BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04810.1
Length=3044
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487264 jgi|Araly1|487264|fgenesh2_kg.6__398__AT5G04810.1 4453 0.0
> Ahg487264 jgi|Araly1|487264|fgenesh2_kg.6__398__AT5G04810.1
Length=2884
Score = 4453 bits (2411), Expect = 0.0
Identities = 2689/2824 (95%), Gaps = 15/2824 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 ATGGATAATGGAGGGAGCGTGTTGTCGCTCTCTGCTCCACACTTCCCTTACTCCGCCACC 75
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATAATGGAGGGAGCGTGTTGTCCCTCTCTGCTCCACACTTTCCTTACTCCGCCACC 60
Query 76 ATTCTCCGACGTCACTCTCCGGTGGCTTCCATATCTTTCTCCCT-TAAGCA---AC-C-A 129
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || || | | |
Sbjct 61 ATTCTCCGCCGTTACTCTCCGGTGGCTTCCATATCGTTCTCCCTCAAACCACCGCCGCAA 120
Query 130 CCACCGCAA---CCACCAGAACCTCCTGAGAGTCCTCCTGACCTCCGCCGCCCGGAGAAA 186
||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CCACCACAACCTCCGCCTGAACCTCCTGAGAGTCCTCCTGACCTCCGTCGCCCGGAGAAA 180
Query 187 TCTATTGGttcttcttcatcttcttcctctccttcccctatcccttctcctaaaacccct 246
||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTCTTGGTTTTTCTTCTTCTTCTTCCTCTCCTTCCCCTATCCCTTCTCCTAAAACCCCT 240
Query 247 cttAAGATTAATCCACTCAAGGGTTTAACCAATCGCTCTTCTGTGTCTCCTCTTGTTCAA 306
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTAAGATTAATCCACTCAAGGATTTAACGAATCGTTCTTCTGTGTCTCCTCTTGTTCAA 300
Query 307 TCAGAGGTTTCGAGTAAAGTTTCTTCCTTTGGCTCCTCTCTAGCATCCAAGCTACGTTTG 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 301 TCAGAGGTTTCGAGTAAAGTTTCTTCCTTTGGCTCTTCTCTCGCATCCAAACTACGTTTG 360
Query 367 TCCAGCAAGctctctcctcctcctcctcctccacctccgcctcctGTTGAGGAAACCACC 426
||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 361 TCCAGCAAG--CTAT-CTCCGCCTCCTCCTCCACCTCCGCCTCCTGTTGAGG-AA--ACC 414
Query 427 CAATTCCGAGATGAGTTTCGGAGTGACACGAAACCACCGGAAGAAGAAACTCGAAACCCG 486
|||||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 415 CAATTCCGAGATGACCTGCGTAATGACACGAAACCTCCGGAAGAAGAAACTCGGAAGCCG 474
Query 487 CAACAGGAATTCCGACAAGAAGGGAAGATATTCGTTGGTAATTTACCGACATGGATAAAG 546
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 CAACAGGACTTCCGACAAGAAGGGAAGATATTCGTCGGTAATTTACCGACATGGATAAAG 534
Query 547 AAACCAGAGTTTGAAGAGTTCTTCCGACAGTTCGGACCGATAGAGAATGTGATTCTAATC 606
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 AAACCAGAGTTTGAGGAGTTTTTCCGACAGTTCGGACCGATAGAGAATGTGATTCTAATC 594
Query 607 AAAGGACATCACGAGGTCGAGAAAAACGCGGGATTTGGGTTCATTATTTACGCGGCAGAG 666
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 AAAGGACATCACGAAGTCGAGAAAAACGCGGGATTTGGGTTCATTATTTACGCGGCAGAG 654
Query 667 AAGTCTGCAATGAAAGCTGTGGAGTTCGACGGCGTTGAGTTTCACGGCAGGATATTGACG 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AAGTCTGCAATGAAAGCTGTGGAGTTCGACGGCGTTGAGTTTCACGGCAGGATATTGACG 714
Query 727 GTGAAGCTAGACGACGGAAAGAGGCTGAAAACAAAGGCTGAACAGAGAGTGAGGTGGGTA 786
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 715 GTGAAGCTAGACGATGGAAAGAGGCTGAAAACAAAGGCTGAGCAGAGAGTGAGGTGGGTA 774
Query 787 GAGGAAGGAGAAGAAGACACGAAAATGTCTAATAAGTCGTCGTGGCATCAAGAGAGAGAA 846
|||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||
Sbjct 775 CAGGAGGGAGAAGAAGACGCGAAAATGTCGAATAAGTCAACATGGCATCAGGAGAGAGAA 834
Query 847 GGGTCTCGAAAGTCACTACAGAGGATTTTAGATACCAATGGAGATAACTGGCAAGCTGTT 906
||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GGGTCACGAAAGTCACTTCAGAGGATTCTAGATACTAATGGAGATAACTGGCAAGCTGTT 894
Query 907 ATTTCAGCTTTCGAGAAGATCAGCAAGCCTTCGAGGACAGAGTTTGGTTTGATGGTGAAG 966
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 ATTTCAGCTTTCGAGAAGATCAACAAGCCTTCTAGGACAGAGTTTGGTTTGATGGTGAAG 954
Query 967 TTCTATGGAAGAAGAGGGGATATGCATCGTGCACGTGAGACTTTTGAGAGAATGCGCGCG 1026
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||
Sbjct 955 TTCTATGGAAGAAGAGGAGATATGCATCGTGCACGTGAAACTTTCGAGAGGATGCGTGCG 1014
Query 1027 AGGGGTATCACACCAACATCACGTATATACACAAGCCTTATTCACGCTTATGCAGTTGGT 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AGGGGTATCACACCAACATCACGTATATACACAAGCCTTATTCACGCTTATGCAGTTGGT 1074
Query 1087 AGAGACATGGACGAAGCACTGTCTTGTGTTCGTAAAATGAAGGAAGAAGGAATTGAGATG 1146
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1075 AGAGACATGGATGAAGCACTGTCTTGTGTTCGTAAAATGAAGGAAGAAGGGATTGAGATG 1134
Query 1147 AGTTTGGTGACTTATAGTGTAATCGTTGGAGGATTCTCTAAAGCGGGACATGCCGAAGCT 1206
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1135 AGTTTGGTGACTTATAGTGTAATCGTTGGAGGATTCTCCAAAGCGGGAAATGCCGAAGCT 1194
Query 1207 GCAGATTACTGGTTTGACGAGGCCAAACGGATACACAAAACCCTTAATGCCAGTATATAT 1266
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1195 GCAGATCACTGGTTTGACGAGGCCAAACGGATACACAAAACCCTTAATGCTAGTATATAT 1254
Query 1267 GGAAAAATCATATATGCACACTGTCAGACGTGCAATATGGAGCGGGCAGAGGCATTGGTG 1326
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GGAAAAATCATATACGCACACTGTCAGACGTGCAATATGGAGCGGGCAGAGGCATTGGTG 1314
Query 1327 AGGGAGATGGAAGAAGAAGGTATTGATGCTCCTATTGCTATCTACCACACCATGATGGAT 1386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 AGGGAGATGGAAGAAGAAGGTATTGATGCTCCTATTGCTATCTACCACACCATGATGGAT 1374
Query 1387 GGTTATACAATGGTCGCTGATGAGAAGAAAGGCTTAGTTGTTTTCAAAAGACTTAAGGAA 1446
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 GGCTATACAATGGTCGCCGATGAGAAGAAAGGCTTAGTTGTTTTCAAAAGACTTAAGGAA 1434
Query 1447 TGTGGATTTACTCCAACAGTTGTTACTTATGGGTGCCTCATTAATCTTTATACTAAGGTT 1506
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TGTGGATTTACTCCAACAGTTGTTACTTATGGATGCCTCATTAATCTTTATACTAAGGTT 1494
Query 1507 GGAAAGATTTCAAAAGCCTTGGAAGTTAGTAGAGTGATGAAGGAAGAGGGCGTAAAGCAT 1566
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1495 AGAAAGATTTCAAAAGCCTTGGAAGTTAGCAGAGTGATGAAGGAAGAGGGCGTAAAACAT 1554
Query 1567 AATTTAAAGACTTATTCGATGATGATTAACGGATTTGTAAAACTAAAAGATTGGGCCAAT 1626
|||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AATTTAAAGACTTATTCGATGATGATCAATGGGTTTGTAAAACTAAAAGATTGGGCCAAT 1614
Query 1627 GCGTTTGCTGTATTTGAAGATATGGTAAAAGAAGGCATGAAACCAGATGTTATACTATAC 1686
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1615 GCGTTTGCTGTATTTGAAGATATGGTAAATGAAGGCATGAAACCGGATGTTATACTATAT 1674
Query 1687 AACAACATCATCTCAGCATTCTGCGGGATGGGTAACATGGATCGAGCGATCCAGACTGTT 1746
|||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AACAACATCATCGCAGCATTCTGTGGAATGGGTAACATGGATCGAGCGATCCAGACTGTT 1734
Query 1747 AAGGAGATGCAAAAGCTGAGGCATAGACCAACCACACGGACATTTATGCCTATCATACAT 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1735 AAGGAGATGCAAAAGCTGAGGCATAGACCAACCACACGGACATTTATGCCTATCATAAAT 1794
Query 1807 GGATATGCGAAATCCGGAGACATGAGGAGATCACTAGAAGTTTTTGATATGATGAGACGA 1866
|||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1795 GGATTTGCGAAATCCGGGGACATGAGGAGATCCCTAGAAGTTTTCGATATGATGAGGCGA 1854
Query 1867 TGTGGGTGTGTTCCAACCGTTCATACTTTCAATGGTTTGATTAATGGTTTAGTTGAGAAA 1926
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TGTGGGTGTGTTCCAACCGTTCACACTTTCAATGCTTTGATTAATGGTTTAGTTGAGAAA 1914
Query 1927 CGTCAGATGGAAAAGGCGGTTGAGATATTAGACGAGATGACATTGGCGGGTGTAAGTGCA 1986
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1915 CGTCAGATGGAAAAGGCCGTTGAGATATTAGACGAGATGACATTGGCGGGTGTTAGTGCA 1974
Query 1987 AACGAACATACTTACACAAAGATCATGCAAGGCTATGCATCAGTCGGTGATACCGGAAAA 2046
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1975 AACGAACACACTTACACAAAGATCATGCAAGGCTATGCATCAGTTGGTGATACTGGAAAA 2034
Query 2047 GCCTTTGAGTATTTTACAAGGCTTCAAAACGAAGGTTTGGATGTTGACATTTTCACTTAC 2106
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GCCTTTGAGTATTTTACAAGACTTCAAAACGAAGGTTTGGAGGTTGACATTTTCACTTAC 2094
Query 2107 GAGGCGTTACTTAAAGCTTGCTGCAAATCAGGAAGAATGCAGAGCGCATTAGCTGTCACG 2166
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GAGGCGTTACTTAAAGCTTGCTGCAAATCAGGACGAATGCAGAGCGCATTAGCTGTCACG 2154
Query 2167 AAAGAAATGAGTGCACGGAATATCCCGCGCAATTCCTTCGTCTATAACATATTAATCGAC 2226
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2155 AAAGAAATGAGCGCACGGAATATCCCGCGCAATTCCTTCGTCTATAACATATTAATTGAC 2214
Query 2227 GGATGGGCACGAAGAGGCGATGTATGGGAAGCCGCGGATTTGATACAGCAGATGAAAAAA 2286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GGATGGGCACGAAGAGGCGATGTATGGGAAGCCGCGGATTTGATACAGCAGATGAAAAAA 2274
Query 2287 GAAGGTGTTAAACCCGACATTCATACTTACACATCCTTCATTAGCGCTTGTTCTAAGGCC 2346
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 GAAGGTGTTAAACCAGACATTCATACTTACACATCCTTCATTAGCGCTTGTTCTAAGGCC 2334
Query 2347 GGCGACATGAATAGAGCTACACAAACAATCGAAGAAATGGAAGCACTAGGTGTGAAACCT 2406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2335 GGCGACATGAATAGAGCTACACAAACAATCGAAGAAATGGAAGCAATAGGGGTGAAACCT 2394
Query 2407 AACATCAAGACATACACGACCTTAATAAAAGGATGGGCGAGAGCATCTCTTCCAGAGAAA 2466
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2395 AACATCAAGACATATACGACCTTGATAAAAGGATGGGCGCGAGCATCTCTTCCCGAGAAA 2454
Query 2467 GCCTTAAGTTGCTACGAGGAAATGAAGGCGATGGGGATAAAACCCGACAAAGCTGTGTAT 2526
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 GCCTTAAGTTGCTACGAGGAAATGAAGGCGATGGGGCTAAAACCCGACAAAGCTGTGTAT 2514
Query 2527 CATTGCCTTCTGACTTCGCTTCTGTCGCGTGCTTCAATCGCAGAAGCTTACATTTACTCA 2586
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2515 CATTGCCTTCTGACTTCGCTTCTGTCGCGTGCTTCAATTGCAGAAGCTTACATCTACTCA 2574
Query 2587 GGAGTGATGACTATCTGCAAGGAAATGGTGGAGGCAGGCTTGATTGTTGATATGGGAACT 2646
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2575 GGAGTTATGACTATCTGCAAGGAAATGGTGGAGGCAGGCTTGATCGTTGATATGGGAACT 2634
Query 2647 GCGGTTCACTGGTCTAAATGTCTGTGTAAGATTGAAGCTTCAGGTGGTGAGCTCACTGAG 2706
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2635 GCGGTTCACTGGTCTAAATGTCTGTGTAAGATCGAAGGTTCTGGTGGTGAGCTCACTGAG 2694
Query 2707 ACGTTGCAGAAGACTTTCCCACCTGATTGGAGCTCGCATCATCATCACCATGGCTTCTTA 2766
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 ACGTTGCAGAAGACATTCCCACCTGATTGGAGCTCGCATCATCATCACCATGGCTTCTTG 2754
Query 2767 GATCAAGTTTCTGATGTTGACTCCGATGAAGATGATGTTGATGGTGAAGATGGTGAGGAC 2826
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
Sbjct 2755 GATCAAATTTCTGATGTTGACTCTGATGAAGATGATGTTGATGGTGAGGATGATGATGAT 2814
Query 2827 GATG 2830
||||
Sbjct 2815 GATG 2818
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114956359410
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5