BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G05620.1
Length=1521
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg487365 jgi|Araly1|487365|fgenesh2_kg.6__499__AT3G61650.1 2361 0.0
Ahg939221 jgi|Araly1|939221|scaffold_503412.1 2231 0.0
> Ahg487365 jgi|Araly1|487365|fgenesh2_kg.6__499__AT3G61650.1
Length=1425
Score = 2361 bits (1278), Expect = 0.0
Identities = 1376/1425 (97%), Gaps = 0/1425 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 97 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 156
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTGCAGGTGGGACAATGTGGGAACCAGATCGGTATGGAG 60
Query 157 TTCTGGAAACAGCTTTGCCTTGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 216
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGCATCAGCAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTC 120
Query 217 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCGGATGACCAACACTAT 276
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCTGATGACCAACACTAT 180
Query 277 ATACCAAGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGTATTCAGAATGGT 336
|||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 181 ATACCACGAGCTCTACTTATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAATGGCATTCAGAATGGT 240
Query 337 GAATACCGGAATCTCTACAATCATGAAAATATCTTCCTTTCTGACCATGGCGGTGGTGCT 396
|||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAATACCGGAATCTTTATAATCATGAGAATATCTTCCTTTCCGACCATGGCGGTGGTGCT 300
Query 397 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAAGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 456
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGAC 360
Query 457 ATGATTGATCGTGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTGGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 516
||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGATAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCT 420
Query 517 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGAATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGT 576
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGGTCTTATTTACTGGAGACTTTGAATGATCGC 480
Query 577 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 636
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGAC 540
Query 637 GTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGCTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGAT 696
|||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GTTGTTGTTCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGTTGAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGAT 600
Query 697 TGTGTTGTTGTTCTTGACAACACTGCATTGAACAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATTTG 756
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 TGTGTTGTTGTTCTGGACAACACTGCGTTGAATAGAATTGCTGTGGAGCGTCTACATCTG 660
Query 757 ACTAATCCTACTTTTGCTCAGACCAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCACA 816
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ACAAATCCTACTTTTGCTCAGACGAATTCTTTGGTGTCAACTGTGATGTCTGCTAGCACA 720
Query 817 ACAACGTTGCGTTATCCTGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTG 876
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ACAACATTGCGTTATCCAGGATACATGAATAATGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTG 780
Query 877 ATCCCAACTCCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCGTTGACTGTTGAGCGC 936
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 781 ATCCCAACACCCAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGC 840
Query 937 CAGGCAAATGTTATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGACA 996
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CAGGCAAATGTCATTCGTAAAACTACTGTGTTGGATGTTATGAGGAGACTTCTACAGACA 900
Query 997 AAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATA 1056
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAGAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATA 960
Query 1057 TCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAG 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCTACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAG 1020
Query 1117 AGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTCAATTTCATAGACTGGGGACCAGCAAGCATACAGGTT 1176
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGACTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTT 1080
Query 1177 GCTCTTTCCAAGAAGTCCCCGTATGTTCAAACTTCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTA 1236
|||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCTCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTA 1140
Query 1237 GCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAATTG 1296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTGAGCCAATATGACAAATTG 1200
Query 1297 AGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCAATGTTTGCTGACAATGAT 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGAT 1260
Query 1357 CTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGGCC 1416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGACGAATATAAGGCC 1320
Query 1417 TGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTGGT 1476
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TGTGAATCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGGACAGCTTATGACTGGT 1380
Query 1477 GAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGCGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1521
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTGGATCCTAAGTTAGCGTTCTGA 1425
> Ahg939221 jgi|Araly1|939221|scaffold_503412.1
Length=1465
Score = 2231 bits (1208), Expect = 0.0
Identities = 1366/1443 (95%), Gaps = 7/1443 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 84 ACAGAGGAAG-AAG--ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAA 140
||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 ACAAAGGAAGCAAGATATGCCGAGAGAGATTATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAA 64
Query 141 CCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAACAGCTTTGCCTTGAGCACGGCATCAGCAAAGATGG 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||
Sbjct 65 TCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAGGATGG 124
Query 201 TATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGC 260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 125 TATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGC 184
Query 261 GGATGACCAACACTATATACCAAGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAA 320
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 185 GGATGACCAACACTATATCCCACGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAA 244
Query 321 TGGTATTCAGAATGGTGAATACCGGAATCTCTACAATCATGAAAATATCTTCCTTTCTGA 380
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| || ||||
Sbjct 245 TGGTATCCAGAATGGTGATTACCGCAATCTCTATAATCATGAGAATATCTTCGTTGCTGA 304
Query 381 CCATGGCGGTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAAGGGAAAGGTGTTGA 440
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 305 CCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAAGGTGTTGA 364
Query 441 AGAGGAAATCATGGACATGATTGATCGTGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTGGAGGGTTT 500
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 365 AGAGGAAATCATGGACATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGCCTTGAGGGTTT 424
Query 501 TGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGAATGGGATCTTATTTGTTGGA 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 425 TGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTATTGGA 484
Query 561 GACTTTGAATGATCGTTATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCA 620
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 GACTTTGAATGATCGCTATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCA 544
Query 621 GATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGCTGAAGCGGCT 680
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 545 GATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTCCAGCCATACAACTCACTGTTGACGCTTAAGCGGCT 604
Query 681 TACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTTGTTCTTGACAACACTGCATT-GAACAGAATTGCTG 739
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | | || || ||||
Sbjct 605 TACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTTGTCCTTGACAACACTGCTTTGGGA-AGGATAGCTG 663
Query 740 TGGAGCGTCTACATTTGACTAATCCTACTTTTGCTCAGACCAATTCT-TTGGTGTCAACT 798
|||||||||||||| | || |||||||| |||||||| || |||||| || ||||| |||
Sbjct 664 TGGAGCGTCTACATCTCACCAATCCTACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTT-GTGTCTACT 722
Query 799 GTGATGTCTGCTAGCACAACAACGTTGCGTTATCCTGGATACATGAATAATGACTTGGTT 858
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 723 GTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTGCGTTATCCAGGATACATGAATAACGACTTGGTT 782
Query 859 GGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACTCCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACA 918
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 783 GGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACACCAAGGTGTCACTTCCTCATGACAGGATATACA 842
Query 919 CCGTTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAATGTTATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATG 978
|| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 CCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAATGTCATCCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATG 902
Query 979 AGGAGACTTCTACAGACAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCT 1038
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 AGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCT 962
Query 1039 AGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAG 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAG 1022
Query 1099 GTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTCAATTTCATAGACTGGGGA 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 1023 GTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGA 1082
Query 1159 CCAGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCGTATGTTCAAACTTCCCATAGG 1218
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1083 CCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGG 1142
Query 1219 GTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTG 1278
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1143 GTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTG 1202
Query 1279 AGCCAATATGACAAATTGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCA 1338
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1203 AGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGGAAGTTTCCC 1262
Query 1339 ATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTG 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 ATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTG 1322
Query 1399 GTAGACGAATATAAGGCCTGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCT 1458
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTAGATGAATATAAGGCCTGTGAGTCACCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCT 1382
Query 1459 GGACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGCGGATCCTAAGTTAGCGTTC 1518
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1383 GAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTTGATCCAAAGTTGGCGTTC 1442
Query 1519 TGA 1521
|||
Sbjct 1443 TGA 1445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 56944916275
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5