BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G05560.1
Length=5108
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487351 jgi|Araly1|487351|fgenesh2_kg.6__485__AT5G05560.1 6460 0.0
Ahg947463 jgi|Araly1|947463|scaffold_703692.1 344 4e-93
Ahg891414 jgi|Araly1|891414|Al_scaffold_0007_3400 254 6e-66
> Ahg487351 jgi|Araly1|487351|fgenesh2_kg.6__485__AT5G05560.1
Length=5284
Score = 6460 bits (3498), Expect = 0.0
Identities = 3808/3959 (96%), Gaps = 16/3959 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 271 TGCTGGAGCAACCTTGGTCGAGGGACAGAAGCTTTTCTTTGTGTATTACAAATTGCTTGC 330
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 280 TGCTGGAGCCACCTTGGTCGAGGGACAGAAGCTTTTCTTTGTGTGTTACAAATTGGTTGC 339
Query 331 TTAACAATCTACAACACATCAGGCGAAGTTGTATCTGTTCCACTAATGCGTACTGTCAAA 390
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 340 TTAACAATATACAACACATCAGGCGAAGTTGTATCTGTTCCACTTCCGCGTACTGTCAAA 399
Query 391 TCAATATGGCCTCTACCATGTGGTCTACTTCTTGAGCAAGCTGGTGAAGTGAATCCACCC 450
||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 400 TCAATATGGTCTCTACCATATGGTCTACTTCTTCAGCAAGCTACTGAAGTGAATCCAGCC 459
Query 451 TCACATGTTCCATTTTCTCCTGTTAGCCCCATCCTTGGTTCTCGTGAGATGCTGCGCCAA 510
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 460 TCACATGTTCCATTTTCTTCTGTTAGCCCCATCCTTAGTTCCCGTGAGATGCTGCGCCAA 519
Query 511 AGAAAAGAAGTTGGGAATAGTTCACCACAAAACTTCCATTCCCCAGTCGCGCATGACCTT 570
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 520 AAAAAAGAAGTTGGGAATAGTTCACCACAAAACTTCCATTCCCCAGGCACGCATGACCTT 579
Query 571 ATTAGCAAAAGAGATATGCCATGCATGTCTTCCCATCTGATTCTAAGAGATCCACTAGAG 630
| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 580 A--A-CAAAAGAGATATGCCATACATGTCTTCCCATCTGATTCTAAGAGATCCATTAGAG 636
Query 631 GAACCTGGGCCAACCTACGTTGAAGAGAGGGGGAAGTTGACCATAATGAAGGACTACGAT 690
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 637 GAACCTGGGCCAACCTATGTAGAAGAGAGGGGGAAGTTGAATATAATGAAGGACTACGAT 696
Query 691 GAGAGGACAATTTGGACAAGTGACCGTCTACCTCTTATGACGTCGTATAACAAAGGCAAG 750
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 GAGAGAACAATTTGGACAAGTGACCTTCTACCTCTTATGACGTCGTATAACAAAGGCAAG 756
Query 751 ATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCGAATTTATAGAGTCAAACCTTGAAGCTTCTGCGTCA 810
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 757 ATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCGAATTTATAGAGTCAAACCTTGAAGCTTCTGCTTCA 816
Query 811 TGTTCAAGCGGCATTGTTCCTGATGCTGTTCTCTCGAAGCGGGTTTCTTTTCGTAGAATA 870
||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 817 TGTGCAAGCGGTATTGTTCCTGATGCTGTTCTCCCAAAGCGGATTTCTTTTCGTAGAATA 876
Query 871 TGGCAAGCGAAAGGTGCTAAGAAAGCTGCATCTAAGGTCTTTTTGGCAACTGATAATTCA 930
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 877 TGGCAAGCCAAAGGTGCTAAGAAAGCTGCATCTAAGGTCTTTTTGGCAACTGATGATGCA 936
Query 931 GTCCCAGTAATTTGCTTTCTGATTCTAGAACAAAAGAAGCTGTTATCGGTGGGACTTCAA 990
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 937 GTCCCAGTAATTTGCTTTCTGATTCTAGAACAAAAGAAGCTGTTATCGGTGGGACTCCAA 996
Query 991 ACTGTTGAAATCAATAACGAAATTCTGTTCGATGTTAAGCCTGATATAAGCTGGAGTGTG 1050
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 997 ACTGTTGAAATAAATAACGAAATCCTGTTCGATGTTAAGGCTGATGTAAGCTGGAGTGTC 1056
Query 1051 TCTGCGATTGCTGCTGCACCTGTTGTTGTGACACGTTCTCAAGTGAAAATAGGACTGCTT 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1057 TCTGCGATTGCTGCTGCACCTGTTGTTGTGACACGTTCTCAAGTGAAAATAGGACTGCTT 1116
Query 1111 CCACATTTGGATATCATTGTTTTATCTCCAGAAAATGACCTCTTTCTCTATTCAGGAAAA 1170
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 CCACATTTGGATGTCATTGTTTTATCTCCAGAAAATGACCTCTTTCTCTATTCAGGAAAA 1176
Query 1171 CAATGTCTCTGTAGATATGTATTACCTTCTTGGTTGGGAGAAAGTATTGGTTCCGGGGAT 1230
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1177 CAATGTCTCTGTAGATATGTATTGCCTTCTTGGTTGGGAGAAAGTATTGGTTTCGGGGAT 1236
Query 1231 GGAGAGTCTGCAAAAACAGATTCAGGTTTCAGGAACCTGAAGATCACAGGATTGTCTGAT 1290
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 GGAGTGTCTGCAAAAACAGATTCAGGTTTCAGGGACCTGAAGATCACAGGATTGTCTGAT 1296
Query 1291 GCTGTTTTAGGATCTATCAATCTCTCAGTTAACCATTCACAGATCTTTCGGTGTGCCTTA 1350
||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1297 GCTGTGTTAGGATGTATCAATCTCTCAGTTAACCATTCACAGATCTTTCGGTGTGCTTTA 1356
Query 1351 ACTGGTAAACCTTCATCGTCACTTGCAAATGATTGCATAGCAGCCATAGCTGAGGGACTA 1410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1357 ACTGGTAAACCTTCATCGTCACTTGCAAATGATTGCATAGCAGCCATAGCTGAGGGACTA 1416
Query 1411 CGATCCGATCTGTACAGTTTGTTTCTCTCTCTTCTTTGGGGAGATGGTCATTCTGACCTG 1470
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1417 CGATCCGATCTGTACAGTTTATTTCTCTCTCTTCTTTGGGGAGATGGTCATTCTGACCAG 1476
Query 1471 CAAGGTTCCAGTATTCATTTTGAATGGGAAGCATTATGCAACATTTTTCTGGAGATCTGT 1530
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 AAAAGTTCCAGTATTCATTTTGAATGGGAAGCGTTATGCAACATTTTTCTGGAGATCTGT 1536
Query 1531 CAAAAGCCTACTGTTGTGCATC-GAAAGCAACCCAAAACAGCATCAGAGTCCTCCTGGGA 1589
|||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1537 CAAAAGCCTACTGTTGTGCATCTG-AAGCAACCC-AAA-A-CATCAGAGTCCTCCTGGGA 1592
Query 1590 GTTTCTTCTCATCAGCAAATTTCATAAGACCTACTCTAGGTTTCACAATGGTATTACTTC 1649
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1593 GTTTCTTCTCAGCAGTAAATTTCATAAGACCTACTCTAGGTTTCACAATGGTATTACTTC 1652
Query 1650 AATAAATCGTTTAGATCTGGAAGGCATTGTCCCATTTGATTCCAAGATTTGTAGTGAAGA 1709
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653 AATAAATCGTTTGGATCTGGAAGGAATTGTCCCATTTGATTCCAAGATTTGTAGTGAAGA 1712
Query 1710 AACACT-GGGCAGCTCATGTGAACTAATGGTCCAGAGTTTAGATTGTCTCCATGCAGTTT 1768
|||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1713 AACA-TCGGGCAGCTCATGTGAATTAATGGTCCAGAGTTTAGATTGTCTCCATGCAGTTT 1771
Query 1769 ATGAGAGCTTGAAGATGGATAATCTACGGAAACAGGATTTGCATCACTTGGCTGTTTTGT 1828
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1772 ATGAGAGCTTGAAGATGGATAATCTACGGAAACAGGATTTGCATCACTTGGCTGCTTTGT 1831
Query 1829 TGTGCAATATTGCCAAGTTTCTGGATGAGAAGTGTTACTTAGATTACTACATACGTGATT 1888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 TGTGCAATATTGCCAAGTTTCTGGATGAGAAGTGTTACTTAGATTACTACATACGTGATT 1891
Query 1889 TTCCTCGTCTGTCAACAACTATTGGGGCGTGCACAACCCTTTCTTCTAGCAGAAAACCTC 1948
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 TTCCTCGTCTGTCAACAACTATAGGGGCGTGCACAACCCTTTCTTCTAGCAGAAAACCTC 1951
Query 1949 CAAATTTATTTAGATGGCTTGAGAATTGTTTAAGACGTGGATGTTTATCAACAAACTTTG 2008
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1952 CAAATTTATTTAGATGGCTTGAGAACTGTTTAAGGCGTGGATGTTTATCAACAAACTTTG 2011
Query 2009 ATGACCTCCCAGATTTGATCCGTAGAGATGGGTGCTCCATAGTAAGCTGGGCAAGGAAAG 2068
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 ATGACCTCCCAGATTTGATTCGTAGAGATGGGTGCTCGATAGTAAGCTGGGCAAGGAAAG 2071
Query 2069 TTGTTTCCTTCTACAGTGTGTTATTTGGTGATAAGCCAGAAGGACGGACACTTTCATCAG 2128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072 TTGTTTCCTTCTACAGTGTGTTATTTGGTGATAAGCCAGAAGGACGGACACTTTCATCAG 2131
Query 2129 GTGTCCCCTGTAATATCGCGCCAGGATCATACTCCTGTAACGAGGAACTCACTATCTTAG 2188
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132 GTGTCCCCTGTAATATCGCGCCAGGATCATACTCAAGTAACGAGGAACTCACTATCTTAG 2191
Query 2189 CTATGGCAGGAGAGAGATTTGGGCTTCACCAACTGGATTTGCTACCTTCTGGTGTTTCTC 2248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2192 CTATGGCAGGAGAGAGATTTGGGCTTCACCAACTGGATTTGCTACCTTCTGGTGTTTCTC 2251
Query 2249 TCCCGCTAAGACATGCACTGGATAGCTGTCGGGAATCTCCTCCAGCTGACTGGCCAGCAA 2308
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2252 TCCCGCTGAGACATGCACTGGATAGCTGTCGGGAATCTCCTCCAGCTGACTGGCCAGCAA 2311
Query 2309 TTGCTTATGTGCTTCTTGGTCGAGAAGATATGGCCCTATCCGTCTTCAGAAATTTTAGTT 2368
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2312 TTGCTTATGTGCTTCTTGGACGAGAAGATATGGCCCTATCCGTCTTCAGAAATTTGAGTT 2371
Query 2369 CATCTAAGGAATTTGAGATGCAGTCAAATACGAGTTTGATATCGATGTCCATACCTTACA 2428
||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2372 CATCTAAAGAATTGGAGATGCAGTCAAATAAGAGTTTGATATCGATGTCCATACCGTACA 2431
Query 2429 TGCTACATTTGCATCCAGTAATTGTTCCATCCTCT------GAGTCGATTGGCTTAGAAA 2482
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 2432 TGCTACATTTGCATCCAGTAATTGTTCCATCCTCTTTATCTGAGTCGATTGGCTTGGAAA 2491
Query 2483 ACACTAAGATTGAGGATACAAATTCTGTGGATGGTTCTGTGATAGATGGAATGGAGCATA 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2492 ACACTAAGATTGAGGATACAAATTCTGTGGATGGTTCTGTGATAGATGGAATGGAGCATA 2551
Query 2543 TCTTCAACTCCTACACACAGCTACGGTATGGCCGGGATCTAAGATTGAATGAGGTTAGAC 2602
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2552 TCTTCAACTCCTACACACAGTTACGGTATGGCCGGGATCTAAGGTTGAATGAGGTTAGAC 2611
Query 2603 GTCTTTTGTGCTCTGCAAGACCTGTGGTAGTTCAAACGGCTGCTAACCCTACTATATCAG 2662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2612 GTCTTTTGTGCTCTGCAAGACCTGTGGTAGTTCAAACGTCTGCTAACCCTACTATATCAG 2671
Query 2663 ATCAGGAGCAGCAACAGGCGTTTACTGTACCAAAGCTTGTTTTAGCTGGTCGACTGCCTT 2722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2672 ATCAGGAGCAGCAACAGGCGTTTACTGTACCAAAGCTTGTTTTAGCTGGTCGACTGCCTG 2731
Query 2723 CTCAACAAAATGCCATTGTTAATCTAGATCCAAACATAAGGAATATCCAAGAATTAAAGA 2782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2732 CTCAACAAAATGCCATTGTTAATCTAGATCCAAACATAAGGAATATCCAAGAACTAAAGA 2791
Query 2783 CCTGGCCAGAGTTTCATAACGCTGTTGCTGCTGGGTTACGACTGGCTCCGCTTCAGGGAA 2842
| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792 CATGGCCGGAGTTTCATAATGCTGTTGCTGCTGGTTTACGACTGGCTCCGCTTCAGGGAA 2851
Query 2843 AGGTCTCCAGAACGTGGATTAGATACAATAAACCTGGAGAGCCAAATGCTGTTCATGCTG 2902
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2852 AGGTCTCCAGAACGTGGATTAAATACAATAAACCTGGAGATCCAAATGCTGTTCATGCTG 2911
Query 2903 GACTTCTGTTTGGCCTGGGATTACAGGGATATTTGCATGTGTTAAACCTTAGTGACATAT 2962
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2912 GACTTCTGTTTGGACTCGGATTACAGGGATATTTGCATGTGTTAAACCTTAGTGACATAT 2971
Query 2963 ACCAATATTTCACTCAGGACCATGAGAGCACTACGGTAGGTTTGATGCTTGGTCTGGCCG 3022
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2972 ACCAATATTTCACTCAGGACCATGAGAGCACTACGGTAGGTTTGATGCTTGGTCTGGCTG 3031
Query 3023 CTTCATACAGGGGAACAATGCAACCTGATATTGCAAAGGCTCTCTTTTTCCATGTTCCTG 3082
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3032 CTTCATACAGGAGAACAATGCAACCTGATATTGCAAAGGCTCTCTTTTTCCATGTTCCGG 3091
Query 3083 CTCGATACCAAGCTTCATATACTGAGTTTGAGATACCAACACTTCTACAGTCTGCAGCTT 3142
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3092 CTCGATACCAAGCTTCATATGCTGAGTTTGAGATACCAACACTTCTACAGTCTGCAGCTT 3151
Query 3143 TAGTCTCCGTTGGCATGCTATTTGAAGGATCAGCACACCAGCAGACAATGCAATTACTTT 3202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3152 TAGTCTCCGTTGGCATGCTATTTGAAGGATCAGCACACCTGCAGACAATGCAATTACTTT 3211
Query 3203 TGGGTGAAATTGGCCGTAGAAGTGCAGGGGACAATGTCCTTGAAAGGGAGGGTTATGCTG 3262
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3212 TGGGTGAAATTGGCCGCAGAAGTGCCGGGGACAATGTCCTTGAAAGGGAGGGTTATGCTG 3271
Query 3263 TATCTGCAGGATTCTCACTTGGTCTTGTAGCTTTGGGCCGTGGAGGTGATGCGCTCGGTT 3322
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3272 TATCTGCAGGATTCTCACTTGGTCTTGTTGCTTTGGGCCGTGGAGGTGATGCGCTCGGTT 3331
Query 3323 CCATGGACTCCTTGGTCAATCGCTTACTCCTGTATTTAGGAGCAAAAGAGGAAAGATCTA 3382
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3332 CCATGGACTCCTTGGTCAATCGCTTACTCCAGTATTTAGGAGCAAAAGAGGAAAAATCTA 3391
Query 3383 TCCTTGTACCATCCCTTGAAGATCACCGAAGTGCTGCACAGATAACAGACGGAAGCACTT 3442
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3392 TCCTTGCACCATCACTTGAAGATCACCGAAGTGCTGCACAGACAACAGACGGAAGCACTT 3451
Query 3443 CTAATGTTGATATAACTGCACCTGGAGCGATAATAGCTCTCACATTAATGTATCTTAAGA 3502
| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3452 CCAATGTTGATATAACTGCACCTGGAGCTATAATCGCTCTCACATTAATGTATCTTAAGA 3511
Query 3503 CAGAATCAGAGGTCATCTTCTCAAAGCTCTCTATTCCTCAAACACATTACGATTTGGAGT 3562
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3512 CAGAATCAGAGGTCATCTTCTCAAAGCTCTCGATTCCTCAAACTCATTACGATTTGGAGT 3571
Query 3563 GCGTTAGGCCTGATTTCATTATGCTCCGTGTCATTGCTCGGAACTTGATAATGTGGAGCA 3622
|| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3572 GCATTAGGCCTGATTTCATAATGCTCCGTGTCATTGCTCGGAACTTGATAATGTGGAGCA 3631
Query 3623 GGATCTGTCCTACTTGTGATTGGATTCAGTCTCAAGTTCCTGAAGTAGTCAAAAATGGTA 3682
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 3632 GGATCTGTCCTACTTGTGATTGGATTCAGTCTCAAGTTCCTGAAGTTGTCAGAAATGGTA 3691
Query 3683 TCAGCCAACTCCGAGATGACATGGATAATATGTATGAGGTGGATGTTGAAGCCCTTGTTC 3742
||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3692 TCAGCCACCTGCGAGATGACATGGATGATATGTATGAGGTGGATGTTGAAGCCCTTGTTC 3751
Query 3743 AGGCATACGTCAATATAGTGGCCGGGGCCTGCATTTCACTTGGGCTGAGATTTGCTGGTA 3802
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3752 AGGCATACGTCAATATAGTGGCTGGGGCCTGCATTTCACTTGGGCTGAGATTTGCTGGTA 3811
Query 3803 CGAGGGATGGAAATGCTCGTGACTTACTTAACTCCTACGCTCTCTATCTTTTGAATGAGA 3862
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3812 CGAGGGATGGAAATGCTCGTGACTTACTTAACAACTACGCCCTCTATCTTTTGAATGAGA 3871
Query 3863 TCAAGCCTCTTTCTGCCACACCTGGAAATGCATTTCCCAGGGGAATATCAAAATTTGTTG 3922
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3872 TCAAGCCTCTTTCTGCTACACCTGGAAATGCATTTCCCAGGGGAATATCCAAATATGTTG 3931
Query 3923 ATCGGGGAACACTTGAAATGTGTCTTTATCTTATCATTATTTCTCTGTCAGTGGTCATGG 3982
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3932 ATCGGGGAACGCTTGAAATGTGTCTTTATCTTATCATTATTTCTCTGTCAGTGGTCATGG 3991
Query 3983 CGGGATCTGGAGACTTGCAAGTTTTTCGGTTGTTGAGATTTCTCCGCAGCCGAAACTCTG 4042
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||
Sbjct 3992 CGGGATCAGGAGACTTGCAAGTATTTCGGTTGTTGAGATTTTTGCGCAGCCGGAACTCTG 4051
Query 4043 CCGATGGACATGCTAACTATGGCACACAAATGGCAGTGAGCTTAGCCACAGGATTCTTGT 4102
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4052 CTGATGGACATGCTAACTATGGCACGCAAATGGCGGTGAGCTTAGCCACAGGATTTTTGT 4111
Query 4103 TTCTTGGAGGCGGTATGCGAACATTTTCAACGAATAATGGCTCACTGGCAATGTTGCTCA 4162
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 4112 TTCTTGGAGGCGGTATGCGAACATTTTCAACGAATGATGGCTCACTTGCAATGTTACTCA 4171
Query 4163 TTACTCTCTATCCACGGTTGCCTTCTGGACCAAATGACAACCGTTGTCACCTCCAGGCA 4221
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4172 TTACTCTCTATCCACGGTTACCTTCTGGACCAAATGACAACCGTTGTCACCTCCAGGCA 4230
Score = 652 bits (353), Expect = 0.0
Identities = 375/386 (97%), Gaps = 0/386 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4219 GCATTCAGGCATTTATATGTCCTTGCAACAGAGGCTCGCTGGCTGCAGACCATTGATGTT 4278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4288 GCATTCAGGCATTTATATGTCCTTGCAACAGAGGCTCGTTGGCTGCAGACCATTGATGTT 4347
Query 4279 GATTCTGGTCTGCCTGTCTATGCCCCTCTAGAAGTCACAGTAAAAGAGACAAAACTTTAT 4338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4348 GATTCTGGTCTGCCTGTCTATGCCCCTCTAGAAGTCACAGTAAAAGAGACAAAACTTTAT 4407
Query 4339 TCAGAAACAAAATTTTGCGAGATAACACCGTGCATTCTGCCAGAGCGTGCTATTCTAAAG 4398
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4408 TCAGAAACAAGATTTTGCGAGATTACACCGTGCATTCTGCCAGAGCGTGCTATTCTAAAG 4467
Query 4399 AGAATTTGTGTATGTGGTCCCCGATACTGGCCCCAACAAATTGAGCTAGTTTTTGGTTTA 4458
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4468 AGAATTTGTGTATGTGGTCCTCGATACTGGCCCCAACAAATAGAGCTAGTTTTTGGTTTA 4527
Query 4459 AGGACTCTGGGAGAATCTAATTTGATTGCTAATAGTCATAGAGAACTGGATTCTGATAGT 4518
|| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 4528 AGAACTCTGGGAGAATCTAATATGATTGCTAATAGTCATAGAGAACTGGACTCCGAAAGT 4587
Query 4519 GTTGATCACTTGGTCAGCACTTTCTCATCAGATCCAAGCCTAATAGCGTTTGCACAGTTG 4578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 4588 GTTGATCACTTGGTCAGCACTTTCTCATCAGATCCAAGCCTGATAGCGTTTGCACAGTTG 4647
Query 4579 TGCTGTGACAAATCTTGGAATAACAG 4604
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4648 TGCTGTGACAAATCTTGGAATAACAG 4673
Score = 645 bits (349), Expect = 0.0
Identities = 416/449 (93%), Gaps = 2/449 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4642 CAGGTTGCTCTTGCCTACAATGAGGCAGTATCAACTGGAAGATTGGCCTCCTCAGGTGGC 4701
|||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4837 CAGGTTGCTCTTGCCTACAACGAAGCGGTATCAAGTGGAAGATTGGCCTCTTCAGGTGGC 4896
Query 4702 TTTGTACAGTCAATCTTCTTAGCATCGCTGAGAAAGCGATGTGAAGAGGTTTTGAATTGC 4761
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4897 TTTGTACAATCAATCTTCTTATCATCGCTGAGAAAGCGATGTGAAGAGATTTTGAATTGT 4956
Query 4762 TCAACGGAGCTGAAGATTAATTTGAGGAATTATTTGACCTCAGAAGCATGGCCTTATGAT 4821
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4957 TCAACTGAGCTGAAGATTAATTTGAGGAATTATTTGACCTCAGAAGCATGGCCTGATGAT 5016
Query 4822 AAGAACTCAAAGTTGCAGAAAGATATAATTATTCTCTCATGGTATCTAAAATGGTTCAAC 4881
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 5017 AAGAACTCAAAGCTGCAGAAAGATATAATAATTCTCTCATGGTATTTAAAATGGTTCAGC 5076
Query 4882 GTACCATCTCCATCGATCATCAAAGCAGCAGTGGAAAAGATCAAATCCAAGTCCAAAAAC 4941
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5077 GTACCATCGCCATCGATCATCAAAGCAGCAGTGGAAAAGATCAAATCCAAGTCCAAAAAC 5136
Query 4942 TCAACTTCGGCAATACCTTTGTTGCGATTGTTGTTACCAAATACGCATATTAGTGTGATT 5001
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 5137 TCAACTTCGGCAATACCTTTGTTGCGGTTGTTGTTACCAAGTACGCATATTAGTGCGATT 5196
Query 5002 GGTGAAATTGATAGGGTCTTTTTCCCCTC-GAATTAAACAATTGTATTGTGAAAACATGA 5060
||||||||||||| || ||||| |||| || | | |||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 5197 AGTGAAATTGATAGTGTGTTTTTTTCCTCAGA-TGAGACAACTGTATCGTGAAAACATGA 5255
Query 5061 TTTTGTATTCTCTTCGTTTGGGCTAATAA 5089
||| ||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 5256 TTTCGTACTCTCTTCGTTTGGGCTATTAA 5284
Score = 219 bits (118), Expect = 2e-55
Identities = 131/137 (96%), Gaps = 1/137 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCCTCCAGGGGTTCGCCAACTTACCGTCCTCGGAAAGTTTAAACCTTTCGGTCTAATC 60
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCTCCAGGGGTTCGCCAACTTACTGTCCTCGGAAAGTTCAAACCTTTCGGTCTAATC 60
Query 61 GCCGAAGCTACTGATGGTAAATCACCGGATGATTCCTATCAGTATTTCCTCTTCGATCCT 120
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCCGAAGCTACTGATGGTAAATCCCCGGACGATTCCTATCAGTATTTCCTCTTCGATCCT 120
Query 121 GAGCTCACTG-GCGAGC 136
|||||||||| | ||||
Sbjct 121 GAGCTCACTGAGAGAGC 137
> Ahg947463 jgi|Araly1|947463|scaffold_703692.1
Length=269
Score = 344 bits (186), Expect = 4e-93
Identities = 232/253 (92%), Gaps = 7/253 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 656 AGAGGGGGAAGTTGACCATAATGAAGGACTACGATGAGAGGACAATTTGGACAAGTGACC 715
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAGGGGGAAGTTGAACATAATGAAGGACTACGATGAGAGAACAATTTGGACAAGTGACC 60
Query 716 GTCTACCTCTTATGACGTCGTATAACAAAGGCAAGATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCG 775
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 GTCTACCTCTTATGACGTCATATAACAAAGGCAAGATGCAACATTCTGTGTGGACAGCCG 120
Query 776 AATTTATAGAGTCAAACCTTGAAGCTTCTGCGTCATGTTCAAGCGGCATTGTTCCTGATG 835
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 AATTTATAGATTCAAACCTTGAAGCTTCTGCTTCATGTTCAAGCGGTGTTGTTCCTGATG 180
Query 836 CTGTTCTCTCGAAGCGGGTTTCTTTTCGTAGAATATGGCAAGCGAAAGGTGCTAAGAAAG 895
||||| || | |||||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGTTTTCCCAAAGCGGGT--CG---C--AGAATATGGCAAGCCAAAGGTGCTAAGAAAG 233
Query 896 CTGCATCTAAGGT 908
|||||||||||||
Sbjct 234 CTGCATCTAAGGT 246
> Ahg891414 jgi|Araly1|891414|Al_scaffold_0007_3400
Length=1821
Score = 254 bits (137), Expect = 6e-66
Identities = 165/179 (92%), Gaps = 0/179 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 676 ATGAAGGACTACGATGAGAGGACAATTTGGACAAGTGACCGTCTACCTCTTATGACGTCG 735
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAGGACTACGATGAGAGAACAATTTGGACATGTGACCATCTACCTCTTATGACGTCA 60
Query 736 TATAACAAAGGCAAGATGCAACATTCTGTGTGGGCGGCCGAATTTATAGAGTCAAACCTT 795
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 TATAACAAAGGCAAGATGCAACATTCTGTGTGGAAAGCCGAATTTATAGATTCAAACCTT 120
Query 796 GAAGCTTCTGCGTCATGTTCAAGCGGCATTGTTCCTGATGCTGTTCTCTCGAAGCGGGT 854
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 121 GAAGCTTCTGCTTCATGTTCAAGCGGTGTTGTTCCTGATGCTGTTTTCCCAAAGCGGGT 179
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 193370528413
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5