BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04895.1
Length=3811
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg892406 jgi|Araly1|892406|Al_scaffold_0006_402 5842 0.0
> Ahg892406 jgi|Araly1|892406|Al_scaffold_0006_402
Length=3483
Score = 5842 bits (3163), Expect = 0.0
Identities = 3388/3495 (97%), Gaps = 21/3495 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 73 ATGCGTTTCACAAAAAGAATAAGCCTCTTCTTGGGGCAGACGACCAGGA-T--TCATAGT 129
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||
Sbjct 1 ATGCGTTTCACAAAACGAATAAGCCTCTTCTTGGGGCAGACCACCAAGATTCATCATAGT 60
Query 130 CGCTCTCTATTGGGAAATCCGACTTTATGCAGGTCTTATATCGTTGGTCCGGTCTCTACT 189
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCTCTCTATTGGGAAATCCAACTTTATGCAGGTCTTATATCGTTGGTCCGGTCTCTACT 120
Query 190 AGTTCTCCGGCGTTTCTGATTTCGAGTCGTAATGGTGATGGTGTTACGGGATTGTACTAC 249
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 AGTTCGCCGGCGTTTCTGATTTCGAGTCGTAATGGTGATGGTGTTACGGGATTGTACTAC 180
Query 250 CCGATACGTCGTCGTTTCATCGGGCACACTGCGGAACAGTTCTCGGATGATGAGTACGAG 309
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CCGATATGTCGTCGTTTCATCGGGCACACTGCGGAACAGTTCTCGGATGATGAGTACGAG 240
Query 310 TGTGAATTCGAGGAACATAAGGCTTCATCTTCTGTGGCCAATGTTGATGAGTGGAAGTGG 369
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGTGAGTTCGATGAACATAAGGCTTCATCTTCTGTGGCCAATGTTGATGAGTGGAAGTGG 300
Query 370 AAGTTAGGAATTTTGTTGGCCAATGATAGTGAACAAGAAATTGTTTCCAGAGACAAAAGG 429
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGTTAGGCATTCTGTTGGCCAATGATAGTGAACAAGAAATTGTTTCCAGAGACAAAAGG 360
Query 430 GATCGAAGAGATTATGAGCAGATCTCAAATCTTGCTAAGAGAATGGGACTTTACAGTGAA 489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 361 GATCGAAGAGATTATGAGCAGATCTCAAATCTTGCTAAGAGGATGGGACTGTACAGTGAA 420
Query 490 ATTTATGGAAAAGTGGTTGTTGCAAGCAAGGTTCCTCTTCCTAACTACCGACCAGATTTG 549
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTTACGGAAAAGTGGTTGTTGCAAGCAAGGTTCCTCTTCCTAACTACCGACCAGATTTG 480
Query 550 GATGATAAGCGACCACAACGGGAGGTGGTGCTTCCGTTGAGTTTGCAAAGAAGGGTAGAG 609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GATGATAAGCGACCACAACGGGAGGTGGTGCTTCCGTTGAGTTTGCAAAGAAGGGTAGAG 540
Query 610 GGACTCCTCCAGGAACATCTTGATAGTCAGCAGCTAAGCTCAGGAAAGGCTAATGAATGC 669
|||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGACTCCTTCAGGAACACCTTGATAGACAGCAGCTAAGCTCAGGAAAGGCTAATGAATGT 600
Query 670 GTAGCTGATTCTCAACCTCCTAAACAGACTGAAGAACTTCCCGATGAAAATTCTGATTCG 729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTAGCTGATTCTCAACCTCCTAAACAGACTGAAGAACTTCCCGATGAAAATTCTGATTCG 660
Query 730 TTTCTCGATGGTTCTGTTATGGAGAAGGTACTTCAGAGGAGGAGTATGCGGATGCGCAAT 789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTTCTCGATGGTTCTGTTATGGAGAAGGTACTTCAGAGGAGGAGTATGCGGATGCGCAAT 720
Query 790 ATGCAGAGAACCTGGCAGGAATCCCCTGAGGGACGGACGATGCTGGAATTCAGGAAAACT 849
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 721 ATGCAGAGAGCCTGGCAGGAATCCCCTGAGGGACGGACGATGCTGGAATTCCGGAAATCT 780
Query 850 TTGCCTTCATTCAAGGACAAAGAAAGACTTCTTCAAGCTATTGCTCGGAACCAGGTGATA 909
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGCCTTCATTCAAGGACAAAGAAAGACTTCTTCAAGCTATTGCTCGGAACCAGGTGATA 840
Query 910 GTTGTATCTGGGGAGACTGGATGTGGTAAGACAACTCAGCTTCCACAATACATTTTGGAA 969
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 841 GTTGTATCTGGGGAGACTGGATGTGGTAAGACAACTCAGCTTCCGCAATACATTTTGGAA 900
Query 970 TCAGAGATAGAGTCTGGTCGGGGAGCATTCTGCAACATCATTTGTACTCAACCTAGGAGA 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 901 TCAGAGATAGAGTCTGGTCGGGGAGCATTCTGCAACATCATTTGTACACAACCTAGGAGA 960
Query 1030 ATATCTGCCATGGCAGTTTCAGAAAGAGTGTCAGCTGAAAGAGGAGAACCTCTTGGTGAA 1089
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ATATCTGCCATGGCAGTTTCAGAAAGAGTGTCAGCTGAGAGAGGAGAACCTCTTGGTGAA 1020
Query 1090 ACGGTTGGGTTTAAAGTTCGTCTAGAAGGAATGAGAGGAAAGAATACCCACCTTCTATTT 1149
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 ACGGTTGGGTTTAAAGTTCGGCTAGAAGGAATGAGAGGAAAGAATACCCATCTTCTATTT 1080
Query 1150 TGTACAAGTGGTATCCTTCTCAGACGGCTGCTTAGTGATCGCAATTTGAATGGAGTTACA 1209
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1081 TGTACAAGTGGTATCCTACTCAGACGGCTGCTTAGTGATCGCAATTTGAATGGCGTAACA 1140
Query 1210 CATGTTTTTGTTGATGAGATTCATGAAAGGGGCATGAATGAAGATTTCTTAATTATAGTG 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CATGTTTTTGTTGATGAGATTCATGAAAGGGGCATGAATGAAGATTTCTTAATTATAGTG 1200
Query 1270 TTAAAGGAGCTTCTTCCACGGCGTCCAGATCTGAGATTGGTTCTCATGAGTGCCACTTTG 1329
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TTGAAGGAGCTTCTTCCACGGCGTCCAGATCTGAGATTGATTCTCATGAGTGCCACTTTG 1260
Query 1330 AATGCTGAACTCTTTTCTAATTACTATGGAGGGGCACCTACCATTCACATTCCTGGCTTC 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATGCTGAACTCTTTTCTAATTACTATGGAGGGGCACCTACAATTCACATTCCTGGCTTC 1320
Query 1390 ACACATCCAGTGAAAGCACATTTTTTGGAGGATGTACTGGAAATAACGGGATATAAGCTG 1449
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1321 ACACATCCAGTAAAAGCACATTTTTTGGAGGATGTACTGGAAATAACGGGATATAAGTTG 1380
Query 1450 ACCTCTTTTAATCAAGTTGATGATTATGGCCAAGAAAAGACGTGGAAAACGCAAAAACAG 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACCTCTTTTAATCAAGTTGATGATTATGGCCAAGAAAAGACATGGAAAACGCAAAAACAG 1440
Query 1510 TTAATGCCTCGCAAAAGAAAAAACCAGATCACTACTCTTGTTGAGGAAGCTCTCAGCAAG 1569
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTAATGCCTCGCAAAAGAAAAAACCTGATCACTACTCTTGTTGAGGAAGCTCTCAGCAAG 1500
Query 1570 TCAAATTTTGAAAGCTATAACTCTAGGACACGTGATTCTCTTTCGTCTTGGATGCCTGAC 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1501 TCAAATTTTGAAAGCTATAACTCTAGGACACGTGATTCACTTTCTTCTTGGATGCCTGAC 1560
Query 1630 TGCATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTCTGTCACATATGCCGAAAAGAACGTCCA 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TGCATAGGATTTAATCTCATTGAGGCTGTTCTCTGCCACATATGCCGAAAAGAACGTCCA 1620
Query 1690 GGTGCTGTATTAGTATTTTTGACAGGATGGGATGATATCAGATCCCTGAGCGACCAAATT 1749
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGTGCTGTGTTAGTATTTTTAACAGGATGGGATGATATCAGATCCCTGAGCGACCAAATT 1680
Query 1750 AAAGCCCATCCTCTCTTGGGAGATCCGAACAGGGTTTTGCTATTAATGTGCCACGGTTCA 1809
|||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1681 AAAGCCCATCCTCTCTTGGGGGATCCCAATAGGGTCTTGCTATTGATGTGCCACGGTTCA 1740
Query 1810 ATGGCAACTGCTGAGCAGAGACTCATTTTTGAGAGAGCACCTCCTAATATTCGCAAAATT 1869
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1741 ATGGCAACTGCTGAACAGAGACTCATTTTTGAGAGAGCACCTCCAAATATTCGCAAAATT 1800
Query 1870 GTTCTTGCTACAAACATGGCAGAAGCTAGTATTACAATAAACGATGTAGTGTTTGTGGTT 1929
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1801 GTTCTTGCTACAAACATGGCAGAAGCTAGTATTACAATAAACGATGTAGTTTTTGTGGTT 1860
Query 1930 GACTGTGGAAAAGCAAAAGAGACCACCTATGATGCTTTGAACAATACACCTTGTCTGCTA 1989
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1861 GACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACCACCTATGATGCTTTGAACAATACACCATGTTTGCTA 1920
Query 1990 CCTTCTTGGATATCTCAAGCTTCTGCGAGACAGAGAAGGGGAAGAGCTGGGCGTCTGTTT 2049
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1921 CCTTCCTGGATATCTCAAGCTTCTGCTCGACAGAGAAGGGGAAGAGCTGGGCGTCTGCTT 1980
Query 2050 CCGGGAGAATGCTATCACCTGTACCCCAAATGCGTCTATGATGCTTTTGCAGAGTATCAA 2109
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1981 CCGGGAGAATGCTATCACCTATACCCCAAATGCGTCTATGATGCTTTTGCGGAGTATCAA 2040
Query 2110 CTTCCTGAACTTCTGAGAACTCCTTTAAACTCTCTCTGCCTGCAAATTAAAAGTCTTCAG 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CTTCCTGAACTTCTGAGAACTCCTTTAAACTCTCTCTGCCTGCAAATTAAAAGTCTTCAG 2100
Query 2170 GTTGAAAGCATTGCAGAATTCTTGTCAGCTGCACTTCAGGCTCCAGAGTCTTTGGCTGTT 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 GTTGAAAGCATTGCAGAATTCTTGTCAGCTGCACTTCAGGCTCCAGAGTCTTTGGCTGTT 2160
Query 2230 CAAAATGCTATTGGATTCCTGAAAATGATCGGAGCACTGGATGAGAAGGAAAATCTAACG 2289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CAAAATGCTATTGGATTCCTGAAAATGATCGGAGCACTGGATGAGAAGGAAAATCTAACG 2220
Query 2290 GATCTTGGAAAACTCTTATCGATTCTTCCTGTTGATCCCAAGTTGGGGAAAATGCTGATA 2349
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2221 GATCTTGGAAAACTCTTATCGATTCTCCCTGTTGATCCCAAGCTGGGGAAAATGCTGATA 2280
Query 2350 ATGGGTGCCATCTTCCGCTGCTTTGATCCGATCCTGACAATTGTATCAGGGCTAAGTGTC 2409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2281 ATGGGTGCCATCTTCCGCTGCTTTGATCCGATCCTGACAATTGTATCTGGGCTAAGTGTT 2340
Query 2410 AGAGATCCTTTCCTTCTACCTCAAGACAAAAAAGACTTAGCTTTATCAGCCAAGTTGAGA 2469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2341 AGAGATCCTTTCCTTCTACCTCAAGACAAAAAAGACTTAGCTTTATCGGCCAAGTTGAGA 2400
Query 2470 TTCTCAGCCAAAGACTACAGTGACCATATGGCACTCGTTCGTGCCTTTGAAGGGTGGAAA 2529
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 TTCTCAGCCAAAGACTATAGTGACCATATGGCACTGGTTCGTGCCTTTGAAGGGTGGAAA 2460
Query 2530 GATGCTGAAAGAGAAGGATCGGCTTATGAGTTTTGTTGGAGGAATTTCCTGTCAGCTCAG 2589
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GATGCTGAAAGAGAAGGATCGGCTTATGAGTTCTGTTGGAGGAATTTCCTGTCAGCTCAG 2520
Query 2590 ACGCTTCAGGCGATACATTCTCTGAGGAAGCAGTTCAACTATATTTTGAAAGAAGCTGGC 2649
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2521 ACGCTTCAGGCGATACATTCTCTAAGGAAGCAGTTCAACTATATTCTGAAAGAAGCTGGC 2580
Query 2650 TTAGTTCATGATGATTTAGCTCTCAACAACAAGCTAAGTCACAACCAGTCTCTGGTTCGT 2709
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TTAGTACATGATGATTTAACTCTCAACAACAAGCTAAGTCACAACCAGTCTCTGGTTCGT 2640
Query 2710 GCTGTCATTTGCTCTGGCCTATTCCCTGGAATAGCATCTGTTGTGCACAGAGAGACTTCC 2769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GCTGTCATTTGCTCTGGCCTATTCCCTGGAATAGCATCTGTTGTGCACAGAGAGACTTCC 2700
Query 2770 ATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCACTATACGCGAATTCTGTTAATTCG 2829
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 ATGTCATTCAAGACAATGGATGATGGCCAAGTATCGCTATACGCGAATTCTGTTAATTCG 2760
Query 2830 CGGTTCCCAACAATTCCATACCCTTGGCTAGTCTTTGGAGAGAAAGTAAAGGTCAATGCG 2889
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 CGGTTCCCAACAATTCCATACCCTTGGCTAGTCTTTGGAGAGAAAGTAAAGGTCAATGCA 2820
Query 2890 GTACTCATACGGGACTCCACTGGTGTCCCTGATTCCAGTTTGATCCTTTTTGGTGGTTCA 2949
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2821 GTGCTCATACGGGACTCCACTGGTGTCCCTGATTCCAGTTTGATCCTTTTTGGTGGTGCA 2880
Query 2950 TTGAGCACGGGAGTACAGGTGGGACATCTAAAAATGCTTGACGGGTACATTGATTTCTTC 3009
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 CTGAGCACTGGAGTACAGGTGGGACATCTAAAAATGCTTGACGGGTACATTGATTTCTTC 2940
Query 3010 ATGGATCCAAATTTGGCTGAGTCCTATGTAAAGCTGAAGGAAGAACTCGATAAGCTTCTT 3069
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 ATGGATCCAAATTTGGCTGATTCCTATGTAAAGCTGAAGGAAGAACTCGATAAGCTTCTT 3000
Query 3070 CaaaaaaaG-C---T-T-GAAGATCCAAGCATGGACATCCACAAAGAAGGCAAGTACCTC 3123
||||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 CAAAAAAAGGCGAGTCTTGAAGATCCAAGCTTGGACATCCACAAAGAAGGCAAGTACCTC 3060
Query 3124 ATGCTTGCAGTTCAAGAACTTGTGGCTGGAGACCAATGCGAAGGCAGATTTGTCTTTGGC 3183
||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 ATGCTTGCAGTTCAAGAGCTCGTGGCTGGAGATCAATGCGAAGGCAGATTTGTCTTTGGC 3120
Query 3184 CGTGACACAAAGAGGCCAAGCCAACCGCAAATAGGAGAGAACAAACACTCCAAAGACGGG 3243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3121 CGTGACACAAAGAGGCCAAGCCAACCGCAAATAGGAGAGAACAAACACTCCAAAGACGGG 3180
Query 3244 ACAAACCCGAAGAGTCTCCTTCAGACACTTTTGATGAGAGCTGGACACTCACCTCCAAAG 3303
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181 ACAAATCCGAAGAGTCTCCTTCAGACACTTTTGATGAGAGCTGGACACTCACCTCCAAAG 3240
Query 3304 TACAAGACAAAACATCTCAAGACAAACGAATTCAGAGCACTTGTGGAGTTTAAAGGAATG 3363
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3241 TACAAGACAAAACATCTCAAGACAAACGAATTTAGAGCACTTGTGGAGTTTAAAGGAATG 3300
Query 3364 CAGTTCGTTGGGAAGCCTCAGAGGAATAAAACGCTCGCTGAGAAAGATGCTGCTGTTGAG 3423
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3301 CAGTTCGTTGGGAAGCCTCAGAGGAATAAAACGCTCGCTGAGAAAGATGCAGCTGTTGAG 3360
Query 3424 GCCTTAGCTTGGTTGACTCATACCTCTGATAATAGTACTGGCCAACACAATGAGGATGCA 3483
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 3361 GCCTTGGCTTGGTTGACTCATACCTCTGATAATAGTACTGGCCA------TG------CA 3408
Query 3484 GATTCTCCACCTGATGTTACTGATAACATGCTTAAACTCCTTGGAGGACGGCGCAGGCGA 3543
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3409 GATTCTCGACCTGATGTTACTGATAACATGCTTAAACTCCTTGGAGGACGGCGCAGGCGG 3468
Query 3544 TCCAAGGGCAAGTAA 3558
|||||||||||||||
Sbjct 3469 TCCAAGGGCAAGTAA 3483
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144009856232
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5