BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G04930.1
Length=4365
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg939897 jgi|Araly1|939897|scaffold_600441.1 5738 0.0
> Ahg939897 jgi|Araly1|939897|scaffold_600441.1
Length=3528
Score = 5738 bits (3107), Expect = 0.0
Identities = 3391/3529 (96%), Gaps = 15/3529 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 621 CAATTCCTGGACCCGGGAAATGGATCCCAGGAAATCAATTGATAAGCCGCCTCATCACGA 680
||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 CAAATCCTGGACCCGGCTAATGGATCCCAGGATATCTATTGATAAGCCGCCTCATCACGA 62
Query 681 TCCAATTCTGGGTGTATCTTCAAGATGGAGCGTTTCTTCTAAAGACAAC-A-------A- 731
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 63 TCCAATTCTGGGTGTATCTTCACGATGGAGCGTTTCTTCTAAAGACAACAATTCCGTCAG 122
Query 732 AGAAGTTACTTTCGGTGATTTGGGATCTAAGCGTATCCGTCATGGTTCAGCTGGAGCTGA 791
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 123 AGAAGTTACTTTCGGTGATTTGGGTTCAAAGCGTATCCGTCATGGATCAGCTGGAGCTGA 182
Query 792 TTCTGAGATGCTAAGCATGTCTCAGAAAGAGATCAAAGACGAAGATGCTCGTTTGATTTA 851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TTCTGAGATGCTAAGCATGTCTCAGAAAGAGATCAAAGACGAAGATGCTCGTTTGATTTA 242
Query 852 TATTAACGATCCTGACAGAACTAACGAACGGTTTGAGTTCACTGGGAATTCTATCAAGAC 911
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 243 TATTAACGATCCTGACAGAACTAACGAAAGGTTTGAGTTCACAGGGAATTCTATCAAGAC 302
Query 912 TGCTAAATACTCTGTCTTCACCTTCTTGCCTAGGAACTTGTTTGAACAGTTCCATAGAGT 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 303 TGCTAAATACTCTGTCTTCACCTTCTTGCCTAGGAACTTGTTTGAGCAGTTCCATAGAGT 362
Query 972 TGCTTACATTTACTTCCTTGTTATCGCTGTTCTCAATCAGCTTCCTCAGCTTGCAGTTTT 1031
||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 TGCTTACATTTACTTCCTTGTAATAGCAGTGCTTAATCAGCTTCCTCAGCTTGCAGTTTT 422
Query 1032 TGGCAGAGGTGCATCCATCATGCCCCTTGCCTTTGTTCTCTTGGTCTCTGCTATCAAAGA 1091
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 423 TGGCAGAGGTGCATCAATCATGCCCCTTGCCTTTGTTCTCTTGGTCTCAGCTATCAAAGA 482
Query 1092 TGCTTACGAGGATTTCCGGAGACATAGGTCAGATAGAGTTGAGAACAATAGGTTGGCTTT 1151
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TGCTTACGAGGATTTCCGGAGACATAGATCAGACAGAGTTGAGAACAATAGGTTGGCTTT 542
Query 1152 AGTCTTTGAGGATCATCAGTTTCGAGAGAAGAAGTGGAAGCATATCCGGGTTGGGGAAGT 1211
||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 543 AGTGTTTGAGGATAATCAGTTTCGAGAAAAGAAGTGGAAGCATATTCGGGTTGGGGAAGT 602
Query 1212 CATTAAAGTCCAATCCAATCAGACTCTTCCCTGTGACATGGTGCTCTTGGCTACTAGTGA 1271
| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 603 CGTTAAAATCCAATCGAATCAGACTCTTCCTTGTGACATGGTGCTGTTGGCTACAAGTGA 662
Query 1272 TCCTACTGGGGTTGTCTACGTGCAGACGACTAATTTGGATGGTGAGTCGAATTTGAAGAC 1331
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TCCTACTGGGGTTGTCTATGTGCAGACGACTAATTTGGATGGTGAGTCGAATTTGAAGAC 722
Query 1332 CAGGTATGCCAAGCAGGAAACTCTTCTGAAAGCTGCTGATATGGAGTCGTTTAATGGATT 1391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 AAGGTATGCCAAGCAGGAAACTCTTCTGAAAGCTGCTGATATGGAGTCGTTTAATGGATT 782
Query 1392 TATCAAGTGTGAGAAACCTAACAGGAACATTTATGGGTTTCAAGCCAACATGGAGATTGA 1451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 783 TATCAAGTGTGAGAAACCTAACAGGAACATTTATGGGTTTCAAGCCAACATGGAAATTGA 842
Query 1452 TGGTAGAAGGCTCTCCCTTGGACCTTCTAATATTATTCTAAGAGGGTGTGAGCTTAAGAA 1511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TGGTAGAAGGCTCTCCCTTGGACCTTCTAATATTATTCTTAGAGGGTGTGAGCTTAAGAA 902
Query 1512 CACTGCTTGGGCTTTAGGGGTTGTTGTGTATGCTGGTGGTGAGACGAAAGCTATGCTCAA 1571
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 903 CACTGCTTGGGCTTTAGGGGTTGTTGTCTATGCTGGTGGTGAGACGAAAGCTATGCTGAA 962
Query 1572 CAACTCTGGAGCACCATCAAAGAGGAGTAGGCTAGAGACTCGAATGAATTTGGAGATCAT 1631
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 963 CAACTCTGGAGCTCCATCAAAGAGGAGTAGGCTAGAGACTCGGATGAATTTGGAGATCAT 1022
Query 1632 TCTACTCTCTTTGTTTCTGATCGTCTTGTGTACAATCGCAGCCGCGACCGCTGCTGTGTG 1691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCTACTCTCTTTGTTTCTGATCGTCTTGTGTACAATTGCAGCCGCGACCGCTGCTGTGTG 1082
Query 1692 GTTGAGAACGCACAGGGATGACTTGGACACTATTCTCTTTTATAGAAGAAAGGACTACTC 1751
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1083 GTTGAGGACGCACAGGGATGACTTGGACACTATTCTCTTTTATAGGAGGAAGGACTACTC 1142
Query 1752 TGAGAGGCCAGGAGGGAAGAACTATAAATACTATGGTTGGGGGTGGGAGATATTCTTCAC 1811
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1143 TGAGAGGCCAGGAGGAAAGAACTATAAATACTATGGTTGGGGGTGGGAGATATTTTTCAC 1202
Query 1812 CTTCTTTATGGCAGTCATTGTGTACCAGATCATGATACCCATTTCTCTCTACATATCGAT 1871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 CTTCTTTATGGCAGTCATTGTGTACCAGATCATGATTCCCATTTCTCTCTACATATCGAT 1262
Query 1872 GGAGCTCGTCCGTATTGGTCAAGCATACTTCATGACCAATGATGATCAGATGTATGACGA 1931
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1263 GGAGCTTGTCCGTATTGGTCAAGCATACTTCATGACCAATGATGATCAGATGTACGACGA 1322
Query 1932 GTCTTCAGATTCAAGTTTTCAATGCAGGGCTTTAAATATAAATGAAGATTTAGGGCAGAT 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTCTTCAGATTCAAGTTTTCAATGCAGGGCTTTGAATATAAATGAAGATTTAGGGCAGAT 1382
Query 1992 TAAGTATTTATTCTCTGATAAGACGGGTACACTCACGGACAACAAGATGGAGTTTCAATG 2051
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 TAAGTATTTATTCTCTGATAAGACGGGTACACTCACCGACAACAAGATGGAGTTTCAATG 1442
Query 2052 TGCCTGCATCGAAGGCGTAGATTACTCTGAC-AGGGAACCTGCTGATAGCGAGCATCCTG 2110
||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||| | |
Sbjct 1443 TGCCTGCATAGAAGGCGTAGATTACTCTG-CTAGGGAACCTACTGAGAGCGAGCATGCGG 1501
Query 2111 GATACTCCATTGAAGTTGAT-GGAATTATTTTGAAGCCAAAGATGAGGGTGAGAGTTGAT 2169
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1502 GATACTCCATTGAAGTTGATGGGAA-TATTTTGAAGCCAAAGATGAGGGTTAGAGTTGAT 1560
Query 2170 CCTGTGCTTCTTCAGTTAACGAAAACTGGCAAGGCAACAGAAGAAGCAAAACGTGCAAAT 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CCTGTGCTTCTTCAGTTAACGAAAACTGGCAAGGCAACAGAAGAAGCAAAACGTGCAAAT 1620
Query 2230 GAGTTTTTCCTCTCACTGGCAGCTTGCAATACAATTGTGCCAATTGTTAGCAATACATCT 2289
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1621 GAGTTTTTCCTCTCGCTGGCAGCTTGCAACACAATTGTGCCAATTGTTACCAGTACATCT 1680
Query 2290 GATCCCAATGTGAAACTGGTAGATTATCAAGGGGAGTCCCCTGATGAACAAGCATTGGTC 2349
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GATCCCAATGTGAAGCTGGTAGATTATCAAGGGGAGTCCCCTGATGAACAAGCATTGGTT 1740
Query 2350 TATGCAGCAGCTGCATATGGTTTCTTGCTCATAGAGAGAACCTCTGGTCATATAGTTATT 2409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TATGCAGCAGCTGCATATGGTTTCTTGCTCATAGAGAGAACCTCTGGTCATATAGTTATT 1800
Query 2410 AATGTGCGAGGAGAAACGCAAAGATTTAATGTTTTGGGATTGCATGAGTTCGATAGTGAC 2469
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AATGTGCGAGGAGAAATGCAAAGGTTTAATGTTTTGGGATTGCATGAGTTCGATAGTGAC 1860
Query 2470 CGAAAAAGAATGTCAGTGATACTGGGATGCCCCGACATGTCGGTGAAACTCTTTGTAAAA 2529
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1861 CGAAAAAGAATGTCAGTGATACTGGGATGCCCCGACATGTCGGTAAAACTCTTTGTAAAA 1920
Query 2530 GGTGCAGACTCATCCATGTTTGGTGTCATGGATGAATCCTACGGTGGCGTCATACATGAG 2589
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1921 GGTGCAGACTCATCTATGTTTAGTGTCATGGATGAATCCTACGGTGGCGTCATACAGGAG 1980
Query 2590 ACCAAGATACAACTTCATGCTTACTCATCTGATGGTTTGAGAACACTTGTTGTTGGGATG 2649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1981 ACCAAGATACAACTTCATGCTTACTCATCTGATGGTTTGAGAACTCTTGTTGTTGGGATG 2040
Query 2650 AGAGAGCTGAACGATTCAGAGTTTGAGCAATGGCATTCTTCATTTGAGGCGGCAAGCACC 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AGAGAGCTGAACGATTCAGAGTTTGAGCAATGGCATTCTTCATTTGAGGCGGCAAGCACC 2100
Query 2710 GCCTTGATTGGTCGGGCTGGATTGCTAAGAAAAGTTGCTGGAAACATTGAGACTAACCTT 2769
|||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2101 GCCTTGATTGGTAGGGCTGGGTTGCTAAGAAAGGTTGCTGGAAACATCGAGACTAACCTT 2160
Query 2770 AGGATAGTAGGAGCCACCGCAATTGAAGACAAATTGCAGCGTGGTGTCCCTGAAGCAATA 2829
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2161 AGGATAGTAGGAGCCACTGCAATTGAAGACAAATTGCAGCGTGGTGTCCCGGAAGCAATC 2220
Query 2830 GAATCTTTGAGGATTGCAGGGATAAAAGTCTGGGTCTTGACTGGTGACAAGCAAGAAACT 2889
|| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAGTCTCTCAGGATTGCAGGGATAAAAGTATGGGTCTTAACTGGTGACAAGCAAGAAACT 2280
Query 2890 GCCATATCCATTGGCTTCTCATCGAGGCTTCTGACAAGAAACATGAGGCAAATTGTAATA 2949
||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2281 GCCATATCCATTGGCTTTTCTTCGAGGCTTCTAACAAGAAACATGAGGCAAATAGTAATA 2340
Query 2950 AATAGCAACTCGTTGGATTCATGTCGGAGGAGCTTAGAAGAAGCAAATGCCAGTATTGCA 3009
||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AATAGTAATTCATTGGATTCATGTCGGAGGAGTTTAGAAGAAGCAAATGCCAGTATTGCA 2400
Query 3010 AGTAATGACGAAAGTGATAATGTGGCCTTGATTATTGACGGTACCAGCCTCATATATGTA 3069
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2401 AGTAATGATGAAAGCGATAACGTGGCCTTGATTATTGACGGTACCAGTCTCATATATGTA 2460
Query 3070 CTCGACAATGATCTTGAAGATGTGCTGTTCCAGGTGGCATGTAAGTGCTCTGCGATACTC 3129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2461 CTCGACAATGATCTTGAAGATGTGCTGTTCCAGGTGGCATGTAAATGCGCTGCGATACTC 2520
Query 3130 TGCTGCCGGGTTGCTCCTTTCCAGAAAGCTGGAATCGTTGCACTTGTAAAGAACCGGACT 3189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 TGCTGCCGGGTTGCTCCTTTCCAGAAAGCTGGAATCGTTGCACTTGTAAAGAACCGGACT 2580
Query 3190 TCTGACATGACTCTTGCCATTGGTGATGGTGCCAATGATGTCTCCATGATTCAAATGGCT 3249
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TCCGACATGACGCTTGCCATTGGTGATGGTGCCAATGATGTCTCCATGATTCAAATGGCT 2640
Query 3250 GATGTTGGGGTAGGGATAAGCGGACAAGAAGGTCGCCAAGCTGTGATGGCATCTGATTTC 3309
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GATGTTGGGGTAGGGATAAGCGGCCAAGAAGGTCGCCAAGCTGTGATGGCATCTGATTTC 2700
Query 3310 GCAATGGGACAGTTCAGATTTTTAGTTCCGTTATTGCTCGTCCATGGACACTGGAATTAC 3369
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 GCAATGGGACAGTTCAGATTCTTAGTTCCGCTATTGCTCGTCCATGGACACTGGAATTAC 2760
Query 3370 CAAAGGATGGGTTACATGATACTATATAATTTCTATAGAAATGCAGTTTTTGTTCTAATT 3429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 CAAAGGATGGGTTACATGATACTATATAATTTCTATAGAAATGCAGTTTTTGTTCTAATT 2820
Query 3430 TTATTTTGGTACGTTTTGTTTACTTGCTACACCTTGACAACTGCCATCACAGAATGGAGC 3489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2821 TTATTTTGGTACGTTTTGTTTACTTGCTACACCTTGACAACCGCCATCACAGAATGGAGC 2880
Query 3490 AGTGTTTTGTACTCAGTCATATACACAGCAATCCCTACAATAATTATCGGTATTCTTGAC 3549
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2881 AGTGTTTTGTACTCAGTCATATACACAGCAGTCCCTACAATAATTATCGGTATTCTTGAC 2940
Query 3550 AAAGACCTTGGAAGGCAG-ACTCTTCTTGATCATCCTCAGCTCTACGGTGTTGGCCAGAG 3608
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 AAAGACCTTGGAAGG-AGGACTCTTCTAGATCATCCTCAGCTCTACGGTGTTGGCCAGAG 2999
Query 3609 GGCAGAGGGATATTCCACTACGCTCTTCTGGTATACAATGATTGACACAATCTGGCAAAG 3668
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 GGCAGAGGGATATTCCACTACGCTCTTTTGGTATACAATGATTGACACAATCTGGCAAAG 3059
Query 3669 TGCAGCCATCTTCTTCATTCCTATGTTTGCTTATTGGGGCAGTACAATTGACACGTCGAG 3728
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 TGCAGCAATCTTCTTCATTCCTATGTTTGCTTATTGGGGCAGTACAATTGACACGTCGAG 3119
Query 3729 CCTAGGAGACCTATGGACGATAGCTGCAGTTGTGGTGGTTAATCTTCACTTGGCCATGGA 3788
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 CCTAGGAGACCTATGGACCATTGCTGCAGTTGTGGTGGTTAATCTTCACTTGGCCATGGA 3179
Query 3789 TGTGATCAGATGGAACTGGATCACACACGCCGCCATATGGGGATCCATTGTTGCAGCTTG 3848
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 TGTAATTAGATGGAACTGGATCACACACGCCGCCATATGGGGATCCATTGTTGCAGCTTG 3239
Query 3849 TATATGTGTCATTGTGATTGATGTTATACCCACACTCCCTGGTTACTGGGCAATTTTCCA 3908
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 TATATGTGTCATTGTGATCGATGTTATACCCACACTCCCTGGTTACTGGGCAATTTTCCA 3299
Query 3909 AGTGGGCAAGACATGGATGTTCTGGTTCTGCTTGCTAGCAATAGTTGTGACATCATTGCT 3968
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||
Sbjct 3300 AGTGGCCAAGACGTGGATGTTCTGGTTCTGCTTGCTTGCCATTGTTGTGACAGCATTGCT 3359
Query 3969 TCCTAGATTCGCCATCAAGTTTCTAGTGGAGTATTACAGACCTTCCGATGTTCGGATAGC 4028
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3360 TCCTAGATTCGCCATCAAGTTTCTTGTCGAGTATTACAGACCTTCCGATGTTCGGATTGC 3419
Query 4029 TAGGGAGGCTGAAAAGCTTGGAACTTTCAGAGAATCCCAACCCGTGGGAGTTGAAATGAA 4088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3420 TAGGGAGGCTGAAAAGCTTGGAACTTTCAGAGAATCCCAACCCCTGGGAGTTGAAATGAA 3479
Query 4089 CCTGATTCAGGATCCTCCACGGAGATGATATGAAGCAACAACACATTCT 4137
||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 3480 CCTGATTCAGGATCCTCCAAGGAGATGATAGGAAACAACAACACATTCT 3528
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165093751674
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5