCAAGATGACT 3714
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3643 CAAGAAGTCCCCGCGACAACTCACCCCAACCGATGTTACCTAGAGGGATGCAAGATGACT 3702
Query 3715 TTTGAGAGTAAAGCGAAATTACAAACTCACAAGAGAAACCGTTGCACTCACGAAGGGTGT 3774
|| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3703 TTCGAGAGCAAAGCGAAATTACAAGCTCACAAGAGAAACTGTTGCACTCACGAAGGGTGT 3762
Query 3775 GGAAAGAAATTCAGGGCTCACAAATATCTGGTGCTTCATCAACGTGTGCATAAGGATGAA 3834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 3763 GGAAAGAAATTCAGGGCTCACAAATATCTGGTGCTTCATCAACGTGTTCATAACGATGAA 3822
Query 3835 AGACCTTTCGAGTGCTCTTGGAAAGGATGTTCAATGACTTTCAAATGGCAATGGGCGAGG 3894
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3823 AGACCTTTCGAGTGCTCTTGGAAAGGGTGTTCCATGACTTTCAAATGGAAATGGGCGAGG 3882
Query 3895 ACAGAACATTTGCGTCTGCACACGGGAGAGCGACCATACATATGCAAGGTCGATGGATGT 3954
||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 3883 ACAGAGCATTTGCGTCTGCACACAGGAGAACGACCATACAAATGCAAGGTGGATGGATGC 3942
Query 3955 GGATTGTCGTTTAGGTTTGTATCTGACTATAGTCGCCACAGACGTAAAACCATGCACTAT 4014
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3943 GGATTGTCGTTTAGGTTTGTATCGGATTATAGTCGCCACAGACGGAAAACCCTGCACTAT 4002
Query 4015 GTCACATAGAAAAAACGGCACTGAATGCTTAAAAATGGTGGCTGAACAAAGTGAAATGGC 4074
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||
Sbjct 4003 GTCACATAGAA----CGGCACTGAATGCTGCAAAATGGTGGCTGGAGAAAGTGAAAGGGC 4058
Query 4075 CTCTCTTTGGAATCGAGAGTTGTTGTAACATGTAATATCTGGTTGGtttttttAGTTCTT 4134
|||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4059 CTCTCTCTGGAATTGAGAGTTGTTGTAAGATCTAATATCTGGTTGGTTTTTTTAGTTGTT 4118
Query 4135 TTCTAGTGGTTTAGACCGTTGCTATATCTCTTTATGTAGTATAGATGTGACTTCTTTCCA 4194
||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4119 GTCTAGTGTTTTAGACCGTTGTTATGTCTCTTTTTGTAGTA--GATGTGACTTCTTTCCA 4176
Query 4195 CTTTTGAGAAGG-C-C--TCGCACTCTTGTTTAGATTCGT-TGTTAAACAT-GTAACGAT 4248
|||||||||| | | | || ||||||||||| | || | |||||||| | ||||| ||
Sbjct 4177 CTTTTGAGAACGACTCACTCACACTCTTGTTT-GCTTTGACTGTTAAAC-TCGTAACCAT 4234
Query 4249 TGGATTCAAAATGTT 4263
|||||||||||||||
Sbjct 4235 TGGATTCAAAATGTT 4249
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161211879228
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5