BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G05200.1
Length=1904
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487310 jgi|Araly1|487310|fgenesh2_kg.6__444__AT5G05200.1 3116 0.0
> Ahg487310 jgi|Araly1|487310|fgenesh2_kg.6__444__AT5G05200.1
Length=1892
Score = 3116 bits (1687), Expect = 0.0
Identities = 1811/1872 (97%), Gaps = 4/1872 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 35 AGCTTGACCGGAGTGTCTTGTCTCTGCTGCTTCAATCGCCGGCGAACGATGGCGGTCTCA 94
|||||||||||||| |||||||| | |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 23 AGCTTGACCGGAGTTTCTTGTCT-T-TTGCTCCAATCTCCGGCGACCGATGGCGGTCTCA 80
Query 95 GCTTTCCGTGGCACGCGGTTACCGTTATTTCACCATTCTCAGTTTCCCGTCGCGAGAACT 154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 GCTTTCCGTGGCACGCGGTTACCGTTATTTCACCATTCTCAGTTTCCCGTCGCGAGAACT 140
Query 155 GTGTCAGGAACGTCTAAGAAGATGATCGGAGCCAGGAATTTCAAGGGTTTTGTTCTTACA 214
|| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |
Sbjct 141 GTATCACGAACGTCTAAGAAGATGATCGGAGGCAGGAATTTGAAGGGTTTTGTTATTTCG 200
Query 215 GCCCAGTATTCGCAAACTCAGGACCTTTTCACTTCTCGTCTTCAAAGCCAGATAGAGAAA 274
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 GCTCAGTATTCGCAAACTCAGGACCTTTTCACTTCTCGTCTTCAAAGCCAGATAGAGAAG 260
Query 275 TTGCCCAAATTGGTTGAGGATATAGTTCAGACATCGATAAACACAGGTCCACGAGGTGTG 334
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 261 TTGCCCAAACTGGTTGAGGATATAGTTCAGACATCGATAAACACAGGTCCACGCGGTGTG 320
Query 335 ACACGCCTTGTCCAAGGTGTTCAAGCCTTTGTAGGGGTTGGAGGAGAGTGGCTAAATGAT 394
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 ACACGCCTTGTCCAAGGCGTTCAAGCCTTTGTAGGGGTTGGAGGAGAGTGGCTAAATGAT 380
Query 395 TTATCTAAGTCTACAAGCGCGTCTGGTGGATTACCAAGTGAATTGCAGCTTGGTCTACTG 454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TTATCTAAGTCTACAAGCGCGTCTGGTGGATTACCAAGTGAATTGCAGCTTGGTCTACTG 440
Query 455 TCTCCTCTATATTTGAGGAAACTCTTTGAACGCATGGGAGCTACTTACATTAAGCTGGGC 514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 TCTCCTCTATATTTGAGGAAACTCTTTGAACGCATGGGAGCTACTTACATTAAGCTGGGC 500
Query 515 CAGTTTATAGCATCTGCGCCAACTTTGTTCCCACCAGAATATGTCAAAGAATTTCAGAAC 574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 CAGTTTATAGCATCTGCGCCAACTTTGTTCCCACCAGAATATGTCAAAGAATTTCAGAAC 560
Query 575 TGCTTTGACAAAGCTCCTCCTGTGCCATTTGAAGAAATTCGTAAAATCTTGCAAGAGGAG 634
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 TGCTTTGACAAAGCTCCTCCTGTGCCGTTTGAAGAAATTCGTAAAATCTTGCAAGAGGAT 620
Query 635 CTTGGGAGACCCATTGAAAGTGTATACGAATATGTTGACCCTACGCCAATTGCATCAGCC 694
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 621 CTTGGGAGACCCATAGAAAGTGTATACGAATATGTTGACCCTACACCAATTGCATCAGCC 680
Query 695 TCAATAGCACAAGTCCATGGTGCAAGGCTTCGAGGCTCCCAAGAGGATGTTGTGATTAAA 754
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 681 TCAATAGCACAGGTCCATGGTGCAAGGCTTAGAGGCTCCCAAGAGGATGTAGTGATTAAA 740
Query 755 GTCTTGAAGCCTGGGATAGAAGATTTCTTAGTGGCAGATTTGAACTTTATCTACGTTGTT 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GTCTTGAAGCCTGGGATAGAAGATTTCTTAGTGGCAGATTTGAACTTTATCTACGTTGTT 800
Query 815 TCCCGTATATTTGAGTTCCTTAGTCCTGAGTTTAGCCGTACTTCACTGGTTGGAATTGTC 874
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 801 GCCCGTATATTTGAGTTCCTTAGTCCTGAGTTTAGCCGTACTTCACTGGTTGGTATTGTC 860
Query 875 AAAGATATTCGTGAGTCAATGCTTGAAGAAGTAGATTTCAATAAGGAGGCTCAAAACATT 934
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 AAAGACATTCGTGAGTCAATGCTTGAGGAAGTAGATTTCAATAAGGAGGCTCAAAACATT 920
Query 935 GAGTCATTTAAGAGATATCTTGAAACCATGGGGTTGACAGGGCAAGCTACTGCTCCAAGA 994
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 GAGTCATTTAAGAGATATCTTGAAACCATGGGGTTGACAGGGCAAGCTACTGCTCCAAGA 980
Query 995 GTATATAAGTACTGCAGCAGCCGGCGGGTACTTACAATGGAGAGGCTATATGGAGTTCCT 1054
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 GTGTATAAGTACTGCAGCAGCCGGCGGGTACTTACAATGGAGAGGCTATATGGAGTTCCT 1040
Query 1055 CTGACTGATCTGGACTCTATAAGATCACTTGTTTCCAGTCCCGAAAACAGCCTTATTACC 1114
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1041 CTGACTGATCTAGACTCTATAAGATCACTTGTTTCCAGTCCTGAAAACAGCCTTATTACT 1100
Query 1115 GCGCTTAATGTGTGGTTTGGAAGCTTACTTGCTTGTGAAAGCTTCCATGCTGATGTACAT 1174
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GCGCTTAATGTGTGGTTTGGAAGTTTACTTGCTTGTGAAAGCTTCCATGCTGATGTACAT 1160
Query 1175 GCAGGAAACTTATGGCTGTTGCGTGATGGCCGGATTGGGTTTCTTGATTTTGGCATTGTT 1234
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 GCAGGAAACTTATGGCTGTTGCGTGATGGGCGGATTGGGTTTCTTGATTTTGGCATTGTT 1220
Query 1235 GGTCGGATATCCCCCAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTATTTTTAGCGTCTATTGCAACT 1294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1221 GGTCGGATATCCCCCAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTATTTTTAACGTCTATTGCAACA 1280
Query 1295 GAAGAATATGAATCCATGGCCTCAGCTTTGATTCAAATGGGCGCCACAAACAGAGATGTT 1354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 GAAGAATATGAATCCATGGCCTCAGCTTTGATTCAAATGGGCGCCACAAACAGAGATGTT 1340
Query 1355 GATGGCAAAGCTTTTGCAAAAGACTTGGAAAAGATGTTCTCATCTATCCAGGAACTAGAT 1414
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GATGCCAAAGCTTTTGCAAAAGACTTGGAAAAGATGTTCTCATCTATCCAGGAACTAGAT 1400
Query 1415 ACAGAGATAGTAGTGGCTACAGCTCGTGGAACAAATTCAGACACTACTGCTGTTGCTGCT 1474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1401 ACAGAGATAGTAGTGGCTACAGCTCGTGGAACAAATTCAGACACAACTGCTGTTGCTGCT 1460
Query 1475 AACGTAGTTATGGATGAGAGACAGATGAATGCTCTTTTCCTCGACCTGGTGCGTGTTAGC 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 AACGTAGTTATGGATGAGAGACAGATGAATGCTCTTTTCCTCGACCTGGTGCGTGTTAGC 1520
Query 1535 GAATCATATGGTCTTAAGTTCCCGAGAGAGTTTGCACTTCTGTTGAAGCAACTTCTGTAC 1594
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 GAATCATATGGGCTTAAGTTCCCGAGAGAGTTTGCACTTCTGTTGAAGCAACTTCTGTAT 1580
Query 1595 TTCGATCGATACACAAGACTATTAGCCCCAAACCTGAACATGCTGCAGGATCAGCGGATC 1654
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 TTCGATCGATACACGAGACTGTTAGCCCCAAACCTGAACATGCTGCAGGATCAGCGGATT 1640
Query 1655 TCTATCGCGTCCAACAAGAGGACGAATGGATACAAGGACAGCTTCAACTAAGTTTATGCA 1714
||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| || ||
Sbjct 1641 TCTATCGCGTCCAACAAGAGGACGAATCGATATAAGGACAGCTTTAACTAAGTTCATACA 1700
Query 1715 AATATACTTCACTAAACCTATTCAAACTTTTTATTTATTTACAAGTGGTAATGTTATAGT 1774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1701 GATATACTTCACTAAACCTATTCAAACTTTTTATTTATTTACTAGTGGTAAAGTTATAGT 1760
Query 1775 AGATT-ATCAAGCCAAGAACGATGATGAATTCAATCTTGTTACAAACATATCATGACTAT 1833
||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 AGATTGATCAAGCCAGGAACAATGATGAATTTAATCTTGTTACAAACATATCATGACTAT 1820
Query 1834 ATACAACAGATGAACTATATCTTCTTC-TAtttttttGTATAATTTTTCACAAGTGTCAT 1892
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1821 ATACAACAGATGAACAATATCTTCTTCATATTTTTTTGTATAATTTTGCACAAGTGACAT 1880
Query 1893 GGTTTCTACTTT 1904
||||||||||||
Sbjct 1881 GGTTTCTACTTT 1892
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71533480110
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5