BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04885.1
Length=2397
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487274 jgi|Araly1|487274|fgenesh2_kg.6__408__AT5G04885.1 3781 0.0
> Ahg487274 jgi|Araly1|487274|fgenesh2_kg.6__408__AT5G04885.1
Length=2332
Score = 3781 bits (2047), Expect = 0.0
Identities = 2241/2332 (96%), Gaps = 23/2332 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 AATCTGCTTAAAAGCGTTTATTAACTACTC--TTTATTTT--C------TCAT-ATAAAA 72
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || | ||| ||
Sbjct 1 AATCTGCTTAAAAGCGTTTATTAACTACTCTTTTTATTTTCACTTTATTTCTTCATATAA 60
Query 73 ATTCTCAGCGAAGAAGAATCAGATATTTTCTGGTCTTGCTCTGCCTAACT--CTCA-C-A 128
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 61 ATTCTCAGCGAAGAAGAATCAGATATTTTCTGGTCTTGCTCTGCCTAACTAACTCACCTG 120
Query 129 TAGTTTCCCCTGTTACGAAGATGAGCAGAGATTCAGTAAGAATCGTTGGGGTTCTTCTAT 188
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TAGTTTCCCCTGTTACGAAGATGAGCAGAGATTCAGTAAGAATCGTTGGGCTTCTTCTAT 180
Query 189 GGATGTGTATGTGGGTTTGTTGTTATGGGGATGGAGAGTATCTGTTGTACAAGGACCCGA 248
|||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 181 GGATGTGTGTGTGGGTTTCTTGTTATGGGGGTGGAGAGTATGTGTTGTACAAGGACCCCA 240
Query 249 AACAGACGGTGTCAGATCGAGTTGCGGATTTGTTTGGTAGAATGACTTTGGAAGAGAAGA 308
||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACAGGCCGTGTCAGATCGAGTTGCCGATTTGTTTGGTCGAATGACTTTGGAAGAGAAGA 300
Query 309 TTGGCCAGATGGTGCAGATTGATAGAAGTGTTGCCACTGTCAACATTATGAGAGATTACT 368
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 301 TTGGTCAGATGGTGCAGATTGATAGAAGTGTTGCCACTGTCAACATCATGAGAGATTACT 360
Query 369 TCATCGGCAGTGTATTGAGTGGTGGTGGGAGCGCTCCACTTCCTGAGGCAAGTGCTCAGA 428
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 361 TCATCGGCAGTGTATTGAGTGGTGGGGGGAGTGCTCCACTTCCTGAGGCAACTGCTCAGA 420
Query 429 ATTGGGTTGATATGATAAATGAGTACCAAAAGGGGGCTCTAGTTAGTCGTTTGGGAATTC 488
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTGGGTTGATATGATAAATGAGTATCAAAAGGGAGCTCTAGTTAGTCGTTTGGGAATTC 480
Query 489 CTATGATATATGGCATTGATGCCGTTCACGGGCATAACAATGTCTATAACGCTACTATTT 548
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTATGATATACGGCATTGATGCCGTTCACGGGCATAACAATGTCTATAACGCTACTATTT 540
Query 549 TCCCTCACAATGTTGGTCTTGGAGCCACTAGGGATCCTGATCTTGTTAAGAGGATTGGAG 608
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TCCCTCACAATGTTGGTCTTGGAGCCACCAGGGATCCTGATCTTGTTAAGAGGATTGGAG 600
Query 609 CAGCAACTGCAGTCGAAGTCAGAGCCACTGGAATCCCATACACATTTGCTCCTTGCATTG 668
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAGCAACTGCAGTCGAAGTCAGAGCCACTGGAATTCCATACACATTTGCTCCTTGCATTG 660
Query 669 CAGTTTGTAGAGATCCCAGATGGGGTAGATGTTATGAGAGCTACAGCGAGGATCACAAAG 728
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAGTTTGTAGAGATCCAAGATGGGGTAGGTGTTATGAGAGCTACAGCGAGGATCACAAAG 720
Query 729 TCGTGGAAGACATGACGGATGTCATACTTGGTTTACAAGGAGAGCCTCCTTCCAACTATA 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCGTGGAAGACATGACGGATGTCATACTTGGTTTACAAGGAGAGCCTCCTTCCAACTATA 780
Query 789 AGCACGGAGTTCCATTCGTTGGTGGCAGGGATAAAGTTGCAGCCTGTGCCAAGCATTACG 848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGCACGGAGTTCCATTCGTTGGTGGCAGGGATAAAGTTGCAGCCTGTGCCAAGCATTACG 840
Query 849 TGGGAGATGGTGGGACAACCCGCGGAGTAAACGAGAACAACACTGTGACTGATTTACACG 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TGGGAGATGGTGGGACAACCCGCGGAGTAAACGAGAACAACACTGTGACTGATTTACACG 900
Query 909 GTCTTCTTAGCGTTCACATGCCCGCTTATGCTGATGCAGTTTACAAAGGTGTTTCCACAG 968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTCTTCTTAGCGTTCACATGCCCGCTTATGCTGATGCAATTTACAAAGGTGTTTCCACAG 960
Query 969 TGATGGTTTCATATTCGAGCTGGAATGGTGAGAAGATGCATGCAAATACTGAGCTGATCA 1028
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 961 TGATGGTTTCATATTCCAGCTGGAATGGTGAGAAGATGCATGCAAATACTGAGCTTATCA 1020
Query 1029 CAGGGTATCTTAAGGGTACCCTTAAGTTTAAGGGTTTTGTTATCTCGGATTGGCAAGGTG 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAGGGTATCTTAAGGGTACCCTTAAGTTTAAGGGTTTTGTTATCTCGGATTGGCAAGGTG 1080
Query 1089 TCGATAAGATTTCCACACCACCGCATACGCACTACACAGCTTCCGTCCGAGCTGCAATTC 1148
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1081 TTGATAAGATTTCCTCACCACCGCATACGCACTACACAGCTTCCGTCCGGGCTGCAATTC 1140
Query 1149 AAGCTGGAATTGATATGGTCATGGTCCCCTTCAACTTTACCGAGTTTGTCAATGATCTTA 1208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AAGCTGGAATTGATATGGTCATGGTCCCCTTCAACTTTACCGAGTTTGTCAATGATCTTA 1200
Query 1209 CAACCTTGGTGAAGAATAATTCAATTCCTGTCACTCGGATTGATGATGCTGTCAGAAGAA 1268
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1201 CGTCCTTGGTGAAGAATAATTCAATTCCTGTCACTCGGATTGATGATGCTGTTAGAAGAA 1260
Query 1269 TCCTGCTTGTCAAGTTCACCATGGGTCTTTTTGAGAACCCTTTGGCTGATTACAGCTTTT 1328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TCCTGCTTGTCAAGTTCACCATGGGTCTTTTTGAGAACCCTTTGGCTGATTACAGCTTTT 1320
Query 1329 CCAGTGAACTAGGAAGCCAGGCACATAGAGACTTGGCAAGGGAGGCTGTTAGAAAATCCC 1388
||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CCAATGAACTGGGAAGCCAGGCACACAGAGACTTGGCAAGGGAGGCTGTTAGAAAATCCC 1380
Query 1389 TTGTGCTACTGAAGAACGGGAACAAAACCAATCCTATGCTCCCACTTCCCAGGAAGACTT 1448
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TTGTGCTGCTGAAAAACGGGAACAAAACCAATCCTATGCTCCCACTTCCCAGGAAGACTT 1440
Query 1449 CAAAGATCCTAGTCGCTGGCACTCACGCTGATAATTTAGGTTATCAGTGTGGTGGTTGGA 1508
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 CAAAGATCCTAGTAGCTGGCACTCACGCTGATAATTTAGGTTATCAGTGTGGTGGTTGGA 1500
Query 1509 CCATAACTTGGCAAGGATTTAGCGGTAATAAGAACACGAGAGGGACTACACTTCTTAGCG 1568
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1501 CCATAACTTGGCAAGGATTTAGTGGTAACAAGAACACGAGAGGGACTACGCTTCTTGGCG 1560
Query 1569 CTGTAAAATCAGCTGTTGATCAAAGCACTGAAGTTGTCTTCCGCGAGAACCCGGATGCTG 1628
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |
Sbjct 1561 CTGTAAAATTAGCTGTTGATCAAAGCACTGAAGTTGTCTTTCGCGAAAACCCTGATGCAG 1620
Query 1629 AATTCATCAAATCGAACAACTTTGCTTATGCAATCATTGCTGTTGGTGAACCTCCATATG 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AATTCATCAAATCGAACAACTTTGCTTATGCAATCATTGCTGTTGGTGAACCTCCATATG 1680
Query 1689 CAGAAACAGCTGGAGACAGCGACAAGCTAACTATGCTTGACCCCGGTCCAGCGATTATTA 1748
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CAGAGACAGCTGGAGATAGCGACAAGCTAACTATGCTTGACCCCGGTCCAGCGATTATTA 1740
Query 1749 GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAGTGTGTGGTTGTGGTCATTTCAGGTAGACCACTTGTGA 1808
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||
Sbjct 1741 GCTCCACTTGTCAGGCTGTCAAATGTGTGGTTGTGGTCATTTCAGGGAGACCAATAGTGA 1800
Query 1809 TGGAACCTTACGTTGCCTCGATCGATGCATTGGTTGCAGCATGGCTACCAGGAACAGAAG 1868
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TGGAACCTTACGTTGCCTCGATTGAGGCATTGGTTGCAGCGTGGCTACCAGGAACAGAAG 1860
Query 1869 GCCAAGGTATCACTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA 1928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GCCAAGGTATCACTGATGCTCTCTTTGGGGACCATGGCTTCAGTGGAAAACTTCCTGTTA 1920
Query 1929 CATGGTTCAGAAACACAGAGCAGTTGCCTATGAGCTATGGAGATACACATTATGACCCGC 1988
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1921 CATGGTTTAGAAACACAGAGCAGTTGCCTATGAGCTATGGAGATTCACATTATGACCCGC 1980
Query 1989 TATTTGCTTACGGGTCTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCGAGCATTGTTGCTAGGTCAA 2048
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 TCTTTGCTTACGGGTCTGGTCTTGAAACTGAGTCTGTTGCGAGCATTGTTGCTAGGTCAA 2040
Query 2049 CCTCAGCTTCTGCTACTAACACAAAGCCCTGCTTATACACAGTCCTTGTTTCTGCTACAT 2108
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CCTCAGCTTCTGCTACTAGCACAAAGCCCTGCTTATTCACAGTCCTTGTTTCTGCTACAT 2100
Query 2109 TGTGTCTGTTTATCTTCCCAAGCTTAAGCCGACTTT-GAGAAGATGAAAAGTT-ACAAAA 2166
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2101 TGTGTCTGTTTATCTTCCCAAGCTTAAGCCGACTTTTGAGAAGATGAAAAGTTTACAAAA 2160
Query 2167 GCTTGGAGTAGATAGATTCTTTCGATTATCTGATCTGATCAAGTGAGTTCTT------GT 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||
Sbjct 2161 GCTTGGAGTAGATAGATTCTTTCGATTATCTGATCTGATCCACTGAGTTTTTTTTTTTGT 2220
Query 2221 TAGCCTAGCAAAAGAGACCCTGAATCTGTGTCGTGTTATGTTCAGAGTTATTGCAACCTG 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TAGCCTAGCAAAAGAGACCCTGAATCTGTGTCGTGTTATGTTCAGAGTTATTGCAACCTG 2280
Query 2281 AAACATTATTGGATATTCACACCAGAACGTTCTTCTATTTAGGTTCTTGAAA 2332
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 AAACATTATTGGATATTTACACCGGAACGTTCTTCTATTTAGGTTCTTGAAA 2332
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90311970895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5