BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G05130.1
Length=2803
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487302 jgi|Araly1|487302|fgenesh2_kg.6__436__AT5G05130.1 4325 0.0
> Ahg487302 jgi|Araly1|487302|fgenesh2_kg.6__436__AT5G05130.1
Length=2799
Score = 4325 bits (2342), Expect = 0.0
Identities = 2659/2810 (95%), Gaps = 30/2810 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 ACTTTCGAGCTCCTTCTTCTCTCCGTCATCGTT-C-CT--C-TCCCATGGCTCAGTTTCT 67
||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| ||||||||
Sbjct 1 ACTTTCGAGCTCCTTCTTCTCTCCGTCATCGTTCCTCTCCCATCCCATGGCACAGTTTCT 60
Query 68 TCGACGCTTCTCTTCCTCTCCCATGGCGAACGAAGACGAATTCCAATCTCCGGTGGAACC 127
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 61 TCGACACTTCTCTTCCCCTCCCATGGCGAACGAAGACGAATTTCAATCTCCGGTAGAACC 120
Query 128 ATCACAGCAGCAATCTCAGGACTGTGTTTCGGAGTCTTATCTGATAGGGTTTGTTATCGC 187
|| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 AT--C-GCAGCAATCTCAGGACTGTGTTTCAGAGTCTTATTTGATAGGGTTTGTTATCGC 177
Query 188 GAACATAGTAGGGTTAAAGTACTATTCCGGCCGAATCAACGGTCGAGAGATGGTGGGTCT 247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 178 GAACATAGTAGGGTTAAAGTACTATTCCGGCCGAATCAACGGTCGAGAGATGGTAGGTCT 237
Query 248 GGTTCGAGAACCCTTGAACGTATATGACAATAATGCAATCAGAGTACTCAACACGCGATC 307
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 238 GGTTCGAGAACCCTTGAACCCATATGACAATAACGCAATCAGAGTGCTCAACACACGATC 297
Query 308 TGAGCAAGTGGGTCACATCGAGCGTACAGTAGCAGCCGTTCTCGCGCCGATGATTGATTC 367
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 TGAGCAAGTGGGTCACATCGAGCGTACAGTAGCAGCCGTTCTCGCGCCGATGATTGATTC 357
Query 368 TCACACGATCGTCGTCGAGGGTATTGTACCCAATACTCGTTCTAACTCCAATAGGTACAG 427
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 358 TCACACGATCATCGTCGAAGGTATTGTACCCAATACTCGTTCTAACTCCAATAGGTTTAA 417
Query 428 AATCCCTTGTCAAATTCATGTATTTGCAAAGTTAGAAGCGTCCTCTACTGTGAAATCGAC 487
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 418 AATTCCTTGTCAAATTCATGTTTTTGCAAAGTTAGAAGCCTCCTCTACTGTCAAATCGAC 477
Query 488 GATTTCTAGAGGTGGGTTAGTATTGATTTCGGAGTCAGATACATCGTTTGGGTTATCTGA 547
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GATTTCTAGAGGTGGGTTAGTGTTGATTTCGGATTCAGATACATCGTTTGGGTTATCTGA 537
Query 548 GGCTGTTGTGGTTAAGGAACAGATGGGAAATGGAGATAAGAGGAGTGTTGATAAGATTTT 607
||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 538 GGCTGCTGTCGTTAAGGAACAGATGGGTAATGGAGATAAGAAGAGTGTTGACAAGATTTT 597
Query 608 TAAACTT-GTTGATGA-GAATGTGAAGTTAATGGGGAAATTGGTAGCGGCTGAGCCACCT 665
||| || |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 598 CAAA-TTGGTTGAT-AGGAATGTGAAGTTAAAGGGGAAATTGGTAGCGGTTGAGCCGCCG 655
Query 666 AGGGAAGTGATAAAGTCTGAACTTTTTGCTCATCAGAAGGAAGGATTAGGCTGGTTACTC 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 656 AGGGAAGTGATAAAGTCTGAACTTTTTGCTCATCAGAAGGAAGGATTGGGCTGGTTACTC 715
Query 726 CATAGAGAGAAATCTGGAGAATTGCCTCCGTTTTGGGAGGAGAAAGATGGAGAATTTTTG 785
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 716 CACAGAGAGAAATCTGGAGAGTTGCCTCCGTTTTGGGAGGAGAAAGATGGAGAATTCTTG 775
Query 786 AATACTTTGACGAATTACCGCTCGGATAAGCGGCCTGATCCTTTGCGTGGAGGGGTGTTT 845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 776 AATACTTTGACGAATTACCGCTCGGATAAGCGGCCTGAACCTTTGCGTGGAGGGGTGTTT 835
Query 846 GCTGATGATATGGGGTTGGGTAAGACCCTTACTTTGCTTTCCCTGATAGCTTTTGATAGA 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 836 GCTGATGATATGGGGTTGGGTAAGACCCTTACTTTGCTTTCCTTGATAGCTTTTGATAGA 895
Query 906 TATGGCAATGCATCCACCAGTACGCCAACCGAAGAGCCTTTGGATGGTGAAGGAGACAAG 965
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 896 TATGGCAATGCATCGACGAGTACGCCAACCGAAGAACCTTTGGATGTTGAAGGAGACAAG 955
Query 966 ATTGAAAAGAAGGGTAAAAAGAGAGGAAGAGGCAAGAGCAGTGAAAGTGTAACTCGAAAG 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 956 ATTGAAAAGAAGGGTAAAAAGAGAGGAAGAGGCAAGAGCAGTGAAAGTATAACTCGAAAG 1015
Query 1026 AAGCTTAAAACTGATGATGTTGTTGGCATGAATGTGTCTCAAAAGACAACGTTGATCGTT 1085
||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AAGCTTAAACCTGATGATGTTGTTGGCATGAATGCGTCTCAAAAGACAACGTTGATCGTT 1075
Query 1086 TGTCCACCTTCTGTGATTTCAGCATGGATAACACAGTTAGAGGAGCATACTGTACCGGGA 1145
||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1076 TGTCCGCCTTCTGTGATTTCAGCATGGATTACGCAGTTAGAGGAGCATACTGTACAGGGA 1135
Query 1146 ATCTTGAAGGTGTATATGTATCATGGTGGCGAAAGGACAGACGATGTTAATGAGCTTATG 1205
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AGCTTGAAGGTGTATATGTATCATGGTGGCGAAAGGACAGACGATGTTAATGAGCTTATG 1195
Query 1206 AAGTATGACATAGTGTTGACTACTTACGGCACTTTAGCTGTTGAGGAATCGTGGGAAGAT 1265
|| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AAATATGATATAGTGCTGACTACTTACAGCACTTTAGCTGTTGAGGAATCGTGGGAAGAT 1255
Query 1266 TCTCCTGTAAAGAAAATGGAGTGGCTGAGAATAATTCTTGATGAGGCACACACCATTAAG 1325
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TCTCCTGTCAAGAAGATGGAGTGGCTGAGAATAATTCTTGATGAGGCACACACCATTAAG 1315
Query 1326 AATGCAAATGCTCAACAGAGCCGAGTAGTTTGTAAGTTGAAGGCTTCCCGCAGATGGGCT 1385
|||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1316 AATGCAAACGCTCAACAGAGCCGAGTAGTTAGTAAGTTAAAGGCTTCTCGCAGATGGGCT 1375
Query 1386 GTCACAGGAACTCCTATTCAGAATGGTTCATTTGATTTGTACTCTTTGATGGCCTTTCTC 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1376 GTCACAGGAACTCCTATTCAGAATGGTTCATTTGATTTGTACTCTTTGATGGCGTTTCTC 1435
Query 1446 CGGTTTGAGCCATTTTCGATTAAGAGTTATTGGCAAAGTTTGATACAACGCCCGCTTGGC 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CGGTTTGAGCCATTTTCGATTAAGAGTTATTGGCAAAGCTTGATACAACGCCCGCTTGGT 1495
Query 1506 CAAGGGAATAAAAAGGGTCTTTCACGTCTGCAGGTTTTAATGGCGACAATTTCGTTAAGA 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1496 CAAGGGAATAAAAAGGGTCTTTCACGTCTGCAGGTTTTAATGGCGACAATTTCATTAAGG 1555
Query 1566 AGAACAAAAGAAAAGAGTTTGATTGGTTTACCGCCTAAGACTGTTGAAACTTGTTATGTT 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 AGAACAAAAGAAAAGAGTTTGATTGGTTTACCGCCTAAGACTGTTGAAACTTGTTATGTT 1615
Query 1626 GAGCTTTCTCCGGAAGAACGTCAGTTATATGATCACATGGAAGGAGAAGCGAAAGGTGTT 1685
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GAGCTTTCTCCAGAAGAACGTCAGTTATATGATCACATGGAAGGAGAAGCGAAAGGTGTT 1675
Query 1686 GTGCAGAATCTTATAAATAATGGAAGCTTGATGCGCAACTACTCAACAGTTTTGAGTATA 1745
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1676 GTGCAGAATCTTATAAATAATGGAAGCTTGATGCGTAACTACTCAACAGTTTTAAGTATA 1735
Query 1746 ATCTTACGGCTTAGACAGCTTTGCGATGACATGTCTCTATGCCCTCCAGAATTAAGATCT 1805
||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 ATCTTACGGCTTAGACAACTTTGCGACGACATTTCTCTATGCCCTCCAGAATTAAGATCT 1795
Query 1806 TTTACCACTTCTACATCTGTAGAAGATGTGACTGATAAGCCAGAGCTACTGCAAAAGCTG 1865
|||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1796 TTTACCACTTCTACATCTGTCGAAGATGTAACAGATAAGCCAGAGCTTCTGCAAAAGCTG 1855
Query 1866 GTTGCAGCATTGCAAGATGGCGAAGATTTTGACTGTCCAATCTGCATTTCGCCACCAACA 1925
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 1856 ATTGCAGTATTGCAAGATGGTGAAGATTTTGACTGTCCAATTTGCATATCACCACCAACA 1915
Query 1926 AACATCATCATCACTCGATGTGCCCACATCTTTTGCAGGGCTTGTATCCTTCAAACTCTT 1985
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1916 AACATCATCATCACTCGATGTGCTCACATCTTTTGCAGGGCTTGTATCCTTCAAACCCTT 1975
Query 1986 CAAAGAAGTAAACCATTGTGCCCTCTTTGCCGTGGCTCCCTTACCCAATCTGATCTCTAC 2045
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1976 CAAAGAAGTAAACCATTGTGCCCTCTTTGCCGTGGCTCCCTTACCCAGTCGGATCTCTAC 2035
Query 2046 AATGCTCCGCCTCCTCCTCCGGATTCTTCCAATACCGATGGAGAAGACGCTAAATCTTCA 2105
||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 2036 AATGCTCCGCCGCCTCCTCCGGATGATTCCAACACCGACGGAGAAGACACCAAATCTTCA 2095
Query 2106 ACCAAATCCTCAAAGGTCTCAGCTTTACTATCCCTGCTCATGGCATCGAGACAAGAAAAC 2165
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 2096 ACCAAATCCTCAAAGGTCTCAGCTTTACTATCACTGCTCATCGCATCGAGACAAGAAAGC 2155
Query 2166 CCCAACACAAAGTCTGTTGTGTTCTCTCAATTCAGGAAGATGCTGCTTTTACTAGAAACT 2225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2156 CCCAACACAAAGTCTGTTGTGTTCTCTCAATTCAGGAAGATGCTGCTTCTACTAGAAACT 2215
Query 2226 CCACTAAAAGCTGCGGGTTTCACCATCTTGCGCTTGGATGGAGCAATGACTGTGAAGAAA 2285
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2216 CCACTAAAAGCTGCGGGTTTCACCATCTTACGCTTGGATGGAGCAATGACTCTGAAGAAA 2275
Query 2286 CGGACCCAAGTCATTGGAGAATTTGGGAATCCAGAGTTAACCGGACCTGTGGTGTTGCTT 2345
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CGCACCCAAGTCATTGGAGAATTTGGGAATCCGGAGTTAACCGGACCTGTGGTGTTGCTA 2335
Query 2346 GCGAGCCTCAAGGCCTCTGGTACTGGCATAAACCTAACTGCAGCCTCAAGGGTTTACTTG 2405
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 GCGAGCCTCAAGGCCTCTGGTGCTGGAATAAACCTAACTGCAGCCTCAAGGGTTTACTTG 2395
Query 2406 TTTGACCCGTGGTGGAACCCTGCAGTTGAAGAACAGGCCATGGACAGGATTCATAGGATC 2465
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TTGGACCCGTGGTGGAACCCTGCAGTTGAAGAACAGGCCATGGACAGGATTCATAGGATT 2455
Query 2466 GGGCAGAAACAAGAGGTTAAAATGATAAGGATGATTGCGAGAAACAGTATCGAAGAGAGG 2525
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GGGCAGAAACAAGAGGTTAAAATGATAAGGATGATTGCGAGAAACAGTATCGAAGAGAGA 2515
Query 2526 GTCCTTGAGCTTCAGCagaagaagaagaatctagcaaacgaagcttttaaaagaaggcaa 2585
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GTCCTTGAACTTCAGCAGAAGAAGAAGAATCTAGCTAACGAAGCTTTTAAAAGAAGGCAA 2575
Query 2586 aagaaagatgaaagagaGGTTAACGTTGAAGACGTGGTTGCTCTCATGTCTCTCTGAAAC 2645
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 AAGAAAGATGAAAGAGAGGTTAACGTTGAAGACGTGATTGCTCTCATGTCTCTCTGAAAC 2635
Query 2646 TATCAATCATTGCTTAGCTCCTTAACCG--ttttttt---------AAGAT-ACATTAAC 2693
| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 2636 TCTCAATCAGTGCTTAGCTCCTTAACCGGATTTTTTTGTTCCCTCTAAGATTACAATAAC 2695
Query 2694 CGGTAATTTACTGCTTTTGGTACGTAACCTCAACCGATGTTTTTGTTGCCTTATCAAGTA 2753
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | | |
Sbjct 2696 CGGTTATTTACTGCTTTTGGTACGTAACCTTAACCGATGTTTATGTTGCCTT-T-A--T- 2750
Query 2754 TCAACTAGACTTCTGTCTCGATTAGTTTAGTTTAATCAAGGGTTAGCTTG 2803
||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||
Sbjct 2751 -CAACTAGACTTCTGTCTCGGTTAGTTTAATTTAATTATGGGTTAGCTTG 2799
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105776610365
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5