BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G04460.1 Length=2759 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg487227 jgi|Araly1|487227|fgenesh2_kg.6__361__AT5G04460.1 4250 0.0 > Ahg487227 jgi|Araly1|487227|fgenesh2_kg.6__361__AT5G04460.1 Length=2719 Score = 4250 bits (2301), Expect = 0.0 Identities = 2612/2757 (95%), Gaps = 41/2757 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCTACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTGCTGAG 60 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 ATGACTAGTATTCAGCCTTTGCAACAAAAATCGGAGTCTAGAGATGATGTTCGTACTGAG 60 Query 61 TTTGAGAGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TTTGAGCGAGGTTTGGAGGAATTCATGCGTGGGCACTTGGACGAGTGTATCTCATTTGGG 120 Query 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCTGAGGATGAGGATAATG-AGGATGATCAGCTTGTGAG 179 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||| Sbjct 121 TCTTGTAGTTCTGTTCACAACCCAGAGGATGAGGATGAGGAAGG-TGATCAGCTTGTGAG 179 Query 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTTGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 GAGGAGACGAAGGTCTGAACTCGAAGGGGATAATTTGGCTGAATCATCTGCTGCAAGAAG 239 Query 240 ACGCCAATCTCAAATTTTGAGCCGTTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299 || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GCGTCAATCTCAAATTTTGAGCCGGTGGGCTGCTAGGCAGGCTCAGGAGATGATTACTAC 299 Query 300 GATTGAGAGGAGGAATCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GATTGAGAGGAGGAACCGAGAGTCTGAGTTGATTGCGTTGGCTGGTTTGCAAACGGTCTC 359 Query 360 TATGCTTGATTCTTCTTTTCTTAGGGAGTCTCAGTCTCAGTCTCCGTCTTCAAGGCGTCA 419 ||||| ||||||||||| |||| || | ||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 360 CATGCTCGATTCTTCTTTCCTTA-GG-G----AGTCTCAGTCTCCATCTTCAAGGCGTCA 413 Query 420 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 414 GGGTGCTGCTAGTGAGAGGCCTAACACTCAGGCATCTGGGATTTTGCAGATGTGGAGGGA 473 Query 480 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 474 ATTGGAAGATGAGCATGTGCTTAACAGGGCACGTGAAAGGGTGAGGGAAAGATTGAGGCA 533 Query 540 GCAAAGAAGTGTTGAGTCTAATACTAATTTATCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGCT 599 |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 534 GCAAAGGAGTGCTGAGTCTAATACTAATTTGTCTAGCTCTATTGCTTCGGAGAGTCAGGT 593 Query 600 GAGTGAAAATAATGGGAGTCTGAGAGACTCAAGTGAGAGTGAGAATGATTTCGGGTCTTG 659 ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 594 GAGTGAAAACAATGGTAGTCTGAGAGACTCGAGTGAGAGTGAGAATGATTACGGGTCTTG 653 Query 660 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAACAATCTCC 719 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 654 GTCACATGATCGGAATGAGCATGGGGATAATAATAATACTTCCAGTAGGGAGCAGTCTCC 713 Query 720 TGATCTTGGTGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCTCGTGGATGGATGGATAG 779 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 714 TGATCTTGGCGATGGCGAGAGGGAGAGGGTGAGGCATATTGCCCGTGGATGGATGGATAG 773 Query 780 TAGGA-TCAATGATCATTCATCTAATGTAAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCGGAGT 838 |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 774 TAGGGGT-AATGATCATTCATCTAATGTTAGGCAGAGAGACGATAACCGTAGACCCGAGT 832 Query 839 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 833 GGCTGGGTGATACTGAACGAGAAAGAGTCAGGATTATAAGAGAGTGGATGCAAATGACAA 892 Query 899 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 893 GTCAGCAGAGAGGAGGAGCTCGTGCAACACCGAGAGAAGATCAGAGGTCTACTTCAGAAG 952 Query 959 CTGATAGGAATCATGACGCTGCACCACAAGTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1018 |||||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 953 TTGATAGGAATCATGACACTGCAC-A-A-GTTGACAGGGTCCGTGTAGGGTTAGCTGTTA 1009 Query 1019 ACCATGAAGAAGGACAACCACCTCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTTAGAGGTAGGC 1078 ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1010 ACCATGAAGAAGGTCAACCACATCATGTTCGTCGAGACTTGCGGAGAGTAAGAGGTAGGC 1069 Query 1079 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGGGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1070 AGGCGTTACTTGATTTGCTTATGAGGGCTGAAAGAGAGAGACAACGAGAACTTCAGGGCT 1129 Query 1139 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAATCGAATTCAGTCGCTTCTTA 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| Sbjct 1130 TGTTGGAGCATCGTGCAGTGTCTGATTTTGCTCACCGCAACCGGATTCAGTCACTTCTTA 1189 Query 1199 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1190 GAGGAAGATTCTTGCGGAACGAGCGACCTACAGTTCCAGAGAGAACTCCATCAATGGCTT 1249 Query 1259 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACTGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1250 CAAGGGAACTGCTTCAGCTAAGAGAAAGACAAACGGTCTCTGGCTTAAGGGAAGGGTTCC 1309 Query 1319 ATAACGGGAGGGAAAATATTGTCCATGAAAATACTAGCAACACTGATAATGATAATAGCA 1378 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1310 ATAACGGGAGGGAAAGTATTGTCCATGAAAATAGTAGCAACACTGATAGCGATAATAGCA 1369 Query 1379 ATACTTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCAATCACTGCTGGGAATTCTCAGCGTGTAACCG 1438 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||| Sbjct 1370 ATAATTCCACAAATGCTCTTGCAATTGCTATCACTGCTGAGAATCCTCAGCTTGTAACCG 1429 Query 1439 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATGATAGTCCCATTTTGCCTGATAACTCAG 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1430 ATGAGAGTTCAACTTCTTCCAGACAAGGGAATAATAGTCCCGTTTTGCCTGATGACTCAG 1489 Query 1499 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGACTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGATCT 1558 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1490 AAAGCAACCTAGCAAATGCGGATAGAGATTGGGAAGAGGATACCAATCAAAGAAGGGTCT 1549 Query 1559 GGCAGGAAAATGTCCCAGTAGATGAGAGGCCAAATTTGGAGCAAACAACTCTAACGCAAT 1618 |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || | ||||||||| ||||||||| Sbjct 1550 GGCAGGAAGATGTCCCAGTAGATGAGAGGCTAAATATGCAACAAACAACTTTAACGCAAT 1609 Query 1619 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAATCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1678 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1610 TTGATGGGTATGATAACACAGATATAAACCGTGATGAAACCTCTGTCAGTGACATGCACC 1669 Query 1679 GAGAAGCTAGTGGATTTGCAGATGATGAATATCGCACACAAGAAGCTCATGGTGTTTGGC 1738 ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1670 GAGAAGCCAGTGGGTTTGCAGATGATGAATTTCGCACACAAGAAACTCATGGTGTTTGGC 1729 Query 1739 ATGAGAATAGCTCTAGACAATCCGATGGGAACTGGCCTGGGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1798 |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1730 ATGAAAATAGCTCTAGACAATCTGATGTGAACTGGCCTGAGACACGGTCAGAAGCCCTAA 1789 Query 1799 GGAGTCGCCGTGTAGTACAGTTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGATGACA 1858 ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1790 CGAGTCGCCGTGCAGTACAATTGAGAAGATTAAATAGGTTCCATCCACCTGAGGAGGACA 1849 Query 1859 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1850 ATGTTTACAGCATGGAACTCAGGGAGCTCCTAAGCAGGAGAAGTGTTTCTAATCTACTAC 1909 Query 1919 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTTGATCAACTGATACAGTCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1978 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1910 ATAGTGGTTTCCGTGAAAGTCTGGATCAACTGATACAATCATATGCTGAAAGGAGAGGAC 1969 Query 1979 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCACGCTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2038 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1970 ACACTCACGTAGACTGGGATCTGCATGGTAACCTGCAAACAGCAATCCCAGATTCTCCAG 2029 Query 2039 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGCGGAACGATAACCAACTTAATGGCATCAATG 2098 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2030 AACGTGACACAGACCACCAAGTATTTGTGAGGAACGATAACCAGCTTAATGGCATCAATG 2089 Query 2099 GTTCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCGCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2158 || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2090 GTCCACAACTGCTTCCCACTCCACCCGCTCCTCCACCCCAGCCAATATGGCATCAAGATT 2149 Query 2159 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2218 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2150 TGCACCACACTAGCTGGTCTCGTCACTCTATGCATCGGTCTGAAATTGAATGGGAGGTAA 2209 Query 2219 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCAAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2278 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2210 TGAACGACCTAAGAGGAGACGTGGCGAGACTGCAGCAAGGAATGAGCCAGATGCAGAGGA 2269 Query 2279 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAGTTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2338 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2270 TGCTTGAAGCCTGCATGGATATGCAATTAGAGCTGCAGCGTTCGGTTAGACAAGAGGTCT 2329 Query 2339 CTGCAGCCCTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGTGCGGAAACATCAGAGGATG 2398 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| Sbjct 2330 CTGCAGCCTTAAACCGATCTGCAGGTGACCAAGGTATGAGCCCAGAAACATCAGAAGATG 2389 Query 2399 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGCAAAGGAACTTGTTGCGTTTGTTGTGACAACCACATTG 2458 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| Sbjct 2390 GTTCAAGATGGAGCCATGTAAGTAAAGGAACTTGTTGTGTTTGTTGTGACAGCCACATTG 2449 Query 2459 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGACACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAATGAGCTTG 2518 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2450 ATGCTCTCTTGTATAGATGCGGGCACATGTGTACTTGCTCAAAATGTGCAAACGAGCTTG 2509 Query 2519 TAAGAAACGGAGGAAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATCATCGAGGTAATCCGAGCCT 2578 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2510 TAAGAAACGGAGGGAAATGTCCGCTTTGTAGAGCACCGATAATCGAGGTAATCCGAGCCT 2569 Query 2579 ACTCCATTTTATAAGCCTCAGAGAAGAAGGTATAGAAGAAAGGACCAGCAGAAAGAGATG 2638 |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| | Sbjct 2570 ACTCTATTTTATAAGCCTCAGAGAAAAAGATATAGAAGAAAGGACCATCATAAAGA--T- 2626 Query 2639 TGTTTTGGTTTTGGGGTTAACATTATGTAGTTGTAGTATCTTCTTCAAATTCATATTTGA 2698 | | | | | || ||||| | | ||||||| ||||||||||||| Sbjct 2627 TAT---G-TA--G---TT--------GTAGT---A-T--CTTCTTCTAATTCATATTTGA 2663 Query 2699 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACT-TAAAGGGAAGAAAAGAAAAGCTCTTATTGAT 2754 ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2664 TGTGTATAGTCTAAATTAAATTACTCTAAAGG-AAGAAAAGAAAGGCTCTTATTGAT 2719 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 104100639585 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5