BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04360.1
Length=3037
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487216 jgi|Araly1|487216|fgenesh2_kg.6__350__AT5G04360.1 4907 0.0
> Ahg487216 jgi|Araly1|487216|fgenesh2_kg.6__350__AT5G04360.1
Length=3136
Score = 4907 bits (2657), Expect = 0.0
Identities = 2837/2925 (97%), Gaps = 8/2925 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCACTGACACTGACACCAACAAGTTCCGTTCATCTTCTCAGTTCCATATCCGTCGCG 60
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 40 ATGGCACTGACACTGACACCAACAGGCTCCGTTCATCTTCTCAATTCCACCTCCGTCTCG 99
Query 61 CGTCCTCGGATCTTCGCCGCTGATTTTAATCTTCGATCGCGGTGGCGACGTCGTCGGCCT 120
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 100 CGTCCTCAGATCTTCGCCGCTGATTTTAATCTTCGATCGCGGTGGCGA---CGTCGGCCT 156
Query 121 GTTACGTCAATTTCTAACTTCCGTCTCAGACTTCCTTCGAAAACTTCGCTTCACTGTCTC 180
||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 157 GTTTCGTCAATCTCTAACTTCCGTCTCAGAATTCCGTCGAGAACTTCTCTTCACTGTCTC 216
Query 181 TGTTCTTCGTCTTCCGCTTCATCTCCTATGTCGCTCGAAGTCTCCAGTCCCAATTCTCAG 240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 217 TGTTCCTCGTCTTCCGCTTCATCTCCTATGTCGCTCGAAGTCTCCAGTCCCAATTCTCAG 276
Query 241 TTTCTTGATTGTTTGATCTATTCAAGAGCGTATTGGGTTACCCAAGGCGTGATTGCATGG 300
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 277 TTTCTTGATTGTTTGCTCTATGCAAGAGCGTATTGGGTTACCCAAGGCGTAATTGCTTGG 336
Query 301 AATGTGGATGTTGGTGAAGGGTCTTGTTACTTTTACGCGAGCAAAAGTGCTGGTTTATCA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 AATGTGGATGTTGGTGAAGGGTCTTGTTACTTGTATGCGAGCAAAAGTGCTGGTTTATCA 396
Query 361 TTCAGCGAAGATGGAATCGATGGTTATGATTTAAGAATCAAGCTTGAAGCTGAATCCGGT 420
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 397 TTCAGCCAAGATGGAATCGATGGTTATGATTTAAGAATCAAGCTTGAAGCTGAATCCGGT 456
Query 421 TCACTTCCTGCAGATGTAATTGAGAAGTTTCCACATATTAGGAATTACAAATCGTTCAAA 480
|||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 457 TCACTTCCTGAAAATGTGATTGAGAAGTTTCCACATATTAGGAATTACAAATCGTTCAAA 516
Query 481 GTTCCTAAGGATTTGGATATCAGGGATCTTGTCAAAAGCCAGTTAGCTGTTGTTTGTTTT 540
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 517 GTTCCTAAAGATTTGGATATCAGGGATCTTGTCAAAAGCCAGTTAGCTGTTGTTTGCTTT 576
Query 541 GATGCGGA-AGGACGGCTGATTCAAGGAACTGGGTTGCAGTTGCCTGGCGTCCTGGATGA 599
|||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 GATGCGGACA-AACGGCTGATTCAGGGAACTGGTTTGCAGTTGCCTGGCGTCCTGGATGA 635
Query 600 ATTGTTCTCATATGATGGTCCCCTAGGTGCACATTTTACACCAGAAGGTGTCTCTCTTCA 659
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 ATTGTTCTCATATGATGGTCCCCTGGGTGCACATTTTACACCAGAAGGTGTCTCTCTTCA 695
Query 660 CCTCTGGGCTCCCACTGCTCAAGCAGTATCTGTTTGCATCTATAAAAACCCACTTGACAA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 696 CCTCTGGGCTCCCACTGCTCAAGCAGTATCTGTTTGCATCTATAAAAACCCACTTGACAA 755
Query 720 GAGTCCGATGGAAATTTGCCCACTCAAAGAGGCTAACGGTGTGTGGAGCACTGAAGGAGC 779
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 756 GAGTCCGATGGAAATCTGCCCACTCAAAGAGGCTAACGATGTGTGGAGCACTGAAGGAGC 815
Query 780 TTGTAGTTGGGGAGGATGCTATTACGTGTATAAAGTATCAGTCTATCATCCAAGCACCAT 839
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 816 TTGTAGTTGGGAAGGATGCTATTACGTGTATAAAGTATCAGTCTACCATCCAAGCACCAT 875
Query 840 GAAATTGGAAACTTGCTATGCTAATGATCCTTATGCACGGGGGCTTTCAGCAGATGGGAG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 GAAATTGGAAACTTGCTATGCTAATGATCCTTATGCACGGGGGCTTTCAGCAGATGGGAG 935
Query 900 GAAAACTTTTC-TGGTTAATCTTGATTCTGATGATCTAAAACCTGAAGGATGGGACAACT 958
||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 936 CAAAAC-TTTCTTGGTTAATCTTGATTCTGATGATCTAAAACCTGAAGGTTGGGACAACT 994
Query 959 TAGCAGATAAGAAACCATGCCTAAGATCCTTCTCAGATATAAGTATTTATGAGCTGCATG 1018
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 TAGCAGAAAAGAAACCATGCCTAAGATCCTTCTCAGATATAAGTATTTATGAGCTGCATG 1054
Query 1019 TGAGGGATTTCAGTGCCAATGATGAGACTGTTGAGCCTGAAAATCGTGGTGGATATCTGG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055 TGAGGGATTTCAGTGCCAATGATGAGACTGTTGAGCCTGAAAATCGTGGTGGATATCTGG 1114
Query 1079 CTTTCACTTCAAAGGATTCTGCAGGTGTGAAACATCTTCAGAAATTAGTTGATGCAGGTC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115 CTTTCACTTCAAAGGATTCTGCAGGTGTGAAACATCTTCAGAAATTAGTTGATGCAGGTC 1174
Query 1139 TTACCCATCTACATCTTCTTCCAACATTTCAGTTTGGTGATGTTGATGATGAGAAGGAGA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175 TTACCCATCTACATCTTCTTCCAACATTTCAGTTTGGTGATGTTGATGATGAGAAGGAGA 1234
Query 1199 ATTGGAAGTCTGTAGACACCAGTCTGCTGGAAGGATTACGACCTGATTCAACTGAGGCAC 1258
| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1235 ACTGGAAGTCCGTAGATACCAGTCTGCTGGAAGGATTACCACCTGATTCAACTGAGGCAC 1294
Query 1259 AAGCTCGTATTACAGAAATCCAGAATGATGATGGCTATAACTGGGGGTATAATCCTGTGC 1318
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295 AAGCTCGTGTTACAGAAATCCAGAATGATGATGGCTATAACTGGGGGTATAATCCTGTGC 1354
Query 1319 TCTGGGGAGTCCCAAAAGGAAGCTATGCTAGTGATCCGACTGGTCCATGCCGCATAATTG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 TCTGGGGAGTCCCAAAAGGAAGCTATGCTAGTGATCCGACTGGTCCATGCCGCATAATTG 1414
Query 1379 AATTTAGAAAAATGGTTCAGGCTCTTAATTGTACTGGTCTTAATGTCGTCTTAGATGTTG 1438
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1415 AGTTTAGAAAAATGGTTCAGGCTCTTAATTGTACTGGTCTTAATGTCGTCTTAGACGTTG 1474
Query 1439 TTTACAACCACTTGCATGCAAGTGGGCCACATGACAAAGAATCTGTTCTTGATAAGATAG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1475 TTTACAACCACTTGCATGCAAGTGGGCCACATGACAATGACTCTGTTCTTGATAAGATAG 1534
Query 1499 TTCCAGGTTACTATTTGAGAAGGAACAGTGATGGTTTTATTGAAAACAGTACATGCGTAA 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1535 TTCCAGGTTACTATTTGAGAAGGAACAGTGATGGTTTTGTTGAAAATAGTACATGTGTAA 1594
Query 1559 ACAACACTGCTAGCGAGCACTATATGGTTGATCGTCTCATACGGGATGATCTATTAAATT 1618
||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 ACAACACCGCCAGCGAGCATTATATGGTTGATCGTCTGATACGGGATGATCTATTAAATT 1654
Query 1619 GGGTTGTTAACTATAAGGTTGATGGTTTCCGTTTTGATCTTATGGGTCATATAATGAAAG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655 GGGTTGTTAACTATAAGGTTGATGGTTTCCGTTTTGATCTTATGGGTCATATAATGAAAG 1714
Query 1679 CTACAATTGTAAACGCAAAATCTGCAATTGGTAGCTTGAGAAAGGAAACAGATGGAGTTG 1738
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 CTACAATGGTAAACGCAAAATCTGCAATTGGTAGCTTGAGAAAGGAAACAGATGGAGTTG 1774
Query 1739 ATGGTTCAAGAATTTATTTATATGGCGAAGGATGGAACTTTGGTGAAGTTGCTGAAAATG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 ATGGTTCAAGAATTTATTTATATGGCGAAGGATGGAACTTTGGTGAAGTTGCTGAAAATG 1834
Query 1799 GACGTGGAATAAATGCGTCACAGTTCAATTTAGGCGGGACAGGAATTGGAAGTTTTAACG 1858
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 GACGTGGAATAAATGCGTCACAGTTCAACTTAGGCGGGACAGGAATTGGAAGTTTTAACG 1894
Query 1859 ACCGTATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGAT 1918
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 ACCGGATACGAGATGCAACTCTTGGTGGATCTCCATTTGGTCATCCTCTTCAACAAGGAT 1954
Query 1919 TCATTACAGGTTTATTGTTACAGCCTAACGCTCATGACCATGGTTCAGAAGCTACACAGG 1978
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1955 TCATTACAGGTTTACTGTTACAGCCTAACGGTCATGACCATGGTTCAGAAGCTACCCAGG 2014
Query 1979 AACTGATGCTTTCCACTGCGAAAAATCACATCCAGACTGGTATGGCAGCAAATTTGAAGG 2038
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 AACTGATGCTTTCTACTGCGAAAAATCACATCCAGACTGGTATGGCAGCAAATTTGAAGG 2074
Query 2039 ATTATATGCTGACCAACCACGAAGGAAAGGAGGTGAAGGGATCAGAGGTTTTAATGCATG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 ATTATATGCTGACCAACCACGAAGGAAAGGAGGTGAAGGGATCAGAGGTTTTAATGCATG 2134
Query 2099 ATGCTACACCTGTTGCATATGCTTCACTGCCAACAGAAACTATTAATTACGTATCTGCTC 2158
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2135 ATGCTAAACCTGTTGCATATGCTTCACTGCCAACAGAAACTATTAATTACGTCTCTGCTC 2194
Query 2159 ATGACAATGAAACTCTCTTTGACATTATCAGTTTGAAGACACCGATGGAAATATCTGTTG 2218
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2195 ATGACAATGAAACCCTCTTTGACATTATCAGTTTGAAGACACCGATGGAATTATCTGTTG 2254
Query 2219 ATGAAAGGTGTCGAATCAATCATTTGGCGTCAAGTATGATTGCCCTCTCTCAGGGTATTC 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 ATGAAAGGTGTCGAATCAATCATTTGGCGTCAAGTATGATTGCCCTCTCTCAGGGTATTC 2314
Query 2279 CATTCTTCCATGCTGGGGATGAGATTCTACGCTCGAAATCACTTGATCGAGATTCTTACA 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2315 CATTCTTCCATGCTGGGGATGAGATTCTACGCTCGAAATCACTTGATCGTGATTCTTACA 2374
Query 2339 ACTCCGGTGACTGGTTCAATAGGCTGGACTTCAGCTACAGTTCCAACAATTGGGGTGTTG 2398
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 ATTCCGGTGACTGGTTCAATAGGCTAGACTTCAGCTACAGTTCCAACAATTGGGGTGTTG 2434
Query 2399 GGCTTCCTCCAAAAGGGAAAAACGAACACAACTGGCCACTGATCAAACCGAGGCTACAAG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2435 GGCTTCCTCCAAAAGGGAAAAACGAACACAATTGGCCACTGATTAAGCCGAGGCTACAAG 2494
Query 2459 ATCCATCTTTCAAGCCTAAGAGCAGTCACATAGTTGCCACCCTCCACAATTTCTTAGATT 2518
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 ATCCATCCTTCAAGCCTAAGAGCAGTCACATAGTTGCCACCCTCCACAATTTCTTAGATT 2554
Query 2519 TGTTACGCATCAGATACTCTTCACCTCTCTTTCGTTTAGATACAGCAAGGGCTATACAGG 2578
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 TGTTACGCATCAGATACTCTTCACCTCTCTTTCGCTTAGATACAGCAAGGGCTATACAGG 2614
Query 2579 AGCGAGTGCGATTTCATAACACAGGCCCCTCATCAATCCCTGGTGCCATTGTCATGAGCA 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615 AGCGAGTGCGATTTCATAACACAGGCCCCTCATCAATCCCTGGTGCCATTGTCATGAGCA 2674
Query 2639 TTGAAGATGGTCACAGAGGCATCCCAAGTGTATCTCAGATCGATCCAATCTACTCACTCA 2698
||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 TTGAAGATGGTCACAAAGGTATCCCCAGTGTATCTCAGATCGATCCAATCTACTCACTCA 2734
Query 2699 TTGTGGTAATCTTCAATGCACGCCCGTCTGAGTTCTCATATCCCAGTCCCGCTCTAAAAG 2758
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2735 TTGTGGTAATCTTCAATGCACGCCCGTCTGAGTTCTCATATCTCAGTCCCGCTCTAAAAG 2794
Query 2759 ACAGGAAGCTCGAATTACACCCGGTTCAGGTGATGTCAGCCGATGAAATAGTCAAGAAAT 2818
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 ACAGGAAGCTCGAATTACACCCGGTTCAGGTCATGTCAGGCGATGAAATAGTCAAGAAAT 2854
Query 2819 CAGTTTACGACTCGTTTTCTGGGGGCTTCACTGTACCGGCAAGAACAACGACGGTGTTTG 2878
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 CAGTTTACGACTCGTTTTCTGGCGGCTTCACTGTACCAGCAAGAACAACGACGGTGTTTG 2914
Query 2879 TTGAATCGCGGAATGGTTGAAATTTATCCTTTATAGCAATAACAG 2923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2915 TTGAATCGCGGAATGGTTGAAATTTATCCTTTATAGCAA-AACAG 2958
Score = 67.6 bits (36), Expect = 5e-10
Identities = 43/46 (93%), Gaps = 1/46 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2917 ATAACAGATTGTCAGATTGACTAAGCTCGAATGAGGAATTGTTTAC 2962
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3092 ATAA-AGATTGTCAGATTGACTAAGCTCGAATGTGAAATTGTTTAC 3136
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114689727695
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5