BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04560.2
Length=6475
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487239 jgi|Araly1|487239|fgenesh2_kg.6__373__AT5G04560.2 6460 0.0
> Ahg487239 jgi|Araly1|487239|fgenesh2_kg.6__373__AT5G04560.2
Length=6512
Score = 6460 bits (3498), Expect = 0.0
Identities = 4192/4518 (93%), Gaps = 84/4518 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2013 AAACCAGCAACCTGGATCAT-TAATAAGAGGCCAGCAGCCTTGCGTACCTTTGATTG-AC 2070
||||||||| |||||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 2024 AAACCAGCAGCCTGGATCATCT-ATGAGAGGCCAGCAGCCTTGCGTACGTTTGA-TGAAC 2081
Query 2071 CAGCAACCTGCAACTCCAAAAGGTTTTACTCACTTGAATCAGATGGTAGCTACCAGCATG 2130
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||
Sbjct 2082 CAGCAACCTGGAACTCCAAAAGGTTTTACTCACTTGAATCAGATGGTCGCTTCCTGCATG 2141
Query 2131 TCATCGCCTGGGCTTCGACCTCATTCTCAGTCACAAGTTCCTACAACATATCTACATGTG 2190
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||
Sbjct 2142 TCATCGCCTGGGCTTCAACCTCATTCTCAGTCACAAGTTCCTTCAACAAATTTATATGTG 2201
Query 2191 GAATCTGTTTCCAGGATTTTGAATGGGACTACAGGTACATGCCAGAGAAGCAGGGCTCCT 2250
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2202 GAATCTGTTTCCAGGAGTTTGAATGGGACTACAGGTGCATGTCATAGAAGCAGCGCTCCT 2261
Query 2251 GCATACGATTCTTTACAGCAAGATATCCATCAAGGAAATAAGTACATACTTTCTCATGAG 2310
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||
Sbjct 2262 GAATACGGTTCTTTACAGCAAGATATCCATCAAGGAAATGAGTACATCCCTTCTCATGAG 2321
Query 2311 ATATCCAATGGT-AA-----TG--G-GTGCAAGAAAG-CGTTACCTCAAAACTCTTCTCT 2360
| |||||||||| || || | ||||| |||| | || |||||||||||||| |
Sbjct 2322 AGATCCAATGGTGAATTCTTTGACGTATGCAAAAAAGTAG-TATCTCAAAACTCTTCTTT 2380
Query 2361 GCCAACTCCAATTATGGCTAAACTTGAGGAAGCCAGGGGCTCGAAGAGACAGTATCATCG 2420
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2381 GCCAACCCCAATTATGGCTAAACTTGAGGAAGCCAGGGGCTCGAAGAGACAGTATCATCC 2440
Query 2421 TGCAATGGGACAGACGGAAAAGCATGATCTAAACTTAGC-----T---CA-ACAGATTG- 2470
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | | ||| | ||
Sbjct 2441 TGCAATGGGACAGATGGAAAACCATGATCTAAACTTAGCAGATTTGGAGAGACACA-TGA 2499
Query 2471 CTCAATCACAAGATGTGGAGAGACATAACAGCAGCAC-GTGTGTGGAATATTTAGATGCT 2529
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2500 CTCAATCACAAGATGTGGAGAGACATAACAGCAG-ACAGTGTGCCAAATATTTAGGTGCT 2558
Query 2530 GCAAAGAAAACGAAAATCCAGAAAGTAGTCCAAGAAAATTTGCATGGCATGCCACCTGAG 2589
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 GCAAAGAAAATGAAAATCCAGAAAGTAGTCCAAGAAAATTTGCATGGCATGCCACCTGAG 2618
Query 2590 GTTATAGAAATCGAGGATGATCCAACTGATGGGGCAAGAAAAGGTAAAAATACTGCCAGC 2649
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | || | |||
Sbjct 2619 GTAATAGAAATCGAGGATGATCTAACTGATGGGGCAAG-AAAGG--ATAA-A-----AGC 2669
Query 2650 ATCAGTAAAGGTGCATCTAAAGGAAACTCGTCTCCAGTTAAAAAGACAGCAGAAAAGGAG 2709
|||| |||| |||||||||| ||| |||| | ||||| ||||| ||||||| || |||
Sbjct 2670 ATCATTAAAACTGCATCTAAACGAATTTCGTGTTCAGTTCAAAAGTCAGCAGATAATGAG 2729
Query 2710 AAATGTATTGTCCCAAAAACGCCTGCAAAAAAGGGTCGAGCAGGTAGaaaaaaaTCAGTA 2769
|||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2730 AAATGTATTGTCCCCAAAACGCCTGCAAAAAGGGGTCGTGCAGGGAGAAAAAAATCAGTA 2789
Query 2770 CCTCCGCCTGCTCATGCCTCAGAGATCCAGCTTTGGCAACCTACTCCTCCAAAGACACCT 2829
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2790 CCTCCGTCTGCTCATGCCTCAGAGATCCAGCTTTGGCAACCTACACCTCCAAAGACACCT 2849
Query 2830 TTATCAAGAAGCAAGCCTAAAGGAAAAGGGAGAAAGTCCATACAAGATTCAGGAAAAGCA 2889
| ||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2850 TCATCAAGAAGCAAGGCTAAAGAAAAAGGGAGGATGTCCATTCAAGATTCAGGAAAAGCA 2909
Query 2890 AGAGGTCCATCAGGAGAACTTCTGTGTCAGGATTCTATTGCGGAAATAATTTACAGGATG 2949
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2910 AGAGGTCCATCAGGAGAACTTCTATGTCTGGATTCTATTGCGGAAATAATATACAGGATG 2969
Query 2950 CAAAATCTGTATCTAGGAGACAAAGAA-AGAGAACAAGAGCAAAATGCAATGGTCTTGTA 3008
|| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 2970 CAGAATCTGAATCTAGGAGACAAA-AACAGAGAACAAGAGCAAAATGCACTTGTCTTGTA 3028
Query 3009 CAAAGGAGATGGTGCACTTGTTCCCTATGAGAGCAAGAAGCGAAAACCAAGACCCAAAGT 3068
|| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||
Sbjct 3029 CAGAGGAGATGGTGCGGTTGTTCCATATGAGAGCAAGAAGCAAAAACCAAGGCCTAAAGT 3088
Query 3069 TGACATTGACGATGAAACAACTCGCATATGGAACT-TACTGATggggaaaggagatgaaa 3127
|||| |||| |||||||||||||| |||||||| | || ||||||| ||| | || ||||
Sbjct 3089 TGACCTTGATGATGAAACAACTCGGATATGGAA-TCTATTGATGGGTAAA-G-GA-GAAA 3144
Query 3128 aagaaggggatgaagagaaggataa-aaagaaagagaagtggtgggaagaagaaagaaga 3186
|||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 3145 AAGAGGGGGATGAAGAGATGGATAAGAAA-AAAGAGAAGTGGTGGGAAGAAGAGAGGAGA 3203
Query 3187 GTCTTCCGAGGAAGGGCTGATTCCTTCATCGCTCGCATGCACCTGGTACAAGGAGATAGA 3246
|| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 3204 GTTTTCCGAGGAAGGGCCGATTCATTCATCGCCCGTATGCATCTTGTACAAGGAGATAGA 3263
Query 3247 CGTTTTTCGCCATGGAAGGGATCGGTGGTTGATTCGGTCATTGGAGTTTTCCTTACACAG 3306
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3264 CGTTTTTCGCCATGGAAGGGATCAGTGGTTGATTCGGTCATTGGAGTTTTCCTTACACAG 3323
Query 3307 AATGTCTCGGATCACCTTTCAAGCTCTGCGTTCATGTCTCTAGCTGCTCGATTCCCTCCA 3366
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3324 AATGTCACGGATCACCTTTCAAGCTCTGCTTTCATGTCTCTAGCTGCTCGATTCCCTCCA 3383
Query 3367 AAATTAAGCAGCAGCCGAGAAGATGAAAGGAATGTTAGAAGCGTAGTTGTTGAAGATCCA 3426
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3384 AAATCAAACAGCAGCCGAGAAGATGAAAGGAATGTTAGAAGCGTAGTTGTTGAAGATCCA 3443
Query 3427 GAAGGATGCATTCTGAACTTAAATGAAATTCCTTCGTGGCAGGAAAAGGTTCAACATCCA 3486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3444 GAAGGATGCATTCTGAACTTAAATGAAATTCCTTCGTGGCAGGAAAAGGTTCAAAATCCA 3503
Query 3487 TCTGACATGGAAGTTTCTGGGGTTGATAGTGGATCAAAAGAGCAGCTAAGGGACTGTTCA 3546
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 3504 TCTGACATGGAAGTCTCTGGGGTTGATAGTGGATCAAAAGAGCAACAAAGGGACTGTTCA 3563
Query 3547 AACTCTGGAATTGAAAGATTTAATTTCTTAGAGAAGAGTATTCAAAATTTAGAAGAGGAA 3606
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3564 AACTCTGGAATCGAAAGATTTAATTTCTTAGAGAAGAGTAGTCAAAATTTAGAAGAGGAA 3623
Query 3607 GTATTATCATCACAAGATTCTTTTGATCCGGCGATATTTCAGTCGTGTGGGAGAGTTGGA 3666
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3624 GTATTATCATCACAAGATTCTTTTGATCCTGCGATATTTCAGTCGTGTGGGAGAGTTGGA 3683
Query 3667 TCCTGTTC-ATGTTCCAAATCAGACGCAGAGTTTCCTACAACCAGGTGTGAAACAAAAAC 3725
||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3684 TCCTG-TCTATGTTCCAAATCAGACGCAGAGTTTTCTACAACCAGGTGTGAAACAAAAAC 3742
Query 3726 TGTCAGTGGAACATCACAATCAGTGCAAACTGGGAGCCCAAACTTGTCTGATGAAATTTG 3785
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3743 TGTCAGTGGATCATCACAATCAGTGCAAACTGGGAGTCCAAACTTGTCTGATGAAATTTG 3802
Query 3786 TCTTCAAGGGAATGAGAGACCGCATCTATATGAAGGATCTGGTGATGTTCAGAAACAAGA 3845
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3803 TCTTCAAGGGAATGAGAGACCGCTTCTATATGATGGATCTGGTGATGTTCAGAAACAAGA 3862
Query 3846 AACTACAAATGTCGCTCAGAAGAAACCTGATCTTGAAAAAACAATGAATTGGAAAGACTC 3905
|||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||| |||||
Sbjct 3863 AACTGCAAATGTCGCTCAGAAGAAACCTGATCTCGACAAAATAATGAACTGGAAGGACTC 3922
Query 3906 TGTCTGTTTTGGTCAGCCAAGAAATGATACTAATTGGC------AA--A-C-A--ACTCC 3953
| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || | | | | |||
Sbjct 3923 TCTCTCTTTTGGTCAGCCAAGCAATGATACTAATTGGCAAAAAAAAGGACCGACCAATCC 3982
Query 3954 TTCCAGCAGCTATGAGCAGTGTGCGACTCGACAGCCACATGTACTAGACATAGAGGATTT 4013
||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3983 TTCCAGCAGCTATGAGCAGAGTACGATTCAACAGCCACATGTAATAGACATAGAGGATTT 4042
Query 4014 TGGAATGCAAGGTGAAGGCCTTGGTTATTCTTGGATGTCCATCTCACCAAGAGTTGACAG 4073
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4043 TGGAATGCAAGGTGAAGGCCTTGGTTATCCTTGGCTGTCCATTTCACCAAGAGTTGACAG 4102
Query 4074 AGTAAAGAACAAAAATGTACCACGCAGGTTTTTCAGACAAGGTGGAAGTGTTCCAAGAGA 4133
|| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4103 AGGAAAGAACAAAAACGTACCACGCAGATTTTTCAGACAAGGTGGAAGTGTTCCAAGAGA 4162
Query 4134 ATTCACAGGTCAGATCATACCATCAACGCCTCATGAATTACCAGGAATGGGATTGTCCGG 4193
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |
Sbjct 4163 ATTCACAGGTCAGATCATATCATCAACGCCTCATGAAATGCTAGGAATGGGATTGTTTGC 4222
Query 4194 TTCCTCAAGCGCCGTCCAAGAACACCAGGACGATACCCAACATAATCAACAAGATGAGAT 4253
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4223 TTCCTCAAGCGCCCTCCAAGTGCACCAGGACGATACCCAACATAATCAACAAGATGAGAT 4282
Query 4254 GAATAAAGCATCCCATTTACAAAAAACATTTTTGGATCTGCTCAACTCCTCTGAAGAATG 4313
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4283 GAATAAAGCATCCCATTTACAAAAAACATTTATGGATCTGCTCAACTCTTCTGAAGAATG 4342
Query 4314 CCTTACAAGACAGTCCAGTACCAAACAGAACATCACGGATGGCTGTCTACCGAGAGATAG 4373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4343 CCTTACAAGACAGTCCAGTACCAAACAGAACATCACGGATGGCTGCCTACCGAGAGATAG 4402
Query 4374 AACTGCTGAAGACGTGGTTGATCCGCTCAGTAACAATTCAAGCTTACAGAACATATTGGT 4433
|||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4403 AACTGCTGAAAACGTGGTTGATCCCCTCAGTAAAAATACAAGCTTACAGAACATATTGGT 4462
Query 4434 CGAATCAAATTCCAGCAATAAAGAGCAGACGGCAGTTGAATACAAGGAGACAAATGCCAC 4493
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4463 CGAATCGAATTCCAGCAATAAAGAGCAGACAGCAGTTGAATACAACGAGACAAATGCCAC 4522
Query 4494 TATTTTACGAGAGATGAAAGGGACGCTTGCTGATGGGAAAAAGCCTACAAGCCAGTGGGA 4553
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 4523 TATTGTACGAGAGATGAAAGGGACGCTTGCTGATGGGAGAAAGCCTAAAAGCCAGTGGGA 4582
Query 4554 TAGTCTCAGAAAAGATGTGGAGGGGAATGAAGGGAGACAGGAACGAAACAAAAACAATAT 4613
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||| ||| |||
Sbjct 4583 TAGTCTCAGAAAAGATGTGGAGGTGAATGAAGGGAGAAAGGAAAGAAGCAAAGACAGTAT 4642
Query 4614 GGATTCCATAGACTATGAAGCAATAAGACGTGCTAGTATCAGCGAGATTTCTGAGGCTAT 4673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4643 GGATTCCATAGACTATGAAGCAATAAGACGTGCTAGTATCAGTGAGATTTCTGATGCTAT 4702
Query 4674 CAAGGAAAGAGGGATGAATAACATGTTGGCCGTACGAATTAAGGATTTCCTAGAACGGAT 4733
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4703 CAAGGAAAGAGGAATGAACAACATGTTGGCGGTACGAATTAAGGATTTCCTAGAAAGAAC 4762
Query 4734 AGTTAAAGATCATGGTGGTATCGACCTTGAATGGTTGAGAGAAT-CTCCTCCTGATAAAG 4792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 4763 AGTTAAAGATCATGGTGGTATCGACCTTGAATGGTTGAGAG-ATGTTCCTCCTGATAAAG 4821
Query 4793 CCAAGGACTATCTCTTGAGCATAAGAGGTCTGGGTTTGAAAAGTGTTGAATGCGTGCGAC 4852
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4822 CCAAGGACTATCTCCTGAGCATAAGAGGTCTGGGTTTGAAAAGTGTTGAATGCGTGCGAC 4881
Query 4853 TCTTAACACTCCACAATCTTGCTTTCCCTGTTGACACGAATGTTGGAAGGATAGCAGTTA 4912
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4882 TCTTAACGCTCCACAACCTTGCTTTCCCTGTTGACACGAATGTTGGAAGGATAGCCGTTA 4941
Query 4913 GGATGGGATGGGTGCCTCTACAACCCCTACCTGAATCACTTCAGTTACACCTCCTGGAGC 4972
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 4942 GGCTGGGATGGGTGCCTCTACAACCTCTACCTGAATCACTTCAGTTACACCTTCTAGAGC 5001
Query 4973 TATACCCAGTGCTCGAGTCCATCCAAAAATTTCTTTGGCCAAGACTTTGCAAACTCGATC 5032
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5002 TATACCCTGTGCTTGAGTCCATCCAAAAATTTCTTTGGCCAAGACTCTGCAAACTCGATC 5061
Query 5033 AACGAACACTGTATGAATTACACTACCAACTGATTACGTTTGGAAAGGTATTTTGCACAA 5092
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5062 AACCAACACTGTATGAATTACACTACCAGCTGATTACGTTTGGAAAGGTATTTTGCACAA 5121
Query 5093 AGAGTAGACCAAATTGTAATGCATGTCCAATGAGAGGAGAGTGCAGACACTTTGCCAGTG 5152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5122 AGAGTAGACCAAATTGTAATGCATGTCCAATGAGAGGAGAATGCAGACACTTTGCCAGTG 5181
Query 5153 CTTATGCTAGTGCAAGACTTGCTTT------ACCGGCACCAGAGGAGAGGAGCTTAACAA 5206
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5182 CTTATGCTAGTGCAAGACTTGCTTTACCGGCACCGGCACCAGACGAGAGGAGCTTAACAA 5241
Query 5207 GTGCAACTATTCCGGTCCCTCCCGAGTCCTATCCTCCTGTAGCCATCCCGATGATAGAAC 5266
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5242 GTGCAACTATTCCGGTCCCTCCCAAGTCCTTTCCTCCTGTAGCCATCCCGATGATAGAAC 5301
Query 5267 TACCTCTTCCGTTGGAGAAATCCCTAGCAAGTGGAGCACCATCGAATAGAGAAAACTGTG 5326
|||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5302 TACCTCTTCCGTTGGAGAAAGCCCTAGCAAGGGGCGCACCATCGAATAGAGAAAACTGTG 5361
Query 5327 AACCAATAATTGAAGAGCCGGCCTCGCCCGGGCAAGAGTGCACTGAAATAACCGAGAGTG 5386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 5362 AACCAATAATTGAAGAGCCGGCCTCGCCCGGGCAAGAATGCACTGAGATAACAGAGAGTG 5421
Query 5387 ATATTGAAGATGCTTACTACAATGAGGACCCTGACGAGATCCCAACAATAAAACTCAACA 5446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5422 ATATTGAAGATGCTTACTACAATGAGGACCCTGACGAGATCCCAACAATAAAACTCAACA 5481
Query 5447 TTGAACAGTTTGGAATGACTCTACGGGAACACATGGAAAGAAACATGGAGCTCCAAGAAG 5506
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5482 TTGAACAGTTCGGAATGACTCTACGGGAACACATGGAAAGAAACATGGAGCTCCAAGAAG 5541
Query 5507 GTGACATGTCCAAGGCTTTGGTTGCTTTGCATCCAACAACTACTTCTATTCCAACTCCCA 5566
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 5542 GTGACATGTCCAAGGCTTTGGTTGCTTTGAATCCAACCACTACTTCTATTCCAACTCCCA 5601
Query 5567 AACTAAAGAACATTAGCCGTCTCAGGACAGAGCACCAAGTGTACGAGCTCCCAGATTCAC 5626
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||
Sbjct 5602 AACTAAAGAACATTAGCCGTCTCAGGACAGAGCACCAAGTATACCAGCTCCCGGATTCAC 5661
Query 5627 ATCGTCTCCTTGATGGTATGGATAAAAGAGAACCAGATGATCCAAGTCCTTATCTCTTAG 5686
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5662 ATCCTCTCCTCGATGGTATGGATAAAAGAGAACCAGATGATCCAAGTCCTTATCTCCTAG 5721
Query 5687 CTATATGGACACCAGGTGAAACAGCGAATTCGGCACAACCGCCTGAACAGAAGTGTGGAG 5746
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5722 CTATTTGGACACCAGGTGAAACAGCGAATTCGGCTCAACCGCCTGAACAGAAGTGTGGAG 5781
Query 5747 GGAAAGCGTCTGGCAAAATGTGCTTTGACGAGACTTGTTCTGAGTGTAACAGTCTGAGGG 5806
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 5782 GGAAAGCGTCTGGCAAAATGTGCTTTGACGAGACTTGTTCTGAGTGCAACAGTGTGAGGG 5841
Query 5807 AAGCAAACTCACAGACAGTTCGAGGAACTCTTCTGATACCTTGTCGGACTGCCATGAGAG 5866
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5842 AAGCAAACTCACAGACAGTTCGAGGGACTCTTTTGATACCTTGTCGAACTGCCATGAGAG 5901
Query 5867 GAAGTTTTCCGCTCAACGGGACATA-TTTCCAAGTCAACGAGTTATTTGCAGACCACGAG 5925
||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5902 GAAGTTTTCCGCTCAACGGGACATACTTTC-AAGTTAACGAGTTATTTGCAGACCACGAG 5960
Query 5926 TCCAGTCTCAAACCCATCGATGTTCCTAGAGATTGGATATGGGATCTCCCAAGAAGGACT 5985
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5961 TCCAGTCTCAATCCCATCGATGTTCCTAGAGATTGGATATGGGATCTCCCGAGAAGGACT 6020
Query 5986 GTTTACTTCGGAACATCAGTAACATCAATATTCAGAGGTCTTTCAACGGAGCAGATACAG 6045
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6021 GTTTACTTCGGAACATCAGTAACATCAATATTCAGAGGTCTTTCAACGGAGCAGATACAA 6080
Query 6046 TTCTGCTTTTGGAAAGGATTCGTATGTGTCCGTGGATTCGAACAGAAGACAAGAGCACCG 6105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6081 TTCTGCTTTTGGAAAGGATTCGTATGTGTCCGTGGATTCGAACAGAAGACAAGAGCACCA 6140
Query 6106 CGTCCATTAATGGCAAGGTTGCATTTTCCTGCGAGCAAATTGAAGAACAACAAAACCTAA 6165
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 6141 CGTCCATTAATGGCAAGGTTGCATTTTCCGGCGAGCAAATTGAAGAACAACAAAATCTGA 6200
Query 6166 AGATGACTGGAAGAAAGCAAACGCATTGCTTCTCTGCTCTCCTCTATTTAAAGCCA-GGA 6224
||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 6201 TGATGAATGGATTAAAGAAAACACATTGCTTCTCTGCTCTCCTCTATTTAAAGGCAAGGA 6260
Query 6225 AAAGTCCCATTTAGACATAATAACAGGAATCCAAATAGGCTA-TTTT------CTCTTTC 6277
|||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 6261 AAAGACCCATTTAGGCATAAAAACAGGAAACCAAATAGGCTTCTTTTTTTTTTCTCTTTC 6320
Query 6278 TTTCTTATTTCATTCATAGAGCAGAAGCGACACAAAAAAGTTTTTTGGGTTATTTATTTT 6337
||||| | ||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 6321 TTTCTGACTTCATTCTTAGAGAAGAAGCAACACAAACAAGTTTTTTGGGTTATTTATTTT 6380
Query 6338 CTCTCTAACAAATTTGTAGCGTTTTGGGTCTTTTTCTGGCTGTCACTAGCGTGGCAAATC 6397
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 6381 CTCTCTAACAAATTTGTAGCATTT-GGGTCTTTTT--GGTTGTCACTAGCGTGGCAAATC 6437
Query 6398 CAATGTCTGCGCACACTTAGGCGCATTGTCAATAAAATTTCTCCGGCCACCGGAGTGTTT 6457
||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 6438 CAATGCCTGCGCACAC--AGGCGCATTGTCAATAAA-TTTCTCCGGCCACCGGAGTATTT 6494
Query 6458 AGCATCTTTTAACCGGCG 6475
||||||||| ||||||||
Sbjct 6495 AGCATCTTTCAACCGGCG 6512
Score = 1598 bits (865), Expect = 0.0
Identities = 1096/1201 (91%), Gaps = 42/1201 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CATTGACTCGCCTGAGAATCAGAAAGCTTAGATCGATTCTTAGTTAATGTCGCCTTCTCT 60
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CATTGACTCGCCTGAGAATCAG-AAGCTTAGATCGATTCTTAGTTAATGTCGCCTTCTCT 59
Query 61 AACCAAGTCAGATTAAAAAGGAGTGTTCGTCCATGTTGCTTTGTTTTGGTGTTTGGAGAG 120
|||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||
Sbjct 60 TCCCAAGTTTGATT-TAAAGGAGTGTTCGTCCATGTAGCTTGGTTTTGGTGTTTGGTGAG 118
Query 121 AGTTTTCGGAGAGTTAGGTGAG-TGTTATTTGGGGTGAGGTAGTGATAAGGTTTGAAGGG 179
||||||||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 119 AGTTTTCGGAGAGTTAGGT-AGAAG-CATTT-GGGTGAGGTAGTGATAAGG-TTGAAGGG 174
Query 180 GGAGTGATTCA-----T---CA--AGTGTGTTATGAATTCGAGGGCTGATCCGGGGGATA 229
||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 175 GGAGTGATTCATTGGTTCCACACTAGTGTGGTATGAATTCGAGGACTGATCCCGGGGATG 234
Query 230 GATATTTTCGAGTTCCTTTGGAGAATCAAACTCAACA--AG----AGTTCATGGGTTCTT 283
| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||
Sbjct 235 GCTATTTTCGACTTCCTTTGGAGAATCAAACCCAACATGAGTTCCAATTCATGGGTTCTT 294
Query 284 GGATTCCATTTACACCCAA-AAA--AC--C----------TAGATCAAGTCTGATGGTAG 328
||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||| ||||
Sbjct 295 GGATTCCATTTACACCCAAGAAACCTCTTCAAGGTGGTGGTAGATCAAGTCTGATCGTAG 354
Query 329 ATGAGAGAGTGATAAACCAGGATCTAAATG-GGTTTCCAGGTGGTGAATTTGTAGACAGG 387
|||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 355 ATGAGAGACTGATACACCAGGATCTAAATGTGG-TTCCAGGTGTTGAATTTGTAGAGAGG 413
Query 388 GGATTCTGCAACACTGGTGTGGATCATAATGGGGTTTTTGATCATGGTGCTCATCAGGGC 447
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 414 GCATTCTGCAACAGTGGTGTGGATCATAATGGGGTTTATGACCATGGTGCTCATCAGGGC 473
Query 448 GTTACCAACTTAAGTATGATGATCAATAGCTTAGCGGGATCACATGCACAAGCTTGGAGT 507
|| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 474 GTGACCAACTTAAATATGATGATTAATAGCTTAGCGGGATCACATGCACAGGCTAGGAGT 533
Query 508 AATAGTGAGAGAGATCTTTTGGGCAGGAGTGAGGTGACTTCTCCTTTAGCACCAGTTATC 567
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 534 AATAGTGAGAGAGATCTTTTGGGCAGGAGTGATGTGACTTCTCCTTTAGCACCCGTTATC 593
Query 568 AGAAACACCACCGGTAATGTAGAGCCGGTCAATGG-AAATTTTACTTCAGATGTGGGTAT 626
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 594 AGAAACACCACCAGTAATATAGAGCCGGTCAATGGAAAATTTT-CTTCAAATGTGGGTAT 652
Query 627 GGTAAATGGTCCTTTCACCCAGAGTGGCACTTCTCAAGCTGGCTATAATGAGTTTGAATT 686
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 653 GGTAAACGGTCCTTTCACCCAGAGTGGCAGTTCTCAAGCTGGCTATACTGAGTTTGAATT 712
Query 687 GGATGACTTGTTGAATCCTGATCAGATGCCCTTCTCCTTCACAAGCTTGCTGAGTGGTGG 746
||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 GGACGACTTGTTGAATCCCGATCATATGCCCTTCTCCTTCACAAGCTTGCTGAGTGGTGG 772
Query 747 GGATAGCTTATTCAAGGTTCGTCAATATGGACCTCCAGCGTGTAACAAGCCTCTTTACAA 806
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 773 GGATAGCTTATTCCAGGTTCGTCAATATGGAACTCCAGCGTGTAGCAAGCCTCTTTACTA 832
Query 807 TTTGAATTCACCAATTAGAAGAGAAGCAGTTGGGTCAGTCTGTGAAAGTTCGTTTCAATA 866
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 TTTGAATTCACCAATCAGAAGAGAAGCAGTTGGGTCAGTCTGTGAAAGTTCGTTTCAATA 892
Query 867 TGTACCGTCAACGCCCAGTCTGTTCAGAACAGGTGAAAAGACTGGATTCCTTGAACAGAT 926
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 893 TGTACCGTCAACCCCCAGTCTGTGCAGAACAGGTGAAAAGAATGGATTCCTTGAACAGAT 952
Query 927 AGTTACAACTACTGGACATGAAATCCCAGAGCCGAAATCTGACAAAAGTATGCAGAGCAT 986
||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 AGTTACAACCATTGGACATGAAATCACAGAGCCGAAATCTGACAAAAGTATGCAGAGCAT 1012
Query 987 TATGGACTCGTCTGCTGTTAATGCGACGGAAGCTACTGAACAAAATGATGGCAGCAGACA 1046
||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 TATGGACGCGTCTGCTGTTAATGCGACGGAAGTTACTGAACAAAATGATGGCAGCAGACA 1072
Query 1047 AGATGTTCTGGAGTTCGACCTTAACAAAACTCCTCAGCAGAAACCCTCCAAAAGGAAAAG 1106
||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 AGATGTTCTGGAGTTTGATCTTAACAAGACACCTCAGCAGAAACCCTCCAAAAGGAAAAA 1132
Query 1107 GAAGTTCATGCCCAAGGTGGTCGTGGAAGGCAAACCTAAAAGAAAGCCACGCAAACCTGC 1166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1133 GAAGTTCATGCCCAAGGTGGTCGTGGAAGGCAAACCTAAAAGGAAGCCACGCAAACCTGC 1192
Query 1167 A 1167
|
Sbjct 1193 A 1193
Score = 1293 bits (700), Expect = 0.0
Identities = 834/896 (93%), Gaps = 19/896 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1174 CCCAAAGTGGTCGTGGAAGGCAAACCTAAAAGGAAGCCACGCAAAGCTGCAACTCAGgaa 1233
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1143 CCCAAGGTGGTCGTGGAAGGCAAACCTAAAAGGAAGCCACGCAAACCTGCAACTCAGGAA 1202
Query 1234 aaagtgaaatctaaagaaaccgggagt-gc------caaaaag------a-a-aaatttg 1278
|||||||| |||||||||||||||||| || |||||| | | ||| |||
Sbjct 1203 AAAGTGAATTCTAAAGAAACCGGGAGTGGCAAAAGGAAAAAAGCTCAAAAGACAAACTTG 1262
Query 1279 aaagaaTCAGCAACTAAAAAGCCAGCCAATGTTGGAGATATGAGCAACAAAAGCCCTGAA 1338
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 AAAGAATCAGCAACTAAAAAGCCAGCCCATGTTGGAGATATGAGCAACAAAAGCCCTGAA 1322
Query 1339 GTCACACTCAAAAGTTGCAGAAAAGCTTTGAATTTTGACTTGGAG-AATCCTGGAGATGC 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1323 GTCACACTCAAAAGTTGCAGAAAAGCTTTGAATTTTGACTTGGAGAAAT-CTGGAGATGC 1381
Query 1398 GAGGCAAGGTGACTCTGAGTCTGAAATTGTCCAGAACAGTAGTGGCGCAAACTCGTTTTC 1457
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||
Sbjct 1382 GAGGCAAGGTGACTCTGAGTTTGAAATTGTCCAGAACAATAATGGCGCAAACTCATTTTC 1441
Query 1458 TGAGATCAGAGATGCCATTGGTGGAACTAATGGTAGTTTCCTGGATTCAGTGTCACAAAT 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1442 TGAGATCAGAGATGCCATTGGTGGAACTAATGGTAGTTTTCTGGATTCAGTGACACAAAT 1501
Query 1518 AGACAAGACCAATGGATTGGGGGCTATGAACCAGCCACTTGAAGTGTCAATGGGAAACCA 1577
|| | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 AGGCCAGACCAATGGATTGGTGGCTACGTACCAGCCACATGAAGTGTCAATGGGAAACCA 1561
Query 1578 GCCAGATAAACTATCTACAGG-AGCGAAACTGGCCAGAGACCAACAACCTGATTTATTGA 1636
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1562 GCCAGATAAACTATCAAC-GGAAGCGAAACTGGCCAGAGACCAGCAACCTGATTTATTGA 1620
Query 1637 CTAGAAACCAGCAATGCCAGTTCCCAGTGGCAACCCAGAACACCCAGTTCCCAATGGAAA 1696
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1621 CTAGAAACCAGCAATGCCAGTTCCCAGTGGGAACCCAGAACACCCAGTTCCCAATGGGAA 1680
Query 1697 ACCAACAAGCTTGGCTTCAGATGAAAAACCAACTTATTGGCTTTCCATTTGGTAACCAGC 1756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1681 ACCAACAAGCTTGGCTTCAGATGAAAAACCAACTTATTGGCTTTCCATTCGGTAACCAGC 1740
Query 1757 AACCTCGCATGACCATAAGAAACCAGCAGCCTTGCTTGGCCATGGGTAATCAACAACCTA 1816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AACCTCGCATGACCATAAGAAACCAGCAGCCTTGCTTGGCCATGGGTAATCAACAACCTA 1800
Query 1817 TGTATCTGATAGGAACTCCACGGCCTGCATTAGTAAGTGGAAACCAGCAACTAGGAGGTC 1876
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TGTATCTGATAGGAACTCCACGGCCTGCATTGGTGAGTGGAAACCAGCAACTAGGAGGTC 1860
Query 1877 CCCAAGGAAACAAGCGGCCTATATTTTTGAATCACCAGACTTGTTTACCTGCTGGAAATC 1936
|||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 TCCAAGGGAACAAGCAGCCTATATTTTTGAATCAGCAGACTTGTTTACCTGCTGGAAATC 1920
Query 1937 AGCTATATGGATCACCTACAGACATGCATCAACTTGTTATGTCAACCGGAGGGCAACAAC 1996
| | |||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AACAATATGGATCACCGACAGACATGTATCAGCTTGTTATGTCAACCGGAGGGCAACAAC 1980
Query 1997 ATGGACTACTGATAAAAAACCAGCAACCTGGATCATTAATAAGAGGCCAGCAGCCT 2052
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||
Sbjct 1981 ATGGACTACGGATGAAAAACCAGCAACCTGGATTTTTGTTGAGAAACCAGCAGCCT 2036
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 245395230704
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5