BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04460.1
Length=2759
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487227 jgi|Araly1|487227|fgenesh2_kg.6__361__AT5G04460.1 4250 0.0
> Ahg487227 jgi|Araly1|487227|fgenesh2_kg.6__361__AT5G04460.1
Length=2719
Score = 4250 bits (2301), Expect = 0.0
Identities = 2612/2757 (95%), Gaps = 41/2757 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCTACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTGCTGAG 60
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCAACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTACTGAG 60
Query 61 TTTGAGAGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTGAGCGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120
Query 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCTGAGGATGAGGATAATG-AGGATGATCAGCTTGTGAG 179
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| |||||||||||||||
Sbjct 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCAGAGGATGAGGATGAGGAAGG-TGATCAGCTTGTGAG 179
Query 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTTGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTCGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239
Query 240 ACGCCAATCTCAAATTTTGAGCCGTTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GCGTCAATCTCAAATTTTGAGCCGGTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299
Query 300 GATTGAGAGGAGGAATCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GATTGAGAGGAGGAACCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359
Query 360 TATGCTTGATTCTTCTTTTCTTAGGGAGTCTCAGTCTCAGTCTCCGTCTTCAAGGCGTCA 419
||||| ||||||||||| |||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 360 CATGCTCGATTCTTCTTTCCTTA-GG-G----AGTCTCAGTCTCCATCTTCAAGGCGTCA 413
Query 420 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 473
Query 480 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 533
Query 540 GCAAAGAAGTGTTGAGTCTAATACTAATTTATCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGCT 599
|||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 534 GCAAAGGAGTGCTGAGTCTAATACTAATTTGTCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGGT 593
Query 600 GAGTGAAAATAATGGGAGTCTGAGAGACTCAAGTGAGAGTGAGAATGATTTCGGGTCTTG 659
||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 594 GAGTGAAAACAATGGTAGTCTGAGAGACTCGAGTGAGAGTGAGAATGATTACGGGTCTTG 653
Query 660 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAACAATCTCC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 654 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAGCAGTCTCC 713
Query 720 TGATCTTGGTGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCTCGTGGATGGATGGATAG 779
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 714 TGATCTTGGCGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCCCGTGGATGGATGGATAG 773
Query 780 TAGGA-TCAATGATCATTCATCTAATGTAAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCGGAGT 838
|||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 774 TAGGGGT-AATGATCATTCATCTAATGTTAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCCGAGT 832
Query 839 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 892
Query 899 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 952
Query 959 CTGATAGGAATCATGACGCTGCACCACAAGTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1018
|||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 TTGATAGGAATCATGACACTGCAC-A-A-GTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1009
Query 1019 ACCATGAAGAAGGACAACCACCTCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTTAGAGGTAGGC 1078
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1010 ACCATGAAGAAGGTCAACCACATCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTAAGAGGTAGGC 1069
Query 1079 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGGGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGAGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1129
Query 1139 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAATCGAATTCAGTCGCTTCTTA 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 1130 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAACCGGATTCAGTCACTTCTTA 1189
Query 1199 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1249
Query 1259 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACTGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACGGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1309
Query 1319 ATAACGGGAGGGAAAATATTGTCCATGAAAATACTAGCAACACTGATAATGATAATAGCA 1378
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1310 ATAACGGGAGGGAAAGTATTGTCCATGAAAATAGTAGCAACACTGATAGCGATAATAGCA 1369
Query 1379 ATACTTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCAATCACTGCTGGGAATTCTCAGCGTGTAACCG 1438
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 1370 ATAATTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCTATCACTGCTGAGAATCCTCAGCTTGTAACCG 1429
Query 1439 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATGATAGTCCCATTTTGCCTGATAACTCAG 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1430 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATAATAGTCCCGTTTTGCCTGATGACTCAG 1489
Query 1499 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGACTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGATCT 1558
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1490 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGATTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGGTCT 1549
Query 1559 GGCAGGAAAATGTCCCAGTAGATGAGAGGCCAAATTTGGAGCAAACAACTCTAACGCAAT 1618
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||| |||||||||
Sbjct 1550 GGCAGGAAGATGTCCCAGTAGATGAGAGGCTAAATATGCAACAAACAACTTTAACGCAAT 1609
Query 1619 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAATCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1678
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAACCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1669
Query 1679 GAGAAGCTAGTGGATTTGCAGATGATGAATATCGCACACAAGAAGCTCATGGTGTTTGGC 1738
||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1670 GAGAAGCCAGTGGGTTTGCAGATGATGAATTTCGCACACAAGAAACTCATGGTGTTTGGC 1729
Query 1739 ATGAGAATAGCTCTAGACAATCCGATGGGAACTGGCCTGGGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1798
|||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 ATGAAAATAGCTCTAGACAATCTGATGTGAACTGGCCTGAGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1789
Query 1799 GGAGTCGCCGTGTAGTACAGTTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGATGACA 1858
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1790 CGAGTCGCCGTGCAGTACAATTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGAGGACA 1849
Query 1859 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1909
Query 1919 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTTGATCAACTGATACAGTCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1978
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTGGATCAACTGATACAATCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1969
Query 1979 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCACGCTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2038
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCATGGTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2029
Query 2039 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGCGGAACGATAACCAACTTAATGGCATCAATG 2098
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2030 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGAGGAACGATAACCAGCTTAATGGCATCAATG 2089
Query 2099 GTTCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCGCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2158
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 GTCCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCTCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2149
Query 2159 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2209
Query 2219 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCAAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2278
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCGAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2269
Query 2279 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAGTTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2338
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAATTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2329
Query 2339 CTGCAGCCCTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGTGCGGAAACATCAGAGGATG 2398
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 2330 CTGCAGCCTTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGCCCAGAAACATCAGAAGATG 2389
Query 2399 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGCAAAGGAACTTGTTGCGTTTGTTGTGACAACCACATTG 2458
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2390 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGTAAAGGAACTTGTTGTGTTTGTTGTGACAGCCACATTG 2449
Query 2459 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGACACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAATGAGCTTG 2518
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2450 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGGCACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAACGAGCTTG 2509
Query 2519 TAAGAAACGGAGGAAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATCATCGAGGTAATCCGAGCCT 2578
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2510 TAAGAAACGGAGGGAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATAATCGAGGTAATCCGAGCCT 2569
Query 2579 ACTCCATTTTATAAGCCTCAGAGAAGAAGGTATAGAAGAAAGGACCAGCAGAAAGAGATG 2638
|||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 2570 ACTCTATTTTATAAGCCTCAGAGAAAAAGATATAGAAGAAAGGACCATCATAAAGA--T- 2626
Query 2639 TGTTTTGGTTTTGGGGTTAACATTATGTAGTTGTAGTATCTTCTTCAAATTCATATTTGA 2698
| | | | | || ||||| | | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 2627 TAT---G-TA--G---TT--------GTAGT---A-T--CTTCTTCTAATTCATATTTGA 2663
Query 2699 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACT-TAAAGGGAAGAAAAGAAAAGCTCTTATTGAT 2754
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2664 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACTCTAAAGG-AAGAAAAGAAAGGCTCTTATTGAT 2719
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104100639585
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5